Международный кодекс номенклатуры прокариот

Международный кодекс номенклатуры прокариот ( ICNP или Прокариотический кодекс , ранее Международный кодекс номенклатуры бактерий ( ICNB ) или Бактериологический кодекс ( BC ), регулирует научные названия бактерий ) и архей . ^[1]^[2] Он обозначает правила наименования таксонов бактерий по их относительному рангу. Как таковой это один из кодов биологии . номенклатурных

Первоначально Международный кодекс ботанической номенклатуры касался бактерий, и в нем сохранялись ссылки на бактерии до тех пор, пока они не были исключены на Международном ботаническом конгрессе 1975 года . Ранний Кодекс номенклатуры бактерий был одобрен на 4-м Международном конгрессе по микробиологии в 1947 году, но позже был отменен.

Последней версией, напечатанной в виде книги, является Редакция 1990 года. ^[3] но книга не отражает действующие правила. Редакции 2008 и 2022 годов были опубликованы в Международном журнале систематической и эволюционной микробиологии (IJSEM). ^[2] Правила поддерживаются Международным комитетом по систематике прокариотов (ICSP; бывший Международный комитет по систематической бактериологии, ICSB).

Базой для названий бактерий являются утвержденные списки. ^[4] с отправной точкой в 1980 году. Новые названия бактерий рассматриваются ICSP как соответствующие Правилам номенклатуры и публикуются в IJSEM .

Цианобактерии

С 1975 года большинство бактерий подпадало под бактериологический код. Однако цианобактерии по-прежнему подпадали под действие ботанического кодекса. Начиная с 1999 года, цианобактерии были включены как в ботанический, так и в бактериологический кодексы. Эта ситуация вызвала номенклатурные проблемы для цианобактерий. ^[5]^[6] К 2020 году было три предложения по разрешению ситуации:

Исключить цианобактерии из бактериологического кода. ^[7]
Примените бактериологический код ко всем цианобактериям. ^[8]
Считайте действительную публикацию по ботаническому кодексу как действительную публикацию по бактериологическому кодексу. ^[9]

В 2021 году ICSP провел официальное голосование по трем предложениям, и был выбран третий вариант. ^[10]

Тип штамма

С 2001 года при описании нового вида бактерий или архей необходимо обозначать типовой штамм. ^[11] Типовой штамм представляет собой живую культуру, за которой формально закреплено научное название этого организма. Чтобы новое название вида было действительно опубликовано, типовой штамм должен быть депонирован в общественной коллекции культур как минимум в двух разных странах. ^[12] До 2001 года вид также можно было типизировать с помощью описания, сохранившегося экземпляра или иллюстрации. ^[11] Для каждого вида прокариот существует один тип штамма, но разные коллекции культур могут давать уникальное название одному и тому же штамму. Например, типовой штамм E. coli (первоначально штамм U5/41) называется ATCC 11775 Американской коллекцией типовых культур , DSM 30083 Немецкой коллекцией микроорганизмов и клеточных культур , JCM 1649 Японской коллекцией микроорганизмов и LMG 2092 Бельгийской координированной коллекции микроорганизмов . ^[13]^[14] Если вид прокариот не может быть культивирован в лаборатории (и, следовательно, не может быть депонирован в коллекции культур), ему может быть присвоено предварительное название «кандидат» , но он не считается действительно опубликованным. ^[15]

Версии

Бьюкенен, Р.Э. и Ральф Сент-Джон-Брукс. (1947, июнь) (Редакция). Предлагаемый бактериологический кодекс номенклатуры . Разработан на основе предложений, одобренных Международным комитетом по бактериологической номенклатуре на заседании Третьего международного конгресса по микробиологии. Публикация разрешена на пленарном заседании, стр. 61. Издательство Iowa State College Press, Эймс, Айова. США Хати Траст .
Бьюкенен Р.Э., Ст., Джон-Брукс Р., Брид Р.С. (1948). «Международный бактериологический кодекс номенклатуры» . Журнал бактериологии . 55 (3): 287–306. дои : 10.1128/jb.55.3.287-306.1948 . ПМК 518444 . ПМИД 16561459 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) Перепечатано в 1949 г., Journal of General Microbiology 3, 444–462.
Международный комитет по бактериологической номенклатуре. (1958, июнь). Международный кодекс номенклатуры бактерий и вирусов . Эймс, Издательство Колледжа штата Айова. БХЛ .
Лапаж, С.П., Снит, ПХА, Лессель, Э.Ф., Скерман, ВБД, Силигер, HPR и Кларк, Вашингтон (1975). Международный кодекс номенклатуры бактерий . Редакция 1975 года. Американское общество микробиологии, Вашингтон, округ Колумбия
Лапаж, С.П., Снит, ПХА, Лессель, Э.Ф., Скерман, ВБД, Силигер, HPR и Кларк, Вашингтон (1992). Международный кодекс номенклатуры бактерий . Бактериологический кодекс. Редакция 1990 года. Американское общество микробиологии, Вашингтон, округ Колумбия, ссылка .
Паркер, Коннектикут, Тиндалл, Би Джей и Гаррити, GM, ред. (2019). Международный кодекс номенклатуры прокариот. Кодекс прокариот (редакция 2008 г.) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии 69 (1A): S1 – S111. дои: 10.1099/ijsem.0.000778
Орен, Аарон; Арахал, Дэвид Р.; Гёкер, Маркус; Мур, Эдвард РБ; Росселло-Мора, Рамон; Сатклифф, Иэн К. (1 мая 2023 г.). «Международный кодекс номенклатуры прокариот. Кодекс прокариот (редакция 2022 г.)» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 73 (5а). дои : 10.1099/ijsem.0.005585 . hdl : 10261/338243 . ПМИД 37219928 .

См. также

Ссылки

^ "Дом" . the-icsp.org .
^ Jump up to: ^а ^б бактериологического кода. PHA Sneath, 2003. Краткая история URL-адреса Архивировано 24 мая 2012 г. на Wayback Machine.
^ Лапаж, СП; Снит, PHA; Лессель, Э.Ф.; Скерман, ВБД; Силигер, HPR; Кларк, Вашингтон (5 марта 1992 г.). Правила номенклатуры с рекомендациями . ASM Press – через ncbi.nlm.nih.gov.
^ VBD Скерман, Вики Макгоуэн и PHA Снит, 1989. Утвержденные списки названий бактерий, исправленное издание, Вашингтон (округ Колумбия): ASM Press.
^ Орен, А. (2011). «Систематика и номенклатура цианобактерий, представленная в Международном бюллетене бактериологической номенклатуры и таксономии / Международном журнале систематической бактериологии / Международном журнале систематической и эволюционной микробиологии» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (1): 10–15. дои : 10.1099/ijs.0.018838-0 . ПМИД 21097637 . S2CID 206169872 .
^ Орен А., Вентура С. (2017). «Современное состояние номенклатуры цианобактерий по «прокариотическому» и «ботаническому» коду». Антони ван Левенгук . 110 (10): 1257–1269. дои : 10.1007/s10482-017-0848-0 . ПМИД 28243951 . S2CID 23489558 .
^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити. (2014). «Предложение об изменении Общего соображения 5 и Принципа 2 Международного кодекса номенклатуры прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 64 (1): 309–10. дои : 10.1099/ijs.0.059568-0 . ПМИД 24408952 .
^ Пиневич АВ. (2015). «Предложение последовательно применять Международный кодекс номенклатуры прокариот (ICNP) к названиям оксигенных фотосинтезирующих бактерий (цианобактерий), включая те, которые действительно опубликованы в соответствии с Международным кодексом ботанической номенклатуры (ICBN)/Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений (ICN) и предложение изменить Принцип 2 ICNP» . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (3): 1070–4. дои : 10.1099/ijs.0.000034 . ПМИД 25505344 .
^ Орен А. (2020). «Три альтернативных предложения по внесению изменений в Правила Международного кодекса номенклатуры прокариот для урегулирования статуса цианобактерий в прокариотической номенклатуре» . Int J Syst Evol Microbiol . 70 (7): 4406–4408. дои : 10.1099/ijsem.0.004268 . ПМИД 32602831 . S2CID 220270571 .
^ Орен А., Арахал Д.Р., Росселло-Мора Р., Сатклифф IC, Мур ERB. (2021). «Поправка к общим соображениям 5 и правилам 18a, 24a и 30 Международного кодекса номенклатуры прокариот для определения статуса цианобактерий в номенклатуре прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (8): 004939. doi : 10.1099/ijsem.0.004939 . ПМИД 34342563 . S2CID 236884663 .
^ Jump up to: ^а ^б Кодекс прокариот (редакция 2008 г.) , правило 18a.
^ Кодекс прокариот (редакция 2008 г.) , Правило 30.
^ Эузеби Ж.П., Парте AC. « Эшерихия коли » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 21 июня 2022 г.
^ Раймер Л.К., Сарда Карбасс Дж., Коблиц Дж., Эбелинг С., Подставка А., Оверманн Дж. « Эшерихия coli U5/41» . БакДайв . Проверено 21 июня 2022 г.
^ Кодекс прокариот (редакция 2008 г.) , Приложение 11.

Внешние ссылки

Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии онлайн
Тиндалл Б.Дж. (июль 1999 г.). «Непонимание бактериологического кода» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 49 (3): 1313–6. дои : 10.1099/00207713-49-3-1313 . ПМИД 10425796 .
Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре
Поиск по номенклатуре прокариот, предоставленный NamesforLife

[1] "Дом" . the-icsp.org .

[Sneath-2] Jump up to: ^а ^б бактериологического кода. PHA Sneath, 2003. Краткая история URL-адреса Архивировано 24 мая 2012 г. на Wayback Machine.

[3] Лапаж, СП; Снит, PHA; Лессель, Э.Ф.; Скерман, ВБД; Силигер, HPR; Кларк, Вашингтон (5 марта 1992 г.). Правила номенклатуры с рекомендациями . ASM Press – через ncbi.nlm.nih.gov.

[4] VBD Скерман, Вики Макгоуэн и PHA Снит, 1989. Утвержденные списки названий бактерий, исправленное издание, Вашингтон (округ Колумбия): ASM Press.

[5] Орен, А. (2011). «Систематика и номенклатура цианобактерий, представленная в Международном бюллетене бактериологической номенклатуры и таксономии / Международном журнале систематической бактериологии / Международном журнале систематической и эволюционной микробиологии» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (1): 10–15. дои : 10.1099/ijs.0.018838-0 . ПМИД 21097637 . S2CID 206169872 .

[6] Орен А., Вентура С. (2017). «Современное состояние номенклатуры цианобактерий по «прокариотическому» и «ботаническому» коду». Антони ван Левенгук . 110 (10): 1257–1269. дои : 10.1007/s10482-017-0848-0 . ПМИД 28243951 . S2CID 23489558 .

[7] Орен А., генеральный менеджер Гаррити. (2014). «Предложение об изменении Общего соображения 5 и Принципа 2 Международного кодекса номенклатуры прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 64 (1): 309–10. дои : 10.1099/ijs.0.059568-0 . ПМИД 24408952 .

[8] Пиневич АВ. (2015). «Предложение последовательно применять Международный кодекс номенклатуры прокариот (ICNP) к названиям оксигенных фотосинтезирующих бактерий (цианобактерий), включая те, которые действительно опубликованы в соответствии с Международным кодексом ботанической номенклатуры (ICBN)/Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений (ICN) и предложение изменить Принцип 2 ICNP» . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (3): 1070–4. дои : 10.1099/ijs.0.000034 . ПМИД 25505344 .

[9] Орен А. (2020). «Три альтернативных предложения по внесению изменений в Правила Международного кодекса номенклатуры прокариот для урегулирования статуса цианобактерий в прокариотической номенклатуре» . Int J Syst Evol Microbiol . 70 (7): 4406–4408. дои : 10.1099/ijsem.0.004268 . ПМИД 32602831 . S2CID 220270571 .

[10] Орен А., Арахал Д.Р., Росселло-Мора Р., Сатклифф IC, Мур ERB. (2021). «Поправка к общим соображениям 5 и правилам 18a, 24a и 30 Международного кодекса номенклатуры прокариот для определения статуса цианобактерий в номенклатуре прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (8): 004939. doi : 10.1099/ijsem.0.004939 . ПМИД 34342563 . S2CID 236884663 .

[ICNP_18a-11] Jump up to: ^а ^б Кодекс прокариот (редакция 2008 г.) , правило 18a.

[ICNP_30-12] Кодекс прокариот (редакция 2008 г.) , Правило 30.

[LPSN-13] Эузеби Ж.П., Парте AC. « Эшерихия коли » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 21 июня 2022 г.

[14] Раймер Л.К., Сарда Карбасс Дж., Коблиц Дж., Эбелинг С., Подставка А., Оверманн Дж. « Эшерихия coli U5/41» . БакДайв . Проверено 21 июня 2022 г.

[ICNP_A11-15] Кодекс прокариот (редакция 2008 г.) , Приложение 11.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]