Стандарты представления энзимологических данных

Стандарты отчетности по энзимологическим данным (STRENDA) — это инициатива в рамках Минимальных информационных стандартов , которая специально направлена на разработку руководящих принципов отчетности (описания метаданных) энзимологических экспериментов. Инициативу поддерживает Институт развития химических наук Байльштейна . ^[1] STRENDA устанавливает как стандарты публикации данных об активности ферментов , так и STRENDA DB, электронную систему проверки и хранения данных об активности ферментов. Фонд STRENDA, основанный в 2004 году, является результатом детального анализа качества энзимологических данных в письменных и электронных публикациях. ^[2]^[3]

Организация

Проект STRENDA осуществляется 15 учеными со всего мира, образующими Комиссию STRENDA. ^[4] и поддержка работы с экспертами в области биохимии , номенклатуры ферментов , биоинформатики , системной биологии , моделирования, механистической энзимологии и теоретической биологии .

Приложения

ПЛЯЖ БД

ПЛЯЖ БД ^[13] представляет собой веб-платформу для хранения и поиска, которая включает в себя Руководство и автоматически проверяет представленные данные на соответствие Руководству STRENDA, тем самым гарантируя, что наборы данных рукописи являются полными и действительными. Действительному набору данных присваивается регистрационный номер STRENDA (SRN), и создается информационный бюллетень (PDF), содержащий все представленные данные. Каждый набор данных регистрируется в Datacite , и ему присваивается DOI для ссылки и отслеживания данных. После публикации рукописи в рецензируемом журнале данные в базе данных STRENDA становятся общедоступными. ^[14]^[15]STRENDA DB — репозиторий, рекомендованный re3data и OpenDOAR . Его собирает OpenAIRE.Сервис базы данных рекомендован в авторских инструкциях более 10 биохимических журналов, включая Nature , The Journal of Biological Chemistry , eLife и PLoS . В многочисленных публикациях он упоминается как стандартный инструмент для проверки и хранения данных о кинетике ферментов. ^[16]^[17]^[18]^[19]^[20]^[21]Недавнее исследование, в котором изучались одиннадцать публикаций, включая «Поддерживающую информацию», из двух ведущих журналов, показало, что в каждой из этих статей было обнаружено по крайней мере одно упущение. Авторы пришли к выводу, что использование STRENDA DB в текущей версии обеспечит доступность около 80% соответствующей информации. ^[22]

Управление данными

инструмент управления исследовательскими данными (например, проект ЕС CARBAFIN База данных STRENDA рассматривается исследовательским сообществом как ^[23]).

Ссылки

^ «Стренда - Проекты - Институт развития химических наук Байльштейна» . www.beilstein-institut.de .
^ Кеттнер, Карстен; Хикс, Мартин (1 июня 2005 г.). «Дилемма современной функциональной энзимологии». Текущее ингибирование ферментов . 1 (2): 171–181. дои : 10.2174/1573408054022234 .
^ Апвейлер, Р.; Корниш-Боуден, А; Хофмейр, Дж. Х.; Кеттнер, К; Лейх, Т.С.; Шомбург, Д; Типтон, К. (январь 2005 г.). «Важность единообразия в предоставлении данных о функциях белков». Тенденции биохимических наук . 30 (1): 11–2. дои : 10.1016/j.tibs.2004.11.002 . ПМИД 15653320 .
^ «Комиссия — Стренда — Проекты — Институт развития химических наук Байльштейна» . www.beilstein-institut.de .
^ «Руководство - Стренда - Проекты - Институт развития химических наук Байльштейна» . www.beilstein-institut.de .
^ Типтон, Кейт Ф.; Армстронг, Ричард Н.; Баккер, Барбара М.; Байрох, Амос; Корниш-Боуден, Атель; Холлинг, Питер Дж.; Хофмейр, Ян-Хендрик; Лей, Томас С.; Кеттнер, Карстен; Раушель, Фрэнк М.; Ровер, Иоганн; Шомбург, Дитмар; Стейнбек, Кристоф (май 2014 г.). «Стандарты представления данных по ферментам: Консорциум STRENDA: какие цели он преследует и почему он должен быть полезен» . Перспективы в науке . 1 (1–6): 131–137. дои : 10.1016/j.pisc.2014.02.012 .
^ Гардосси, Люсия; Поулсен, Паут Б.; Баллестерос, Антонио; Хульт, Карл; Сведас, Витас К.; Васич-Рачки, Дурда; Карреа, Джакомо; Магнуссон, Андерс; Шмид, Андреас; Вольгемут, Роланд; Холлинг, Питер Дж. (апрель 2010 г.). «Руководство по отчетности о биокаталитических реакциях». Тенденции в биотехнологии . 28 (4): 171–180. дои : 10.1016/j.tibtech.2010.01.001 . ПМИД 20149467 .
^ Эрб, Тобиас Дж. (февраль 2019 г.). «Назад в будущее: Зачем нам нужна энзимология для построения синтетического метаболизма будущего» . Журнал органической химии Байльштейна . 15 : 551–557. дои : 10.3762/bjoc.15.49 . ПМК 6404388 . ПМИД 30873239 . S2CID 76665217 .
^ Гигли, Гудрун; Плейсс, Юрген (апрель 2020 г.). «Simulation Foundry: автоматизированное и справедливое молекулярное моделирование». Журнал химической информации и моделирования . 60 (4): 1922–1927. doi : 10.1021/acs.jcim.0c00018 . ПМИД 32240586 . S2CID 214772277 .
^ «Журналы – Стренда – Проекты – Институт развития химических наук Байльштейна» . www.beilstein-institut.de .
^ Команда FAIRsharing (2015). «СТРЕНДА на FAIRsharing.org». СПРАВЕДЛИВОЕ совместное использование. doi : 10.25504/FAIRsharing.8ntfwm . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ «Стандарты сообщества FAIRDOM для системной биологии» .
^ «СТРЕНДА БД Главная» . www.beilstein-strenda-db.org .
^ Апвайлер, Рольф; Армстронг, Ричард; Байрох, Амос; Корниш-Боуден, Атель; Холлинг, Питер Дж; Хофмейр, Ян-Хендрик С; Кеттнер, Карстен; Лей, Томас С; Ровер, Иоганн; Шомбург, Дитмар; Стейнбек, Кристоф; Типтон, Кейт (18 октября 2010 г.). «Крупномасштабная база данных о функциях белков» . Химическая биология природы . 6 (11): 785. doi : 10.1038/nchembio.460 . ПМЦ 3245624 . ПМИД 20956966 .
^ Суэйнстон, Нил; Байчи, Антонио; Баккер, Барбара М.; Корниш-Боуден, Атель; Фитцпатрик, Пол Ф.; Холлинг, Питер; Лей, Томас С.; О'Донован, Клэр; Раушель, Фрэнк М.; Решель, Удо; Ровер, Иоганн М.; Шнелл, Сантьяго; Шомбург, Дитмар; Типтон, Кейт Ф.; Цай, Минг-Доу; Вестерхофф, Ганс В.; Виттиг, Ульрика; Вольгемут, Роланд; Кеттнер, Карстен (23 марта 2018 г.). «STRENDA DB: обеспечение проверки и обмена данными о кинетике ферментов» . Журнал ФЭБС . 285 (12): 2193–2204. дои : 10.1111/февраль 14427 . ПМК 6005732 . ПМИД 29498804 .
^ Фадемрехт, Сильвия; Плейсс, Юрген (2018). «Моделирование ферментов: от последовательности к субстратному комплексу». Введение в ферментную технологию (на немецком языке). Спрингер. стр. 35–51. дои : 10.1007/978-3-662-57619-9_3 . ISBN 978-3-662-57619-9 .
^ Корниш-Боуден, Атель (2012). Основы кинетики ферментов (4-е изд. и доп. изд.). Вайли-ВЧ. стр. 413–450. ISBN 978-3-527-33074-4 .
^ Эммерих, Кристоф Х.; Харрис, Кристофер М. (2020). «Минимальные стандарты информации и качества для проведения, отчетности и организации исследований in vitro». Надлежащая исследовательская практика в доклинической фармакологии и биомедицине . Справочник по экспериментальной фармакологии. Том. 257. Международное издательство Спрингер. стр. 177–196. дои : 10.1007/164_2019_284 . ISBN 978-3-030-33656-1 . ПМИД 31628600 .
^ Пунекар, Н.С. (2018). «Хорошие кинетические практики». ФЕРМЕНТЫ: катализ, кинетика и механизмы . Спрингер. стр. 131–142. дои : 10.1007/978-981-13-0785-0_13 . ISBN 978-981-13-0785-0 .
^ Национальные академии наук, инженерное дело (2018). Открытая наука по замыслу: реализация видения исследований 21 века . ISBN 978-0-309-47624-9 .
^ Хармер, Николас Дж.; Вега, Мирелла Виволи (2019). «Химическая кинетика реакций в биологии». Биомолекулярные и биоаналитические методы . John Wiley & Sons, Ltd., стр. 179–217. дои : 10.1002/9781119483977.ch9 . ISBN 978-1-119-48397-7 . S2CID 133422670 .
^ Холлинг, Питер; Фитцпатрик, Пол Ф.; Раушель, Фрэнк М.; Ровер, Иоганн; Шнелл, Сантьяго; Виттиг, Ульрике; Вольгемут, Роланд; Кеттнер, Карстен (ноябрь 2018 г.). «Эмпирический анализ отчетов о функциях ферментов для экспериментальной воспроизводимости: недостающая / неполная информация в опубликованных статьях» . Биофизическая химия . 242 : 22–27. дои : 10.1016/j.bpc.2018.08.004 . ПМК 6258184 . ПМИД 30195215 .
^ «Модуль загрузки документов» . ec.europa.eu .

Внешние ссылки

Запись на FAIRSharing.org для базы данных STRENDA, https://fairsharing.org/FAIRsharing.ekj9zx

[1] «Стренда - Проекты - Институт развития химических наук Байльштейна» . www.beilstein-institut.de .

[2] Кеттнер, Карстен; Хикс, Мартин (1 июня 2005 г.). «Дилемма современной функциональной энзимологии». Текущее ингибирование ферментов . 1 (2): 171–181. дои : 10.2174/1573408054022234 .

[3] Апвейлер, Р.; Корниш-Боуден, А; Хофмейр, Дж. Х.; Кеттнер, К; Лейх, Т.С.; Шомбург, Д; Типтон, К. (январь 2005 г.). «Важность единообразия в предоставлении данных о функциях белков». Тенденции биохимических наук . 30 (1): 11–2. дои : 10.1016/j.tibs.2004.11.002 . ПМИД 15653320 .

[4] «Комиссия — Стренда — Проекты — Институт развития химических наук Байльштейна» . www.beilstein-institut.de .

[5] «Руководство - Стренда - Проекты - Институт развития химических наук Байльштейна» . www.beilstein-institut.de .

[6] Типтон, Кейт Ф.; Армстронг, Ричард Н.; Баккер, Барбара М.; Байрох, Амос; Корниш-Боуден, Атель; Холлинг, Питер Дж.; Хофмейр, Ян-Хендрик; Лей, Томас С.; Кеттнер, Карстен; Раушель, Фрэнк М.; Ровер, Иоганн; Шомбург, Дитмар; Стейнбек, Кристоф (май 2014 г.). «Стандарты представления данных по ферментам: Консорциум STRENDA: какие цели он преследует и почему он должен быть полезен» . Перспективы в науке . 1 (1–6): 131–137. дои : 10.1016/j.pisc.2014.02.012 .

[7] Гардосси, Люсия; Поулсен, Паут Б.; Баллестерос, Антонио; Хульт, Карл; Сведас, Витас К.; Васич-Рачки, Дурда; Карреа, Джакомо; Магнуссон, Андерс; Шмид, Андреас; Вольгемут, Роланд; Холлинг, Питер Дж. (апрель 2010 г.). «Руководство по отчетности о биокаталитических реакциях». Тенденции в биотехнологии . 28 (4): 171–180. дои : 10.1016/j.tibtech.2010.01.001 . ПМИД 20149467 .

[8] Эрб, Тобиас Дж. (февраль 2019 г.). «Назад в будущее: Зачем нам нужна энзимология для построения синтетического метаболизма будущего» . Журнал органической химии Байльштейна . 15 : 551–557. дои : 10.3762/bjoc.15.49 . ПМК 6404388 . ПМИД 30873239 . S2CID 76665217 .

[9] Гигли, Гудрун; Плейсс, Юрген (апрель 2020 г.). «Simulation Foundry: автоматизированное и справедливое молекулярное моделирование». Журнал химической информации и моделирования . 60 (4): 1922–1927. doi : 10.1021/acs.jcim.0c00018 . ПМИД 32240586 . S2CID 214772277 .

[10] «Журналы – Стренда – Проекты – Институт развития химических наук Байльштейна» . www.beilstein-institut.de .

[11] Команда FAIRsharing (2015). «СТРЕНДА на FAIRsharing.org». СПРАВЕДЛИВОЕ совместное использование. doi : 10.25504/FAIRsharing.8ntfwm . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[12] «Стандарты сообщества FAIRDOM для системной биологии» .

[13] «СТРЕНДА БД Главная» . www.beilstein-strenda-db.org .

[14] Апвайлер, Рольф; Армстронг, Ричард; Байрох, Амос; Корниш-Боуден, Атель; Холлинг, Питер Дж; Хофмейр, Ян-Хендрик С; Кеттнер, Карстен; Лей, Томас С; Ровер, Иоганн; Шомбург, Дитмар; Стейнбек, Кристоф; Типтон, Кейт (18 октября 2010 г.). «Крупномасштабная база данных о функциях белков» . Химическая биология природы . 6 (11): 785. doi : 10.1038/nchembio.460 . ПМЦ 3245624 . ПМИД 20956966 .

[15] Суэйнстон, Нил; Байчи, Антонио; Баккер, Барбара М.; Корниш-Боуден, Атель; Фитцпатрик, Пол Ф.; Холлинг, Питер; Лей, Томас С.; О'Донован, Клэр; Раушель, Фрэнк М.; Решель, Удо; Ровер, Иоганн М.; Шнелл, Сантьяго; Шомбург, Дитмар; Типтон, Кейт Ф.; Цай, Минг-Доу; Вестерхофф, Ганс В.; Виттиг, Ульрика; Вольгемут, Роланд; Кеттнер, Карстен (23 марта 2018 г.). «STRENDA DB: обеспечение проверки и обмена данными о кинетике ферментов» . Журнал ФЭБС . 285 (12): 2193–2204. дои : 10.1111/февраль 14427 . ПМК 6005732 . ПМИД 29498804 .

[16] Фадемрехт, Сильвия; Плейсс, Юрген (2018). «Моделирование ферментов: от последовательности к субстратному комплексу». Введение в ферментную технологию (на немецком языке). Спрингер. стр. 35–51. дои : 10.1007/978-3-662-57619-9_3 . ISBN 978-3-662-57619-9 .

[17] Корниш-Боуден, Атель (2012). Основы кинетики ферментов (4-е изд. и доп. изд.). Вайли-ВЧ. стр. 413–450. ISBN 978-3-527-33074-4 .

[18] Эммерих, Кристоф Х.; Харрис, Кристофер М. (2020). «Минимальные стандарты информации и качества для проведения, отчетности и организации исследований in vitro». Надлежащая исследовательская практика в доклинической фармакологии и биомедицине . Справочник по экспериментальной фармакологии. Том. 257. Международное издательство Спрингер. стр. 177–196. дои : 10.1007/164_2019_284 . ISBN 978-3-030-33656-1 . ПМИД 31628600 .

[19] Пунекар, Н.С. (2018). «Хорошие кинетические практики». ФЕРМЕНТЫ: катализ, кинетика и механизмы . Спрингер. стр. 131–142. дои : 10.1007/978-981-13-0785-0_13 . ISBN 978-981-13-0785-0 .

[20] Национальные академии наук, инженерное дело (2018). Открытая наука по замыслу: реализация видения исследований 21 века . ISBN 978-0-309-47624-9 .

[21] Хармер, Николас Дж.; Вега, Мирелла Виволи (2019). «Химическая кинетика реакций в биологии». Биомолекулярные и биоаналитические методы . John Wiley & Sons, Ltd., стр. 179–217. дои : 10.1002/9781119483977.ch9 . ISBN 978-1-119-48397-7 . S2CID 133422670 .

[22] Холлинг, Питер; Фитцпатрик, Пол Ф.; Раушель, Фрэнк М.; Ровер, Иоганн; Шнелл, Сантьяго; Виттиг, Ульрике; Вольгемут, Роланд; Кеттнер, Карстен (ноябрь 2018 г.). «Эмпирический анализ отчетов о функциях ферментов для экспериментальной воспроизводимости: недостающая / неполная информация в опубликованных статьях» . Биофизическая химия . 242 : 22–27. дои : 10.1016/j.bpc.2018.08.004 . ПМК 6258184 . ПМИД 30195215 .

[23] «Модуль загрузки документов» . ec.europa.eu .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

Организация

Рекомендации по составлению отчетов

Приложения

Ссылки

Внешние ссылки