Инициатива по стандартам протеомики
Инициатива по стандартам протеомики ( PSI ) является рабочей группой Организации протеома человека . Его цель – определить стандарты данных для протеомики , чтобы облегчить данных сравнение , обмен и проверку . [1] [2]
Инициатива по стандартам протеомики фокусируется на следующих темах: минимальная информация об эксперименте по протеомике определяет метаданные, которые должны быть предоставлены вместе с экспериментом по протеомике. [3] данных язык разметки для кодирования данных и онтологии метаданных для согласованного аннотирования и представления.
Минимальная информация о протеомном эксперименте
[ редактировать ]Минимальная информация об эксперименте по протеомике ( MIAPE ) — это стандарт минимальной информации , созданный Инициативой по стандартам протеомики Организации протеома человека для отчетности об экспериментах по протеомике. [4] Нельзя просто представить результаты анализа, он призван указать всю информацию, необходимую для однозначной интерпретации результатов эксперимента и потенциального воспроизведения эксперимента. [ нужна ссылка ] Хотя рекомендации MIAPE определяют содержимое, необходимое для отчетов, соответствующих требованиям, они не определяют формат, в котором эти данные должны быть представлены (который оставлен на усмотрение соответствующего формата *ML, также определенного PSI). [5] ), а также не определяет, как проводить эксперименты. [6]
Рабочие группы
[ редактировать ]Несколько рабочих групп работают над несколькими документами, охватывающими различные области протеомики : [7]
Рабочая группа по гель-электрофореза определила требования к отчетности для экспериментов по гель-электрофореза. Документ находится на стадии рекомендации и опубликован. [8] Соответствующий формат обмена данными называется GelML, стабильная версия была выпущена в конце 2007 года. [9]
Рабочая группа по гель-электрофорезу также занимается анализом изображений с помощью рекомендаций по информатике изображений гелей, которые в настоящее время находятся на стадии общественного рассмотрения, тогда как соответствующий формат обмена является лишь черновым вариантом (по состоянию на апрель 2009 г.). [9]
Рабочая группа по обработке проб определяет требования, касающиеся всех этапов предварительной обработки проб , которые выполняются перед гель-электрофореза или масс-спектрометрии применением . Два документа, касающиеся колоночной хроматографии и капиллярного электрофореза, находятся на ранней стадии разработки, а подготовка и обработка проб все еще находится в стадии проекта (по состоянию на апрель 2009 г.). Формат обмена данными (spML) также находится в стадии разработки. [10]
Масс-спектрометрия [11] и масс-спектрометрическая информатика [12] документы были опубликованы в качестве рекомендаций рабочей группы по масс-спектрометрии.
Рабочая группа выпустила несколько форматов обмена данными: mzML для сбора данных, генерируемых масс-спектрометром, который представляет собой объединение предыдущих форматов mzData (разработанного PSI) и mzXML (разработанного в Сиэтлском протеомном центре Института исследований и исследований). Системная биология); mzIdentML для информационного анализа масс-спектров, который фиксирует результаты идентификации белков и пептидов из данных масс-спектрометрии; и TraML для мониторинга реакции выбранного входного файла . Наконец, они разрабатывают MS CV — контролируемый словарь для использования с предыдущими форматами файлов. [13]
Рабочая группа PSI по молекулярным взаимодействиям работает только с PSI MI XML , форматом обмена данными, и соответствующими онтологиями. Они опубликовали рекомендации MIMIx (минимальная информация об эксперименте по молекулярному взаимодействию).
План исследования, формирование выборки и статистический анализ данных. Рекомендации MIAPE также планируются или разрабатываются. [7]
Репозитории протеомики, соответствующие стандартам
[ редактировать ]Существует несколько репозиториев протеомики, соответствующих стандартам, что позволяет исследователям публиковать свои данные, соблюдая при этом рекомендации MIAPE. Например: МИАПЕгельДБ [14] (по данным гель-электрофореза), PRIDE [15] (для данных масс-спектрометрии) и инструмент ProteoRed MIAPE Generator. [16] (для данных гель-электрофореза и масс-спектрометрии)
Ожидается, что редакторы журналов в конечном итоге попросят авторов опубликовать все свои данные в таких репозиториях перед публикацией. [ нужна ссылка ] .
Подобные инициативы
[ редактировать ]Существуют аналогичные инициативы, которые пытаются определить минимальные требования. Для микрочипов Общество MGED определило минимальную информацию об эксперименте с микрочипами (MIAME). [17] Стандарты отчетности о диагностической точности (STARD) доступны для исследований, сообщающих о медицинского диагноза точности . [18]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Тейлор, CF; Хермякоб, Х.; Джулиан, РК; Гаравелли, Дж. С.; Эберсолд, Р. ; Апвейлер, Р. (2006). «Работа Инициативы по стандартам протеомики Организации протеома человека (HUPO PSI)». OMICS: Журнал интегративной биологии . 10 (2): 145–151. дои : 10.1089/omi.2006.10.145 . ПМИД 16901219 .
- ^ «Домашняя страница Инициативы по стандартам протеомики HUPO» . Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Проверено 6 декабря 2008 г.
- ^ Тейлор, CF; Патон, Северо-Запад ; Лилли, Канзас; Бинц, Пенсильвания; Джулиан-младший, РК; Джонс, Арканзас; Чжу, В.; Апвейлер, Р .; Эберсольд, Р.; Дойч, EW; Данн, MJ; Черт возьми, AJR; Лейтнер, А.; Махт, М.; Манн, М.; Мартенс, Л.; Нойберт, Т.А.; Паттерсон, SD; Пинг, П.; Сеймур, СЛ; Суда, П.; Цугита, А.; Вандекерхове, Дж.; Вондриска, ТМ; Уайтлегг, Япония; Уилкинс, MR; Ксенарий, И.; Йейтс-младший, младший; Хермякоб, Х. (2007). «Минимальная информация о протеомном эксперименте (МИАПЕ)» . Природная биотехнология . 25 (8): 887–893. дои : 10.1038/nbt1329 . ПМИД 17687369 .
- ^ «Главная страница МИАПЕ» . Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ Хермякоб, Х (2006). «Инициатива HUPO по стандартам протеомики - преодоление фрагментации данных протеомики». Практическая протеомика . 6 (С2): 34–38. дои : 10.1002/pmic.200600537 . ПМИД 17031794 . S2CID 20005411 .
- ^ Тейлор, Крис (2006). «Минимальные требования к отчетности по протеомике: учебник MIAPE». Практическая протеомика . 6 (С2): 39–44. дои : 10.1002/pmic.200600549 . ПМИД 17031795 . S2CID 8175511 .
- ^ Jump up to: а б «Домашняя страница HUPO PSI» . Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Проверено 13 мая 2013 г.
- ^ Гибсон, Фрэнк; Ли Андерсон; Дьёрдь Бабнигг; Марк Бейкер; Матиас Берт; Пьер-Ален Бинц; Энди Бортвик; Фил Кэш; Билли В. Дэй; Дэвид Б. Фридман; Донита Гарланд; Говард Б. Гутштейн; Кристин Хугланд; Нил А. Джонс; Аламгир Хан; Йоахим Клозе; Ангус I Ламонд; Питер Ф. Лемкин; Кэтрин С. Лилли ; Джонатан Минден; Николас Дж. Моррис; Норман В. Пэтон; Майкл Р. Пизано; Джон Э. Прайм; Тьерри Рабиллу; Дэвид А. Стед; Крис Ф. Тейлор; Ганс Вошол; Анил Випат; Эндрю Р. Джонс (2008). «Руководство по отчетности об использовании гель-электрофореза в протеомике». Нат. Биотехнология . 26 (8): 863–864. arXiv : 0904.0694 . дои : 10.1038/nbt0808-863 . ISSN 1087-0156 . ПМИД 18688234 . S2CID 1231720 .
- ^ Jump up to: а б «Страница рабочей группы по гель-электрофорезу MIAPE» . Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Проверено 23 апреля 2009 г.
- ^ «Страница рабочей группы MIAPE по обработке образцов» . Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Проверено 23 апреля 2009 г.
- ^ Тейлор, Крис Ф; Пьер-Ален Бинц; Руди Эберсольд; Мишель Аффольтер; Роберт Баркович; Эрик В. Дойч; Дэвид М. Хорн; Андреас Хумер; Мартин Куссманн; Кэтрин Лилли; Маркус Махт; Матиас Манн; Дитер Мюллер; Томас А. Нойберт; Дженис Никсон; Скотт Д. Паттерсон; Роберто Расо; Кэтрин Ресинг; Шон Л. Сеймур; Акира Цугита; Иоаннис Ксенариос; Ронг Цзэн; Рэндалл К. Джулиан (2008). «Руководство по отчетности об использовании масс-спектрометрии в протеомике». Нат. Биотехнология . 26 (8): 860–861. дои : 10.1038/nbt0808-860 . ISSN 1087-0156 . ПМИД 18688232 . S2CID 205270031 .
- ^ Бинц, Пьер-Ален; Роберт Баркович; Рональд С. Бивис; Дэвид Кризи; Дэвид М. Хорн; Рэндалл К. Джулиан; Шон Л. Сеймур; Крис Ф. Тейлор; Ив Ванденбрук (2008). «Руководство по отчетности об использовании масс-спектрометрической информатики в протеомике» . Нат. Биотехнология . 26 (8): 862. doi : 10.1038/nbt0808-862 . ISSN 1087-0156 . ПМИД 18688233 . S2CID 205270035 .
- ^ «Страница рабочей группы по масс-спектрометрии MIAPE» . Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Проверено 23 апреля 2009 г.
- ^ «Домашняя страница MIAPEGelDB» . ЭксПАСи . Проверено 7 декабря 2008 г.
- ^ «Домашняя страница базы данных PRIDE PROteomics IDEntifications» . Европейский институт биоинформатики . Проверено 7 декабря 2008 г.
- ^ «Инструмент MIAPE Generator» . ПротеоРед . Архивировано из оригинала 15 апреля 2013 г. Проверено 6 марта 2009 г.
- ^ Бразма, Алвис; Паскаль Хингамп; Джон Квакенбуш; Гэвин Шерлок; Пол Спеллман; Крис Стокерт; Джон Аах; Вильгельм Ансорж; Кэтрин А. Болл; Хелен С. Костон; Терри Гаастерланд; Патрик Глениссон; Фрэнк К. П. Холстедж; Ирен Ф. Ким; Виктор Марковиц; Джон К. Мэтесе; Хелен Паркинсон; Алан Робинсон; Угис Сарканс; Штеффен Шульце-Кремер; Джейсон Стюарт; Рональд Тейлор; Яак Вило; Мартин Вингрон (декабрь 2001 г.). «Минимум информации об эксперименте на микрочипах (MIAME) — к стандартам данных на микрочипах» . Нат Жене . 29 (4): 365–371. дои : 10.1038/ng1201-365 . ISSN 1061-4036 . ПМИД 11726920 .
- ^ Боссайт, Патрик М.; Йоханнес Б. Рейтсма; Дэвид Э. Брунс; Константин А. Гацонис; Пол П. Гласиу; Лес М. Ирвиг; Дэвид Мохер; Драммонд Ренни; Хенрика К.В. де Вет; Йерун Г. Леймер (1 января 2003 г.). «Заявление STARD об исследованиях диагностической точности: объяснение и разработка» . Клин Чем . 49 (1): 7–18. дои : 10.1373/49.1.7 . ПМИД 12507954 .