Список тем омики по биологии

Вдохновленные терминами геном и геномика другие слова для описания полных наборов биологических наборов биомолекул, происходящих из одного организма , были придуманы , с суффиксами -оме и -омикс данных, в основном . Некоторые из этих терминов связаны друг с другом иерархическим образом. Например, геном содержит ORFeome , который дает начало транскриптому , который транслируется в протеом . Другие термины перекрываются и относятся к структуре и/или функции подмножества белков (например, гликома , кинома ).

Омицист — это учёный, который изучает омику, каталогизируя все подполя «омики». ^[1]

Omics.org — это Wiki, которая собирает и перечисляет в алфавитном порядке все известные «омы» и «омики». ^[2]

Список тем

-оме	Область исследования (-омикс)	Коллекция	Родительский предмет	Примечания
Ацетилом	Ацетиломика ^[3]	полный набор белков и соответствующих им остатков лизина, подвергающихся ацетилированию	Молекулярная биология
Аллергеном	Аллергеномика ^[4]	Протеомика аллергенов	Генетика
Антитело	Антибодомика	Полный набор антител, присутствующих в организме	Иммунология
Археома	Археомика	Коллективный генетический материал микроорганизмов в археологических образцах	Микробиология
Бактериом	Бактериомика	Сообщество бактерий, связанных с определенной экологической нишей или организмом-хозяином.	Микробиология
Библиома	Библиомика	Научно-библиографические данные
Биоинтерактом	Биоинтерактомика	Полный набор молекулярных взаимодействий внутри биологической системы.	Молекулярная биология
Биом		Вся совокупность экологического сообщества организмов и сред	Экология
Целлома	Целломика		Клеточная биология
Коннектом	Коннектомика	Структурные и функциональные связи мозга в разных пространственно-временных масштабах	Нейронаука
Цитом	Цитомика	Клеточные системы организма	Цитология
Editome		редактирования РНК Сайты
Эмбриом	Эмбриомика	Клеточные линии эмбриональных клеток, экспрессируемые гены и антигены, присутствующие во время развития	Эмбриология
Окружающая среда	Энвиромика	Факторы окружающей среды, связанные с генами (окружающая среда)
Экологическая ДНК	Экологическая омика	Секвенирование окружающей ДНК
Эпигеном	Эпигеномика	Эпигенетические модификации	Молекулярная генетика	Эпигеномика — это изучение полного набора эпигенетических модификаций генетического материала клетки, известных под общим названием эпигеном.
Экспосом (2005)	Экспосомика	на человека Воздействие окружающей среды , в том числе в пренатальной среде	Молекулярная генетика	Предлагаемый термин и область исследования болезнетворного воздействия факторов окружающей среды (компонент « воспитание » в исследовании « природа против воспитания »). ^[5]
Экспосом (2009)		Комплексное профессиональное облучение и проблемы профессионального здоровья	Охрана труда и здоровье	Авторы этого термина знали о предыдущем термине, использованном выше, но предложили применить его к новой области. ^[6]^[7]
Экзом	Экзомика	Экзоны в геноме	Молекулярная генетика
Фудом	Фудомика	Вопросы продовольствия и питания, связанные с биологической активностью, качеством, безопасностью и отслеживаемостью пищевых продуктов посредством применения и интеграции передовых омических технологий для улучшения благополучия, здоровья и уверенности потребителей.	Питание	Впервые этот термин был определен в 2009 году. ^[8]
Геном	Геномика ( Классическая генетика )	Гены ( последовательности ДНК / хромосомы )	Генетика	«Геном» относится к набору всех генов в организме. Однако «геном» был придуман за десятилетия до того, как было обнаружено, что большая часть ДНК « некодирует » и не является частью гена; таким образом, «геном» первоначально относился ко всей совокупности ДНК внутри организма. Сегодня используются оба определения в зависимости от контекста. ^[9]
Гликом	гликомика	Гликаны	Гликобиология
Хологеном	Гологеномика	Геномы членов сообщества (т.е. холобионтов )	Метагеномика
Хьюмом	Гумеомика	Химические компоненты перегноя почвы	Почвоведение
Интерфером	Интерферомика	Интерфероны	Иммунология	Также одноименная база данных. ^[10]
Интерактом	Интерактомика	Все взаимодействия		Термин «интерактомика» обычно не используется. Вместо этого интерактомы считаются изучением системной биологии . ^[11]^[12]
Ионом	Иономика	Неорганические биомолекулы	Молекулярная биология
Киноме	Киномика	Киназы	Молекулярная биология	Белки, к которым добавляется фосфатная группа
Липидома	Липидомика ^[13]	Липиды	Биохимия
Механом	Механомика	Механические системы внутри организма
Метаболом	Метаболомика	Метаболиты		Все продукты биологической реакции (включая промежуточные)
Метагеном	Метагеномика	Генетический материал обнаружен в образце окружающей среды	Молекулярная биология	Предполагается, что генетический материал содержит ДНК множества организмов и, следовательно, множество геномов, отсюда и включение префикса мета- .
Металлом	Металломика	Металлы и металлоиды
Микробиом	микробиомика	Сбор микроорганизмов в другом организме, например в животном.	Микробиология
Обесидом	Обесидомика	Белки, связанные с ожирением	Протеомика	Придумано Пардо и др., 2012 г. ^[14]
ORFeome	ORФеомика	Открытые рамки считывания (ORF)	Молекулярная генетика
Органом	Органомика	Органные взаимодействия	Сотовая сигнализация / Клеточная сигнализация и тканевая инженерия	Исследование перекрестных помех между органами с использованием физиологически значимых моделей in vitro.
Парвоме	Парвомика	Вторичные метаболиты	Биохимия	Придуман Марком Мартином и представлен Джулианом Дэвисом в 2008 году, от латинского слова parvus, означающего «маленький», и описывает «огромный микробный мир маленьких (секретируемых) молекул большого структурного разнообразия». ^[15] См. также ^[16]
Фармакогенетика	Фармакогенетика	SNP и их влияние на фармакокинетику и фармакодинамику	Фармакогеномика Геномика
Фармакогеном	Фармакогеномика	Влияние изменений генома на фармакологию	Фармакогенетика Геномика
Феном	Феномика	Фенотипы	Генетика
Физиом	Физиомика	Физиология организма
Фитохемом	Фитохимомика	Фитохимические вещества		Этот термин был придуман дель Кастильо и др., 2013, Food Research International, [1] . Фитохимомика - это комплексная концепция, направленная на расширение знаний о биологической активности фитохимических веществ, которая приобретает все большее значение в сельском хозяйстве, пищевой промышленности, медицине и косметических науках.
Протеом	Протеомика	Белки	Молекулярная биология
Регулом	Регуломика	Транскрипционные факторы и другие молекулы, участвующие в регуляции экспрессии генов.	Молекулярная биология
исследовательский		Области исследований, охватываемые отдельным исследователем или учреждением	Исследовать	Придумано Иваном Эриллом на встрече EBM в 2011 году. ^[17]
секретом	Секретомика	Секретируемые белки	Протеомика	Подмножество протеома , состоящее из белков, активно экспортируемых из клеток. ^[18]
Речьдом	Речевомика	Влияние на овладение языком		Придумано проектом Human Speechome. ^[19]
Синтетом		Набор искусственных генов в организме	^[20]^{[ циклическая ссылка ]}
Транскриптом	Транскриптомика	Все молекулы РНК, включая мРНК , рРНК , тРНК и другие нкРНК.	Молекулярная биология
Триалом	Лекарство	интервенционных исследований Данные на людях из реестров клинических исследований дополнены результатами исследований и ссылками на полученные публикации.
Топоним	Топономика	Структура клеток и тканей	Молекулярная биология
Вироме	Виромика	полный набор вирусов	Вирусология
Волатиломе	Летучие вещества	полная коллекция летучих метаболитов	Биомаркеры

Иерархия тем

Для ясности некоторые темы перечислены несколько раз.

Ссылки

^ Ядав СП. (2007). «Целостность в суффиксах -омике, -оме и слове Ом» . Джей Биомол Тех . 18 (5): 277. ПМК 2392988 . ПМИД 18166670 .
^ «Ошибка 403 (Неверный пользователь)» .
^ Вэнь, Сики; Ли, Цзяцзя; Ян, Джингру; Ли, Бяо; Ли, На; Чжан, Сяньцюань (2021). «Количественный ацетиломик выявил опосредованные ацетилированием изменения в сети молекулярных путей в нефункциональных нейроэндокринных опухолях гипофиза человека» . Границы эндокринологии . 12 . дои : 10.3389/fendo.2021.753606 . ISSN 1664-2392 . ПМЦ 8546192 . ПМИД 34712204 .
^ Ягами Т., Хайсима И., Цучия Т., Томитака-Ягами А., Кано Х., Мацунага К.; Хайшима; Цучия; Томитака-Ягами; Кано; Мацунага (2004). «Протеомный анализ предполагаемых латексных аллергенов». Инт Ар Аллерги Иммунол . 135 (1): 3–11. дои : 10.1159/000080036 . ПМИД 15286439 . S2CID 35112557 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Дикий КП (2005). «Дополнение генома «экспосомой»: выдающаяся задача измерения воздействия на окружающую среду в молекулярной эпидемиологии» . Эпидемиол рака. Биомаркеры Пред . 14 (8): 1847–50. doi : 10.1158/1055-9965.EPI-05-0456 . ПМИД 16103423 .
^ Фазан, Лори; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сеть проблем гигиены труда: Экспосом». arXiv : 0907.3410 [ stat.ME ].
^ Фейзандье, Лори; Боннетер, Винсент; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сетевой подход к надзору за профессиональными воздействиями на здоровье». arXiv : 0907.3355 [ stat.ME ].
^ Сифуэнтес, А. (2009). «Анализ пищевых продуктов и фудомика». Журнал хроматографии А. 1216 (43): 7109. doi : 10.1016/j.chroma.2009.09.018 . hdl : 10261/154212 . ПМИД 19765718 .
^ "геном, n " . Оксфордский словарь английского языка . Март 2008 года. ^{[ мертвая ссылка ]}
^ "Дом" . Interferome.org .
^ «Белковые снимки» . www.the-scientist.com . Архивировано из оригинала 2 декабря 2008 года.
^ Главная страница - Interactomics. Архивировано 6 июля 2008 г. в Wayback Machine.
^ Субраманиам С., Фэйи Э., Гупта С., Суд М., Бирнс Р.В., Коттер Д., Динасарапу А.Р., Маурья М.Р. (2011). «Биоинформатика и системная биология липидома» . Химические обзоры . 111 (10): 6452–6490. дои : 10.1021/cr200295k . ПМЦ 3383319 . ПМИД 21939287 .
^ Пардо, Мария; Рока-Ривада, Артуро; Сеоане, Луиза Мария; Казануэва, Фелипе Ф. (2012). «Обесидомика: вклад анализа секретома жировой ткани в исследования ожирения» . Эндокринный . 41 (3): 374–383. дои : 10.1007/s12020-012-9617-z . ПМИД 22434412 . S2CID 20503653 .
^ Шехтер М (15 мая 2014 г.). «О терминах биологии: Парвом» . Учтены мелочи . Проверено 21 апреля 2020 г.
^ Дэвис Дж., Райан К.С. (2012). «Представляем парвом: биологически активные соединения в микробном мире». АКС Химическая биология . 7 (2): 252–259. дои : 10.1021/cb200337h . ПМИД 22074935 .
^ (2011) «15-я ПРОГРАММА EBM». Архивировано 26 января 2016 г. на совещании по эволюционной биологии Wayback Machine в Марселе . Проверено 14 декабря 2011 г.
^ Дов Гринбаум; Николас М. Ласкомб; Рональд Янсен; и др. (2001). «Взаимосвязь различных типов геномных данных, от протеома до секретома: понимание функций» . Геномные исследования . 11 (9): 1463–1468. дои : 10.1101/гр.207401 . ПМИД 11544189 .
^ Статья BBC о проекте Speechome.
^ Синтетом
^ Карлсон, Скотт М.; Гозани, Ор (9 октября 2014 г.). «Новые технологии для картирования метилома белка» . Журнал молекулярной биологии . 426 (20): 3350–3362. дои : 10.1016/j.jmb.2014.04.024 . ISSN 1089-8638 . ПМК 4177301 . ПМИД 24805349 .
^ Хузер, В.; Чимино, Джей-Джей (2012). «Точность и прогностическая ценность отрицательной связи между ClinicalTrials.gov и PubMed» . Материалы ежегодного симпозиума AMIA . 2012 : 400–408. ПМЦ 3540528 . ПМИД 23304310 .
^ Бухифд, Мунир; Андерсен, Мелвин Э.; Багдикян, Кристина; Букельхайде, Ким; Крофтон, Кевин М.; Форнас, Альберт Дж.; Клинсанг, Андре; Ли, Хэнхун; Ливи, Каролина (01 января 2015 г.). «Проект человеческого токсома» . АЛЬТЕКС . 32 (2): 112–124. дои : 10.14573/altex.1502091 . ISSN 1868-596X . ПМЦ 4778566 . ПМИД 25742299 .
^ ДеФелипе, Хавьер (26 ноября 2010 г.). «От коннектома к синаптому: эпическая история любви». Наука . 330 (6008): 1198–1201. Бибкод : 2010Sci...330.1198D . дои : 10.1126/science.1193378 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 21109663 . S2CID 33348231 .
^ Копелл, Нэнси Дж.; Гриттон, Ховард Дж.; Уиттингтон, Майлз А.; Крамер, Марк А. (17 сентября 2014 г.). «За пределами коннектома: динамом» . Нейрон . 83 (6): 1319–1328. дои : 10.1016/j.neuron.2014.08.016 . ISSN 1097-4199 . ПМК 4169213 . ПМИД 25233314 .
^ Димитров, Д.С. (май – июнь 2010 г.). «Терапевтические антитела, вакцины и антителомы» . МАБ . 2 (3): 347–56. дои : 10.4161/mabs.2.3.11779 . ПМК 2881260 . ПМИД 20400863 .

[Yadav_2007-1] Ядав СП. (2007). «Целостность в суффиксах -омике, -оме и слове Ом» . Джей Биомол Тех . 18 (5): 277. ПМК 2392988 . ПМИД 18166670 .

[Omics.org-2] «Ошибка 403 (Неверный пользователь)» .

[3] Вэнь, Сики; Ли, Цзяцзя; Ян, Джингру; Ли, Бяо; Ли, На; Чжан, Сяньцюань (2021). «Количественный ацетиломик выявил опосредованные ацетилированием изменения в сети молекулярных путей в нефункциональных нейроэндокринных опухолях гипофиза человека» . Границы эндокринологии . 12 . дои : 10.3389/fendo.2021.753606 . ISSN 1664-2392 . ПМЦ 8546192 . ПМИД 34712204 .

[Yagami_2004-4] Ягами Т., Хайсима И., Цучия Т., Томитака-Ягами А., Кано Х., Мацунага К.; Хайшима; Цучия; Томитака-Ягами; Кано; Мацунага (2004). «Протеомный анализ предполагаемых латексных аллергенов». Инт Ар Аллерги Иммунол . 135 (1): 3–11. дои : 10.1159/000080036 . ПМИД 15286439 . S2CID 35112557 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[Wild-5] Дикий КП (2005). «Дополнение генома «экспосомой»: выдающаяся задача измерения воздействия на окружающую среду в молекулярной эпидемиологии» . Эпидемиол рака. Биомаркеры Пред . 14 (8): 1847–50. doi : 10.1158/1055-9965.EPI-05-0456 . ПМИД 16103423 .

[6] Фазан, Лори; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сеть проблем гигиены труда: Экспосом». arXiv : 0907.3410 [ stat.ME ].

[7] Фейзандье, Лори; Боннетер, Винсент; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сетевой подход к надзору за профессиональными воздействиями на здоровье». arXiv : 0907.3355 [ stat.ME ].

[8] Сифуэнтес, А. (2009). «Анализ пищевых продуктов и фудомика». Журнал хроматографии А. 1216 (43): 7109. doi : 10.1016/j.chroma.2009.09.018 . hdl : 10261/154212 . ПМИД 19765718 .

[OED-Genome-9] "геном, n " . Оксфордский словарь английского языка . Март 2008 года. ^{[ мертвая ссылка ]}

[10] "Дом" . Interferome.org .

[11] «Белковые снимки» . www.the-scientist.com . Архивировано из оригинала 2 декабря 2008 года.

[12] Главная страница - Interactomics. Архивировано 6 июля 2008 г. в Wayback Machine.

[pmid21939287-13] Субраманиам С., Фэйи Э., Гупта С., Суд М., Бирнс Р.В., Коттер Д., Динасарапу А.Р., Маурья М.Р. (2011). «Биоинформатика и системная биология липидома» . Химические обзоры . 111 (10): 6452–6490. дои : 10.1021/cr200295k . ПМЦ 3383319 . ПМИД 21939287 .

[14] Пардо, Мария; Рока-Ривада, Артуро; Сеоане, Луиза Мария; Казануэва, Фелипе Ф. (2012). «Обесидомика: вклад анализа секретома жировой ткани в исследования ожирения» . Эндокринный . 41 (3): 374–383. дои : 10.1007/s12020-012-9617-z . ПМИД 22434412 . S2CID 20503653 .

[15] Шехтер М (15 мая 2014 г.). «О терминах биологии: Парвом» . Учтены мелочи . Проверено 21 апреля 2020 г.

[16] Дэвис Дж., Райан К.С. (2012). «Представляем парвом: биологически активные соединения в микробном мире». АКС Химическая биология . 7 (2): 252–259. дои : 10.1021/cb200337h . ПМИД 22074935 .

[17] (2011) «15-я ПРОГРАММА EBM». Архивировано 26 января 2016 г. на совещании по эволюционной биологии Wayback Machine в Марселе . Проверено 14 декабря 2011 г.

[18] Дов Гринбаум; Николас М. Ласкомб; Рональд Янсен; и др. (2001). «Взаимосвязь различных типов геномных данных, от протеома до секретома: понимание функций» . Геномные исследования . 11 (9): 1463–1468. дои : 10.1101/гр.207401 . ПМИД 11544189 .

[19] Статья BBC о проекте Speechome.

[20] Синтетом

[21] Карлсон, Скотт М.; Гозани, Ор (9 октября 2014 г.). «Новые технологии для картирования метилома белка» . Журнал молекулярной биологии . 426 (20): 3350–3362. дои : 10.1016/j.jmb.2014.04.024 . ISSN 1089-8638 . ПМК 4177301 . ПМИД 24805349 .

[22] Хузер, В.; Чимино, Джей-Джей (2012). «Точность и прогностическая ценность отрицательной связи между ClinicalTrials.gov и PubMed» . Материалы ежегодного симпозиума AMIA . 2012 : 400–408. ПМЦ 3540528 . ПМИД 23304310 .

[23] Бухифд, Мунир; Андерсен, Мелвин Э.; Багдикян, Кристина; Букельхайде, Ким; Крофтон, Кевин М.; Форнас, Альберт Дж.; Клинсанг, Андре; Ли, Хэнхун; Ливи, Каролина (01 января 2015 г.). «Проект человеческого токсома» . АЛЬТЕКС . 32 (2): 112–124. дои : 10.14573/altex.1502091 . ISSN 1868-596X . ПМЦ 4778566 . ПМИД 25742299 .

[24] ДеФелипе, Хавьер (26 ноября 2010 г.). «От коннектома к синаптому: эпическая история любви». Наука . 330 (6008): 1198–1201. Бибкод : 2010Sci...330.1198D . дои : 10.1126/science.1193378 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 21109663 . S2CID 33348231 .

[25] Копелл, Нэнси Дж.; Гриттон, Ховард Дж.; Уиттингтон, Майлз А.; Крамер, Марк А. (17 сентября 2014 г.). «За пределами коннектома: динамом» . Нейрон . 83 (6): 1319–1328. дои : 10.1016/j.neuron.2014.08.016 . ISSN 1097-4199 . ПМК 4169213 . ПМИД 25233314 .

[26] Димитров, Д.С. (май – июнь 2010 г.). «Терапевтические антитела, вакцины и антителомы» . МАБ . 2 (3): 347–56. дои : 10.4161/mabs.2.3.11779 . ПМК 2881260 . ПМИД 20400863 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

[25]

[26]

v т и Геномика
Поля	Когнитивная геномика Вычислительная геномика Сравнительная геномика Функциональная геномика Геномный проект Проект «Геном человека» Метагеномика Проект микробиома человека Пангеномика Персональная геномика Популяционная геномика Социальная геномика Структурная геномика
Биоинформатика	Биочип Хеминформатика Хемогеномика Коннектомика Проект человеческого коннектома Эпигеномика Проект эпигенома человека гликомика Иммуномика Липидомика Метаболомика Микробиомика Нутригеномика Палеополиплоидия Фармакогенетика Фармакогеномика Системная биология Токсикогеномика Транскриптомика
Структурная биология	Протеомика Проект протеома человека Протеомика карты вызовов Структурно-ориентированный дизайн лекарств Экспрессионная протеомика
Инструменты исследования	2-D электрофорез Масс-спектрометр Ионизация электрораспылением Лазерная десорбция ионизация с помощью матрицы Матрично-активированная лазерная десорбция ионизационно-времяпролетный масс-спектрометр Микрофлюидные инструменты Метки изотопного сродства Захват конформации хромосомы
Организации	Банк данных ДНК Японии (JP) Европейская лаборатория молекулярной биологии (ЕС) Национальные институты здравоохранения (США) Wellcome Sanger Institute (Великобритания)
Список Категория