Онлайн-база данных геномов

База данных Genomes OnLine (GOLD) — это веб-ресурс, содержащий исчерпывающую информацию о проектах секвенирования генома и метагенома , а также связанных с ними метаданных по всему миру. ^[1] С 2011 года база данных GOLD находится в ведении Объединенного института генома Министерства энергетики США.

База данных GOLD была создана в 1997 году; первая версия базы данных содержала информацию о 350 проектах секвенирования, из которых 48 были полностью секвенированы с опубликованными результатами анализа. ^[1]

GOLD v.5 был выпущен 28 мая 2014 г. По состоянию на 5 августа 2015 г. ^[update]База данных GOLD содержит информацию о 67 879 проектах секвенирования генома , из которых 7 210 уже завершены. ^[2]

Чтобы облегчить сравнительный анализ информации в GOLD и других базах данных (например, GenBank и EMBL ), GOLD поддерживает минимальных информационных стандартов, спецификации метаданных рекомендованные Консорциумом геномных стандартов , в частности, MIxS (Минимальная информация о любых ( x) Спецификация последовательности. ^[2] GOLD также позволяет аннотировать геномы или метагеномы с использованием интегрированной системы микробных геномов JGI Министерства энергетики США и имеет ссылки на BioMed Central центральный журнал в области геномных наук , что позволяет публиковать (мета)геномные данные. ^[2]^[3]

См. также

МикробыОнлайн

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Кирпидес, Северная Каролина (сентябрь 1999 г.). «Онлайн-база данных геномов (GOLD 1.0): мониторинг полных и текущих геномных проектов по всему миру» . Биоинформатика . 15 (9): 773–4. дои : 10.1093/биоинформатика/15.9.773 . ПМИД 10498782 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Редди, ТБК; Томас, AD; Стаматис, Д.; Берч, Дж.; Исбанди, М.; Янссон, Дж.; Маллайосюла, Дж.; Пагани, И.; Лобос, Э.А.; Кирпидес, Северная Каролина (27 октября 2014 г.). «Онлайн-база данных Genomes (GOLD) v.5: система управления метаданными, основанная на четырехуровневой классификации проектов (мета)геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Д1): Д1099–Д1106. дои : 10.1093/нар/gku950 . ПМК 4384021 . ПМИД 25348402 .
^ «JGI GOLD — Дом» . Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года . Проверено 5 августа 2015 г.

Внешние ссылки

[pmid10498782-1] Перейти обратно: ^а ^б Кирпидес, Северная Каролина (сентябрь 1999 г.). «Онлайн-база данных геномов (GOLD 1.0): мониторинг полных и текущих геномных проектов по всему миру» . Биоинформатика . 15 (9): 773–4. дои : 10.1093/биоинформатика/15.9.773 . ПМИД 10498782 .

[v5-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с Редди, ТБК; Томас, AD; Стаматис, Д.; Берч, Дж.; Исбанди, М.; Янссон, Дж.; Маллайосюла, Дж.; Пагани, И.; Лобос, Э.А.; Кирпидес, Северная Каролина (27 октября 2014 г.). «Онлайн-база данных Genomes (GOLD) v.5: система управления метаданными, основанная на четырехуровневой классификации проектов (мета)геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Д1): Д1099–Д1106. дои : 10.1093/нар/gku950 . ПМК 4384021 . ПМИД 25348402 .

[home-3] «JGI GOLD — Дом» . Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года . Проверено 5 августа 2015 г.

[1]

[2]

[3]