секретом

Секретом экспрессируемых — совокупность белков, организмом и секретируемых во внеклеточное пространство . У людей это подмножество протеома включает 13-20% всех белков, включая цитокины , факторы роста , белки и регуляторы внеклеточного матрикса , а также рецепторы. Секретом конкретной ткани можно измерить с помощью масс-спектрометрии , и его анализ представляет собой тип протеомики, известный как секретомика .

Определение

Термин секретом был придуман Тьялсмой и его коллегами в 2004 году для обозначения всех факторов, секретируемых клеткой, а также компонентов секреторного пути. ^[1] В 2010 году определение секретома было пересмотрено и теперь включает только белки, секретируемые во внеклеточное пространство. ^[2] Связанные понятия включают матрисому , которая представляет собой подмножество секретома, включающее белки внеклеточного матрикса и связанные с ними белки; ^[3] рецептом , включающий все мембранные рецепторы, ^[4] и адгесома , которая включает все белки, участвующие в клеточной адгезии . ^[5]^[6]

Количественная оценка

Секретируемые белки у человека составляют 13–20% всего протеома и включают факторы роста, хемокины, цитокины, молекулы адгезии, протеазы и шед-рецепторы. ^[2] Гены, кодирующие белки человека (39%, 19613 генов ^[7]), как предсказывают, содержат либо сигнальный пептид и/или по крайней мере одну трансмембранную область, что предполагает активный транспорт соответствующего белка из клетки (секреция) или расположение в одной из многочисленных мембранных систем в клетке. Все больше данных показывает, что, помимо белкового груза, небелковые компоненты, такие как липиды, микроРНК и информационная РНК, также могут секретироваться клетками через обе микровезикулы (диаметром 100–>1000 нм), выделяясь из плазматическая мембрана - и экзосомы (диаметром 30–150 нм) - высвобождаются в результате эндосомального экзоцитоза. ^[8] Факторы, присутствующие в обеих этих органеллах, составляют до 42% секретома и включены в состав коллективного секретома. ^[9] Существует широкий спектр методологий, доступных для изучения клеточного секретома растительных клеток, клеток млекопитающих, стволовых клеток и раковых клеток. ^[9]

См. также

Ссылки

^ Тьялсма, Х.; Антельманн, Х.; Джонгблуд, JDH; Браун, П.Г.; Дармон, Э.; Доренбос, Р.; Дюбуа, Ж.-Ю.Ф.; Вестерс, Х.; Занен, Г.; Квакс, WJ; Койперс, ОП; Брон, С.; Хекер, М.; ван Дейл, JM (8 июня 2004 г.). «Протеомика секреции белка Bacillus subtilis: разделение «тайн» секретома» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 68 (2): 207–233. дои : 10.1128/MMBR.68.2.207-233.2004 . ПМК 419921 . ПМИД 15187182 .
^ Jump up to: ^а ^б Агравал Г.К., Джва Н.С., Лебрен М.Х., Джоб Д., Раквал Р. (февраль 2010 г.). «Секретом растений: раскрытие секретов секретируемых белков». Протеомика . 10 (4): 799–827. дои : 10.1002/pmic.200900514 . ПМИД 19953550 . S2CID 20647387 .
^ Хайнс, Р.О.; Наба, А. (21 сентября 2011 г.). «Обзор матрисомы - перечень компонентов и функций внеклеточного матрикса» . Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии . 4 (1): а004903. doi : 10.1101/cshperspect.a004903 . ПМЦ 3249625 . ПМИД 21937732 .
^ Бен-Шломо, И.; Ю Сюй, С.; Раух, Р.; Ковальски, Х.В.; Сюэ, AJW (17 июня 2003 г.). «Сигнальный рецептор: геномная и эволюционная перспектива рецепторов плазматической мембраны, участвующих в передаче сигнала». Научная сигнализация . 2003 (187): re9. дои : 10.1126/stke.2003.187.re9 . ПМИД 12815191 . S2CID 12803444 .
^ Зайдель-Бар, Ронен; Ицковиц, Шалев; Мааян, Ави; Айенгар, Рави; Гейгер, Бенджамин (август 2007 г.). «Функциональный атлас интегринового адгезима» . Природная клеточная биология . 9 (8): 858–867. дои : 10.1038/ncb0807-858 . ПМЦ 2735470 . ПМИД 17671451 .
^ Хортон, Эдвард Р.; Байрон, Адам; Аскари, Джанет А.; Нг, Дэниел Х.Дж.; Мийон-Фремийон, Анжелика; Робертсон, Джозеф; Копер, Ева Дж.; Пол, Никки Р.; Уорвуд, Стейси; Найт, Дэвид; Хамфрис, Джонатан Д.; Хамфрис, Мартин Дж. (19 октября 2015 г.). «Определение консенсусной интегриновой адгезии и ее динамики во время сборки и разборки комплекса адгезии» . Природная клеточная биология . 17 (12): 1577–1587. дои : 10.1038/ncb3257 . ПМЦ 4663675 . ПМИД 26479319 .
^ Улен М., Фагерберг Л., Халльстрем Б.М., Линдског С., Оксволд П., Мардиноглу А. и др. (январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука . 347 (6220): 1260419. doi : 10.1126/science.1260419 . ПМИД 25613900 . S2CID 802377 .
^ Сюй Р., Грининг Д.В., Чжу Х.Дж., Такахаши Н., Симпсон Р.Дж. (апрель 2016 г.). «Выделение и характеристика внеклеточных пузырьков: к клиническому применению» . Журнал клинических исследований . 126 (4): 1152–62. дои : 10.1172/JCI81129 . ПМЦ 4811150 . ПМИД 27035807 .
^ Jump up to: ^а ^б Мукерджи П., Мани С. (ноябрь 2013 г.). «Методы расшифровки клеточного секретома» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1834 (11): 2226–32. дои : 10.1016/j.bbapap.2013.01.022 . ПМЦ 3652893 . ПМИД 23376189 .

Дальнейшее чтение

Секретом в алфавитном списке омов и омиков Omics.org
Лам Джи, Мин XJ (2011). «FunSecKB: База знаний по секретомам грибов» . База данных . 2011 : бар001. дои : 10.1093/база данных/bar001 . ПМЦ 3263735 . ПМИД 21300622 .
Мейнкен Дж., Уокер Дж., Купер С.Р., Мин XJ (2015). «MetazSecKB: база знаний о секретомах человека и животных и субклеточных протеомах» . База данных . 2015 : bav077. дои : 10.1093/база данных/bav077 . ПМЦ 4529745 . ПМИД 26255309 .

[1] Тьялсма, Х.; Антельманн, Х.; Джонгблуд, JDH; Браун, П.Г.; Дармон, Э.; Доренбос, Р.; Дюбуа, Ж.-Ю.Ф.; Вестерс, Х.; Занен, Г.; Квакс, WJ; Койперс, ОП; Брон, С.; Хекер, М.; ван Дейл, JM (8 июня 2004 г.). «Протеомика секреции белка Bacillus subtilis: разделение «тайн» секретома» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 68 (2): 207–233. дои : 10.1128/MMBR.68.2.207-233.2004 . ПМК 419921 . ПМИД 15187182 .

[pmid19953550-2] Jump up to: ^а ^б Агравал Г.К., Джва Н.С., Лебрен М.Х., Джоб Д., Раквал Р. (февраль 2010 г.). «Секретом растений: раскрытие секретов секретируемых белков». Протеомика . 10 (4): 799–827. дои : 10.1002/pmic.200900514 . ПМИД 19953550 . S2CID 20647387 .

[3] Хайнс, Р.О.; Наба, А. (21 сентября 2011 г.). «Обзор матрисомы - перечень компонентов и функций внеклеточного матрикса» . Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии . 4 (1): а004903. doi : 10.1101/cshperspect.a004903 . ПМЦ 3249625 . ПМИД 21937732 .

[4] Бен-Шломо, И.; Ю Сюй, С.; Раух, Р.; Ковальски, Х.В.; Сюэ, AJW (17 июня 2003 г.). «Сигнальный рецептор: геномная и эволюционная перспектива рецепторов плазматической мембраны, участвующих в передаче сигнала». Научная сигнализация . 2003 (187): re9. дои : 10.1126/stke.2003.187.re9 . ПМИД 12815191 . S2CID 12803444 .

[5] Зайдель-Бар, Ронен; Ицковиц, Шалев; Мааян, Ави; Айенгар, Рави; Гейгер, Бенджамин (август 2007 г.). «Функциональный атлас интегринового адгезима» . Природная клеточная биология . 9 (8): 858–867. дои : 10.1038/ncb0807-858 . ПМЦ 2735470 . ПМИД 17671451 .

[6] Хортон, Эдвард Р.; Байрон, Адам; Аскари, Джанет А.; Нг, Дэниел Х.Дж.; Мийон-Фремийон, Анжелика; Робертсон, Джозеф; Копер, Ева Дж.; Пол, Никки Р.; Уорвуд, Стейси; Найт, Дэвид; Хамфрис, Джонатан Д.; Хамфрис, Мартин Дж. (19 октября 2015 г.). «Определение консенсусной интегриновой адгезии и ее динамики во время сборки и разборки комплекса адгезии» . Природная клеточная биология . 17 (12): 1577–1587. дои : 10.1038/ncb3257 . ПМЦ 4663675 . ПМИД 26479319 .

[pmid25613900-7] Улен М., Фагерберг Л., Халльстрем Б.М., Линдског С., Оксволд П., Мардиноглу А. и др. (январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука . 347 (6220): 1260419. doi : 10.1126/science.1260419 . ПМИД 25613900 . S2CID 802377 .

[pmid27035807-8] Сюй Р., Грининг Д.В., Чжу Х.Дж., Такахаши Н., Симпсон Р.Дж. (апрель 2016 г.). «Выделение и характеристика внеклеточных пузырьков: к клиническому применению» . Журнал клинических исследований . 126 (4): 1152–62. дои : 10.1172/JCI81129 . ПМЦ 4811150 . ПМИД 27035807 .

[pmid23376189-9] Jump up to: ^а ^б Мукерджи П., Мани С. (ноябрь 2013 г.). «Методы расшифровки клеточного секретома» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1834 (11): 2226–32. дои : 10.1016/j.bbapap.2013.01.022 . ПМЦ 3652893 . ПМИД 23376189 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]