ТАК
| ТАК | |
|---|---|
 | |
| Сульфобус | |
Научная классификация  | |
| Домен: | Архея |
| Королевство: | Протеоархеота |
| Супертип: | ТАК группа Гай и Эттема 2011 |
| Фила [1] | |
| |
| Синонимы | |
TACK — это группа архей , ее название является аббревиатурой от Thaumarchaeota (ныне Nitrososphaerota ), Aigarchaeota , Crenarchaeota (ныне Thermoproteota ) и Korarchaeota — первых обнаруженных групп. Они встречаются в различных средах от ацидофильных термофилов до мезофилов и психрофилов и имеют разные типы метаболизма , преимущественно анаэробный и хемосинтетический. [4] ТЭК — клада , родственная ветви Асгарда , давшей начало эукариотам . Было предложено классифицировать кладу TACK как Crenarchaeota , а традиционную «Crenarchaeota» (Thermoproteota) классифицировать как класс под названием «Sulfolobia» вместе с другими типами с классовым рангом или порядком. [5] После включения категории королевства в ICNP предложенное название этой группы — королевство Термопротеати (Гай и Эттема, 2024). [6]
Классификация
[ редактировать ]- Термопротеота (ранее Crenarchaeota). Это самый известный край и самая многочисленная архея в морской экосистеме. Ранее их называли сульфобактериями из-за их зависимости от серы и они важны как фиксаторы углерода. встречаются Гипертермофилы в гидротермальных источниках, а другие группы наиболее многочисленны на глубинах менее 100 м.
- « Айгархеота ». Это тип, предложенный на основе генома вида-кандидата Caldiarchaeum subterraneum, найденного глубоко в золотом руднике в Японии . Геномные последовательности этой группы также были обнаружены в геотермальных средах, как наземных, так и морских.
- « Геоархеота ». К нему относятся термофильные организмы, обитающие в кислой среде, восстанавливающие трехвалентное железо. В качестве альтернативы было высказано предположение, что эта и более ранние группы на самом деле принадлежат типу Nitrososphaerota.
- Нитрозосфаэрота (ранее Таумархеота). К нему относятся мезофильные или психрофильные организмы (средние и низкие температуры), обладающие аммиачно-окислительным хемолитоавтотрофным метаболизмом (нитрифицирующие) и способные играть важную роль в биохимических циклах, таких как циклы азота и углерода.
- « Батиархеота ». Его много в отложениях морского дна с недостатком питательных веществ. По крайней мере, некоторые линии развиваются посредством гомоацетогенеза, типа метаболизма, который до сих пор считался уникальным для бактерий.
- « Корархеота ». Они были обнаружены только в гидротермальных условиях и в низкой численности. Они кажутся разнообразными на разных филогенетических уровнях в зависимости от температуры, солености (пресная или морская вода) и географического положения.
Филогения
[ редактировать ]Отношения примерно следующие:
| Маккей и др. 2019 год [7] | на основе 16S рРНК ДП _06_2022 [8] [9] [10] | 53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214 [11] [12] [13] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
Гипотеза эоцитов
[ редактировать ]Гипотеза эоцитов, предложенная в 1980-х годах Джеймсом Лейком, предполагает, что эукариоты возникли внутри прокариотических эоцитов. [15]
Одним из доказательств, подтверждающих тесную связь между TACK и эукариотами, является наличие гомолога субъединицы РНК-полимеразы Rbp-8 у Thermoproteota, но не у Euryarchaea. [16]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кастель, CJ; Банфилд, Дж. Ф. (2018). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание Древа Жизни» . Клетка . 172 (6): 1181–1197. дои : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . ПМИД 29522741 .
- ^ Лейк, Дж.А.; Хендерсон, Э.; Оукс, М. (Кларк, М.В.) (1984). «Эоциты: новая структура рибосом указывает на царство, имеющее близкое родство с эукариотами» . ПНАС . 81 (12): 3786–3790. Бибкод : 1984PNAS...81.3786L . дои : 10.1073/pnas.81.12.3786 . ПМК 345305 . ПМИД 6587394 .
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Лейк, JA (2015). «Происхождение эукариот» . Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci . 370 (1678): 20140321. doi : 10.1098/rstb.2014.0321 . ПМЦ 4571561 . ПМИД 26323753 .
- ^ Гай, Лайонел; Эттема, Тейс Дж.Г. (2011). «Архейный супертип TACK и происхождение эукариот». Тенденции в микробиологии . 19 (12): 580–587. дои : 10.1016/j.tim.2011.09.002 . ПМИД 22018741 .
- ^ Кавальер-Смит, Томас ; Чао, Эма Э-Юнг (2020). «Мультидоменные рибосомальные белковые деревья и планктобактериальное происхождение неомуры (эукариоты, архебактерии)» . Протоплазма . 257 (3): 621–753. дои : 10.1007/s00709-019-01442-7 . ПМК 7203096 . ПМИД 31900730 .
- ^ Гёкер, Маркус; Орен, Аарон (22 января 2024 г.). «Действительная публикация названий двух доменов и семи царств прокариотов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 74 (1). дои : 10.1099/ijsem.0.006242 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 38252124 .
- ^ Маккей, Л.Дж., Длакич, М., Филдс, М.В. и др. У корархеот обнаружена совместная геномная способность к анаэробному метаболизму метана и диссимиляционному метаболизму серы . Nat Microbiol 4, 614–622 (2019) doi:10.1038/s41564-019-0362-4
- ^ «ЛТП» . Проект «Всевидовое живое дерево» . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проект «Всевидовое живое дерево» . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_06_2022» (PDF) . Проект «Всевидовое живое дерево» . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ Кокс, CJ; Фостер, П.Г.; Хирт, Р.П.; Харрис, СР; Эмбли, ТМ (2008). «Архебактериальное происхождение эукариот» . Proc Natl Acad Sci США . 105 (51): 20356–61. Бибкод : 2008PNAS..10520356C . дои : 10.1073/pnas.0810647105 . ПМЦ 2629343 . ПМИД 19073919 .
- ^ (UCLA) Происхождение ядра и древа жизни. Архивировано 7 февраля 2003 г. на archive.today.
- ^ Квапиш, М.; Бекуэ, Ф.; Тюрио, П. (2008). «Ранняя эволюция эукариотических ДНК-зависимых РНК-полимераз». Тенденции Жене . 24 (5): 211–5. дои : 10.1016/j.tig.2008.02.002 . ПМИД 18384908 .