Минимальный информационный стандарт
Стандарты минимальной информации — это наборы руководящих указаний и форматов для представления данных, полученных с помощью конкретных высокопроизводительных методов. Их цель состоит в том, чтобы гарантировать, что данные, полученные с помощью этих методов, могут быть легко проверены, проанализированы и интерпретированы более широким научным сообществом . В конечном итоге они облегчают передачу данных из журнальных статей (неструктурированные данные) в базы данных (структурированные данные) в форме, позволяющей анализировать данные из нескольких наборов данных. Минимальные информационные стандарты доступны для самых разных типов экспериментов, включая микрочипы ( MIAME ), RNAseq ( MINSEQE ), метаболомику (MSI) и протеомику ( MIAPE ). [1]
Минимальные информационные стандарты обычно состоят из двух частей. Во-первых, существует набор требований к отчетности, обычно представленных в виде таблицы или контрольного списка. Во-вторых, есть формат данных. Информацию об эксперименте необходимо преобразовать в соответствующий формат данных, чтобы ее можно было отправить в соответствующую базу данных. В случае MIAME формат данных предоставляется в формате электронной таблицы (MAGE-TAB). Некоторые сообщества, поддерживающие минимальные информационные стандарты, также предоставляют инструменты, помогающие исследователям-экспериментаторам аннотировать свои данные. [1]
Стандарты МИ [ править ]
Индивидуальные минимальные информационные стандарты вводятся сообществами междисциплинарных специалистов, ориентированных на проблематику конкретного метода, используемого в экспериментальной биологии. Затем стандарты определяют, какая информация об экспериментах ( метаданные ) имеет решающее значение и важна для сообщения вместе с полученными данными, чтобы сделать их всеобъемлющими. [2] [3] Потребность в такой стандартизации во многом обусловлена разработкой высокопроизводительных экспериментальных методов, которые предоставляют огромные объемы данных. Разработка минимальных информационных стандартов различных методов с 2008 года гармонизируется проектом «Минимум информации о биомедицинских или биологических исследованиях» (МИББИ). [4]
об эксперименте по фенотипированию растений MIAPPE, Минимальная информация
MIAPPE — это открытый проект, управляемый сообществом и направленный на гармонизацию данных экспериментов по фенотипированию растений. MIAPPE включает в себя концептуальный контрольный список метаданных, необходимых для адекватного описания эксперимента по фенотипированию растений.
, Минимальная информация для публикации экспериментов по количественной ПЦР в времени реальном MIQE
Эти рекомендации, опубликованные в 2009 году, легли в основу требований многих журналов при подаче данных QPCR, но, к сожалению, они соблюдаются недостаточно. [5]
MIAME, экспрессии генов микрочип
Минимальная информация об эксперименте с микрочипами (MIAME) [3] описывает Минимальную информацию об эксперименте с микроматрицей, которая необходима для однозначной интерпретации результатов эксперимента и потенциального воспроизведения эксперимента, и направлена на облегчение распространения данных экспериментов с микрочипами. Он был опубликован Обществом FGED в 2001 году и стал первым опубликованным стандартом минимальной информации для высокопроизводительных экспериментов в области наук о жизни.
MIAME содержит ряд расширений для охвата конкретных биологических доменов, включая MIAME-env, MIAME-nut и MIAME-tox, охватывающих геномику окружающей среды, геномику питания и токсигеномику соответственно.
: Минимальная информация о исследовании нейробиологическом МИНИ
: Электрофизиология МИНИ
Электрофизиология — это технология, используемая для изучения электрических свойств биологических клеток и тканей. Электрофизиология обычно включает в себя измерения изменения напряжения или потока электрического тока в самых разных масштабах: от белков с одним ионным каналом до целых тканей. Этот документ представляет собой единый модуль, входящий в семейство руководящих документов по отчетности «Минимальная информация о нейробиологическом расследовании» (MINI), созданных в результате консультаций с сообществом и постоянно доступных для общественного обсуждения. Модуль MINI представляет собой минимальную информацию, которую следует сообщить о наборе данных, чтобы облегчить вычислительный доступ и анализ, чтобы позволить читателю интерпретировать и критически оценить выполненные процессы и сделанные выводы, а также поддержать их экспериментальное подтверждение. На практике модуль MINI содержит контрольный список информации, которая должна быть предоставлена (например, об используемых протоколах), когда набор данных описывается для публикации. Полную спецификацию модуля MINI можно найти здесь. [6]
, RNAi эксперимент MIARE
Минимальная информация об эксперименте RNAi (MIARE) — это руководство по предоставлению данных , которое описывает минимальную информацию, которую следует сообщать об эксперименте RNAi, чтобы обеспечить однозначную интерпретацию и воспроизведение результатов.
MIACA, клеточный анализ [ править ]
Достижения в области геномики и функциональной геномики позволили провести крупномасштабный анализ функций генов и белков посредством высокопроизводительного клеточного биологического анализа. Таким образом, клетки в культуре можно подвергать воздействию in vitro, а вызванные эффекты фиксировать и анализировать. Возмущения могут быть вызваны несколькими способами, например, с помощью молекул (миРНК, экспрессионных конструкций, небольших химических соединений, лигандов для рецепторов и т. д.), стрессов окружающей среды (таких как изменение температуры, сывороточное голодание, кислородное голодание и т. д.) или их комбинации. Клеточные реакции на такие возмущения анализируются, чтобы идентифицировать молекулярные события в рассматриваемых биологических процессах и понять биологические принципы.Мы предлагаем «Минимальную информацию о клеточном анализе» (MIACA) для составления отчетов о клеточном анализе и CA-OM, модульную объектную модель клеточного анализа, для облегчения обмена данными и сопутствующей информацией, а также для сравнения и интеграции данных, полученных из разных источников. хотя и дополняющие друг друга подходы, а также для разъяснения принципов более высокого порядка. Документы, описывающие MIACA, доступны и содержат дополнительную информацию, а также контрольный список терминов, которые следует указывать.
МИАПЕ, протеомные эксперименты [ править ]
Документы «Минимальная информация о протеомном эксперименте» описывают информацию, которая должна быть предоставлена вместе с протеомным экспериментом. В родительском документе описаны процессы и принципы, лежащие в основе разработки серии документов по конкретной предметной области, которые теперь охватывают все аспекты рабочего процесса протеомики на основе MS.
, молекулярные взаимодействия MIMIx
Этот документ был разработан и поддерживается отделом молекулярного взаимодействия HUPO-PSI (www.psidev.info) и описывает минимальную информацию об эксперименте по молекулярному взаимодействию.
МИАПАР, реагенты для определения белкам к сродства
«Минимальная информация о реагенте для определения сродства к белкам» была разработана и поддерживается в рамках рабочего направления «Молекулярное взаимодействие» HUPO-PSI (www.psidev.info) совместно с HUPO Antibody Initiative и европейским консорциумом производителей связующих веществ и направлена на то, чтобы побудить пользователей улучшить описание связывающих реагентов, таких как антитела, используемых в процессе идентификации белков.
MIABE, биоактивные вещества [ править ]
«Минимальная информация о биоактивном веществе» была подготовлена представителями как крупных фармацевтических компаний, так и научных кругов, которые стремятся улучшить описание обычно небольших молекул, которые связываются с конкретными мишенями в живом организме и потенциально модулируют их активность. Этот документ охватывает молекулы, подобные лекарствам, а также гербициды, пестициды и пищевые добавки. В основном он поддерживается в рамках отраслевой программы EMBL-EBI (www.ebi.ac.uk/industry).
MIGS/MIMS, последовательности метагенома / генома
Эта спецификация разрабатывается Консорциумом геномных стандартов.
, проточная цитометрия MIFlowCyt
об эксперименте по проточной информация Минимальная цитометрии
Минимальная информация об эксперименте по проточной цитометрии (MIFlowCyt) — это стандарт, относящийся к проточной цитометрии , который устанавливает критерии для записи информации об обзоре эксперимента, образцах, инструментах и анализе данных. [2] Он способствует последовательному аннотированию клинических, биологических и технических вопросов, связанных с экспериментом по проточной цитометрии . [2] [7] [8]
, Эксперименты по гибридизации и иммуногистохимии situ in MISFISHIE
![[икона]](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1c/Wiki_letter_w_cropped.svg/20px-Wiki_letter_w_cropped.svg.png){kind=small} | Этот раздел пуст. Вы можете помочь, добавив к нему . ( февраль 2013 г. ) |
, Филогенетический анализ MIAPA
Критерии минимальной информации о филогенетическом анализе были описаны в 2006 году. [9]
МИРАЖ, гликомика [ править ]
Проект MIRAGE поддерживается и координируется Институтом Байльштейна с целью разработки руководящих принципов обработки и обработки данных в исследованиях гликомики [1]. [10] [11]
МИАО, ОРФ [ править ]
| Этот раздел пуст. Вы можете помочь, добавив к нему . ( февраль 2013 г. ) |
, МЕТаболомический эксперимент МИАМЕТ
| Этот раздел пуст. Вы можете помочь, добавив к нему . ( февраль 2013 г. ) |
MIAFGE, Эксперимент геномике функциональной по
| Этот раздел пуст. Вы можете помочь, добавив к нему . ( февраль 2013 г. ) |
МИРИАМ, Минимальная информация, необходимая в аннотации к моделям [ править ]
Минимальная информация, необходимая для аннотаций моделей ( МИРИАМ ), представляет собой набор правил для создания и аннотирования количественных моделей биологических систем.
информация о симуляционном эксперименте , Минимальная MIASE
Минимальная информация о симуляционном эксперименте ( MIASE ) — это попытка стандартизировать описание симуляционных экспериментов в области системной биологии.
CIMR, Основная информация для метаболомике отчетности по
| Этот раздел пуст. Вы можете помочь, добавив к нему . ( июль 2020 г. ) |
представления энзимологических данных Стандарты СТРЕНДА ,
Стандарты представления энзимологических данных ( STRENDA ) — это инициатива, которая специально направлена на разработку руководящих принципов отчетности (описания метаданных) энзимологических экспериментов с целью улучшения качества энзимологических данных, публикуемых в научной литературе.
Ссылки [ править ]
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б ЭМБЛ-ЭБИ. «Минимальные информационные стандарты | Биоинформатика для напуганных» . Проверено 28 июня 2021 г.
В эту статью включен текст, доступный по лицензии CC BY 4.0 . - ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Ли, Джейми А.; Спидлен, Йозеф; Бойс, Кейт; Кай, Дженнифер; Кросби, Николас; Дальфин, Марк; Ферлонг, Джефф; Гаспаретто, Маура; Гольдберг, Майкл; Горальчик, Элизабет М.; Хён, Билл; Янсен, Кирстин; Коллманн, Тобиас; Конг, Меган; Лейф, Роберт; МакВини, Шеннон; Молошок, Томас Д.; Мур, Уэйн; Нолан, Гарри; Нолан, Джон; Николич-Зугич, Янко; Пэрриш, Дэвид; Перселл, Барклай; Цянь, Ю; Сельварадж, Бирунтха; Смит, Клейтон; Чуваткина, Ольга; Вертхаймер, Энн; Уилкинсон, Питер; Уилсон, Кристофер; Вуд, Джеймс; Зигон, Роберт; Шойерманн, Ричард Х.; Бринкман, Райан Р. (1 октября 2008 г.). «MIFlowCyt: Минимальная информация об эксперименте по проточной цитометрии» . Цитометрия Часть А. 73 (10): 926–930. doi : 10.1002/cyto.a.20623 . ПМЦ 2773297 . ПМИД 18752282 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Бразма, Алвис; Хингамп, Паскаль; Квакенбуш, Джон; Шерлок, Гэвин; Спеллман, Пол; Стокерт, Крис; Аах, Джон; Ансорж, Вильгельм; Болл, Кэтрин А.; Костон, Хелен С.; Гаастерланд, Терри; Глениссон, Патрик; Холстеге, Фрэнк КП; Ким, Ирен Ф.; Марковиц, Виктор; Матезе, Джон К.; Паркинсон, Хелен; Робинсон, Алан; Сарканс, Угис; Шульце-Кремер, Штеффен; Стюарт, Джейсон; Тейлор, Рональд; Вило, Яак; Вингрон, Мартин (30 ноября 2001 г.). «Минимум информации об эксперименте на микрочипах (MIAME) — к стандартам данных на микрочипах» . Природная генетика . 29 (4): 365–371. дои : 10.1038/ng1201-365 . ПМИД 11726920 . S2CID 6994467 .
- ^ Тейлор, Крис Ф (2008). «Продвижение последовательных минимальных руководящих принципов отчетности для биологических и биомедицинских исследований: проект MIBBI» . Природная биотехнология . 26 (8): 889–896. дои : 10.1038/nbt.1411 . ПМЦ 2771753 . ПМИД 18688244 .
- ^ Бастин, Стивен; Бенеш, Владимир; Гарсон, Джереми; Хеллерманс, Ян; Хаггетт, Джим; Кубиста, Микаэль; Мюллер, Рейнхольд; Нолан, Таня; Пффаффл, Майкл; Шипли, Грегори; Вандесомпель, Джо; Виттвер, Карл (2009). «Руководство MIQE: Минимальная информация для публикации количественных экспериментов по ПЦР в реальном времени» . Клиническая химия . 55 (4): 611–622. дои : 10.1373/clinchem.2008.112797 . ПМИД 19246619 .
- ^ Гибсон, Фрэнк, Овертон, Пол, Смолдерс, Том, Шульц, Саймон, Эглен, Стивен, Ингрэм, Колин, Панцери, Стефано, Лещ, Фил, Сернагор, Эвелин, Каннингем, Марк, Адамс, Кристофер, Эхтермейер, Кристоф, Симонотто , Дженнифер, Кайзер, Маркус, Свон, Дэниел, Флетчер, Марти и Лорд Филипп. Минимальная информация о нейрофизиологическом исследовании (МИНИ) Электрофизиология. Доступно на сайте Nature Precedings < http://hdl.handle.net/10101/npre.2008.1720.1 > (2008).
- ^ «MIFlowCyt — FICCS Wiki» . 20 мая 2007 г. Архивировано из оригинала 20 мая 2007 г. Проверено 21 апреля 2021 г.
- ^ «Стандарт MIFlowCyt - Рекомендация ISAC - Стандарты биоинформатики для проточной цитометрии» . flowcyt.sourceforge.net . Проверено 21 апреля 2021 г.
- ^ Либенс-Мак, Дж.; Вижн, Т.; Бреннер, Э.; Бауэрс, Дж. Э.; Кэннон, С.; Клемент, MJ; Каннингем, CW; Депамфилис, К.; Десаль, Р.; Дойл, Джей-Джей; Эйзен, Дж. А.; Гу, Х.; Харшман, Дж.; Янсен, РК; Келлог, Э.А.; Кунин Е.В.; Мишлер, Б.Д.; Филипп, Х.; Пирес, Ж.К.; Цю, ЮЛ; Ри, Ю.Ю.; Шёландер, К.; Солтис, Делавэр; Солтис, PS ; Стивенсон, Д.В.; Уолл, К.; Варнов, Т.; Змасек, К. (2006). «Первые шаги к стандарту отчетности о филогениях: минимум информации о филогенетическом анализе (MIAPA)» . OMICS: Журнал интегративной биологии . 10 (2): 231–7. дои : 10.1089/omi.2006.10.231 . ПМК 3167193 . ПМИД 16901231 .
- ^ Струве, ВБ; и др. (2016). «Минимум информации, необходимой для проекта гликомического эксперимента (МИРАЖ): рекомендации по подготовке проб для надежного предоставления наборов данных по гликомике» . Гликобиология . 26 (9): 907–910. дои : 10.1093/гликоб/cww082 . ПМК 5045532 . ПМИД 27654115 .
- ^ Йорк, Вашингтон; и др. (2014). «МИРАЖ: минимум информации, необходимой для гликомического эксперимента» . Гликобиология . 24 (5): 402–406. дои : 10.1093/гликоб/cwu018 . ПМЦ 3976285 . ПМИД 24653214 .
Внешние ссылки [ править ]
- MIBBI (Минимум информации для биологических и биомедицинских исследований) «Единый центр» для изучения спектра существующих проектов, содействия совместному развитию и, в конечном итоге, содействия постепенной интеграции.
- Каталог Биошеринга