Сульфолобальные
| Сульфолобальные | |
|---|---|
 | |
| Электронная микрофотография Sulfolobus, зараженного Sulfolobus вирусом STSV1 . Бар = 1 мкм. | |
Научная классификация  | |
| Домен: | Архея |
| Королевство: | Протеоархеота |
| Супертип: | ТАК группа |
| Тип: | Термопротеота |
| Сорт: | Термопротеи |
| Заказ: | Сульфолобальные Стеттер, 1989 г. |
| Семья | |
Sulfolobales — отряд архей класса Thermoprotei . [1]
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [2] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) [1]
| на основе 16S рРНК ДП _06_2022 [3] [4] [5] | 53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214 [6] [7] [8] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
перенос ДНК
[ редактировать ]Воздействие на Sulfolobus solfataricus агентов, повреждающих ДНК, УФ-облучения , блеомицина или митомицина С вызывает агрегацию клеток. [9] Другие физические стрессоры, такие как изменение pH или температуры, не вызывают агрегацию, что позволяет предположить, что индукция агрегации вызвана именно повреждением ДНК. Аджон и др. [10] показали, что агрегация клеток, индуцированная УФ-излучением, с высокой частотой опосредует обмен хромосомных маркеров. Скорость рекомбинации превышала таковую в неиндуцированных культурах почти на три порядка. Фролс и др. [9] [11] и Аджон и др. [10] выдвинули гипотезу, что процесс переноса ДНК, индуцируемый УФ-излучением, и последующая гомологичная рекомбинационная репарация представляют собой важный механизм поддержания целостности хромосом. Этот ответ может быть примитивной формой полового взаимодействия, похожей на более хорошо изученную бактериальную трансформацию, которая также связана с переносом ДНК между клетками, ведущим к гомологичной рекомбинационной репарации повреждений ДНК. [ нужна ссылка ] У другого родственного вида, Sulfolobus acidocaldarius , УФ-облучение также увеличивает частоту рекомбинации за счет генетического обмена. [12]
Оперон ups
[ редактировать ] | В этом разделе отсутствует информация об иллюстрации организации ИБП (с UniProt ID). ( май 2020 г. ) |
( Оперон ups индуцированный УФ-излучением) у видов Sulfolobus сильно индуцируется УФ-облучением. Пили , кодируемые этим опероном, участвуют в стимулировании агрегации клеток, которая необходима для последующего обмена ДНК между клетками, что приводит к гомологичной рекомбинации . [13]
Исследование оперона Sulfolobales acidocaldarius ups показало, что один из генов, расположенных ниже оперона, saci-1497 , кодирует эндонуклеазу III, которая разрушает поврежденную УФ-излучением ДНК; а другой ген оперона, saci-1500 , кодирует RecQ-подобную геликазу , которая способна раскручивать гомологичные промежуточные продукты рекомбинации, такие как соединения Холлидея . [13] Было высказано предположение, что Saci-1497 и Saci-1500 действуют в рамках механизма репарации ДНК, основанного на гомологичной рекомбинации, который использует перенесенную ДНК в качестве матрицы. [13] Таким образом, считается, что система ups в сочетании с гомологичной рекомбинацией обеспечивает реакцию на повреждение ДНК, которая спасает Sulfolobales от угроз повреждения ДНК. [13]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Сэйерс; и др. «Сульлобалолес» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ Ж. П. Эзеби. «Сульлобалолес» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «ЛТП» . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_06_2022» (PDF) . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б Фролс С., Айон М., Вагнер М., Тейхманн Д., Золгадр Б., Фолеа М., Букема Э.Дж., Дриссен А.Ю., Шлепер С., Альберс С.В. (2008). «Индуцируемая УФ-излучением клеточная агрегация гипертермофильных архей Sulfolobus solfataricus опосредована образованием пилей» (PDF) . Мол. Микробиол . 70 (4): 938–52. дои : 10.1111/j.1365-2958.2008.06459.x . ПМИД 18990182 .
- ^ Перейти обратно: а б Айон М, Фролс С, ван Вольферен М, Стокер К, Тейхманн Д, Дриссен А.Дж., Гроган Д.В., Альберс С.В., Шлепер С (2011). «Обмен ДНК, индуцируемый УФ-излучением, у гипертермофильных архей, опосредованный пилями IV типа» (PDF) . Мол. Микробиол . 82 (4): 807–17. дои : 10.1111/j.1365-2958.2011.07861.x . ПМИД 21999488 .
- ^ Фрёльс С., Уайт М.Ф., Шлепер С. (2009). «Реакция на повреждение УФ-излучением у модельного архея Sulfolobus solfataricus». Биохим. Соц. Транс . 37 (Часть 1): 36–41. дои : 10.1042/BST0370036 . ПМИД 19143598 .
- ^ Вуд Э.Р., Гане Ф., Гроган Д.В. (1997). «Генетические реакции термофильных архей Sulfolobus acidocaldarius на коротковолновый УФ-свет» . Дж. Бактериол . 179 (18): 5693–8. дои : 10.1128/jb.179.18.5693-5698.1997 . ЧВК 179455 . ПМИД 9294423 .
- ^ Перейти обратно: а б с д ван Вулферен М., Ма Х, Альберс С.В. (2015). «Белки, обрабатывающие ДНК, участвующие в стрессовой реакции сульфолобалов, вызванной УФ-излучением» . Дж. Бактериол . 197 (18): 2941–51. дои : 10.1128/JB.00344-15 . ПМЦ 4542170 . ПМИД 26148716 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]Научные журналы
[ редактировать ]- Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот (2005 г.). «Номенклатурными типами порядков Acholeplasmatales, Halanaerobiales, Halobacteriales, Methanobacteriales, Methanococcales, Methanomirobiales, Planctomycetales, Prochromales, Sulfolobales, Thermococcales, Thermoproteales и Verrucomicrobiales являются роды Acholeplasma , Halanaerobium , Halobacterium , Methanobacterium , Methanococ cus , Methanomirobium , Planctomyces , Prochromon , Sulfolobus , Thermococcus , Thermoproteus и Verrucomicrobium соответственно. Мнение 79" . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 55 (Часть 1): 517–518. дои : 10.1099/ijs.0.63548-0 . ПМИД 15653928 .
- Дриссен, Арнольд; Ян, Нуан (8 января 2014 г.). «Удаление паралогичных генов cdvB Sulfolobus acidocaldarius нарушает деление клеток». Экстремофилы . 18 (2): 331–339. дои : 10.1007/s00792-013-0618-5 . ПМИД 24399085 . S2CID 14445065 .
- Юзеби Дж. П.; Тиндалл Би Джей (2001). «Номенклатурный тип приказов: необходимые исправления согласно правилам 15 и 21а Бактериологического кодекса (редакция 1990 г.), и обозначение соответствующих номенклатурных типов классов и подклассов. Запрос заключения» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 51 (Часть 2): 725–727. дои : 10.1099/00207713-51-2-725 . ПМИД 11321122 .
- Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД 11837318 .
Научные книги
[ редактировать ]- Рейзенбах, Ал. (2001). «Класс I. Класс термопротеев. ноябрь». . В Докторе Буне; Р.В. Кастенхольц (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, том 1: Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag. п. 169 . ISBN 978-0-387-98771-2 .
- Стеттер, нокаут (1989). «Отряд III. Sulfolobales ord. nov. Семейство Sulfolobaceae fam. nov.». В Джей Ти Стейли; член парламента Брайант; Н. Пфенниг; Дж. Г. Холт (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 3 (1-е изд.). Балтимор: The Williams & Wilkins Co. p. 169.