ORFeome

В молекулярной генетике ORFeome относится к полному набору открытых рамок считывания (ORF) в геноме . Этот термин также может использоваться для описания набора клонированных ORF. ^{[ 1 ]} ORF соответствуют белково-кодирующим последовательностям (CDS) генов . ORF можно обнаружить в последовательностях генома с помощью компьютерных программ, таких как GENSCAN , а затем амплифицировать с помощью ПЦР . Хотя это относительно тривиально для бактерий, проблема нетривиальна для эукариотических геномов из-за присутствия интронов и экзонов , а также вариантов сплайсинга .

Использование в исследованиях

Использование полных ORFeomes отражает новую тенденцию в биологии, которую можно кратко охарактеризовать как омику . ОРФеомы используются для изучения белок-белковых взаимодействий, ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} белковые микрочипы , исследование антигенов, ^{[ 4 ]} и другие области обучения.

Клонированные ORFeomes

Полные наборы ORF были клонированы для ряда организмов, включая Brucella melitensis , ^{[ 5 ]} Хламидии пневмонии , ^{[ 6 ]} Эшерихия коли , ^{[ 7 ]} нейссерия гонорея , ^{[ 8 ]} синегнойная палочка , ^{[ 9 ]} Schizosaccharomyces pombe , золотистый стафилококк ^{[ 10 ]} человека и вирусы герпеса ^{[ 11 ]}

Также был создан частичный человеческий ORFeome. ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

Ссылки

^ Охара, О. (2009). «Клонирование ORFeome». Обратная химическая генетика . Методы молекулярной биологии. Том. 577. стр. 3–9. дои : 10.1007/978-1-60761-232-2_1 . ISBN 978-1-60761-231-5 . ПМИД 19718504 .
^ Титц Б., Раджагопала С.В., Голл Дж., Хойзер Р., Маккевитт М.Т., Палцкилл Т., Уетц П. (2008). Зал N (ред.). «Бинарный белковый интерактом бледной трепонемы — спирохеты сифилиса» . ПЛОС ОДИН . 3 (5): e2292. Бибкод : 2008PLoSO...3.2292T . дои : 10.1371/journal.pone.0002292 . ПМК 2386257 . ПМИД 18509523 .
^ Уетц П., Раджагопала С.В., Донг Я.А., Хаас Дж. (октябрь 2004 г.). «От ORFeomes к картам взаимодействия белков в вирусах» . Геномные исследования . 14 (10Б): 2029–33. дои : 10.1101/гр.2583304 . ПМИД 15489322 .
^ Маккевитт, Мэтью; Бринкман, Мэри Бет; Маклафлин, Мелани; Перес, Карла; Хауэлл, Джеррилин К.; Вайншток, Джордж М.; Норрис, Стивен Дж.; Палцкилл, Тимоти (1 июля 2005 г.). «Геномная идентификация антигенов Treponema pallidum» . Инфекция и иммунитет . 73 (7): 4445–4450. дои : 10.1128/IAI.73.7.4445-4450.2005 . ISSN 0019-9567 . ПМЦ 1168556 . ПМИД 15972547 .
^ Виадас К., Родригес М.К., Гарсия-Вольф Х.М., Сангари Ф.Дж., Лопес-Гони I (октябрь 2009 г.). «Создание и оценка микрочипа полногеномной ДНК бруцелл на основе ORFeome». Микробный патогенез . 47 (4): 189–95. дои : 10.1016/j.micpath.2009.06.002 . ПМИД 19524659 .
^ Майер С.Дж., Майер Р.Х., Вирок Д.П., Маасс М., Хинтнер Х., Бауэр Дж.В., Ондер К. (2012). «Создание очень гибкой и всеобъемлющей коллекции генов, представляющей ORFeome человеческого патогена Chlamydia pneumoniae» . БМК Геномика . 13 :632. дои : 10.1186/1471-2164-13-632 . ПМЦ 3534531 . ПМИД 23157390 .
^ Раджагопала С.В., Ямамото Н., Цвайфель А.Е., Накамичи Т., Хуанг Х.К., Мендес-Риос Дж.Д., Франка-Ко Дж., Бооргана М.П., Фудзита К., Сузуки К., Ху Дж.К., Ваннер Б.Л., Мори Х., Уетц П. (2010). «ORFeome Escherichia coli K-12: ресурс для сравнительной молекулярной микробиологии» . БМК Геномика . 11 : 470. дои : 10.1186/1471-2164-11-470 . ПМК 3091666 . ПМИД 20701780 .
^ Бреттин Т., Альтерр М.Р., Ду Ю., Мейсон Р.М., Фридрих А., Поттер Л., Лэнгфорд С., Келлер Т.Дж., Йенс Дж., Хауи Х., Вейанд Н.Дж., Клэри С., Причард К., Вачокки С., Содергрен Э., Диллард Дж.П., Вайнсток Г. , Со М., Арвидсон К.Г. (2005). «Библиотека с возможностью экспрессии для изучения Neisseria gonorrhoeae, версия 1.0» . БМК Микробиология . 5:50 . дои : 10.1186/1471-2180-5-50 . ПМЦ 1236931 . ПМИД 16137322 .
^ Лабаер Дж., Цю К., Анумантан А., Мар В., Цзо Д., Мурти ТВ, Тайчер Х., Халлек А., Хейнсворт Э., Лори С., Брисуэла Л. (октябрь 2004 г.). «Коллекция генов Pseudomonas aeruginosa PA01» . Геномные исследования . 14 (10Б): 2190–200. дои : 10.1101/гр.2482804 . ПМК 528936 . ПМИД 15489342 .
^ Бранднер С.Дж., Майер Р.Х., Хендерсон Д.С., Хинтнер Х., Бауэр Дж.В., Ондер К. (2008). «ORFeome Staphylococcus aureus v 1.1» . БМК Геномика . 9 : 321. дои : 10.1186/1471-2164-9-321 . ПМЦ 2474624 . ПМИД 18605992 .
^ Фоссум Е, Фридель CC, Раджагопала С.В., Титц Б, Байкер А, Шмидт Т, Краус Т, Стеллбергер Т, Рутенберг С, Сутрам С, Бандиопадьяй С, Роуз Д, фон Брунн А, Ульманн М, Зерецке С, Донг Я., Буле Х., Коегль М., Бейлер С.М., Кошиновски У., Идекер Т., Уетц П., Циммер Р., Хаас Дж. (сентябрь 2009 г.). Сунь Р. (ред.). «Эволюционно консервативные сети взаимодействия герпесвирусных белков» . ПЛОС Патогены . 5 (9): e1000570. дои : 10.1371/journal.ppat.1000570 . ПМЦ 2731838 . ПМИД 19730696 .
^ Ламеш П., Ли Н., Мильштейн С., Фан С., Хао Т., Сабо Г., Ху З, Венкатесан К., Бетель Г., Мартин П., Роджерс Дж., Лоулор С., Макларен С., Дрико А., Борик Х., Кьюсик М.Э., Ванденхаут Дж. , Данэм И., Хилл Д.Э., Видал М. (март 2007 г.). «hORFeome v3.1: ресурс открытых рамок считывания человека, представляющих более 10 000 генов человека» . Геномика . 89 (3): 307–15. дои : 10.1016/j.ygeno.2006.11.012 . ПМЦ 4647941 . ПМИД 17207965 .
^ http://horfdb.dfci.harvard.edu/ Human ORFeome, выпуск 2011 г.

[ORFcloning-1] Охара, О. (2009). «Клонирование ORFeome». Обратная химическая генетика . Методы молекулярной биологии. Том. 577. стр. 3–9. дои : 10.1007/978-1-60761-232-2_1 . ISBN 978-1-60761-231-5 . ПМИД 19718504 .

[TP-2] Титц Б., Раджагопала С.В., Голл Дж., Хойзер Р., Маккевитт М.Т., Палцкилл Т., Уетц П. (2008). Зал N (ред.). «Бинарный белковый интерактом бледной трепонемы — спирохеты сифилиса» . ПЛОС ОДИН . 3 (5): e2292. Бибкод : 2008PLoSO...3.2292T . дои : 10.1371/journal.pone.0002292 . ПМК 2386257 . ПМИД 18509523 .

[virusORfeome-3] Уетц П., Раджагопала С.В., Донг Я.А., Хаас Дж. (октябрь 2004 г.). «От ORFeomes к картам взаимодействия белков в вирусах» . Геномные исследования . 14 (10Б): 2029–33. дои : 10.1101/гр.2583304 . ПМИД 15489322 .

[4] Маккевитт, Мэтью; Бринкман, Мэри Бет; Маклафлин, Мелани; Перес, Карла; Хауэлл, Джеррилин К.; Вайншток, Джордж М.; Норрис, Стивен Дж.; Палцкилл, Тимоти (1 июля 2005 г.). «Геномная идентификация антигенов Treponema pallidum» . Инфекция и иммунитет . 73 (7): 4445–4450. дои : 10.1128/IAI.73.7.4445-4450.2005 . ISSN 0019-9567 . ПМЦ 1168556 . ПМИД 15972547 .

[BmeORFeome-5] Виадас К., Родригес М.К., Гарсия-Вольф Х.М., Сангари Ф.Дж., Лопес-Гони I (октябрь 2009 г.). «Создание и оценка микрочипа полногеномной ДНК бруцелл на основе ORFeome». Микробный патогенез . 47 (4): 189–95. дои : 10.1016/j.micpath.2009.06.002 . ПМИД 19524659 .

[CpnORFeome-6] Майер С.Дж., Майер Р.Х., Вирок Д.П., Маасс М., Хинтнер Х., Бауэр Дж.В., Ондер К. (2012). «Создание очень гибкой и всеобъемлющей коллекции генов, представляющей ORFeome человеческого патогена Chlamydia pneumoniae» . БМК Геномика . 13 :632. дои : 10.1186/1471-2164-13-632 . ПМЦ 3534531 . ПМИД 23157390 .

[EcoliORFeome-7] Раджагопала С.В., Ямамото Н., Цвайфель А.Е., Накамичи Т., Хуанг Х.К., Мендес-Риос Дж.Д., Франка-Ко Дж., Бооргана М.П., Фудзита К., Сузуки К., Ху Дж.К., Ваннер Б.Л., Мори Х., Уетц П. (2010). «ORFeome Escherichia coli K-12: ресурс для сравнительной молекулярной микробиологии» . БМК Геномика . 11 : 470. дои : 10.1186/1471-2164-11-470 . ПМК 3091666 . ПМИД 20701780 .

[Brettin2005-8] Бреттин Т., Альтерр М.Р., Ду Ю., Мейсон Р.М., Фридрих А., Поттер Л., Лэнгфорд С., Келлер Т.Дж., Йенс Дж., Хауи Х., Вейанд Н.Дж., Клэри С., Причард К., Вачокки С., Содергрен Э., Диллард Дж.П., Вайнсток Г. , Со М., Арвидсон К.Г. (2005). «Библиотека с возможностью экспрессии для изучения Neisseria gonorrhoeae, версия 1.0» . БМК Микробиология . 5:50 . дои : 10.1186/1471-2180-5-50 . ПМЦ 1236931 . ПМИД 16137322 .

[Pseudomonas-9] Лабаер Дж., Цю К., Анумантан А., Мар В., Цзо Д., Мурти ТВ, Тайчер Х., Халлек А., Хейнсворт Э., Лори С., Брисуэла Л. (октябрь 2004 г.). «Коллекция генов Pseudomonas aeruginosa PA01» . Геномные исследования . 14 (10Б): 2190–200. дои : 10.1101/гр.2482804 . ПМК 528936 . ПМИД 15489342 .

[SauORFeome-10] Бранднер С.Дж., Майер Р.Х., Хендерсон Д.С., Хинтнер Х., Бауэр Дж.В., Ондер К. (2008). «ORFeome Staphylococcus aureus v 1.1» . БМК Геномика . 9 : 321. дои : 10.1186/1471-2164-9-321 . ПМЦ 2474624 . ПМИД 18605992 .

[herpesORFeome-11] Фоссум Е, Фридель CC, Раджагопала С.В., Титц Б, Байкер А, Шмидт Т, Краус Т, Стеллбергер Т, Рутенберг С, Сутрам С, Бандиопадьяй С, Роуз Д, фон Брунн А, Ульманн М, Зерецке С, Донг Я., Буле Х., Коегль М., Бейлер С.М., Кошиновски У., Идекер Т., Уетц П., Циммер Р., Хаас Дж. (сентябрь 2009 г.). Сунь Р. (ред.). «Эволюционно консервативные сети взаимодействия герпесвирусных белков» . ПЛОС Патогены . 5 (9): e1000570. дои : 10.1371/journal.ppat.1000570 . ПМЦ 2731838 . ПМИД 19730696 .

[12] Ламеш П., Ли Н., Мильштейн С., Фан С., Хао Т., Сабо Г., Ху З, Венкатесан К., Бетель Г., Мартин П., Роджерс Дж., Лоулор С., Макларен С., Дрико А., Борик Х., Кьюсик М.Э., Ванденхаут Дж. , Данэм И., Хилл Д.Э., Видал М. (март 2007 г.). «hORFeome v3.1: ресурс открытых рамок считывания человека, представляющих более 10 000 генов человека» . Геномика . 89 (3): 307–15. дои : 10.1016/j.ygeno.2006.11.012 . ПМЦ 4647941 . ПМИД 17207965 .

[13] ttp://horfdb.dfci.harvard.edu/ Human ORFeome, выпуск 2011 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]