✖


Jump to content

Бактериальные типы

Филогенетическое древо, показывающее разнообразие бактерий, архей и эукариот. [1] Основные линии происхождения обозначены произвольными цветами и названы курсивом с хорошо охарактеризованными названиями линий. Родословные, в которых отсутствует изолированный представитель, выделены не курсивом и красными точками.

Бактериальные типы составляют основные линии домена Bacteria . Хотя точное определение бактериального типа обсуждается, популярное определение состоит в том, что бактериальный тип представляет собой монофилетическую линию бактерий, гены 16S рРНК которых имеют парную идентичность последовательностей примерно на 75% или менее с генами других бактериальных типов. [2]

Было подсчитано, что существует около 1300 типов бактерий. [2] По состоянию на май 2020 года 41 тип бактерий официально признал LPSN . [3] признано 89 типов бактерий В базе данных Сильвы , предложены еще десятки. [4] [5] и сотни, вероятно, еще предстоит открыть. [2] По состоянию на 2017 год примерно 72% широко признанных типов бактерий были типами-кандидатами. [6] (т.е. не имеют культурных представителей).

Ранг типа был включен в правила Международного кодекса номенклатуры прокариот с использованием окончания –ota для названий типов, которые должны основываться на названии рода как его номенклатурном типе. [7] [8]

Список бактерий типов ​

Ниже приводится список типов бактерий, которые были официально опубликованы (не актуальные).

Тип Альтернативные названия Группа Культурный представитель Примечания
10бав-Ф6 [9] Нет
« Абавакабактерии » [4] [10] РИФ46 СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериями Нет
« Абдитибактериота » [11] ФБП Да [11]
« Абскондитабактерии ». [12] [10] СР1 СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериями Нет
ПБЯ1 [13] OD1-ABY1 [14] СЛР; Паркубактерии Нет
" Биполярикаулота " [15] ОП1, «Ацетотермия»
Ацидобактериота «Ацидобактерии» Да [16]
Актиномицетота «Актинобактерии» Террабактерии Да [17]
« Адлербактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 4 Нет
« Аэрофоба » / «Аэрофобы» CD12, БХИ80-139
« Амесбактерии » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Андерсенбактерии ». [4] РИФ9 СЛР; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 4 Нет
Арматимонадота [15] "Арматимонадет", ОП10 Террабактерии Да [19]
« Аминисенантес » [15] ОП8
АнкК6 [9]
Апал-Э12 [9]
Атрибактериота [15] ОП9, СП1 Нет
Аквификота "Аквифика"
« Азамбактерии » и [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; неклассифицированные паркубактерии Нет разделен Анантараманом и др. …
« Азамбактерии » ii [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; неклассифицированные паркубактерии Нет … (октябрь 2016 г.) как полифилетический
Бактероидота «Бактероидет» Группа ФКБ Да
Бальнеолота [20] Да
Бделловибрионота
« Беквитбактерии » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Беркельбактерии » [21] [10] ACD58 СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериями Нет
БХИ80-139 [9]
« Блэкбернбактерии » [4] РИФ35 СЛР; Микрогеноматы Нет
« Бреннербактерии » [4] [10] REF18 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 3 Нет
« Браунбактерии » [22] СЛР; паркубактерии; неклассифицированные паркубактерии Нет
« Бьюкененбактерии » [4] [10] РИФ37 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет
Кальдисерикота [15] ОП5, [23] "Калдизерика" Группа ФКБ Да [24]
Калдитрихота [25] Группа ФКБ [26]
« Калескамантес » ЕМ19
« Кэмпбеллбактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 4 Нет кажутся полифилетическими: две клады
Кампилобактерия
Хламидиота «Хламидии» [27] Группа ПВХ
Хлоробиота «Хлороби» Группа ФКБ
Хлорофлексота «Хлорофлекси» «Терабактерия»
Чисхолмбактерии [4] РИФ36 СЛР; «Микрогеноматы» Нет
Хризиогенота «Хрисиогенет»
« Клоацимонет » [28] WWE1 Группа ФКБ [26]
« Котесбактерии » [4] REF8 Нет
« Коллиербактерии » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Колвеллбактерия » [4] [10] РИФ41 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 3 Нет
Копротермобактерия
« Куртисбактерии » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
CPR-1 [1] СЛР Нет
ЦПР-3 [1] СЛР Нет
« Цианобактерии » Террабактерии
« Дадабактерия » [29] Нет
« Бактерия Дэвиса ». [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Дельфибактерии » [6] Группа ФКБ Нет
« Делонгбактерии » [4] РИФ26, Н-178 Нет
Деферрибактериота Деферрибактерии
Дейнококкота Дейнококк-Термус Террабактерии
« зависимости » [30] Q6
Диктиогломота Диктиогломи [31]
« Дойкабактерия » [10] WS6 СЛР; СЛР, связанная с микрогеноматами
« Дормибактериота » [32] AD3 Нет
« Дуднабактерия » [18] [10] СМ2Ф11 СЛР; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 1 Нет
« Эдвардсбактерия » [5] [4] РИФ29, УБП-2 [33] Нет
« Эйзенбактерия » [4] РИФ28 Группа ФКБ Нет
Элюзимикробиота Элюзимикробия, OP7, Термитная группа 1 (TG1) [23] Да [34]
« Эремиобактериота » [35] [32] WPS-2, Палусбактериота [36] Нет
« Фалькобактерия » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет
« Ферментибактерии » [37] Гид24-12 Нет
« Фертабактерии » [6] СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериями Нет
Фибробактерита «Фибробактерии» Группа ФКБ
« Огненные бактерии » [4] РИФ1 Нет
« Фервидибактерии » ОктСпа1-106
« Фишербактерии » [4] РИФ25 Нет
Бациллота "Фирмикуты" Террабактерии
« Фразербактерии » [4] РИФ31 Нет
Фузобактериота «Фузобактерии»
Одаренный драгоценными камнями Гематимонадеты [38] Группа ФКБ [26] Да [38]
« Глассбактерии » [4] REF5 Нет
« Джованнонибактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 4 Нет
« Готтесманбактерии » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Грацилибактерии » [39] [10] ГН02, БД1-5, СН-2 СЛР; патесцибактерии; СЛР, связанная с грацилибактериями Нет
« Грибальдобактерии ». [4] [10] СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 2 Нет
« Хандельсманбактерия ». [4] РИФ27 Нет
« Харрисонбактерия » [4] [10] РИФ43 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 3 Нет
" Хоулетбактерии " [10] СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериями Нет
« Хугбактерия » [22] СЛР; паркубактерии; неклассифицированные паркубактерии Нет
" Гидрогенедентес " НКБ19 Нет
Игнавибактериота «Игнавибактерии», ЗБ1 Группа ФКБ
« Джексонбактерия » [4] [10] РИФ38 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет
« Йоргенсенбактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 3 Нет
« Кайзербактерия » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 4 Нет
« Катанобактерии » [40] [10] WWE3 СЛР; Связанные с микрогеноматами Нет
« Казанбактерия » [10] [4] Казань СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериями Нет
« Керфельдбактерии » [4] [10] РИФ4 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет
Киритиматиеллота
« Комеилибактерии » [4] [10] РИФ6 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет иногда неправильно пишется как «Комеллибактерии». [4]
« Криптония » [41] Нет
КСБ1 Нет
« Крумхользибактериота » [33]
« Куненбактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет
« Лямбдапротеобактерии » [4] РИФ24 Протеобактерии Нет
« Лацецибактерии ». WS3 Группа ФКБ [26] Нет
ЛКП-89 [42]
Лентисфаэрота "Лентисфера", vadinBE97 Группа ПВХ
« Левибактерии » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Линдобактерия » [4] РИФ2 СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериями Нет
« Липтонбактерии » [4] [10] РИФ42 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 3 Нет
« Ллойдбактерия » [4] [10] РИФ45 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 4 Нет
« Магасаникбактерия » [18] [43] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет
« Маргулисбактерии » [4] РИФ30 Нет
« Маринимикробия » SAR406, морская группа А Группа ФКБ [26] Да
« Мелайнабактерии » [44] Нет
« Микрогеноматы » [45] ОП11 СЛР Патескибактерии Нет Суперфилум
« Модулибактерии ». [39] [46] КСБ3, ГН06 Нет
« Моранбактерии » [18] [10] OD1-я [18] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; неклассифицированные паркубактерии Нет
« Мупротеобактерии » [4] РИФ23 Протеобактерии Нет
Миксококкота
NC10 [47] [13] Нет
« Нильсонбактерии » [4] [10] РИФ40 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 2 Нет
« Нийобактерии » [4] РИФ11 СЛР; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 4 Нет
Нитроспинота "Нитроспина" [48] Да [49] [50]
Нитроспирота «Нитроспиры» Да
« Номуробактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет
« Омнитрофика » [15] ОП3 Группа ПВХ Нет
« Пацебактерии » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Паркубактерия ». [12] ОД1 СЛР Нет Суперфилум
«Паркубактерия» 1 [10] СЛР; Паркубактерии Нет
«Паркубактерия» 2 [10] СЛР; Паркубактерии Нет
«Паркубактерия» 3 [10] СЛР; Паркубактерии Нет
«Паркубактерия» 4 [10] СЛР; Паркубактерии Нет
« Паркунитробактерии ». [51] СЛР; паркубактерии; неклассифицированные паркубактерии [52] Нет Суперфилум
PAUC34f [53] неклассифицированная линия, связанная с губками (SAUL) Группа ФКБ
« Перегринибактерии ». [54] [55] [56] [57] [10] ПЕР СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериями Нет
« Перибактерии » [10] СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериями Нет
Планктомицетота «Планктомицеты» Группа ПВХ
« Порибактерии » [58] Группа ПВХ
« Портнойбактерии » [4] РИФ22 СЛР; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 4 Нет
Псевдомонадота «Протеобактерии»
« Раймондбактерия » [4] РИФ7 Нет
Стрелковые бактерии [4] РИФ32 Нет
Родотермота
« Ройзманбактерия » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Рокубактерия ». [29] Нет
« Рианбактерия » [4] [10] РИФ10 СЛР; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 4 Нет
« Сахарибактерии » [30] [10] ТМ7 СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериями Да
" Джемпер " [59]
« Шекманбактерии » [4] РИФ3 Протеобактерии Нет
« Шапиробактерии ». [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Спецбактерии » [4] [10] РИФ19 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 2 Нет
Спирохетата «Спирохеты»
« Стаскавичбактерии ». [4] [10] РИФ20 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 2 Нет
« Сумерлаеота » [60] [61] БРК1
« Солнечные бактерии » [4] [10] REF17 СЛР; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 4 Нет
синергист «Синергистетес»
ТА06 [62] Нет
« Тагабактерии » [4] [10] РИФ12 СЛР; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 4 Нет
« Тейлорбактерии » [4] [10] РИФ16 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 4 Нет
« Тектомикробия » [63]
Микоплазматота «Тенерикутес»
« Махровые бактерии » [4] [10] РИФ13 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 2 Нет
Термодесульфобактерии «Термодесульфобактерии»
Термомикробиота «Термомикробия»
Термотогота «Термотоги», ОП2, ЭМ3 [23] Да [64]
« Бактерии горла » [10] СЛР; паркубактерии; неклассифицированные паркубактерии Нет
УБП-1 [5] Нет
УБП-3 [5] Нет
УБП-4 [5] Нет
УБП-5 [5] Нет
УБП-6 [5] Нет
УБП-7 [5] Нет
УБП-8 [5] Нет
УБП-9 [5] Нет
УБП-10 [5] Нет
УБП-11 [5] Нет
УБП-12 [5] Нет
УБП-13 [5] Нет
УБП-14 [5] Нет
УБП-15 [5] Нет
УБП-16 [5] Нет
УБП-17 [5] Нет
« Урбактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 1 Нет кажутся полифилетическими: две клады
« Вебленбактерия ». [4] РИФ39 СЛР; паркубактерии; Связанные с паркубактериями 1 Нет
Веррукомикробиота «Веррукомикробия» Группа ПВХ
« Фогельбактерия » [4] [10] РИФ14 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 4 Нет
« Воллбактерии » [4] РИФ33 Нет
« Видермутбактерии » [4] [10] РИФ21 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 2 Нет
« Виртбактерии » [65] Бактерии, связанные с СЛР Нет
« Горебактерии » [18] СЛР; патесцибактерии; Микрогеноматы Нет
« Вольфбактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; Паркубактерии 3 Нет
« Войкебактерии » [4] [22] РИФ34 СЛР; Микрогеноматы Нет
ВОР-1 [62] Нет
ВОР-2 [62] Нет
ВОР-3 [62] Нет
« Янофскибактерии » [18] [10] СЛР; патесцибактерии; паркубактерии; неклассифицированные паркубактерии Нет
« Йонатбактерии » [4] [10] РИФ44 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 4 Нет
« Замбрискибактерии » [4] [10] РИФ15 СЛР; паркубактерии; Паркубактерии 4 Нет
ЗБ2 ОД1-ЗБ2 [14] СЛР; Паркубактерии Нет
« Зиксибактерии » [66] Группа ФКБ Нет

Супергруппы [ править ]

Несмотря на неясный порядок ветвления большинства типов бактерий, несколько групп типов последовательно группируются вместе и называются супергруппами или суперфилами. В некоторых случаях бактериальные клады явно последовательно группируются вместе, но неясно, как назвать эту группу. Например, Candidate Phyla Radiation включает группу Patescibacteria, которая включает группу Microgenomates, включающую более 11 типов бактерий.

тип излучения ( Кандидатский ) CPR

Основная статья: Кандидатский тип радиации

CPR — это описательный термин, обозначающий массивное монофилетическое излучение типов-кандидатов, существующих в бактериальном домене. [67] Он включает две основные клады: группы Microgenomates и Parcubaacteria, каждая из которых содержит одноименный супертип и несколько других типов.

Патескибактерии [ править ]

Первоначально предполагалось, что супертип Patescibacteria включает типы Microgenomates (OP11), Parcubaacteria (OD1) и Gracilibacteria (GNO2 / BD1-5). [26] Более поздние филогенетические анализы показывают, что последний общий предок этих таксонов является тем же узлом, что и у CPR. [68]

Сфингобактерии [ править ]

Основная статья: Сфингобактерии

Сфингобактерии (группа FCB) включают Bacteroidota, Calditrichota, Chlorobiota, тип-кандидат «Cloacimonetes», Fibrobacterota, Gemmatimonadota, Ignavibacteriota, тип- кандидат «Latescibacteria», тип-кандидат «Marinimicrobia» и тип-кандидат «Zixibacteria». [26] [69]

Микрогеноматы [ править ]

Первоначально считалось, что микрогеноматы представляют собой один тип бактерий, хотя данные свидетельствуют о том, что на самом деле они охватывают более 11 типов бактерий. [18] [4] включая Curtisbacteria, Daviesbacteria, Levybacteria, Gottesmanbacteria, Woesebacteria, Amesbacteria, Shapirobacteria, Roizmanbacteria, Beckwithbacteria, Collierbacteria, Pacebacteria.

Паркубактерии [ править ]

Первоначально паркубактерии были описаны как один тип, использующий менее 100 последовательностей 16S рРНК. Учитывая, что сейчас доступно большее разнообразие последовательностей 16S рРНК из некультивируемых организмов, предполагается, что оно может включать до 28 типов бактерий. [2] В соответствии с этим в настоящее время в группе Parcubaacteria описано более 14 типов. [18] [4] включая Kaiserbacteria, Adlerbacteria, Campbellbacteria, Nomurabacteria, Giovannonibacteria, Wolfebacteria, Jorgensenbacteria, Yanofskybacteria, Azambacteria, Moranbacteria, Uhrbacteria и Magasanikbacteria.

Протеобактерии [ править ]

Было высказано предположение, что некоторые классы типа Proteobacteria могут быть самостоятельными типами, что делает Proteobacteria супертипом. [70] Например, группа Deltaproteobacteria не образует монофилетическую линию с другими классами Proteobacteria. [71]

Планктобактерии [ править ]

Основная статья: Планктобактерии

( В группу Planctobacteria группа PVC) входят Chlamydiota , Lentisphaerota , тип-кандидат « Omnitropica », Planctomycetota , тип-кандидат « Poribacteria » и Verrucomicrobiota . [26] [69]

Террабактерии [ править ]

Основная статья: Террабактерии

супертип Terrabacteria Предлагаемый [72] включает Actinomycetota , « Cyanobacteria »/« Melainabacteria » группу , Deinococcota , Chloroflexota , Bacillota и тип-кандидат OP10. [72] [73] [26] [69]

Загадочный супертип [ править ]

Было высказано предположение, что несколько типов-кандидатов ( Microgenomates , Omnitropica , Parcubaacteria и Saccharibacteria ) и несколько общепринятых типов ( Elusimicrobiota , Caldisericota и Armatimonadota ) на самом деле являются супертипами, которые были неправильно описаны как типы, потому что правила определения бактериального типа отсутствуют или из-за отсутствие разнообразия последовательностей в базах данных, когда тип был впервые установлен. [2] Например, предполагается, что тип-кандидат Parcubaacteria на самом деле является супертипом, охватывающим 28 подчиненных типов, а тип Elusimicrobia на самом деле является супертипом, охватывающим 7 подчиненных типов. [70]

Историческая перспектива [ править ]

Исторические классификации бактерий см. в разделе «Бактериальная систематика» .
Порядок ветвления см. в разделе «Порядок ветвления бактериальных типов» (Woese, 1987) .
Атомная структура 30S рибосомальной субъединицы Thermus thermophilus , частью которой является 16S. Белки показаны синим цветом, а одиночная цепь РНК — коричневым. [74]

Учитывая богатую историю области бактериальной таксономии и быстроту изменений в ней в наше время, часто полезно иметь историческую перспективу того, как развивалась эта область, чтобы понять ссылки на устаревшие определения или концепции.

Когда бактериальная номенклатура контролировалась в соответствии с Ботаническим кодексом , использовался термин «деление» , но теперь, когда бактериальная номенклатура (за исключением цианобактерий ) контролируется в соответствии с Бактериологическим кодексом термин «тип» , предпочтительным является .

В 1987 году Карл Везе , считающийся предшественником революции молекулярной филогении, разделил эубактерии на 11 подразделений на основе последовательностей 16S рибосомальной РНК (SSU), перечисленных ниже. [75] [76]

Традиционно филогении выводы о и таксономии устанавливались на основе исследований морфологии. Появление молекулярной филогенетики позволило лучше понять эволюционные взаимоотношения видов путем анализа их ДНК и последовательностей белков , например, рибосомальной ДНК . [87] Отсутствие легкодоступных морфологических признаков, таких как те, которые присутствуют у животных и растений , препятствовало ранним попыткам классификации и привело к ошибочной, искаженной и запутанной классификации, примером которой, как отметил Карл Вёзе , является Pseudomonas , этимология которой по иронии судьбы соответствовала ее таксономии. а именно «ложная единица». [75] Многие бактериальные таксоны были переклассифицированы или переопределены с использованием молекулярной филогенетики.

Появление технологий молекулярного секвенирования позволило восстанавливать геномы непосредственно из образцов окружающей среды (т.е. минуя культивирование), что привело к быстрому расширению наших знаний о разнообразии типов бактерий. с разрешением генома Этими методами являются метагеномика и геномика одиночных клеток .

См. также [ править ]

Сноски [ править ]

  1. ^ До недавнего времени считалось, что только Bacillota и Actinomycetota являются грамположительными. Однако тип-кандидат TM7 также может быть грамположительным. [78] Однако Chloroflexi имеет один бислой, но не окрашивается (за некоторыми исключениями). [79] ). [80]
  2. ^ Pasteuria теперь отнесена к типу Bacillota , а не к типу Planctomycetota .
  3. ^ Было предложено назвать кладу Xenobacteria. [83] или гадобактерии [84] (последнее считается незаконным именем [85] ).

Ссылки [ править ]

  1. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Обнимаю, Лаура А.; Бейкер, Бретт Дж.; Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т.; Пробст, Александр Дж.; Кастель, Синди Дж.; Баттерфилд, Кристина Н.; Хернсдорф, Алекс В.; Амано, Юки; Исе, Котаро; Сузуки, Йохей (11 апреля 2016 г.). «Новый взгляд на древо жизни» . Природная микробиология . 1 (5): 16048. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.48 . ISSN   2058-5276 . ПМИД   27572647 .
  2. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и Ярза, Пабло; Йылмаз, Пелин; Прюссе, Эльмар; Глекнер, Фрэнк Оливер; Людвиг, Вольфганг; Шлейфер, Карл-Хайнц; Уитмен, Уильям Б.; Эзеби, Жан; Аманн, Рудольф; Росселло-Мора, Рамон (сентябрь 2014 г.). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК» . Обзоры природы Микробиология . 12 (9): 635–645. дои : 10.1038/nrmicro3330 . ISSN   1740-1534 . ПМИД   25118885 . S2CID   21895693 .
  3. ^ Бактериальные типы в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатурное положение (ЛПСН), перемещается в ДСМЗ» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  4. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в ах есть также и аль являюсь а к ап ак с как в В из хорошо топор является тот Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т.; Обнимаю, Лаура А.; Шарон, Итай; Кастель, Синди Дж.; Пробст, Александр Дж.; Томас, Брайан С.; Сингх, Андреа; Уилкинс, Майкл Дж.; Караоз, Улас; Броди, Эоин Л. (24 октября 2016 г.). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в системе водоносных горизонтов» . Природные коммуникации . 7 (1): 13219. Бибкод : 2016NatCo...713219A . дои : 10.1038/ncomms13219 . ISSN   2041-1723 . ПМК   5079060 . ПМИД   27774985 .
  5. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р Паркс, Донован Х.; Ринке, Кристиан; Чувочина, Мария; Шомей, Пьер-Ален; Вудкрофт, Бен Дж.; Эванс, Пол Н.; Гугенгольц, Филип; Тайсон, Джин В. (ноябрь 2017 г.). «Восстановление почти 8000 геномов, собранных в метагеном, существенно расширяет древо жизни» . Природная микробиология . 2 (11): 1533–1542. дои : 10.1038/s41564-017-0012-7 . ISSN   2058-5276 . ПМИД   28894102 .
  6. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Дудек, Наташа К.; Сан, Кристин Л.; Бурштейн, Дэвид; Кантор, Роуз С.; Алиага Гольцман, Даниэла С.; Бик, Элизабет М.; Томас, Брайан С.; Банфилд, Джиллиан Ф.; Релман, Дэвид А. (18 декабря 2017 г.). «Новое микробное разнообразие и функциональный потенциал микробиома полости рта морских млекопитающих» . Современная биология . 27 (24): 3752–3762.e6. дои : 10.1016/j.cub.2017.10.040 . ISSN   1879-0445 . ПМИД   29153320 .
  7. ^ Орен, Аарон; Арахал, Дэвид Р.; Росселло-Мора, Рамон; Сатклифф, Иэн К.; Мур, Эдвард Р.Б. (23 июня 2021 г.). «Поправка к правилам 5b, 8, 15 и 22 Международного кодекса номенклатуры прокариот с целью включения ранга типа» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (6). дои : 10.1099/ijsem.0.004851 . ПМИД   34161220 . S2CID   235625014 .
  8. ^ Орен, Аарон; Гаррити, Джордж М. (20 октября 2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (10). дои : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД   34694987 . S2CID   239887308 .
  9. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д «ARB-Сильва: обширная база данных рибосомальных РНК» . Команда разработчиков АРБ . Проверено 2 января 2016 г.
  10. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в ах есть также и аль являюсь а к ап ак с как в В из хорошо топор является тот нет бб Александр Л. Джаффе, Синди Дж. Кастель, Паула Б. Матеус Карневали, Симонетта Грибальдо, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Рост разнообразия метаболических платформ в типах излучения кандидатов . В: BMC Biology Vol. 18, №. 69; июнь 2020 г.); doi:10.1186/s12915-020-00804-5
  11. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Тахон, Гийом; Титгат, Бьёрн; Леббе, Лисбет; Карлье, Орельен; Виллемс, Энн (1 июля 2018 г.). «Abditibacterium utsteinense sp. nov., первый культивируемый представитель кандидатного типа FBP, выделенный из образцов незамерзающей антарктической почвы» . Систематическая и прикладная микробиология . 41 (4): 279–290. дои : 10.1016/j.syapm.2018.01.009 . ISSN   0723-2020 . ПМИД   29475572 . S2CID   3515091 .
  12. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Харрис, Дж. Кирк; Келли, Скотт Т.; Пейс, Норман Р. (февраль 2004 г.). «Новый взгляд на филогенетическое подразделение некультивируемых бактерий OP11» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (2): 845–849. Бибкод : 2004ApEnM..70..845H . дои : 10.1128/АЕМ.70.2.845-849.2004 . ISSN   0099-2240 . ПМЦ   348892 . ПМИД   14766563 .
  13. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Раппе, Майкл С.; Джованнони, Стивен Дж. (2003). «Некультурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии . 57 : 369–94. дои : 10.1146/annurev.micro.57.030502.090759 . ПМИД   14527284 .
  14. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Кенли А. Хиллер, Кеннет Х. Форман, Дэвид Вейсман, Дженнифер Л. Боуэн: Проницаемые реактивные барьеры, предназначенные для смягчения последствий эвтрофикации, изменяющие состав бактериального сообщества и окислительно-восстановительные условия водоносного горизонта. В: Appl Environ Microbiol v.81(20); 2015 октябрь; стр.7114–7124. дои:10.1128/АЕМ.01986-15 . ПМК   4579450 . ПМИД   26231655 .
  15. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж Гугенгольц П; и др. (1998). «Новое бактериальное разнообразие на уровне деления в горячем источнике Йеллоустона» . Журнал бактериологии . 180 (2): 366–76. дои : 10.1128/JB.180.2.366-376.1998 . ПМК   106892 . ПМИД   9440526 .
  16. ^ Трэш, Дж. Кэмерон; Коутс, Джон Д. (2010), «Тип XVII. Acidobacteria phyl. Nov.», Руководство Берджи® по систематической бактериологии , Springer New York, стр. 725–735, номер документа : 10.1007/978-0-387-68572-4_6. , ISBN  978-0-387-95042-6
  17. ^ Гудфеллоу, Майкл (2012). «Тип XXVI. Тип Actinobacteria. Ноябрь». Руководство Берджи® по систематической бактериологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 33–2028. дои : 10.1007/978-0-387-68233-4_3 . ISBN  978-0-387-95043-3 .
  18. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление Кристофер Т. Браун, Лаура А. Хаг, Брайан С. Томас и др. ; и др. (2015). «Необычная биология группы, включающей более 15% доменных бактерий» . Природа . 523 (7559): 208–11. Бибкод : 2015Natur.523..208B . дои : 10.1038/nature14486 . ОСТИ   1512215 . ПМИД   26083755 . S2CID   4397558 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  19. ^ Тамаки, Хидеюки; Танака, Ясухиро; Мацузава, Хироаки; Мурамацу, Мизухо; Мэн, Сянь-Ин; Ханада, Сатоши; Мори, Казухиро; Камагата, Ёичи (июнь 2011 г.). «Armatimonas rosea gen. nov., sp. nov., нового бактериального типа, Armatimonadetes phyl. nov., формально называемого типом-кандидатом OP10» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (Часть 6): 1442–1447. дои : 10.1099/ijs.0.025643-0 . ISSN   1466-5034 . ПМИД   20622056 .
  20. ^ Ханке, Ричард Л.; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Гарсиа-Лопес, Марина; Мукерджи, Супратим; Хантеманн, Марсель; Иванова Наталья Н.; Войке, Таня; Кирпидес, Никос К.; Кленк, Ханс-Петер; Гёкер, Маркус (2016). «Геномная таксономическая классификация Bacteroidetes» . Границы микробиологии . 7 : 2003. doi : 10.3389/fmicb.2016.02003 . ISSN   1664-302X . ПМК   5167729 . ПМИД   28066339 .
  21. ^ Райтон, Келли С.; Кастель, Синди Дж.; Уилкинс, Майкл Дж.; Обнимаю, Лаура А.; Шарон, Итай; Томас, Брайан С.; Хэндли, Ким М.; Маллин, Шон В.; Никора, Кэрри Д.; Сингх, Андреа; Липтон, Мэри С. (июль 2014 г.). «Метаболические взаимозависимости между филогенетически новыми ферментерами и респираторными организмами в неограниченном водоносном горизонте» . Журнал ISME . 8 (7): 1452–1463. дои : 10.1038/ismej.2013.249 . ISSN   1751-7370 . ПМК   4069391 . ПМИД   24621521 .
  22. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Роберт Э. Данчак, доктор медицинских наук Джонстон, К. Кена, М. Слэттери, К. К. Райтон, М. Дж. Уилкинс (сентябрь 2017 г.). «Члены потенциального типа радиации функционально различаются по способностям круговорота углерода и азота» . Микробиом . 5 (1): 112. дои : 10.1186/s40168-017-0331-1 . ПМЦ   5581439 . ПМИД   28865481 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  23. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Данфилд, Питер Ф.; Тамаш, Ивица; Ли, Кевин С.; Морган, Сочитль К.; Макдональд, Ян Р.; Стотт, Мэтью Б. (2012). «Выбор кандидата: умозрительная история бактериального типа OP10» . Экологическая микробиология . 14 (12): 3069–3080. дои : 10.1111/j.1462-2920.2012.02742.x . ISSN   1462-2920 . ПМИД   22497633 .
  24. ^ Мори, К.; Ямагучи, К.; Сакияма, Ю.; Урабе, Т.; Судзуки, К.-и. (23 июля 2009 г.). «Caldisericum exile gen. nov., sp. nov., анаэробная, термофильная, нитчатая бактерия нового бактериального типа Caldiserica phyl. nov., первоначально называвшаяся типом-кандидатом OP5, и описание Caldisericaceae fam. nov., Caldisericales ord. . ноябрь и Caldisericia classis ноябрь» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (11): 2894–2898. дои : 10.1099/ijs.0.010033-0 . ISSN   1466-5026 . ПМИД   19628600 .
  25. ^ Кубланов Илья Владимирович; Сигалова Ольга М.; Гаврилов Сергей Н.; Лебединский Александр Васильевич; Ринке, Кристиан; Ковалева, Ольга; Черных, Николай А.; Иванова, Наталья; Даум, Крис; Редди, ТБК; Кленк, Ханс-Петер (20 февраля 2017 г.). «Геномный анализ Caldithrix abyssi , термофильной анаэробной бактерии нового бактериального типа Calditrichaeota» . Границы микробиологии . 8 : 195. дои : 10.3389/fmicb.2017.00195 . ISSN   1664-302X . ПМК   5317091 . ПМИД   28265262 .
  26. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж г час я Ринке С; и др. (2013). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи» . Природа . 499 (7459): 431–7. Бибкод : 2013Natur.499..431R . дои : 10.1038/nature12352 . hdl : 10453/27467 . ПМИД   23851394 .
  27. ^ Бун, Дэвид Р.; Кастенхольц, Ричард В.; Гаррити, Джордж М., ред. (2001). Руководство Берджи® по систематической бактериологии . дои : 10.1007/978-0-387-21609-6 . ISBN  978-1-4419-3159-7 . S2CID   41426624 .
  28. ^ Чуари, Ракия; Ле Паслье, Дени; Дауга, Екатерина; Дэгелен, Патрик; Вайсенбах, Жан; Сгир, Абдельгани (апрель 2005 г.). «Новое потенциальное подразделение основных бактерий в муниципальном анаэробном варочном котле» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (4): 2145–2153. Бибкод : 2005ApEnM..71.2145C . дои : 10.1128/aem.71.4.2145-2153.2005 . ISSN   0099-2240 . ПМЦ   1082523 . ПМИД   15812049 .
  29. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Обнимаю, Лаура А.; Томас, Брайан С.; Шарон, Итай; Браун, Кристофер Т.; Шарма, Ритин; Хеттич, Роберт Л.; Уилкинс, Майкл Дж.; Уильямс, Кеннет Х.; Сингх, Андреа; Банфилд, Джиллиан Ф. (2016). «Важнейшие биогеохимические функции в недрах связаны с бактериями новых типов и малоизученных линий» . Экологическая микробиология . 18 (1): 159–173. дои : 10.1111/1462-2920.12930 . ISSN   1462-2920 . ОСТИ   1328276 . ПМИД   26033198 . S2CID   43160538 .
  30. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Реймс, Х; Рейни, ФА; Стакебрандт, Э. (сентябрь 1996 г.). «Молекулярный подход к поиску разнообразия бактерий в окружающей среде» . Журнал промышленной микробиологии и биотехнологии . 17 (3–4): 159–169. дои : 10.1007/bf01574689 . ISSN   0169-4146 . S2CID   31868442 .
  31. ^ Патель, Бхарат К.К. (2010). «Тип XX. Диктиогломный тип. Ноябрь». Руководство Берджи® по систематической бактериологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 775–780. дои : 10.1007/978-0-387-68572-4_9 . ISBN  978-0-387-95042-6 .
  32. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Джи, Мукан; Грининг, Крис; Ванвонтергем, Инка; Карере, Карло Р.; Бэй, Шон К.; Стин, Джейсон А.; Монтгомери, Кейт; Лайнс, Томас; Бердалл, Джон; ван Дорст, Джози; Снейп, Ян (декабрь 2017 г.). «Примеси атмосферных газов поддерживают первичное производство в почве поверхности антарктической пустыни» . Природа . 552 (7685): 400–403. Бибкод : 2017Natur.552..400J . дои : 10.1038/nature25014 . hdl : 2440/124244 . ISSN   1476-4687 . ПМИД   29211716 .
  33. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Юсеф, Ноха Х.; Фараг, Ибрагим Ф.; Хан, К. Райан; Прематилаке, Хасита; Фрай, Эмили; Харт, Мэтью; Хаффакер, Кристал; Берд, Эдвард; Хамбрайт, Джиммре; Хофф, Воутер Д.; Эльшахед, Мостафа С. (1 января 2019 г.). «Candidatus Krumholzibacterium zodletonense gen. nov., sp nov., первый представитель типа-кандидата Krumholzibacteriota phyl. nov., выделенный из бескислородного сульфидного источника с использованием метагеномики с разрешением генома». Систематическая и прикладная микробиология . Систематика некультивируемых бактерий и архей. 42 (1): 85–93. дои : 10.1016/j.syapm.2018.11.002 . ISSN   0723-2020 . ПМИД   30477901 .
  34. ^ Херлеманн, ДНР; Гейсингер, О.; Икеда-Оцубо, В.; Кунин В.; Сан, Х.; Лапидус, А.; Гугенгольц, П.; Брюн, А. (1 мая 2009 г.). «Геномный анализ «Elusimicrobium minutum», первого культивируемого представителя типа «Elusimicrobia» (ранее группа термитов 1)» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (9): 2841–2849. Бибкод : 2009ApEnM..75.2841H . дои : 10.1128/АЕМ.02698-08 . ISSN   0099-2240 . ПМК   2681670 . ПМИД   19270133 .
  35. ^ Ногалес, Бальбина; Мур, Эдвард РБ; Льобет-Бросса, Энрике; Росселло-Мора, Рамон; Аманн, Рудольф; Тиммис, Кеннет Н. (1 апреля 2001 г.). «Совместное использование 16S рибосомальной ДНК и 16S рРНК для изучения бактериального сообщества почвы, загрязненной полихлорированными бифенилами» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (4): 1874–1884. Бибкод : 2001ApEnM..67.1874N . дои : 10.1128/АЕМ.67.4.1874-1884.2001 . ISSN   0099-2240 . ПМК   92809 . ПМИД   11282645 .
  36. ^ Уорд, Льюис М.; Кардона, Танаи; Холланд-Мориц, Ханна (29 января 2019 г.). «Эволюционные последствия аноксигенной фототрофии у бактериального типа Candidatus Palusbacterota (WPS-2)» . дои : 10.1101/534180 . S2CID   92796436 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  37. ^ Книттел, Катрин; Боэций, Антье; Лемке, Андреас; Эйлерс, Хайке; Лохте, Карин; Блин, Олаф; Слева, Питер; Аманн, Рудольф (июль 2003 г.). «Активность, распространение и разнообразие сульфатредукторов и других бактерий в отложениях над газовыми гидратами (Каскадия-Мардж, Орегон)». Геомикробиологический журнал . 20 (4): 269–294. Бибкод : 2003GmbJ...20..269K . дои : 10.1080/01490450303896 . hdl : 21.11116/0000-0001-D20F-2 . ISSN   0149-0451 . S2CID   140639772 .
  38. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Чжан, Хуэй; Секигути, Юдзи; Ханада, Сатоши; Гугенгольц, Филип; Ким, Хонгик; Камагата, Ёичи; Накамура, Казунори (2003). «Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., грамотрицательный, аэробный, полифосфат-аккумулирующий микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (4): 1155–1163. дои : 10.1099/ijs.0.02520-0 . ISSN   1466-5026 . ПМИД   12892144 .
  39. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Лей, Рут Э.; Харрис, Дж. Кирк; Уилкокс, Джошуа; Спир, Джон Р.; Миллер, Скотт Р.; Бебут, Брэд М.; Мареска, Джулия А.; Брайант, Дональд А.; Согин, Митчелл Л.; Пейс, Норман Р. (1 мая 2006 г.). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Герреро-Негро» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (5): 3685–3695. Бибкод : 2006ApEnM..72.3685L . дои : 10.1128/АЕМ.72.5.3685-3695.2006 . ISSN   0099-2240 . ПМЦ   1472358 . ПМИД   16672518 .
  40. ^ Гермази, Сонда; Дэгелен, Патрик; Дауга, Екатерина; Ривьер, Дельфин; Буше, Теодор; Годон, Жан Жак; Гьяпай, Габор; Сгир, Абдельгани; Пеллетье, Эрик; Вайсенбах, Жан; Ле Паслье, Дени (август 2008 г.). «Открытие и характеристика нового подразделения бактерий-кандидатов с помощью метагеномного подхода в анаэробном варочном котле» . Экологическая микробиология . 10 (8): 2111–2123. дои : 10.1111/j.1462-2920.2008.01632.x . ISSN   1462-2912 . ПМК   2702496 . ПМИД   18459975 .
  41. ^ Элоэ-Фадрош, Эмили А.; Паес-Эспино, Дэвид; Джаретт, Джессика; Данфилд, Питер Ф.; Хедлунд, Брайан П.; Декас, Энн Э.; Грасби, Стивен Э.; Брэди, Эллисон Л.; Донг, Хайлян; Бриггс, Брэндон Р.; Ли, Вэнь-Цзюнь (27 января 2016 г.). «Глобальное метагеномное исследование выявило новый тип бактерий-кандидатов в геотермальных источниках» . Природные коммуникации . 7 (1): 10476. Бибкод : 2016NatCo...710476E . дои : 10.1038/ncomms10476 . ISSN   2041-1723 . ПМЦ   4737851 . ПМИД   26814032 .
  42. ^ Юсеф, Ноха Х.; Фараг, Ибрагим Ф.; Хан, К. Райан; Джаретт, Джессика; Бекрафт, Эрик; Элоэ-Фадрош, Эмили; Лайтфут, Хорхе; Буржуа, Остин; Коул, Таннер; Ферранте, Стефани; Трулок, Мэнди (15 мая 2019 г.). «Геномная характеристика кандидатного отдела LCP-89 выявляет атипичную структуру клеточной стенки, образование микрокамер и двойную дыхательную и ферментативную способность» . Прикладная и экологическая микробиология . 85 (10). Бибкод : 2019ApEnM..85E.110Y . дои : 10.1128/AEM.00110-19 . ISSN   0099-2240 . ПМК   6498177 . ПМИД   30902854 .
  43. ^ NCBI: Кандидат Magasanikbacteria (тип)
  44. ^ Ди Риенци, Сара С; Шарон, Итай; Райтон, Келли С; Корен, Омри; Обнимаю, Лора А; Томас, Брайан С; Гудрич, Джулия К; Белл, Джордана Т; Спектор, Тимоти Д.; Банфилд, Джиллиан Ф; Лей, Рут Э (1 октября 2013 г.). «В кишечнике человека и грунтовых водах обитают нефотосинтезирующие бактерии, принадлежащие к новому кандидатному типу, родственному цианобактериям» . электронная жизнь . 2 : e01102. дои : 10.7554/eLife.01102 . ISSN   2050-084X . ПМЦ   3787301 . ПМИД   24137540 .
  45. ^ Гугенгольц, Филип; Гебель, Бретт М.; Пейс, Норман Р. (15 декабря 1998 г.). «Влияние культурно-независимых исследований на новый филогенетический взгляд на бактериальное разнообразие» . Журнал бактериологии . 180 (24): 4765–74. дои : 10.1128/jb.180.24.6793-6793.1998 . ISSN   1098-5530 . ПМЦ   107498 . ПМИД   9733676 .
  46. ^ Секигути, Юдзи; Охаси, Акико; Паркс, Донован Х.; Ямаути, Тошихиро; Тайсон, Джин В.; Гугенгольц, Филип (27 января 2015 г.). «Первые геномные данные о членах потенциального бактериального типа, ответственного за накопление сточных вод» . ПерДж . 3 : е740. дои : 10.7717/peerj.740 . ISSN   2167-8359 . ПМК   4312070 . ПМИД   25650158 .
  47. ^ Холмс, Эндрю Дж.; Туюла, Ниина А.; Холли, Марита; Контос, Анналиса; Джеймс, Джулия М.; Роджерс, Питер; Гиллингс, Майкл Р. (2001). «Филогенетическая структура необычных водных микробных образований в пещерах Налларбор, Австралия». Экологическая микробиология . 3 (4): 256–264. дои : 10.1046/j.1462-2920.2001.00187.x . ISSN   1462-2920 . ПМИД   11359511 .
  48. ^ Люкер, Себастьян; Новка, Борис; Раттей, Томас; Шпик, Ева; Даймс, Хольгер (2013). «Геном Nitrospina gracilis освещает метаболизм и эволюцию основного морского окислителя нитрита» . Границы микробиологии . 4 : 27. doi : 10.3389/fmicb.2013.00027 . ISSN   1664-302X . ПМК   3578206 . ПМИД   23439773 .
  49. ^ Мюллер, Анна Дж.; Юнг, Человек-Янг; Страчан, Кэмерон Р.; Гербольд, Крейг В.; Киркегор, Расмус Х.; Вагнер, Майкл; Даймс, Хольгер (март 2021 г.). «Геномный и кинетический анализ новых Nitrospinae, обогащенных сортировкой клеток» . Журнал ISME . 15 (3): 732–745. дои : 10.1038/s41396-020-00809-6 . ISSN   1751-7362 . ПМЦ   8026999 . ПМИД   33067588 .
  50. ^ Шпик, Ева; Койтер, Сабина; Венцель, Тило; Бок, Эберхард; Людвиг, Вольфганг (май 2014 г.). «Характеристика новой морской нитритокисляющей бактерии Nitrospina watsonii sp. nov., члена недавно предложенного типа «Nitrospinae» » . Систематическая и прикладная микробиология . 37 (3): 170–176. дои : 10.1016/j.syapm.2013.12.005 . ПМИД   24581679 .
  51. ^ LPSN: Тип «Кандидаты Parcunitrobacteria»
  52. ^ Синди Дж. Кастель, Кристофер Т. Браун, Брайан К. Томас, Кеннет Х. Уильямс, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Необычная дыхательная способность и азотистый метаболизм у Parcubacterium (OD1) Candidate Phyla Radiation . В: Sci Rep 7, 40101; 9 января 2017 г.; дои: 10.1038/srep40101
  53. ^ Астудильо-Гарсия, Кармен; Слэби, Беате М.; Уэйт, Дэвид В.; Байер, Кристина; Хентшель, Юте; Тейлор, Майкл В. (2018). «Филогения и геномика SAUL, загадочной бактериальной линии, часто связанной с морскими губками» (PDF) . Экологическая микробиология . 20 (2): 561–576. дои : 10.1111/1462-2920.13965 . ISSN   1462-2920 . ПМИД   29098761 . S2CID   23892350 .
  54. ^ Райтон, Коннектикут; Томас, Британская Колумбия; Шэрон, И.; Миллер, CS; Кастель, CJ; ВерБеркмос, Северная Каролина; Уилкинс, MJ; Хеттич, РЛ; Липтон, Миссисипи; Уильямс, К.Х.; Лонг, ЧП (27 сентября 2012 г.). «Ферментация, обмен водорода и серы в множественных некультивируемых бактериальных типах». Наука . 337 (6102): 1661–1665. Бибкод : 2012Sci...337.1661W . дои : 10.1126/science.1224041 . ISSN   0036-8075 . ПМИД   23019650 . S2CID   10362580 .
  55. ^ NCBI: Candida Peregrinibacteria (тип)
  56. ^ UniProt: Таксономия - перегринибактерии-кандидаты (ТИП)
  57. ^ Картик Анантараман, Кристофер Т. Браун, Дэвид Бурштейн, Синди Кастель: Анализ пяти полных последовательностей генома членов класса Peribacteria недавно признанного бактериального типа Peregrinibacteria . В: PeerJ 4(8):e1607; январь 2016 г.; doi:10.7717/peerj.1607
  58. ^ Физелер, Ларс; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл; Хентшель, Юте (июнь 2004 г.). «Открытие нового типа-кандидата «порибактерии» в морских губках» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (6): 3724–3732. Бибкод : 2004ApEnM..70.3724F . дои : 10.1128/АЕМ.70.6.3724-3732.2004 . ISSN   0099-2240 . ПМК   427773 . ПМИД   15184179 .
  59. ^ Виганд, Сандра; Джоглер, Марейке; Кон, Тимо; Авал, Рам Прасад; Обербекманн, Соня; Кеси, Катарина; Йеске, Ольга; Шуман, Питер; Петерс, Стейн Х. (24 октября 2019 г.). «Новый тип бактерий, меняющих форму Saltatorellota». дои : 10.1101/817700 . S2CID   208566371 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  60. ^ Деракшани, Маниджи; Луков, Томас; Лизак, Вернер (1 февраля 2001 г.). «Новые бактериальные линии на уровне (под)деления, обнаруженные с помощью характерного нуклеотидно-ориентированного восстановления генов 16S рРНК из основной массы почвы и корней риса затопленных рисовых микрокосмов» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (2): 623–631. Бибкод : 2001ApEnM..67..623D . doi : 10.1128/aem.67.2.623-631.2001 . ISSN   1098-5336 . ПМК   92629 . ПМИД   11157225 .
  61. ^ Кадников Виталий Владимирович; Марданов Андрей Владимирович; Белецкий Алексей Владимирович; Ракитин Андрей Л.; Франк, Юлия А.; Карначук Ольга Владимировна; Равин, Николай В. (январь 2019 г.). «Филогения и физиология кандидатного типа BRC1, выведенная на основе первого полного генома, собранного с помощью метагенома, полученного из глубокого подземного водоносного горизонта». Систематическая и прикладная микробиология . 42 (1): 67–76. дои : 10.1016/j.syapm.2018.08.013 . ISSN   1618-0984 . ПМИД   30201528 . S2CID   52183718 .
  62. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д Бейкер, Бретт Дж.; Лазар, Кассандра Сара; Теске, Андреас П.; Дик, Грегори Дж. (13 апреля 2015 г.). «Геномное разрешение связей в круговороте углерода, азота и серы среди широко распространенных бактерий эстуарных отложений» . Микробиом . 3 (1): 14. дои : 10.1186/s40168-015-0077-6 . ISSN   2049-2618 . ПМК   4411801 . ПМИД   25922666 .
  63. ^ Уилсон, Майкл К.; Мори, Тецуши; Рюкерт, Кристиан; Урия, Агустин Р.; Хельф, Максимилиан Дж.; Такада, Кентаро; Гернерт, Кристина; Стеффенс, Урсула А.Е.; Хейке, Нина; Шмитт, Сюзанна; Ринке, Кристиан (февраль 2014 г.). «Таксон экологических бактерий с большим и своеобразным метаболическим репертуаром» . Природа . 506 (7486): 58–62. Бибкод : 2014Natur.506...58W . дои : 10.1038/nature12959 . ISSN   1476-4687 . ПМИД   24476823 .
  64. ^ Рейзенбах, Анна-Луиза; Хубер, Роберт; Стеттер, Карл О.; Дэйви, Мэри Эллен; МакГрегор, Барбара Дж.; Шталь, Дэвид А. (2001), «Тип BII. Thermotogae phy. Nov.», Руководство Берджи® по систематической бактериологии , Springer New York, стр. 369–387, номер документа : 10.1007/978-0-387-21609-6_19. , ISBN  978-1-4419-3159-7
  65. ^ Пробст, Эй Джей; Кастель, CJ; Сингх, А; Браун, Коннектикут; Анантараман, К; Шэрон, я; Хаг, Лос-Анджелес; Бурштейн, Д; Эмерсон, Дж.Б.; Томас, Британская Колумбия; Банфилд, Дж. Ф. (февраль 2017 г.). «Геномное разрешение сообщества холодных подземных водоносных горизонтов дает понимание метаболизма новых микробов, адаптированных к высоким концентрациям CO 2 » . Экологическая микробиология . 19 (2): 459–474. дои : 10.1111/1462-2920.13362 . ОСТИ   1567074 . ПМИД   27112493 . S2CID   21126011 .
  66. ^ Кастель, Синди Дж.; Обнимаю, Лаура А.; Райтон, Келли С.; Томас, Брайан С.; Уильямс, Кеннет Х.; У, Дунъин; Тринге, Сюзанна Г.; Певец, Стивен В.; Эйзен, Джонатан А.; Банфилд, Джиллиан Ф. (27 августа 2013 г.). «Чрезвычайное филогенетическое разнообразие и метаболическая универсальность в отложениях водоносного горизонта» . Природные коммуникации . 4 (1): 2120. Бибкод : 2013NatCo...4.2120C . дои : 10.1038/ncomms3120 . ISSN   2041-1723 . ПМЦ   3903129 . ПМИД   23979677 .
  67. ^ Кастель Си Джей, Банфилд Дж. Ф. (март 2018 г.). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание Древа Жизни» . Клетка . 172 (6): 1181–1197. дои : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . ПМИД   29522741 .
  68. ^ Кастель, Синди Дж.; Банфилд, Джиллиан Ф. (8 марта 2018 г.). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание Древа Жизни» . Клетка . 172 (6): 1181–1197. дои : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . ISSN   0092-8674 . ПМИД   29522741 .
  69. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Секигути Ю; и др. (2015). «Первые геномные данные о членах потенциального бактериального типа, ответственного за накопление сточных вод» . ПерДж . 3 : е740. дои : 10.7717/peerj.740 . ПМК   4312070 . ПМИД   25650158 .
  70. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Ярза П; и др. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Обзоры природы Микробиология . 12 (9): 635–645. дои : 10.1038/nrmicro3330 . hdl : 10261/123763 . ПМИД   25118885 . S2CID   21895693 .
  71. ^ Обниму Лос-Анджелес; и др. (2016). «Новый взгляд на древо жизни» . Природная микробиология . Статья 16048 (5): 16048. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.48 . ПМИД   27572647 .
  72. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Баттистуцци Ф.У., Фейджао А., Хеджес С.Б. (ноябрь 2004 г.). «Геномная временная шкала эволюции прокариот: понимание происхождения метаногенеза, фототрофии и колонизации суши» . Эволюционная биология BMC . 4:44 . дои : 10.1186/1471-2148-4-44 . ПМЦ   533871 . ПМИД   15535883 .
  73. ^ Баттистуцци, ФУ; Хеджес, С.Б. (6 ноября 2008 г.). «Основная клада прокариотов с древними приспособлениями к жизни на суше». Молекулярная биология и эволюция . 26 (2): 335–343. дои : 10.1093/molbev/msn247 . ПМИД   18988685 .
  74. ^ Шлюенцен Ф; и др. (2000). «Структура функционально активированной малой рибосомальной субъединицы с разрешением 3,3 ангстрема» . Клетка . 102 (5): 615–23. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . ПМИД   11007480 . S2CID   1024446 .
  75. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Вёзе, ЧР (1987). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–71. дои : 10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987 . ПМК   373105 . ПМИД   2439888 .
  76. ^ Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Карл Везе в авангарде революции в области бактериальной эволюции» . Ученый . 3 (10).
  77. ^ Штакебрандт; и др. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственников» » . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 38 (3): 321–325. дои : 10.1099/00207713-38-3-321 .
  78. ^ Гугенгольц, П.; Тайсон, GW; Уэбб, Род-Айленд; Вагнер, AM; Блэколл, LL (2001). «Исследование потенциального подразделения TM7, недавно признанной основной линии доменных бактерий без известных представителей чистой культуры» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (1): 411–9. Бибкод : 2001ApEnM..67..411H . дои : 10.1128/АЕМ.67.1.411-419.2001 . ПМК   92593 . ПМИД   11133473 .
  79. ^ Ябе, С.; Айба, Ю.; Сакаи, Ю.; Хазака, М.; Ёкота, А. (2010). « Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. nov. и Thermogemmatispora foliorum sp. nov., выделенных из опавших листьев на геотермальных почвах, и описание Thermogemmatisporaceae fam. nov. и Thermogemmatisporales ord. nov. в классе Ktedonobacteria» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (4): 903–910. дои : 10.1099/ijs.0.024877-0 . ПМИД   20495028 .
  80. ^ Сатклифф, IC (2011). «Архитектура клеточной оболочки в Chloroflexi: меняющаяся линия фронта в филогенетической войне за сферы влияния». Экологическая микробиология . 13 (2): 279–282. дои : 10.1111/j.1462-2920.2010.02339.x . ПМИД   20860732 .
  81. ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Стакебрандт, Э.; Рейни, ФА; Уорд-Рейни, Нидерланды (1997). «Предложение о новой иерархической системе классификации Actinobacteria classis nov» . Международный журнал систематической бактериологии . 47 (2): 479–491. дои : 10.1099/00207713-47-2-479 .
  82. ^ Ж. П. Эзеби. «Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре: классификация Deinococcus – Thermus» . Архивировано из оригинала 27 января 2013 года . Проверено 30 декабря 2010 г.
  83. ^ Руководство Берджи по систематической бактериологии, 1-е изд.
  84. ^ Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД   11837318 .
  85. ^ «Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре — класс Hadobacteria» . ЛПСН . Архивировано из оригинала 19 апреля 2012 года . Проверено 30 декабря 2010 г. Эузеби, JP (1997). «Список названий бактерий, имеющих номенклатурное положение: папка доступна в Интернете» . Int J Syst Bacteriol . 47 (2): 590–2. дои : 10.1099/00207713-47-2-590 . ISSN   0020-7713 . ПМИД   9103655 .
  86. ^ Бун Д.Р.; Кастенхольц Р.В. (18 мая 2001 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. Гэррити GM (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. стр. 721 . ISBN  978-0-387-98771-2 . Британская библиотека №. GBA561951.
  87. ^ Олсен Г.Дж., Вёзе Ч.Р., Овербик Р. (1994). «Ветры (эволюционных) перемен: вдохнуть новую жизнь в микробиологию» . Журнал бактериологии . 176 (1): 1–6. дои : 10.2172/205047 . ПМК   205007 . ПМИД   8282683 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Bacterial_phyla&oldid=1210704248"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 497693fa179960a91c7c75a345e49fe3__1709065560
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/49/e3/497693fa179960a91c7c75a345e49fe3.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Bacterial phyla - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)