Фибробактерита
| Фибробактерита | |
|---|---|
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Клэйд : | Группа ФКБ |
| Тип: | Фибробактерита Гаррити и Холт 2021 [1] |
| Классы | |
| Синонимы | |
| |
Fibrobacterota — это небольшой бактерий тип , который включает многие основные бактерии рубца , способствующие разложению растительной целлюлозы у жвачных животных. Представители этого типа были отнесены к другим типам. Род Fibrobacter (единственный род Fibrobacterota) был исключен из рода Bacteroides в 1988 году. [2]
Филогения и сравнительные геномные исследования
[ редактировать ]Хотя Fibrobacterota в настоящее время признана отдельным типом, филогенетические исследования, основанные на последовательностях белков RpoC и Gyrase B, показывают, что Fibrobacter succinogenes тесно связан с видами из типов Bacteroidetes и Chlorobi . [3] Виды из этих трех типов также разветвляются в том же положении на основании консервативных сигнатурных инделей в ряде важных белков. [4] Наконец, что наиболее важно, сравнительные геномные исследования выявили две консервативные сигнатурные индели (вставка из 5–7 аминокислот в белке RpoC и вставка из 13–16 аминокислот в серингидроксиметилтрансферазе ) и один сигнатурный белок (PG00081), которые уникальным образом являются общими для всех все виды из этих трех типов. [5] Все эти результаты предоставляют убедительные доказательства того, что виды из этих трех типов имели общего предка, за исключением всех других бактерий, и было предложено признать их всех частью одного супертипа «FCB». [3] [5]
Филогения
[ редактировать ]Филогения фибробактерий.
| на основе 16S рРНК ДП _12_2021 [6] [7] [8] | 120 однокопийных маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 [9] [10] [11] | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Таксономия
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN). [12] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). [13]
- Класс Chitinispirillia Сорокин и др. 2016 год
- Отряд Chitinispirillales Сорокин и др. 2016 ]
- Семейство Chitinispirillaceae Сорокин и др. 2016 год
- Род Chitinispirillum Sorokin et al. 2016 год
- Вид C. алкалифилум Сорокин и др. 2016 год
- Род Chitinispirillum Sorokin et al. 2016 год
- Семейство Chitinispirillaceae Сорокин и др. 2016 год
- Отряд Chitinispirillales Сорокин и др. 2016 ]
- Класс Хитинивибриония Сорокин с соавт. 2014 год
- Отряд Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014 год
- Семейство Chitinivibrionaceae Сорокин и др. 2014 год
- Род Chitinivibrio Sorokin et al. 2014 год
- Вид C.alalicalphilus Сорокин и др. 2014 год
- Род Chitinivibrio Sorokin et al. 2014 год
- Семейство Chitinivibrionaceae Сорокин и др. 2014 год
- Отряд Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014 год
- Класс Fibrobacteria Spain et al. 2012 год
- Заказ Fibrobacterales Испания и др. 2012 ["Фибромонадалес" Абдул Рахман и др. 2016 ]
- Семейство Fibrobacteraceae Spain et al. 2012 [Fibromonadaceae» Абдул Рахман и др. 2016 ]
- Род Fibrobacter Montgomery et al. 1988 год
- Виды F. кишечные Montgomery et al. 1988 год
- Вид F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988 год
- Подвид F. s. elongatus Montgomery et al. 1988 год
- Подвид F. s. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988 год
- Род « Кандидат Фибромонас » Абдул Рахман и др. 2016 год
- Вид « Ca. F. termitidis » Abdul Rahman et al. 2016 год
- Род « Hallerella » Wylensek et al. 2020 год
- Вид « H. porci » Wylensek et al. 2021 год
- Вид « H. succinigenes » Wylensek et al. 2020 год
- Род Fibrobacter Montgomery et al. 1988 год
- Семейство Fibrobacteraceae Spain et al. 2012 [Fibromonadaceae» Абдул Рахман и др. 2016 ]
- Заказ Fibrobacterales Испания и др. 2012 ["Фибромонадалес" Абдул Рахман и др. 2016 ]
Распределение
[ редактировать ]Тип Fibrobacterota считается тесно связанным с CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroidota]. [5] Он содержит род Fibrobacter , штаммы которого присутствуют в кишечнике многих млекопитающих, включая крупный рогатый скот и свиней. [14] Два описанных вида этого рода, а именно Fibrobacter succinogenes и Fibrobacter Intinaliis, являются важными членами фибролитических сообществ в кишечнике млекопитающих и в последние десятилетия привлекли к себе большое внимание из-за давнего интереса к микробам, способным разлагать растительную клетчатку.
Молекулярные данные, основанные на амплификации генов 16рРНК из различных сред, позволяют предположить, что этот тип гораздо более распространен, чем считалось ранее. [15] [16] Большинство клонов из среды обитания млекопитающих группируются вместе с известными изолятами в так называемый подтип 1. [16] Однако представители подтипа 2 до сих пор были обнаружены только в кишечнике термитов. [16] [17] и у некоторых тараканов, питающихся подстилкой. [18] Преобладание подтипа 2 в бактериальных сообществах, связанных с целлюлозолитическими волокнами, в задних кишках питающихся древесиной Nasutitermes corniger позволяет предположить, что они играют важную роль в расщеплении растительного материала у высших термитов. [19]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 . S2CID 239887308 .
- ^ Монтгомери Л., Флешер Б., Шталь Д. (1988). «Перенос Bacteroides succinogenes (Hungate) на Fibrobacter gen. nov. как Fibrobacter succinogenes com. nov. и описание Fibrobacter Instinalis sp. nov.» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 38 (4): 430–435. дои : 10.1099/00207713-38-4-430 .
- ^ Перейти обратно: а б Гупта, Р.С. (2004). «Филогения и характеристики характерных последовательностей Fibrobacteres, Chlorobi и Bacteroidetes». Критические обзоры по микробиологии . 30 (2): 123–140. дои : 10.1080/10408410490435133 . ПМИД 15239383 . S2CID 24565648 .
- ^ Гриффитс, Э; Гупта, Р.С. (2001). «Использование сигнатурных последовательностей в различных белках для определения относительного порядка ветвления бактериальных подразделений: свидетельство того, что Fibrobacter разошлись в то же время, что и хламидии и подразделение Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides» . Микробиология . 147 (9): 2611–22. дои : 10.1099/00221287-147-9-2611 . ПМИД 11535801 .
- ^ Перейти обратно: а б с Гупта, РС; Лоренцини, Э. (2007). «Филогения и молекулярные признаки (консервативные белки и индели), специфичные для видов Bacteroidetes и Chlorobi» . Эволюционная биология BMC . 7:71 . дои : 10.1186/1471-2148-7-71 . ПМК 1887533 . ПМИД 17488508 .
- ^ «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_12_2021» (PDF) . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных таксономии генома . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ Эузеби Ж.П. «Фибробактерии» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2021 г.
- ^ Сэйерс. «Фибробактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2021 г.
- ^ Ци, М.; Нельсон, Кентукки; Догерти, Южная Каролина; Нельсон, WC; Ханс, ИК; Моррисон, М.; Форсберг, CW (2005). «Новые молекулярные особенности фибролитической кишечной бактерии Fibrobacter Intinalis, не схожие с Fibrobacter succinogenes , что определено супрессивной субтрактивной гибридизацией» . Журнал бактериологии . 187 (11): 3739–3751. дои : 10.1128/jb.187.11.3739-3751.2005 . ПМК 1112041 . ПМИД 15901698 .
- ^ Макдональд, Дж. Э.; Локхарт, Р.Дж.; Кокс, MJ; Эллисон, HE; Маккарти, Эй Джей (2008). «Обнаружение новых популяций Fibrobacter на свалках и определение их относительной численности с помощью количественной ПЦР». Экологическая микробиология . 10 (5): 1310–1319. дои : 10.1111/j.1462-2920.2007.01544.x . ПМИД 18266756 .
- ^ Перейти обратно: а б с Хонго, Ю.; Девонг, П.; Хаттори, С.; Иноуэ, Т.; Нода, С.; Нопаратнарапорн, Н.; Кудо, Т.; Окума, М. (2006). «Филогенетическое разнообразие, локализация и морфология клеток членов кандидатного типа TG3 и подтипа типа Fibrobacteres , недавно обнаруженные бактериальные группы, доминирующие в кишках термитов» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (10): 6780–6788. Бибкод : 2006ApEnM..72.6780H . дои : 10.1128/aem.00891-06 . ПМК 1610327 . ПМИД 17021231 .
- ^ Микаэлян А.; Дитрих, К.; Кёлер, Т.; Поульсен, М.; Силлам-Дюссес, Д.; Брюн, А. (2015). «Диета является основным фактором, определяющим структуру бактериального сообщества в кишечнике высших термитов». Молекулярная экология . 24 (20): 5824–5895. дои : 10.1111/mec.13376 . ПМИД 26348261 . S2CID 206182668 .
- ^ Микаэлян А.; Кёлер, Т.; Ламперт, Н.; Роланд, Дж.; Бога, Х.; Мейзер, К.; Брюн, А. (2015). «Классификация бактериальной микробиоты кишечника термитов и тараканов: тщательно подобранная справочная филогенетическая база данных (DictDb)». Систематическая и прикладная микробиология . 38 (7): 472–482. дои : 10.1016/j.syapm.2015.07.004 . ПМИД 26283320 .
- ^ Микаэлян А.; Штрассерт, Дж.; Токуда, Г.; Брюн, А. (2014). «Связанное с волокнами целлюлолитическое бактериальное сообщество в задней кишке высших термитов, питающихся древесиной (Nasutitermes spp.)». Экологическая микробиология . 16 (9): 2711–2722. дои : 10.1111/1462-2920.12425 .
- Холт Дж.Г., изд. (1994). Руководство Берджи по детерминативной бактериологии (9-е изд.). Уильямс и Уилкинс. ISBN 978-0-683-00603-2 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре - род Fibrobacter
- Классификация Systema Naturae 2000: Тип Fibrobacteres. Архивировано 14 марта 2006 г. в Wayback Machine.