Консорциум геномных стандартов
Консорциум геномных стандартов (GSC) — это инициатива, направленная на более подробное описание нашей коллекции геномов, метагеномов и маркерных генов. Основанная в сентябре 2005 года, [1] в это международное сообщество входят представители ряда крупных центров секвенирования и биоинформатики (включая NCBI , EMBL , DDBJ , JCVI , JGI , EBI , Sanger , Fig) и исследовательских институтов. Целью GSC является продвижение механизмов стандартизации описания (мета)геномов, включая обмен и интеграцию (мета)геномных данных. Число и темпы проектов геномного и метагеномного секвенирования будут только увеличиваться по мере того, как использование методов сверхвысокой производительности станет обычным явлением, а стандарты станут жизненно важными для научного прогресса и обмена данными .
Миссия
[ редактировать ]Стандарты, инициируемые сообществом, имеют больше шансов на успех, если они разрабатываются под эгидой международных рабочих групп. В число участников GSC входят биологи, ученые-компьютерщики, те, кто создает геномные базы данных и проводит крупномасштабные сравнительные геномные анализы, а также те, кто имеет опыт разработки стандартов на уровне сообществ. Миссия GSC заключается в работе с более широким сообществом в целях:
- внедрение новых геномных стандартов
- методы сбора и обмена метаданными
- гармонизация усилий по сбору и анализу метаданных в рамках более широкого геномного сообщества
Выполнение этой миссии путем проведения личных встреч, формирования рабочих групп и создания консенсусных продуктов, которые могут быть широко использованы в этом сообществе. Объединение следователей, работающих в разных системах, для работы над общей проблемой. [2]
MIGS/MIMS/MIMARKS и другие проекты
[ редактировать ]GSC опубликовал спецификацию «Минимальная информация о (мета)геномной последовательности» и в настоящее время завершил разработку спецификации «Минимальная информация о последовательности окружающей среды». MIGS/MIMS/MIMARKS расширяет минимальную информацию, уже собранную в архивах первичных нуклеотидных последовательностей ( INSDC или DDBJ/ENA/GenBank). Разработка любого контрольного списка должна быть открытым и повторяющимся процессом, в котором участвует сбалансированная группа участников. Кроме того, этот процесс разработки должен поддерживаться путем предоставления механизмов для достижения соответствия, если контрольный список будет принят в качестве инструмента стандартизации конкретной области знаний. Работа над достижением этой цели породила ряд взаимосвязанных проектов, которые более подробно описаны здесь: Проекты GSC . К ним относятся язык разметки геномных контекстных данных (GCDML), Genomic Rosetta Stone (GRS), Habitat-Lite. Среди новых проектов – проект M5.
Связи с другими группами
[ редактировать ]GSC заинтересован в установлении и развитии связей с другими сообществами. Как говорилось выше, GSC занимается разработкой онтологий в рамках OBO Foundry . GSC также является одним из основателей сообщества « Минимальная информация о биомедицинских или биологических исследованиях» (MIBBI) , зонтичного сообщества для поддержки и координации разработки контрольных списков, описывающих минимальные информационные стандарты .
GSC и Проект «Микробиом Земли» поддерживают формат файла «Матрица биологических наблюдений» (BIOM), открытый формат файла на основе JSON для представления произвольных наблюдений с помощью таблиц непредвиденных обстоятельств образцов со соответствующими метаданными образцов и наблюдений. [3]
Публикации
[ редактировать ]GSC поддерживает список публикаций на своей вики- GSC Publications . В этот список вошли отчеты со всех семинаров, статьи из специального выпуска журнала OMICS о стандартах данных, а также публикации с описанием спецификаций MIGS/MIMS и MIMARKS в журнале Nature Biotechnology (май 2008 г. и май 2011 г. соответственно). GSC также опубликовал серию статей «Консорциум по геномным стандартам и за его пределами» в журнале GigaScience . [4] [2]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Поле, Рассвет; Амарал-Зеттлер, Линда; Кокрейн, Гай; Коул, Джеймс Р.; Давиндт, Питер; Гаррити, Джордж М.; Гилберт, Джек; Глекнер, Фрэнк Оливер; Хиршман, Линетт; Карш-Мизрачи, Илен; Кленк, Ханс-Петер (21 июня 2011 г.). «Консорциум геномных стандартов» . ПЛОС Биология . 9 (6): e1001088. дои : 10.1371/journal.pbio.1001088 . ISSN 1545-7885 . ПМК 3119656 . ПМИД 21713030 .
- ^ Перейти обратно: а б Шримл, Линн М. (1 января 2022 г.). «Десятилетие GigaScience: 10 лет развития ландшафта геномных и биомедицинских стандартов» . ГигаСайенс . 11 : giac047. doi : 10.1093/gigascience/giac047 . ISSN 2047-217X . ПМЦ 9112763 . ПМИД 35579551 .
- ^ Макдональд, Дэниел; Клементе, Хосе С; Кучински, Джастин; Райдаут, Джай Рам; Стомбо, Джесси; Вендел, Дуг; Вилке, Андреас; Хьюз, Сьюзен; Хафнагл, Джон; Мейер, Фолкер; Найт, Роб (01 декабря 2012 г.). «Формат Матрицы биологических наблюдений (БИОМ) или: как я научилась не волноваться и полюбила оме-оме» . ГигаСайенс . 1 (1): 2047–217X–1–7. дои : 10.1186/2047-217X-1-7 . ISSN 2047-217X . ПМК 3626512 . ПМИД 23587224 .
- ^ «Консорциум по геномным стандартам и не только» . Оксфордский академический . Проверено 26 мая 2022 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]| Международный | |
|---|---|
| Национальный | |
