Топоним
Топоном — пространственный сетевой код белков и других биомолекул в морфологически неповреждённых клетках и тканях . [ 1 ] Он картируется и декодируется с помощью визуализирующей циклической микроскопии (ICM) in situ, позволяющей картировать многие тысячи супермолекул в одном образце (срезе ткани или образце клеток с высоким субклеточным разрешением). Термин «топоном» происходит от древнегреческих существительных «топос» (τόπος: «место, положение») и «номос» (νόμος: «закон»), а термин « топономика » относится к изучению топонома. Его представил Вальтер Шуберт в 2003 году. [ 2 ] Он учитывает тот факт, что сеть биомолекул в клетках и тканях следует топологическим правилам, обеспечивающим скоординированные действия. Например, топоном клеточной поверхности обеспечивает код пространственного взаимодействия белков для выполнения движения клетки, «код поведения». [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] Это существенно зависит от конкретного пространственного расположения сходных и разнородных составов супермолекул (композиционной периодичности) с определенным пространственным порядком вдоль поверхностной мембраны клетки. Этот пространственный порядок периодически повторяется, когда клетка пытается перейти в исследовательское состояние из сферического состояния (пространственная периодичность). [ 5 ] Этот пространственный код топонома иерархически организован с использованием свинцовой биомолекулы, анти-совместной (отсутствующей) биомолекулы. [ 2 ] [ 3 ] и молекулы с подстановочными знаками, которые по-разному связаны с ведущей биомолекулой(ами). Было показано, что ингибирование молекул(ы) свинца в поверхностной мембране приводит к разборке соответствующей биомолекулярной сети и потере функции. [ 3 ] [ 4 ]
Цитаты
[ редактировать ]- ^ Шуберт, В. (2013). «Топономика». Энциклопедия системной биологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 2191–2212. дои : 10.1007/978-1-4419-9863-7_631 . ISBN 978-1-4419-9862-0 .
- ^ Перейти обратно: а б с Шуберт, В. (2003). Топологическая протеомика, Топономика, МЭЛК-технология . Том. 83. стр. 189–209. дои : 10.1007/3-540-36459-5_8 . ISBN 978-3-540-00546-9 . ПМИД 12934931 .
{{cite book}}:|journal=игнорируется ( помогите ) - ^ Перейти обратно: а б с Шуберт, Вальтер; Боннеко, Бернд; Поммер, Ансгар Дж; Филипсен, Ларс; Бёкельманн, Райк; Малых, Янина; Голлник, Харальд; Фриденбергер, Мануэла; Боде, Маркус; Платье, Андреас В.М. (1 октября 2006 г.). «Анализ топологии и функции протеома с помощью автоматизированной многомерной флуоресцентной микроскопии». Природная биотехнология . 24 (10): 1270–1278. дои : 10.1038/nbt1250 . ПМИД 17013374 . S2CID 30436820 .
- ^ Перейти обратно: а б Шуберт, Вальтер (15 сентября 2010 г.). «О происхождении функций клетки, закодированных в топономе». Журнал биотехнологии . 149 (4): 252–259. doi : 10.1016/j.jbiotec.2010.03.009 . ПМИД 20362632 .
- ^ Шуберт, Вальтер (январь 2014 г.). «Систематическая пространственная визуализация больших мультимолекулярных ансамблей и возникающие принципы супрамолекулярного порядка в биологических системах» . Журнал молекулярного распознавания . 27 (1): 3–18. дои : 10.1002/jmr.2326 . ПМК 4283051 . ПМИД 24375580 .