Эвриархеота
| Эвриархеота | |
|---|---|
 | |
| Галобактерия сп. штамм NRC-1, длина каждой клетки около 5 мкм. | |
Научная классификация  | |
| Домен: | Архея |
| Королевство: | Эвриархеота Вёзе , Кандлер и Уилис , 1990 г. [1] |
| Фила [2] | |
| |
| Синонимы | |
| |
Эвриархеота (от древнегреческого εὐρύς eurús, «широкий, широкий») царство архей — . [3] Эвриархеоты весьма разнообразны и включают метаногены , вырабатывающие метан и часто обнаруживаемые в кишечнике; галобактерии , выживающие при экстремальных концентрациях соли ; и некоторые чрезвычайно термофильные аэробы и анаэробы, которые обычно живут при температуре от 41 до 122 °C. Их отделяют от других архей главным образом на основе последовательностей рРНК и их уникальной ДНК-полимеразы. [4]
Описание
[ редактировать ]Эвриархеоты разнообразны по внешнему виду и метаболическим свойствам. Тип содержит организмы различной формы, включая палочки и кокки . Эвриархеоты могут проявляться как грамположительными, так и грамотрицательными в зависимости от того, присутствует ли псевдомуреин в клеточной стенке. [5] Эвриархеоты также демонстрируют разнообразный образ жизни, включая метаногенов, галофилов, сульфатредукторов и крайних термофилов. [5] Другие живут в океане, наполненные планктоном и бактериями. Хотя эти морские эвриархеоты трудно культивировать и изучать в лаборатории, геномное секвенирование позволяет предположить, что они являются подвижными гетеротрофами . [6]
Хотя ранее считалось, что эвриархеоты обитают только в экстремальных условиях (с точки зрения температуры, содержания соли и/или pH), статья Корженкова и др., опубликованная в январе 2019 года, показала, что эвриархеоты также живут в умеренных средах, таких как низкотемпературные кислые среды. В некоторых случаях количество эвриархей превышало численность присутствующих бактерий. [7] Эвриархеоты также были обнаружены в других умеренных средах, таких как водные источники, болота, почва и ризосферы . [8] Некоторые эвриархеоты хорошо адаптируются; Отряд под названием Halobacteriales обычно встречается в чрезвычайно соленой и богатой серой среде, но также может расти и при такой низкой концентрации соли, как морская вода (2,5%). [8] В ризосферах присутствие эвриархей, по-видимому, зависит от присутствия микоризных грибов ; более высокая популяция грибов коррелировала с более высокой частотой и разнообразием эвриархей, тогда как отсутствие микоризных грибов коррелировало с отсутствием эвриархеот. [8]
Номенклатура
[ редактировать ]В 2022 году предложенное царство Methanobacteriati было введено вместо Euryarchaeota, которое было признано таксономически недействительным. [9]
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [10] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) [11]
| на основе 16S рРНК ДП _12_2021. [12] [13] [14] |
|---|
Другие филогенетические анализы показали, что археи клады DPANN также могут принадлежать к Euryarchaeota и что они могут даже представлять собой полифилетическую группу, занимающую разные филогенетические позиции внутри Euryarchaeota. Также обсуждается, тип Altiarchaeota в DPANN или Euryarchaeota. следует ли классифицировать [15] Кладограмма, обобщающая это предложение, представлена ниже. [16] [17] Группы, отмеченные в кавычках, представляют собой линии, отнесенные к DPANN, но филогенетически отделенные от остальных.
| Домбровский и др. 2019, [15] Джордан и др. 2017 год [16] и Кавальер-Смит 2020. [17] | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Третья филогения, 53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214. [18] [19] [20]
| Эвриархеота сс |
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Вёзе Ч.Р., Кандлер О., Уилис М.Л. (июнь 1990 г.). «На пути к естественной системе организмов: предложение по доменам архей, бактерий и эукариев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–9. Бибкод : 1990PNAS...87.4576W . дои : 10.1073/pnas.87.12.4576 . ПМК 54159 . ПМИД 2112744 .
- ^ Кастель Си Джей, Банфилд Дж. Ф. (2018). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание Древа Жизни» . Клетка . 172 (6): 1181–1197. дои : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . ПМИД 29522741 .
- ^ Хоган CM (2010). Э. Моноссон, К. Кливленд (ред.). «Архея» . Энциклопедия Земли . Национальный совет по науке и окружающей среде . Проверено 18 августа 2017 г.
- ^ Линкольн С.А., Вай Б., Эппли Дж.М., Чёрч М.Дж., Summons RE, DeLong EF (июль 2014 г.). «Планктонные эвриархеоты являются важным источником архейных тетраэфирных липидов в океане» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (27): 9858–63. Бибкод : 2014PNAS..111.9858L . дои : 10.1073/pnas.1409439111 . ПМК 4103328 . ПМИД 24946804 .
- ^ Перейти обратно: а б Гэррити, Холт Дж.Г. (2015). «Euryarchaeota phy. nov.». В Whitman WB (ред.). Руководство Берджи по систематике архей и бактерий . Джон Уайли и сыновья . дои : 10.1002/9781118960608 . ISBN 9781118960608 .
- ^ Айверсон В., Моррис Р.М., Фразар К.Д., Бертиаум К.Т., Моралес Р.Л., Армбруст Е.В. (февраль 2012 г.). «Распутывание геномов из метагеномов: выявление некультивируемого класса морских эвриархей». Наука . 335 (6068): 587–90. Бибкод : 2012Sci...335..587I . дои : 10.1126/science.1212665 . ПМИД 22301318 . S2CID 31381073 .
- ^ Корженков А.А., Тощаков С.В., Баржела Р., Гиббард Х., Феррер М., Теплюк А.В., Джонс Д.Л., Кубланов И.В., Голышин П.Н., Голышина О.В. (январь 2019 г.). «Археи доминируют в микробном сообществе в экосистеме с температурой от низкой до умеренной и чрезвычайной кислотностью» . Микробиом . 7 (1): 11. дои : 10.1186/s40168-019-0623-8 . ПМК 6350386 . ПМИД 30691532 .
- ^ Перейти обратно: а б с Бомберг М., Тимонен С. (октябрь 2007 г.). «Распределение крен- и эвриархеот в микоризосферах сосны обыкновенной и гумусе бореальных лесов». Микробная экология . 54 (3): 406–16. Бибкод : 2007MicEc..54..406B . дои : 10.1007/s00248-007-9232-3 . ПМИД 17334967 . S2CID 19425171 .
- ^ Гёкер, Маркус; Орен, Аарон (22 января 2024 г.). «Действительная публикация названий двух доменов и семи царств прокариотов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 74 (1). дои : 10.1099/ijsem.0.006242 . ISSN 1466-5026 .
- ^ Эузеби Ж.П. «Эвриархеота» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). Архивировано из оригинала 9 августа 2017 г. Проверено 9 августа 2017 г.
- ^ Сэйерс; и др. «Эвриархеота» . Браузер таксономии . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 августа 2017 г.
- ^ «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_12_2021» (PDF) . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б Нина Домбровски, Джун-Хо Ли, Том А. Уильямс, Пьер Оффре, Аня Спан (2019). Геномное разнообразие, образ жизни и эволюционное происхождение архей DPANN . Природа.
- ^ Перейти обратно: а б Джордан Т. Берд, Бретт Дж. Бейкер, Александр Дж. Пробст, Мирча Подар, Карен Г. Ллойд (2017). Независимые от культуры сравнения геномов выявили адаптацию Altiarchaeales к окружающей среде . Границы.
- ^ Перейти обратно: а б Кавалер-Смит, Томас; Чао, Эма Э-Юнг (2020). «Мультидоменные рибосомальные белковые деревья и планктобактериальное происхождение неомуры (эукариоты, архебактерии)» . Протоплазма . 257 (3): 621–753. дои : 10.1007/s00709-019-01442-7 . ПМК 7203096 . ПМИД 31900730 .
- ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 6 декабря 2021 г.
- ^ "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 6 декабря 2021 г.
- ^ Анья Спанг, Ева Ф. Касерес, Тийс Дж. Г. Эттема: Геномное исследование разнообразия, экологии и эволюции архейной области жизни . В: Science Volume 357 Issue 6351, eaaf3883, 11 августа 2017 г., doi:10.1126/science.aaf3883
- ^ Sometines с ошибкой в написании Theinoarchaea: Кэтрин Бадель, Гаэль Эраузо, Анника Л. Гомес, Райан Кэтчпол, Матье Гонне, Жак Оберто, Патрик Фортер, Виолетт Да Кунья: Глобальное распространение и история эволюции семейства архейных плазмид pT26-2 . В кн.: Экологическая микробиология. sfam 10 сентября 2019 г. doi:10.1111/1462-2920.14800
- ^ NCBI: Кандидат Посейдония (класс)
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Кавалер-Смит Т. (январь 2002 г.). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД 11837318 .
- Вёзе Ч.Р., Гупта Р., Хан С.М., Зиллиг В., Ту Дж. (1984). «Филогенетические взаимоотношения трех серозависимых архебактерий». Систематическая и прикладная микробиология . 5 (1): 97–105. Бибкод : 1984СиАпМ...5...97Вт . дои : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5 . ПМИД 11541975 .
- Гэррити, Холт Дж.Г. (2001). "Тип AII. Euryarchaeota phy. nov." . В Д. Р. Буне, Р. В. Кастенхольце (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, том 1: Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag . стр. 169 . ISBN 978-0-387-98771-2 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]