Кампилобактерия

Кампилобактерия
	Кампилобактер
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Кампилобактерия ; Уэйт и др. 2021 год
Классы
	« Кампилобактерии » ; Десульфуреллия ; " Наутилия " ;
Синонимы
	«Кампилобактерита» Уэйта и др. 2018 год ; «Эпсилонбактерия» (так в оригинале) Уэйт и др. 2017 год ; Эпсилобактерии Кавальер-Смит 2002 г. ;

Кампилобактерии — тип грамотрицательных бактерий . ^[3] Охарактеризовано лишь несколько родов, в том числе изогнутые до спирилоидов Wolinella , Helicobacter и Campylobacter . До пересмотра бактериальной таксономии ICSP в 2021 году . ^[4] весь тип был отнесен к протеобактериям (синоним Pseudomonadota ) как Epsilonproteobacteria . ^[5]

Большинство известных видов обитают в пищеварительном тракте животных и служат симбионтами ( Wolinella виды у крупного рогатого скота ) или возбудителями ( виды Helicobacter в желудке, Campylobacter виды в двенадцатиперстной кишке). Однако многочисленные последовательности и изоляты Campylobacterota из окружающей среды были обнаружены в гидротермальных жерлах и местах обитания холодных просачиваний . Примеры изолятов включают Sulfurimonas autotropica , ^[6] Sulfurimonas paralvinellae , ^[7] Сульфуровум литотрофикум ^[8] и Nautilia profundicola . ^[9] Представитель типа Campylobacterota встречается как эндосимбионт в крупных жабрах глубоководной морской улитки Alviniconcha hessleri . ^[10]

Многие Campylobacterota подвижны и имеют жгутики. ^[11] Campylobacterota, обитающая в глубоководных гидротермальных источниках, обычно демонстрирует хемолитотрофию, удовлетворяя свои энергетические потребности за счет окисления восстановленной серы, формиата или водорода в сочетании с восстановлением нитрата или кислорода. ^[12] Автотрофные Campylobacterota используют обратный цикл Кребса для фиксации углекислого газа в биомассу, причем этот путь первоначально считался не имеющим большого значения для окружающей среды. Чувствительность этого пути к кислороду согласуется с их микроаэрофильной или анаэробной нишей в этих средах и их вероятной эволюцией в мезопротерозойских океанах. ^[13] которые, как полагают, были сульфидными с низким уровнем кислорода, получаемого в результате фотосинтеза цианобактерий. ^[14]

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^[15] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) ^[16]

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^[17]^[18]^[19]

120 однокопийных маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^[20]^[21]^[22]

Десульфуреллия

Десульфуреллы

	Десульфурелловые

	Гиппеевые

" Наутилия "

Наутилалес	Наутилиевые

Кампилобактерии

Нитратирупторовые

Кампилобактерии

Гидрогенимонадовые

Хеликобактерии

	Серные

	сульфуримонадовые

Аркобактерии

Сульфуроспирилловые

	Сульфуроспириллы щелочнотолерантные

	кампилобактерии

Десульфуреллия

Десульфуреллы

	Desulfurellaceae Куевер, Рейни и Виддел, 2006 г.

	Hippeaceae Waite et al. 2020 год

Кампилобактерии

Наутилалес

Nautiliaceae Мирошниченко и др. 2004 г.

Кампилобактерии

Helicobacteraceae Garrity et al. 2006 г.

Arcobacteraceae Waite et al. 2020 год

	Sulfurospirillaceae Waite et al. 2020 год

	Кампилобактерии Вандам и Де Лей, 1991 г.

	Thiovulaceae Waite et al. 2020 год

	Sulfurimonadaceae Waite et al. 2020 год

Nitratiruptoraceae Waite et al. 2020 год

	Hydrogenimonadaceae Waite et al. 2020 год

	Sulfurovaceae Waite et al. 2020 год

См. также

Ссылки

^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 . S2CID 239887308 .
^ Уэйт, Дэвид В.; Ванвонтергем, Инка; Ринке, Кристиан; Паркс, Донован Х.; Чжан, Ин; Такай, Кен; Зиверт, Стефан М.; Саймон, Йорг; Кэмпбелл, Барбара Дж.; Хэнсон, Томас Э.; Войке, Таня; Клотц, Мартин Г.; Гугенгольц, Филип (2017). «Сравнительный геномный анализ класса Epsilonproteobacteria и предлагаемая реклассификация в Epsilonbacteraeota (фил. ноябрь)» . Границы микробиологии . 8 : 682. дои : 10.3389/fmicb.2017.00682 . ISSN 1664-302X . ПМК 5401914 . ПМИД 28484436 .
^ «www.ncbi.nlm.nih.gov» . Проверено 19 марта 2009 г.
^ Робицки, Дэн. «Недавно переименованный тип прокариот вызывает бурю негодования» . Ученый . Медиагруппа LabX . Проверено 17 февраля 2024 г.
^ Берман, Жюль (2019). Таксономическое руководство по инфекционным болезням (2-е изд.). Эльзевир. стр. 39–119 . Проверено 17 февраля 2024 г.
^ Инагаки, Ф. (1 ноября 2003 г.). «Sulfurimonas autotropica gen. nov., sp. nov., новая сероокисляющая протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Средне-Окинавского прогиба». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1801–1805. дои : 10.1099/ijs.0.02682-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 14657107 .
^ Такай, К. (1 августа 2006 г.). «Sulfurimonas paralvinellae sp. nov., новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф среди Epsilonproteobacteria, выделенный из гнезда полихет глубоководных гидротермальных источников, реклассификация Thiomicrospira denitrificans в Sulfurimonas denitrificans comb. nov. и исправленное описание рода Сульфуримонас» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (8): 1725–1733. дои : 10.1099/ijs.0.64255-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 16901999 .
^ Инагаки, Фумио; Кен Такай; Кеннет Х. Нилсон; Коки Хорикоши (1 сентября 2004 г.). «Sulfurovumlithotropicum gen. nov., sp. nov., новый сероокисляющий хемолитоавтотроф среди ε-протеобактерий, выделенных из гидротермальных отложений Окинавского желоба» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1477–1482. дои : 10.1099/ijs.0.03042-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 15388698 .
^ Джули Л. Смит; Барбара Дж. Кэмпбелл; Томас Э. Хэнсон; Чуанлунь Л. Чжан; С. Крейг Кэри (2008). « Nautilia profundicola sp. nov., термофильная, восстанавливающая серу эпсилонпротеобактерия из глубоководных гидротермальных источников». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (7): 1598–1602. дои : 10.1099/ijs.0.65435-0 . ПМИД 18599701 . S2CID 12751566 .
^ Сузуки, Йохей; Сасаки, Такенори; Сузуки, Масаэ; Ноги, Юичи; Мива, Тецуя; Такай, Кен; Нилсон, Кеннет Х.; Хорикоши, Коки (2005). «Новый хемоавтотрофный эндосимбиоз между представителем Epsilonproteobacteria и гидротермальным жерловым гастроподом Alviniconcha aff. hessleri ( Gastropoda : Provannidae ) из Индийского океана» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (9): 5440–5450. Бибкод : 2005ApEnM..71.5440S . дои : 10.1128/АЕМ.71.9.5440-5450.2005 . ПМЦ 1214688 . ПМИД 16151136 .
^ Биби, М. (декабрь 2015 г.). «Подвижность эпсилон-протеобактерий». Современное мнение в микробиологии . 28 : 115–21. дои : 10.1016/j.mib.2015.09.005 . hdl : 10044/1/27763 . ПМИД 26590774 .
^ Такай, Кен; и др. (2005). «Ферментативная и генетическая характеристика углеродного и энергетического обмена глубоководными гидротермальными хемолитоавтотрофными изолятами эпсилонпротеобактерий » . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (11): 7310–7320. Бибкод : 2005ApEnM..71.7310T . дои : 10.1128/aem.71.11.7310-7320.2005 . ПМЦ 1287660 . ПМИД 16269773 .
^ Кэмпбелл, Барбара Дж.; Энгель, Аннетт Саммерс ; Портер, Меган Л.; Такай, Кен (2 мая 2006 г.). «Универсальные ε-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидной среде обитания». Обзоры природы Микробиология . 4 (6): 458–468. дои : 10.1038/nrmicro1414 . ISSN 1740-1526 . ПМИД 16652138 . S2CID 10479314 .
^ Анбар, AD; А. Х. Нолл (16 августа 2002 г.). «Химия и эволюция протерозойского океана: биоинорганический мост?». Наука . 297 (5584): 1137–1142. Бибкод : 2002Sci...297.1137A . CiteSeerX 10.1.1.615.3041 . дои : 10.1126/science.1069651 . ПМИД 12183619 . S2CID 5578019 .
^ АС Парте; и др. «Кампилобактерита» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2023 г.
^ Сэйерс; и др. «Кампилобактерита» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2023 г.
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

Внешние ссылки

Эпсилонпротеобактерии в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

[1] Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 . S2CID 239887308 .

[2] Уэйт, Дэвид В.; Ванвонтергем, Инка; Ринке, Кристиан; Паркс, Донован Х.; Чжан, Ин; Такай, Кен; Зиверт, Стефан М.; Саймон, Йорг; Кэмпбелл, Барбара Дж.; Хэнсон, Томас Э.; Войке, Таня; Клотц, Мартин Г.; Гугенгольц, Филип (2017). «Сравнительный геномный анализ класса Epsilonproteobacteria и предлагаемая реклассификация в Epsilonbacteraeota (фил. ноябрь)» . Границы микробиологии . 8 : 682. дои : 10.3389/fmicb.2017.00682 . ISSN 1664-302X . ПМК 5401914 . ПМИД 28484436 .

[urlwww.ncbi.nlm.nih.gov-3] «www.ncbi.nlm.nih.gov» . Проверено 19 марта 2009 г.

[4] Робицки, Дэн. «Недавно переименованный тип прокариот вызывает бурю негодования» . Ученый . Медиагруппа LabX . Проверено 17 февраля 2024 г.

[5] Берман, Жюль (2019). Таксономическое руководство по инфекционным болезням (2-е изд.). Эльзевир. стр. 39–119 . Проверено 17 февраля 2024 г.

[6] Инагаки, Ф. (1 ноября 2003 г.). «Sulfurimonas autotropica gen. nov., sp. nov., новая сероокисляющая протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Средне-Окинавского прогиба». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1801–1805. дои : 10.1099/ijs.0.02682-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 14657107 .

[7] Такай, К. (1 августа 2006 г.). «Sulfurimonas paralvinellae sp. nov., новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф среди Epsilonproteobacteria, выделенный из гнезда полихет глубоководных гидротермальных источников, реклассификация Thiomicrospira denitrificans в Sulfurimonas denitrificans comb. nov. и исправленное описание рода Сульфуримонас» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (8): 1725–1733. дои : 10.1099/ijs.0.64255-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 16901999 .

[8] Инагаки, Фумио; Кен Такай; Кеннет Х. Нилсон; Коки Хорикоши (1 сентября 2004 г.). «Sulfurovumlithotropicum gen. nov., sp. nov., новый сероокисляющий хемолитоавтотроф среди ε-протеобактерий, выделенных из гидротермальных отложений Окинавского желоба» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1477–1482. дои : 10.1099/ijs.0.03042-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 15388698 .

[9] Джули Л. Смит; Барбара Дж. Кэмпбелл; Томас Э. Хэнсон; Чуанлунь Л. Чжан; С. Крейг Кэри (2008). « Nautilia profundicola sp. nov., термофильная, восстанавливающая серу эпсилонпротеобактерия из глубоководных гидротермальных источников». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (7): 1598–1602. дои : 10.1099/ijs.0.65435-0 . ПМИД 18599701 . S2CID 12751566 .

[10] Сузуки, Йохей; Сасаки, Такенори; Сузуки, Масаэ; Ноги, Юичи; Мива, Тецуя; Такай, Кен; Нилсон, Кеннет Х.; Хорикоши, Коки (2005). «Новый хемоавтотрофный эндосимбиоз между представителем Epsilonproteobacteria и гидротермальным жерловым гастроподом Alviniconcha aff. hessleri ( Gastropoda : Provannidae ) из Индийского океана» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (9): 5440–5450. Бибкод : 2005ApEnM..71.5440S . дои : 10.1128/АЕМ.71.9.5440-5450.2005 . ПМЦ 1214688 . ПМИД 16151136 .

[11] Биби, М. (декабрь 2015 г.). «Подвижность эпсилон-протеобактерий». Современное мнение в микробиологии . 28 : 115–21. дои : 10.1016/j.mib.2015.09.005 . hdl : 10044/1/27763 . ПМИД 26590774 .

[12] Такай, Кен; и др. (2005). «Ферментативная и генетическая характеристика углеродного и энергетического обмена глубоководными гидротермальными хемолитоавтотрофными изолятами эпсилонпротеобактерий » . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (11): 7310–7320. Бибкод : 2005ApEnM..71.7310T . дои : 10.1128/aem.71.11.7310-7320.2005 . ПМЦ 1287660 . ПМИД 16269773 .

[13] Кэмпбелл, Барбара Дж.; Энгель, Аннетт Саммерс ; Портер, Меган Л.; Такай, Кен (2 мая 2006 г.). «Универсальные ε-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидной среде обитания». Обзоры природы Микробиология . 4 (6): 458–468. дои : 10.1038/nrmicro1414 . ISSN 1740-1526 . ПМИД 16652138 . S2CID 10479314 .

[14] Анбар, AD; А. Х. Нолл (16 августа 2002 г.). «Химия и эволюция протерозойского океана: биоинорганический мост?». Наука . 297 (5584): 1137–1142. Бибкод : 2002Sci...297.1137A . CiteSeerX 10.1.1.615.3041 . дои : 10.1126/science.1069651 . ПМИД 12183619 . S2CID 5578019 .

[LPSN-15] АС Парте; и др. «Кампилобактерита» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2023 г.

[NCBI-16] Сэйерс; и др. «Кампилобактерита» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2023 г.

[LTP-17] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[18] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[19] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-20] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-21] "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-22] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]