Киноме
В молекулярной биологии , биохимии и клеточной сигнализации кином протеинкиназ организма представляет собой полный набор , закодированных в его геноме . Киназы обычно представляют собой ферменты , которые катализируют реакции фосфорилирования (аминокислот) и делятся на несколько групп и семейств, например, те, которые фосфорилируют аминокислоты серин и треонин , те, которые фосфорилируют тирозин , и некоторые, которые могут фосфорилировать оба, такие как MAP2K и GSK. семьи. Этот термин был впервые использован в 2002 году Джерардом Мэннингом и его коллегами в двух статьях, анализирующих 518 протеинкиназ человека, и относится как к протеинкиназам, так и к протеинкиназам . [ 1 ] и их эволюция протеинкиназ у эукариот. [ 2 ] Другие киномы определены для риса, [ 3 ] некоторые грибы, нематоды и насекомые, морские ежи , [ 4 ] Диктиостелиум дискоидеум , [ 5 ] и процесс заражения микобактерией туберкулеза . [ 6 ] Хотя первичная последовательность протеинкиназ показывает существенные расхождения между несвязанными эукариотами, а аминокислотные различия в каталитических мотивах позволили разделить киномы на канонические и псевдокиназные подтипы, [ 7 ] изменчивость, обнаруженная в аминокислотных мотивах, прилегающих к месту фактического фосфорилирования субстратов эукариотическими киназами, гораздо меньше. [ 8 ]
Поскольку киназы являются основной мишенью для лекарств и основной контрольной точкой в поведении клеток, кином также был целью крупномасштабной функциональной геномики с скринингом РНКи и усилий по поиску лекарств, особенно в терапии рака. [ 9 ]
У животных кином включает киназы, фосфорилирующие только тирозин (тирозинкиназы), те, которые действуют на серин или треонин, а также несколько классов, таких как GSK3 и MAP2K , которые могут действовать на оба. [ нужна ссылка ] Исследования показали, что существуют специализированные белковые домены, которые связываются с фосфорилированными остатками серина и треонина, такие как домены BRCA и FHA . [ нужна ссылка ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Мэннинг Дж., Уайт Д.Б., Мартинес Р., Хантер Т., Сударсанам С. (декабрь 2002 г.). «Протеинкиназный комплемент генома человека». Наука . 298 (5600): 1912–34. Бибкод : 2002Sci...298.1912M . дои : 10.1126/science.1075762 . ПМИД 12471243 . S2CID 26554314 .
- ^ Мэннинг Дж., Пахарь Г.Д., Хантер Т., Сударсанам С. (октябрь 2002 г.). «Эволюция передачи сигналов протеинкиназы от дрожжей к человеку». Тенденции биохимии. Наука . 27 (10): 514–20. дои : 10.1016/S0968-0004(02)02179-5 . ПМИД 12368087 .
- ^ Дардик С., Чен Дж., Рихтер Т., Оуян С., Рональд П. (февраль 2007 г.). «База данных рисовых киназ. Филогеномная база данных рисового кинома» . Физиол растений . 143 (2): 579–86. дои : 10.1104/стр.106.087270 . ПМК 1803753 . ПМИД 17172291 .
- ^ Брэдхэм К.А., Фольц К.Р., Бин В.С. и др. (декабрь 2006 г.). «Киноме морского ежа: первый взгляд» . Дев. Биол . 300 (1): 180–93. дои : 10.1016/j.ydbio.2006.08.074 . ПМИД 17027740 .
- ^ Голдберг Дж.М., Мэннинг Г., Лю А. и др. (март 2006 г.). «Диктиостелиум-кином — анализ протеинкиназ простого модельного организма» . ПЛОС Генет . 2 (3): е38. дои : 10.1371/journal.pgen.0020038 . ПМЦ 1420674 . ПМИД 16596165 .
- ^ Хествик А.Л., Хмама З., Ав-Гай Ю. (октябрь 2003 г.). «Киномный анализ реакции хозяина на микобактериальную инфекцию: новый метод протеомики» . Заразить. Иммунитет . 71 (10): 5514–22. дои : 10.1128/IAI.71.10.5514-5522.2003 . ПМК 201077 . ПМИД 14500469 .
- ^ Рейтерер В., Эйерс П.А., Фархан Х. (2014). «День мертвых: псевдокиназы и псевдофосфатазы в физиологии и заболеваниях». Тенденции в клеточной биологии . 24 (9): 489–505. дои : 10.1016/j.tcb.2014.03.008 . ПМИД 24818526 .
- ^ Дикс С.Х., Парих К., ван дер Сиде М., Джур Дж., Ритсема Т., Пеппеленбош М.П. (2007). Инсолл Р. (ред.). «Доказательства минимального эукариотического фосфопротеома?» . ПЛОС ОДИН . 2 (1): 777. Бибкод : 2007PLoSO...2..777D . дои : 10.1371/journal.pone.0000777 . ЧВК 1945084 . ПМИД 17712425 .
- ^ Уоркман П. (2005). «Лекарственное лечение рака кинома: прогресс и проблемы в разработке персонализированных молекулярных методов лечения рака» . Холодный источник Харб. Симп. Квант. Биол . 70 : 499–515. дои : 10.1101/sqb.2005.70.020 . ПМИД 16869789 .