Общество ФГЕД
 | |
| Аббревиатура | ФГЭД |
|---|---|
| Формирование | ноябрь 1999 г |
| Растворенный | сентябрь 2021 г |
| Тип | НКО |
| Цель | Научный |
Официальный язык | Английский |
Президент | Фрэнсис Уэллетт |
Главный орган | Совет директоров |
| Веб-сайт | www.fged.org |
Общество данных функциональной геномики ( FGED ) (ранее известное как MGED Society )была некоммерческой международной организацией, управляемой волонтерами. биологов, компьютерщиков и аналитиков данных, целью которой являетсяоблегчить биологические и биомедицинские открытия с помощью данныхинтеграция. Подход FGED заключался в содействии обмену фундаментальными исследованиями. данные, генерируемые в основном с помощью высокопроизводительных технологий которые генерируют большие наборы данных в области функциональной геномики .
Члены Общества FGED работали с другими организациями для поддержки эффективного обмена и воспроизводимости. данных функциональной геномики; способствовать созданиюстандарты и программные инструменты, использующие эти стандарты; и способствовать обмену высококачественными, хорошоаннотированные данные в сообществах наук о жизни и биомедицины .
Основанная в 1999 году как «Общество данных по экспрессии генов на микроматрицах (MGED)», в 2010 году эта организация сменила название на «Общество данных по функциональной геномике», чтобы отразить тот факт, что она расширила сферу своей деятельности за пределы применения микрочипов ДНК для экспрессии генов. анализ, включающий такие технологии, как высокопроизводительное секвенирование . [ нужна ссылка ] В сферу деятельности Общества FGED входят данные, полученные с использованием любой технологии функциональной геномики при ее применении к исследованиям экспрессии, связывания, модификации генов и других связанных приложений в масштабе генома.
В сентябре 2021 года Общество FGED прекратило свою деятельность. [1]
История
[ редактировать ]Общество FGED было основано в 1999 году на встрече по вопросам генных микрочипов.Базы данных выражений в знак признания необходимости установления стандартовдля обмена и хранения данных экспериментов с микрочипами ДНК . [ нужна ссылка ] Первоначально названное «Общество MGED», общество начало свою деятельность с упор на микрочипы ДНК и данные об экспрессии генов .
Первоначальное общество MGED было зарегистрировано в 2002 году как некоммерческая организация. общественно-полезная организация с названием Общество данных об экспрессии генов на микрочипах и получено постоянноестатус благотворительной организации в 2007 году. [ нужна ссылка ] Название MGED было официально изменено в 2007 году на Общество данных о микрочипах и экспрессии генов, чтобы подчеркнуть более широкуюобъем.
В сентябре 2008 года Общество решило рекламировать себя просто как Общество MGED расширит сферу своей деятельности за пределы технологии микрочипови приложения для экспрессии генов, но все жесохранить признанную ценность имени MGED в сообществе. [ нужна ссылка ]
В июле 2010 года общество проголосовало за изменение своего названия на «Общество данных функциональной геномики (FGED)».чтобы отразить свою текущую миссию, которая выходит за рамки микрочипов и экспрессии генов и охватывает данныесозданные с использованием любой технологии функциональной геномики, применяемой к геномные исследования геновэкспрессия, связывание , модификация (например, метилирование ДНК ), и другие сопутствующие приложения. Об этом было официально объявлено 14 июля 2010 года на ежегодном собрании общества «MGED13». [2]
Президенты Общества FGED
[ редактировать ]Члены правления и должностные лица Общества FGED избираются ежегодно каждый май и приступают к работе в июне. Президенты Общества FGED и сроки их полномочий следующие:
- Фрэнсис Уэллетт (2013–2021)
- Джон Квакенбуш (2011–2013)
- Крис Стокерт (2007–2011)
- Кэтрин Болл (2003–2007)
- Алвис Брасма (1999–2003)
Членство
[ редактировать ]Совет директоров и Консультативный совет ФГЕД состоят из волонтеров.от академических кругов, промышленности, правительства и журналов, представляющихсрез тех, кто генерирует, анализирует, архивирует ипубликации в области функциональной геномики.Несмотря на отсутствие формального членства, участникиежегодные собрания FGED считаются частью сообщества FGED.
Стандарты
[ редактировать ]На сегодняшний день FGED разработал множество спецификаций стандартов, касающихся экспериментов на микрочипах ДНК. Эти стандарты предназначены для улучшения аннотирования, передачи и обмена данными и результатами таких экспериментов в исследовательском сообществе в области медико-биологических наук.
МИНСЕКЕ
[ редактировать ]Минимальная информация об эксперименте по секвенированию с высокой пропускной способностью (MINSEQE) содержания данных Минимальный информационный стандарт , который описывает важную информацию, необходимую дляадекватно документировать эксперимент по высокопроизводительному секвенированию с цельюинтерпретация и тиражирование результатов. [3]
ЛЕВЫЙ
[ редактировать ]MIAME (Минимальная информация об эксперименте с микрочипами) — этостандарт содержания данных, который описывает важную информацию, необходимую дляадекватно документировать эксперимент с микрочипом ДНК с цельюинтерпретация и тиражирование результатов. Это был первый опубликованный пример минимального информационного стандарта для высокопроизводительных экспериментов в области наук о жизни, и, как таковой, он заложил основу для аналогичных стандартов в других областях биологических наук.
МАГЕ-ОМ и МАГЕ-ТАБ
[ редактировать ]MAGE-OM (Экспрессия генов MicroArrayObject Model) — это стандарт обмена данными и моделирования данных, используемый при кодировании. данные экспериментов на микрочипах с целью экспорта и импортав программные инструменты и базы данных через файлы XML . МАГЭ-ОМ - это независимая от платформы модель, реализованная в MAGE-ML на основе XMLформат.
Новая версия MAGE-TAB была разработана для облегчения использования.понимать и генерировать данные производителями в том виде, в каком они есть в формате( разделены табуляцией ), которые можно просматривать и редактировать с помощью широко доступныхпрограммное обеспечение для работы с электронными таблицами, например Microsoft Excel . [4]
Онтология MGED
[ редактировать ]Онтология MGED (MO) предоставляет стандартную терминологию для описания компонентовЭксперимент с микрочипом ДНК. [5] Онтология биомедицинских исследований (ОБИ) разрабатывается как замена МО. Доступно отображение терминов онтологии из MO в OBI. [6]
Ежегодное собрание
[ редактировать ]Основной компонент усилий Общества FGEDбыло ежегодным собранием ФГЭД для демонстрации передовых научных работ и продвижениястандарты. [7]
Общество FGED провело свое ежегодное собрание в местах вокругпо всему миру с 1999 года, сотрудничая с местной научной организацией который предоставляет пространство для переговоров, стендовых сессий, семинаров и учебных пособий.
Прошедшие встречи Общества ФГЕД
[ редактировать ]Вот список дат и мест проведения ежегодных собраний Общества FGED. [8] Все собрания с 2010 года и ранее проводились под названием «Общество MGED».
| Дата | Расположение |
|---|---|
| 20 июня 2013 г. | Сиэтл , Вашингтон, США [9] |
| 25 января 2012 г. | Бостон , Массачусетс, США [10] |
| 15 июля 2010 г. | Бостон , Массачусетс, США (совместно с ISMB ) |
| 8 октября 2009 г. | Финикс, Аризона , США |
| 5 сентября 2008 г. | Рива дель Гарда , Трентино, Италия |
| 5 сентября 2007 г. | Брисбен , Австралия |
| 10 сентября 2006 г. | Сиэтл , Вашингтон, США |
| 13 сентября 2005 г. | Берген , Норвегия |
| 10 сентября 2004 г. | Торонто , Канада |
| 5 сентября 2003 г. | Экс-ан-Прованс , Франция |
| 27 сентября 2002 г. | Plaza Heisei, Одайба , Токио, Япония |
| 31 марта 2001 г. | Стэнфордский университет , Калифорния, США |
| 27 мая 2000 г. | DKFZ и EMBL , Гейдельберг, Германия |
| 15 ноября 1999 г. | EBI , Кембридж, Великобритания |
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ «История Общества данных функциональной геномики» . Общество ФГЭД . Проверено 13 февраля 2022 г.
- ^ ФГЭД_Общество. «Большие новости: у MGED новое название: FGED – Общество данных функциональной геномики» . Твиттер . Проверено 10 августа 2010 г.
- ^ Общество данных функциональной геномики (июнь 2012 г.). «Минимальная информация об эксперименте по секвенированию с высокой пропускной способностью» .
- ^ «Главная страница MAGE-TAB» . Сайт ФГЭД . Проверено 13 февраля 2022 г.
- ^ «Часто задаваемые вопросы по онтологии MGED» . Сайт проекта МО . Проверено 23 ноября 2008 г.
- ^ «Сопоставление терминов между МО и онтологией для биомедицинских исследований» . Рабочая группа по онтологиям MGED . Проверено 10 августа 2010 г.
- ^ «Список ежегодных собраний ФГЭД» . Сайт ФГЭД . Проверено 13 февраля 2022 г.
- ^ «Собрания общества ФГЭД» . Общество ФГЭД . Проверено 13 февраля 2022 г.
- ^ «15-я Международная конференция FGED: Трансляционная геномика: применение геномики для клинической диагностики и лечения, 20–22 июня 2013 г.» . FGED.org. Архивировано из оригинала 19 сентября 2015 года . Проверено 24 сентября 2014 г.
- ^ «Лучшие практики обмена данными и интеграции, 25–26 января 2012 г. (только по приглашению)» . FGED.org. Архивировано из оригинала 21 августа 2016 года . Проверено 29 октября 2014 г.