Джон Квакенбуш
Джон Квакенбуш | |
|---|---|
| Рожденный | |
| Альма-матер | Калифорнийский технологический институт ( BS ) Калифорнийский университет, Лос-Анджелес ( доктор философии ) |
| Известный | биоинформатика , вычислительная биология , микроматричный анализ , геномика , функциональная геномика |
| Научная карьера | |
| Учреждения | Гарвардский университет Институт рака Даны-Фарбера Институт молекулярной биологии ( Университет Квинсленда ) |
| Диссертация | Теория калибровочного поля в двух измерениях пространства-времени: аномалии и приложения к струнным моделям (1990) |
| Докторантура | Терри Томбулис |
| Веб-сайт | www |
Джон Квакенбуш — американский компьютерный биолог и геномист ученый- . Он является профессором биостатистики , и вычислительной биологии а также профессором рака биологии в Институте рака Даны-Фарбера (DFCI) . [1] [2] [3] а также директор Центра вычислительной биологии рака (CCCB). [4] Квакенбуш также занимает должность профессора вычислительной биологии и биоинформатики на кафедре биостатистики Гарвардской школы общественного здравоохранения . [5] [6] [7] [8] [9]
Образование и молодость
[ редактировать ]Уроженец Маунтин-Топ, штат Пенсильвания , Квакенбуш посещал среднюю школу епископа Хобана в Уилкс-Барре , которую окончил в 1979 году, после чего поступил в Калифорнийский технологический институт , где получил степень бакалавра по физике. В 1990 году он получил докторскую степень по теоретической физике в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе . [10] [11]
Карьера и исследования
[ редактировать ]Проработав два года в качестве постдокторанта по физике, Квакенбуш был награжден специальной премией за исследовательскую карьеру от Национального центра исследований генома человека (предшественника Национального института исследований генома человека ) и впоследствии провел следующие два года в Солкском университете. Институт работает над физическими картами 11-й хромосомы человека , а затем еще два года работает в Стэнфордском университете, разрабатывая новые лабораторные и вычислительные стратегии для секвенирования человеческого генома . [10]
В 1997 году Квакенбуш поступил на факультет Института геномных исследований (TIGR) в Роквилле, штат Мэриленд . [10] где его внимание начало смещаться к постгеномным приложениям с упором на микроматричный анализ . Используя сочетание лабораторных и вычислительных подходов, Квакенбуш и его группа разработали аналитические методы, основанные на интеграции данных из разных областей, чтобы получить биологический смысл из многомерных данных.
В 2005 году Квакенбуш был назначен на свои нынешние должности в Институте рака Даны-Фарбера и Гарвардской школе общественного здравоохранения . [10] Четыре года спустя он открыл Центр вычислительной биологии рака при DFCI. [12] которым он руководит и который обеспечивает широкую поддержку исследовательского сообщества в области биоинформатики и вычислительной биологии посредством модели совместного консультирования, а также выполняет и анализирует крупномасштабное секвенирование ДНК второго поколения . [13]
Текущие исследования Квакенбуша сосредоточены на анализе рака человека с использованием основанных на системной биологии подходов к пониманию и моделированию биологических сетей, лежащих в основе болезней. Это привело его и его коллег к фундаментальным открытиям о роли, которую вариации экспрессии генов играют в определении биологических фенотипов.
В 2010 году Квакенбуш и его коллеги из CCCB вместе с исследователями из Национального еврейского здравоохранения Центра генов, окружающей среды и здоровья университета , Центра интерстициальных заболеваний легких Дороти П. и Ричарда Симмонс Питтсбургского , Бостонского университета . Секция вычислительной биомедицины и Пульмонологический центр, а также основной центр геномики Университета Колорадо в Денвере получили грант в размере 11 миллионов долларов в соответствии с Законом о восстановлении и реинвестировании Америки от 2009 года для создания Консорциума исследований в области геномики легких. [14] [15] Этот проект, финансируемый Национальным институтом сердца, легких и крови (NHLBI), добавит генетические, геномные и эпигенетические данные в коллекцию клинических биологических образцов, разработанную Консорциумом по исследованию легочной ткани NHLBI. Консорциум стремится использовать геномные технологии и передовые инструменты анализа данных доступных образцов легочной ткани пациентов, чтобы получить новое представление о легочных заболеваниях и, таким образом, разработать более эффективные и персонализированные методы лечения.
В 2011 году Квакенбуш опубликовал «Геном человека: книга основных знаний» (Imagine Publishing, США), в которой излагаются история, наука и последствия проекта «Геном человека» . Он также получил стипендию в размере четырех миллионов долларов, предоставленную Австралийским национальным советом по здравоохранению и медицинским исследованиям для изучения рака яичников, устойчивого к химиотерапии, в сотрудничестве с коллегами из Института молекулярной биологии Университета Квинсленда. [16]
Квакенбуш в настоящее время входит в редакционные коллегии пяти крупных журналов и является главным редактором Genomics . Он работал в нескольких комитетах Национальных академий и Медицинского института , в том числе в Комитете по валидации токсикогеномных технологий: фокус на стратегиях химической классификации, [17] [18] Группа по сбору, хранению, доступу и защите биологических образцов и биоданных, социологических исследований, [19] и Комитет по обзору тестов на основе омики для прогнозирования результатов лечения пациентов в клинических испытаниях. [20] В настоящее время он является членом научных консультативных советов в Детской исследовательской больнице Св. Джуда , Институте респираторных исследований Лавлейс , Фонде надежды на исследования рака и Национального института здравоохранения проекте эпигеномики «Дорожная карта» . Квакенбуш также является членом научных консультативных советов ряда компаний, занимающихся биотехнологиями и точной медициной, включая Caris Life Sciences, SynapDx, Perthera и NABsys. [ нужна ссылка ]
В 2011 году Квакенбуш вместе с партнером Миком Корреллом основал Genospace, компанию-разработчика программного обеспечения, занимающуюся разработкой инструментов для точной геномной медицины. [10] По состоянию на 2014 год [update]Квакенбуш был генеральным директором Genospace. [10] Летом 2013 года Квакенбуш был удостоен звания открытого научного сторонника перемен Белого дома. [21]
В январе 2017 года Genospace была приобретена Hospital Corporation of America (HCA) и объединена с онкологическим институтом Сары Кэннон HCA в качестве дочерней компании, находящейся в полной собственности.
Публикации
[ редактировать ]
- Книги
- Автор книги «Геном человека: книга важнейших знаний» (Imagine Publishing, США, 2011 г.)
- Автор книги «Биоинформатика: практическое руководство по анализу генов и белков» (Wiley Interscience, 2004).
- Соавтор книги « Анализ данных экспрессии генов на микрочипах: руководство для начинающих» (Wiley-Blackwell, 2003).
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Публикации Джона Квакенбуша, индексируемые Google Scholar.
- ^ Публикации Джона Квакенбуша, индексируемые библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
- ^ «Профиль исследователя, Джон Квакенбуш, доктор философии» . Институт рака Даны Фарбер. Архивировано из оригинала 7 апреля 2015 г.
- ^ «Лаборатория вычислительной биологии и функциональной геномики - Джон Квакенбуш» . Гарвардский университет. Архивировано из оригинала 25 января 2015 г.
- ^ «Джон Квакенбуш, Гарвардская школа общественного здравоохранения. Биология» . Гарвардский университет. Архивировано из оригинала 25 февраля 2011 г.
- ^ Бейтман, А ; Квакенбуш, Дж (2009). «Биоинформатика для секвенирования нового поколения» . Биоинформатика . 25 (4): 429. doi : 10.1093/bioinformatics/btp037 . ПМИД 19202193 .
- ^ Оказаки, Ю.; Фуруно, М.; Касукава, Т.; Адачи, Дж.; Боно, Х.; Кондо, С.; Никайдо, И.; Осато, Н.; Сайто, Р.; Сузуки, Х.; Яманака, И.; Кийосава, Х.; Яги, К.; Томару, Ю.; Хасэгава, Ю.; Ногами, А.; Шенбах, К.; Годобори, Т. ; Бальдарелли, Р.; Хилл, ДП; Балт, К.; Хьюм, Д.А.; Квакенбуш, Дж .; Шримл, Л.М.; Канапин А.; Мацуда, Х.; Баталов С.; Бейзель, КВ; Блейк, Дж.А.; и др. (2002). «Анализ транскриптома мыши на основе функциональной аннотации 60 770 полноразмерных кДНК» . Природа 420 (6915): 563–573. Бибкод : 2002Nature.420..563O . дои : 10.1038/nature01266 . hdl : 10161/11223 . ПМИД 12466851 .
- ^ Фантом, Консорциум; Сузуки, Х; Форрест, Арканзас; Ван Нимвеген, Э; Дауб, Колорадо; Балвирц, П.Дж.; Ирвайн, КМ; Лассманн, Т; Раваси, Т; Хасэгава, Ю; Де Хун, MJ; Катаяма, С; Шредер, К; Карнинчи, П; Томару, Ю; Канамори-Катаяма, М; Кубосаки, А; Акалин А; Андо, Ю; Арнер, Э; Асада, М; Асахара, Х; Бейли, Т; Баич, В.Б.; Бауэр, Д; Бекхаус, АГ; Бертен, Н; Бьоркегрен, Дж; Бромбахер, Ф; и др. (2009). «Транскрипционная сеть, которая контролирует остановку роста и дифференцировку в линии клеток миелолейкоза человека» . Природная генетика . 41 (5): 553–62. дои : 10.1038/ng.375 . ПМК 6711855 . ПМИД 19377474 .
- ^ Карнинчи, П; Касукава, Т; Катаяма, С; Гоф, Дж .; Фрит, MC; Маэда, Н.; Ояма, Р.; Раваси, Т; Ленхард, Б; Уэллс, К.; Кодзиус, Р; Симокава, К.; Баич, В.Б.; Бреннер, SE ; Баталов С; Форрест, Арканзас; Заволан, М; Дэвис, MJ; Уилминг, LG; Айдинис, В; Аллен, Дж. Э.; Амбези-Импиомбато, А; Апвейлер, Р .; Атуралия, РН; Бейли, TL; Бансал, М; Бакстер, Л; Бейзель, КВт; Берсано, Т; и др. (2005). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука 309 (5740): 1559–63. Бибкод : 2005Sci... 309.1559F дои : 10.1126/science.1112014 . ПМИД 16141072 . S2CID 8712839 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Персонал (2014). «2014-БИТ-Брошюра» (PDF) . 2014 Всемирная выставка био-ИТ . Кембриджский институт медицинских технологий. п. 4 . Проверено 15 июня 2016 г.
- ^ Квакенбуш, Джон (1990). Теория калибровочного поля в двух измерениях пространства-времени: аномалии и приложения к струнным моделям (доктор философии). Калифорнийский университет, Лос-Анджелес . OCLC 22713736 — через ProQuest .
- ^ Дублин, Мэтью (31 мая 2009 г.). «Дана-Фарбер, Консультативный центр анализа запуска Quackenbush | Геномные технологии | Информатика» . ГеномВеб . Проверено 7 мая 2012 г.
- ^ «Интеграция клинических и геномных данных» . Мир БиоИТ . Проверено 7 мая 2012 г.
- ^ «Джон Квакенбуш, биологический исследователь Консорциума исследований в области геномики легких» . легк-геномика.org. Архивировано из оригинала 19 марта 2012 г.
- ^ «Консорциум исследований в области геномики легких запускает веб-сайт» . Национальная еврейская организация . Проверено 4 апреля 2013 г.
- ^ «Industry-News.net — Главная» . Biotechnologynews.net . Проверено 7 мая 2012 г.
- ^ «КОМИТЕТ ПО ВАЛИДАЦИИ ТОКСИКОГЕНОМНЫХ ТЕХНОЛОГИЙ: ВНИМАНИЕ НА СТРАТЕГИИ ХИМИЧЕСКОЙ КЛАССИФИКАЦИИ» . Валидация токсикогеномных технологий . Издательство национальных академий. 2007. дои : 10.17226/11804 . ISBN 978-0-309-10413-5 . Проверено 4 апреля 2013 г.
- ^ «ПРИЛОЖЕНИЕ А – КОМИТЕТ ПО ПЛАНИРОВАНИЮ СЕМИНАРА, БИОГРАФИЧЕСКАЯ ИНФОРМАЦИЯ» . Валидация токсикогеномных технологий . Издательство национальных академий. 2007. дои : 10.17226/11804 . ISBN 978-0-309-10413-5 . Проверено 4 апреля 2013 г.
- ^ Проведение биосоциальных исследований: сбор, хранение, доступ и защита биообразцов и биоданных . Издательство национальных академий. 2010. дои : 10.17226/12942 . ISBN 978-0-309-15706-3 . ПМИД 21210553 . Проверено 4 апреля 2013 г.
- ^ Майкл, Кристин М; Насс, Шарли Дж; Оменн, Гилберт С., ред. (2012). Эволюция трансляционной омики . Издательство национальных академий. дои : 10.17226/13297 . ISBN 978-0-309-22418-5 . Проверено 4 апреля 2013 г.
- ^ Чествование сторонников перемен «открытой науки» в Белом доме
| Международный | |
|---|---|
| Национальный | |
| академики | |
| Другой | |
