хлорофлексия
| хлорофлексия | |
|---|---|
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Хлорофлексота |
| Сорт: | хлорофлексия правильный Гупта и др. 2013 год |
| Заказы | |
| Синонимы | |
| |
Chloroflexia Chloroflexota класс бактерий из типа . — Хлорофлексии обычно нитевидные и могут перемещаться посредством бактериального скольжения . Назван в честь отряда Chloroflexales . [1]
Этимология
[ редактировать ]Название «Chloroflexi» представляет собой неолатинское множественное число от «Chloroflexus», названия первого описанного рода. Существительное представляет собой сочетание греческого хлороса (χλωρός). [2] означает «зеленовато-желтый» и латинское flexus (от flecto ). [3] значение «изогнутый» означает «зеленый изгиб». [4] Название происходит не от хлора, элемента, подтвержденного как таковой в 1810 году сэром Хамфри Дэви и названного в честь его бледно-зеленого цвета.
Таксономия и молекулярные подписи
[ редактировать ]Класс Chloroflexia — группа глубоко ветвящихся фотосинтезирующих бактерий (за исключением видов Herpetosiphon и Kallotenue ), состоящая в настоящее время из трёх отрядов: Chloroflexales , Herpetosiphonales и Kallotenuales . [1] [5] [6] [7] [8] Каждый из Herpetosiphonales и Kallotenuales состоит из одного рода внутри своего семейства Herpetosiphonaceae ( Herpetosiphon ) и Kallotenuaceae ( Kallotenue ) соответственно, тогда как Chloroflexales более филогенетически разнообразны. [1] [5] [7]
Микроскопические отличительные характеристики
[ редактировать ]Представители филума Chloroflexota являются монодермами и окрашивают в основном грамотрицательные бактерии, тогда как большинство видов бактерий являются дидермами и окрашивают грамотрицательные микроорганизмы , за исключением грамположительных бактерий Bacillota ( низкий GC, грамположительные), Actinomycetota (высокий GC, грамположительные) и Deinococta (грамположительные, дидермы с толстым слоем пептидогликана). [9] [10] [11]
Генетические отличительные характеристики
[ редактировать ]Сравнительный геномный анализ недавно уточнил таксономию класса Chloroflexia , разделив Chloroflexales на подотряд Chloroflexineae, состоящий из семейств Oscillaloridaceae и Chloroflexaceae , и подотряд Roseiflexineae , содержащий семейство Roseiflexaceae . [1] Пересмотренная таксономия была основана на выявлении ряда консервативных сигнатурных инделей (CSI), которые служат высоконадежными молекулярными маркерами общего происхождения. [12] [13] [14] [15]
Физиологические отличительные характеристики
[ редактировать ]Дополнительным подтверждением разделения Chloroflexales на два подотряда являются наблюдаемые различия в физиологических характеристиках, где каждый подотряд характеризуется различными профилями каротиноидов , хинонов и жирных кислот , которые постоянно отсутствуют в другом подотряде. [1] [16] [17]
Помимо разграничения таксономических рангов, CSI могут играть роль в уникальных характеристиках членов клада: в частности, вставка из четырех аминокислот в белке пируват-флаводоксин/ферредоксин-оксидоредуктаза, белке, который играет важную роль в фотосинтезирующих организмах. , был обнаружен исключительно среди всех представителей рода Chloroflexus и, как полагают, играет важную функциональную роль. [18] [19]
Дополнительная работа была проведена с использованием CSI для определения филогенетического положения Chloroflexia относительно других фотосинтетических групп, таких как цианобактерии. [20] Chloroflexia имеет ряд общих CSI с Chlorobiota в белках, синтезирующих хлорофилл. Поскольку эти две линии в остальном не связаны тесно, интерпретация заключается в том, что CSI являются результатом горизонтального переноса генов между ними. Chloroflexia, в свою очередь, приобрела эти белки с помощью другого HGT от морских цианобактерий «клада C». [21]
Филогения
[ редактировать ]| на основе 16S рРНК ДП _08_2023 [22] [23] [24] | 120 маркерных белков на основе GTDB 07-RS207 [25] [26] [27] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
Таксономия
[ редактировать ]В настоящее время принятая таксономия выглядит следующим образом: [1] [5] [28]
Класс Chloroflexia Gupta et al. 2013 год
- Род « Dehalobium » Wu et al. 2002 г. [29]
- Род « Candidatus Lithoflexus » Saghai et al. 2020 год
- Род Candidatus Sarcinithrix Nierychlo et al . 2019 год
- Отряд « Термобакулалес ».
- Семейство Термобакуловые .
- Род « Thermobaculum » Botero et al. 2004 г.
- Семейство Термобакуловые .
- Отряд Kallotenuales Cole et al. 2013 год
- Семейство Kallotenuaceae Cole et al. 2013 год
- Род Kallotenue Cole et al. 2013 год
- Семейство Kallotenuaceae Cole et al. 2013 год
- Отряд Herpetosiphonales Gupta et al. 2013 год
- Семейство Herpetosiphonaceae Gupta et al. 2013 год
- Род Candidatus Anthektikosiphon г. Уорд, Фишер и МакГлинн, 2020
- Род Herpetosiphon Holt & Lewin 1968 [ Flavilitoribacter García-López et al. 2020 ]
- Семейство Herpetosiphonaceae Gupta et al. 2013 год
- Отряд Chloroflexales Gupta et al. 2013 год
- Подотряд Roseiflexineae Gupta et al. 2013 год
- Семейство Roseiflexaceae Gupta et al. 2013 ["Kouleotrichaceae" Mehrshad et al. 2018 ]
- Род « Kuleothrix » Kohno et al. 2002 г.
- Род Heliothrix Pierson et al. 1986 год
- Род Roseiflexus Hanada et al. 2002 г.
- Семейство Roseiflexaceae Gupta et al. 2013 ["Kouleotrichaceae" Mehrshad et al. 2018 ]
- Подотряд Chloroflexineae Gupta et al. 2013 год
- Семейство Chloroflexaceae Gupta et al. 2013 год
- Род Candidatus Chloranaerofilum Thiel et al. 2016 год
- Род Chloroflexus Pierson & Castenholz 1974 [" Chlorocrinis "]
- Семейство Oscilloloridaceae Gupta et al. 2013 год
- Род Candidatus Chloroploca Горленко и др. 2014 год
- Род Chloronema ♪ Дубинина и Горленко 1975.
- Род Oscilloloris Горленко и Пивоварова 1989.
- Род Candidatus Viridilinea Grouzdev et al. 2018 год
- Семейство Chloroflexaceae Gupta et al. 2013 год
- Подотряд Roseiflexineae Gupta et al. 2013 год
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж Гупта Р.С., Чандер П., Джордж С. (2013). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки класса Chloroflexia и его различных клад; предложение о разделении класса Chloroflexia class. nov. [исправлено] на подотряд Chloroflexineae subord. nov., состоящий из исправленного семейства Oscillochromidaceae и семейства Chloroflexaceae fam. nov. и подотряд Roseiflexineae subord. nov., содержащий семейство Roseiflexaceae fam nov. Антони ван Левенгук . 103 (1): 99–119. дои : 10.1007/s10482-012-9790-3 . ПМИД 22903492 .
- ^ χλωρός . Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»
- ^ Льюис, Чарльтон Т. и Чарльз Шорт, Латинский словарь . Оксфорд: Clarendon Press, 1879. Интернет-версия в Perseus.
- ^ Бреннер, Дон Дж.; Криг, Ноэль Р.; Джеймс Т. Стейли (26 июля 2005 г.) [1984]. «Вводные очерки». В Гаррити, Джордж М. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2А (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer (оригинальный паб в Лондоне: Williams & Wilkins). п. 304. ИСБН 978-0-387-24143-2 . Британская библиотека №. GBA561951.
- ^ Jump up to: а б с Коул Дж.К., Гилер Б.А., Хейслер Д.Л., Палисок М.М., Уильямс А.Дж., Доналкова А.С., Мин Х., Ю Т.Т., Додсворт Дж.А., Ли В.Дж., Хедлунд Б.П. (2013). «Kallotenue papyrolyticum gen. nov., sp. nov., целлюлозолитический и нитчатый термофил, который представляет новую линию (Kallotenuales ord. nov., Kallotenuaceae fam. nov.) в классе Chloroflexia». Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 63 (Часть 12): 4675–82. дои : 10.1099/ijs.0.053348-0 . ПМИД 23950149 .
- ^ Гупта Р.С., Мухтар Т., Сингх Б. (1999). «Эволюционные отношения между фотосинтезирующими прокариотами ( Heliobacterium chromum , Chloroflexus aurantiacus , цианобактериями, Chlorobium tepidum и протеобактериями): последствия, касающиеся происхождения фотосинтеза». Мол Микробиол . 32 (5): 893–906. дои : 10.1046/j.1365-2958.1999.01417.x . ПМИД 10361294 .
- ^ Jump up to: а б Сэйерс; и др. «Хлорофлексия» . база данных таксономии. Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 25 октября 2016 г.
- ^ Юзеби Дж. (2013). «Список новых имен и новых комбинаций, ранее эффективно, но недействительно опубликованных». Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 63 : 1577–1580. дои : 10.1099/ijs.0.052571-0 .
- ^ Сатклифф, IC (2010). «Взгляд на архитектуру оболочки бактериальных клеток на уровне типа». Тенденции в микробиологии . 18 (10): 464–470. дои : 10.1016/j.tim.2010.06.005 . ПМИД 20637628 .
- ^ Кэмпбелл С., Сатклифф И.С., Гупта Р.С. (2014). «Сравнительный анализ протеома Acidaminococcus intestini подтверждает связь между биогенезом внешней мембраны у Negativicutes и протеобактерий» (PDF) . Арх. Микробиол . 196 (4): 307–310. дои : 10.1007/s00203-014-0964-4 . ПМИД 24535491 .
- ^ Гупта РС (2003). «Эволюционные взаимоотношения фотосинтезирующих бактерий» . Фотосинт Рез . 76 (1–3): 173–183. дои : 10.1023/А:1024999314839 . ПМИД 16228576 .
- ^ Гупта, РС (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . ФЭМС Микробиол. Преподобный . 40 (4): 520–553. дои : 10.1093/femsre/fuw011 . ПМИД 27279642 .
- ^ Гупта, Р.С. (1998). «Филогения белков и характерные последовательности: переоценка эволюционных взаимоотношений между архебактериями, эубактериями и эукариотами» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 62 (4): 1435–1491. дои : 10.1128/MMBR.62.4.1435-1491.1998 . ПМК 98952 . ПМИД 9841678 .
- ^ Рокас, А.; Голландия, PW (2000). «Редкие геномные изменения как инструмент филогенетики». Тенденции в экологии и эволюции . 15 (11): 454–459. дои : 10.1016/S0169-5347(00)01967-4 . ПМИД 11050348 .
- ^ Гупта, РС; Гриффитс, Э. (2002). «Критические вопросы бактериальной филогении». Теоретическая популяционная биология . 61 (4): 423–434. дои : 10.1006/tpbi.2002.1589 . ПМИД 12167362 .
- ^ Ханада, С.; Пирсон, БК (2006). «Семейство хлорофлексовые». В Дворкине, М.; Фальков, С.; Розенберг, Э.; Шлейфер, К.Х.; Стакебрандт, Э. (ред.). Прокариоты: Справочник по биологии бактерий . Нью-Йорк: Спрингер. стр. 815–842.
- ^ Пирсон, Британская Колумбия; Кастенхольц, RW (1992). «Семейство хлорофлексовые». В Балоусе, А.; Трупер, Х.Г.; Дворкин, М.; Хардер, В.; Шлейфер, К.Х. (ред.). Прокариоты . Нью-Йорк: Спрингер. стр. 3754–3775.
- ^ Гупта РС (2010). «Молекулярные признаки основных типов фотосинтезирующих бактерий и их подгрупп». Фотосинт. Рез . 104 (2–3): 357–372. дои : 10.1007/s11120-010-9553-9 . ПМИД 20414806 .
- ^ Штольц, FM; Хансманн, И. (1990). «ПДРФ MspI, обнаруженный с помощью зонда pFMS76 D20S23, выделенного из библиотеки ДНК, специфичной для хромосомы 20, с проточной сортировкой» . Исследования нуклеиновых кислот . 18 (7): 1929. doi : 10.1093/nar/18.7.1929 . ПМК 330654 . ПМИД 1692410 .
- ^ Хадка Б., Адеолу М., Бланкеншип Р.Э. , Гупта Р.С. (2016). «Новое понимание происхождения и разнообразия фотосинтеза, основанное на анализе консервативных инделей в белках основных реакционных центров». Фотосинт Рез . 131 (2): 159–171. дои : 10.1007/s11120-016-0307-1 . ПМИД 27638319 .
- ^ Гупта РС (2012). «Происхождение и распространение фотосинтеза на основе особенностей консервативных последовательностей ключевых белков биосинтеза бактериохлорофилла» . Мол Биол Эвол . 29 (11): 3397–412. дои : 10.1093/molbev/mss145 . ПМИД 22628531 .
- ^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
- ^ «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ "bac120_r207.sp_labels" . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ Классификация Chloroflexi в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатурное положение (ЛПСН), перемещается в ДСМЗ» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
- ^ Ву, К.; Уоттс, ДЖЕМ; Сауэрс, КР; Мэй, HD (2002). «Идентификация бактерии, которая специфически катализирует восстановительное дехлорирование полихлорированных дифенилов двусторонними хлорами» . Прикладная и экологическая микробиология . 68 (2): 807–812. дои : 10.1128/АЕМ.68.2.807-812.2002 . ПМК 126686 . ПМИД 11823222 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Гэррити, Холт Дж.Г. (2001). «Тип BVI. Chloroflexi phy. nov» . В Буне, Д.Р., Кастенхольце, Р.В. (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag. п. 169 . ISBN 978-0-387-98771-2 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]