Онтология для биомедицинских исследований

Онтология биомедицинских исследований ( OBI ) — это открытого доступа интегрированная онтология для описания биологических и клинических исследований. OBI предоставляет модель для планирования расследования, используемые протоколы и инструменты , используемые материалы , полученные данные и тип анализа выполняемого . Проект разрабатывается как часть OBO Foundry и, как таковой, придерживается всех его принципов, таких как ортогональное покрытие (т.е. четкое разграничение от онтологий других членов Foundry) и использование общего формального языка. В OBI обычно используется формальный язык — язык веб-онтологий (OWL). По состоянию на март 2008 года предварительная версия онтологии была доступна в репозитории SVN проекта .

Объем

Онтология биомедицинских исследований (OBI) направлена ​​на удовлетворение потребности в контролируемых словарях для поддержки интеграции и совместного («перекрестного») анализа экспериментальных данных, потребности, первоначально выявленной в области транскриптомики Обществом FGED , которое разработало Онтологию MGED как ресурс аннотаций для данных микрочипа. Смит Б., Эшбернер М., Росс С., Бард Дж., Баг В., Цестерс В. и др. (ноябрь 2007 г.). «The OBO Foundry: скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных» . Природная биотехнология . 25 (11): 1251–5. дои : 10.1038/nbt1346 . ПМК   2814061 . ПМИД   17989687 . OBI использует базовую формальную онтологию. Онтология верхнего уровня как средство описания общих сущностей, не принадлежащих к конкретной проблемной области. Таким образом, все классы OBI являются подклассами некоторого класса BFO.

Онтология предназначена для моделирования всех биомедицинских исследований и, как таковая, содержит термины онтологии для таких аспектов, как:

• биологический материал – например, плазма крови
• инструмент (и части инструмента в нем) – например, ДНК-микрочип , центрифуга
• информационный контент – например, изображение или цифровой информационный объект, такой как электронная медицинская карта.
• разработка и проведение исследования (и отдельных экспериментов в рамках него) – например, планирование исследования , электрофорезом разделение материалов
• преобразование данных (включая такие аспекты, как нормализация данных и анализ данных) - например, анализа главных компонентов , расчет среднего значения уменьшение размерности

Менее «конкретные» аспекты, такие как роль данного объекта в конкретном сценарии (например, роль химического соединения в эксперименте) и функция объекта (например, пищеварительная функция желудка по питанию тела). ) также рассматриваются в онтологии.

Консорциум ОБИ

Онтология MGED была первоначально идентифицирована в области транскриптомики Обществом FGED и была разработана для удовлетворения потребностей интеграции данных. После взаимного решения о сотрудничестве эти усилия позже переросли в более широкое сотрудничество между такими группами, как FGED, PSI и MSI, в ответ на потребности таких областей, как транскриптомика, протеомика и метаболомика , а также FuGO (Онтология исследований функциональной геномики). был создан. Позже это стало ИОБ, охватывающим более широкий спектр всех биомедицинских исследований.

Являясь международной междисциплинарной инициативой, консорциум OBI привлекает экспертов из различных областей, не ограничиваясь биологией. Действующий список членов консорциума ОБИ доступен на сайте консорциума ОБИ. Консорциум состоит из координационного комитета, который представляет собой комбинацию двух подгрупп: представителя сообщества (представляющего определенное биомедицинское сообщество) и основных разработчиков (разработчиков онтологий, которые могут быть или не быть членами какого-либо отдельного сообщества). Отдельно от координационного комитета находится Рабочая группа разработчиков, состоящая из разработчиков из сообществ, сотрудничающих в разработке OBI по усмотрению нынешних членов Консорциума OBI.

Статьи по ОБИ

• Бринкман Р.Р., Курто М., Дером Д., Фостел Дж.М., Хе Ю., Лорд П. и др. (июнь 2010 г.). «Моделирование биомедицинских экспериментальных процессов с помощью OBI» . Журнал биомедицинской семантики . 1 (Дополнение 1): S7. дои : 10.1186/2041-1480-1-S1-S7 . ПМЦ   2903726 . ПМИД   20626927 .
• Курто М., Баг В.Дж., Гибсон Ф., Листер А.Л., Мэлоун Дж., Шобер Д., Бринкман Р.Р., Руттенберг А. (1 января 2008 г.). СОВ биомедицинских исследований . Материалы пятого семинара по совам: опыт и направления. п. 432. CiteSeerX   10.1.1.142.9206 .
• Чжэн Дж., Мандучи Э., Стокерт-младший CJ (7 июля 2013 г.). «Разработка онтологии приложений для геномики бета-клеток на основе онтологии для биомедицинских исследований» (PDF) . ИКБО : 62–67.
• Дюмонтье М., Бейкер С.Дж., Баран Дж., Каллахан А., Чепелев Л., Круз-Толедо Дж. и др. (март 2014 г.). «Интегрированная онтология Semanticscience (SIO) для биомедицинских исследований и открытия знаний» . Журнал биомедицинской семантики . 5 (1): 14. дои : 10.1186/2041-1480-5-14 . ПМК   4015691 . ПМИД   24602174 .
• Клингстрем Т., Солдатова Л., Стивенс Р., Роос Т.Е., Свертц М.А., Мюллер К.М. и др. (январь 2013 г.). «Семинар по стандартам лабораторных протоколов для базы данных молекулярных методов». Новая биотехнология . 30 (2): 109–13. дои : 10.1016/j.nbt.2012.05.019 . ПМИД   22687389 .
• Солдатова Л.Н., Кинг Р.Д., Басу П.С., Хадди Э., Сондерс Н. (октябрь 2013 г.). «Представление биомедицинских протоколов» . Журнал EMBnet . 19 (Б): 56–8. дои : 10.14806/ej.19.B.730 .

Внешние ссылки

• «Домашняя страница проекта Консорциума ОБИ» .
• «Домашняя страница репозитория SVN Консорциума OBI» . 22 февраля 2017 г.