кандидат

В прокариот номенклатуре не Candidatus (сокращенно Ca .; латинское слово « кандидат на римскую должность») используется для обозначения таксонов прокариот , которые хорошо охарактеризованы, но еще культивированы . ^[1] Современные подходы к секвенированию, такие как секвенирование 16S рибосомальной РНК или метагеномика , предоставляют много информации об анализируемых организмах и, таким образом, позволяют идентифицировать и охарактеризовать отдельные виды. Однако большинство видов прокариот остаются некультивируемыми и, следовательно, недоступными для дальнейшей характеристики в исследованиях in vitro . Недавние открытия множества таксонов-кандидатов привели к расширению древа жизни за счет нового понимания бактериального разнообразия.

Номенклатура

История

Первоначальный Международный кодекс номенклатуры прокариотов (ICNP), а также ранние редакции не учитывали возможность идентификации прокариотов, которые еще не были пригодны для культивирования. Поэтому термин Candidatus был предложен в контексте конференции Международного комитета по систематике прокариот (ICSP, бывший Международный комитет по систематической бактериологии) в 1994 году, чтобы инициировать пересмотр кодекса. ^[2] В связи с ростом числа таксонов Candidatus , связанным с постоянным развитием технологий секвенирования, ICSP принял Международный кодекс номенклатуры прокариот в 1996 году, добавив приложение для Candidatus . таксонов ^[3] (Приложение 11 в последней версии ^[4]). Однако номенклатура таксонов Candidatus до сих пор не охвачена общими правилами Кодекса прокариот, что приводит к постоянным дискуссиям и предложениям по изменению действующего кодекса с целью предоставления приоритета таксонам Candidatus . ^[5]^[6]

Мы

В настоящее время временный статус « Кандидат » может быть использован при предоставлении следующей информации: ^{[ нужна ссылка ]}

Геномная информация [...] для определения филогенетического положения организма.
Вся информация, доступная на данный момент:
структура и морфология
физиология и обмен веществ
репродуктивные особенности
естественная среда, в которой организм может быть идентифицирован и
любая другая доступная и подходящая информация. ^[4]^{: Приложение 11}

Видовое название организма в статусе Candidatus состоит из слова Candidatus , за которым следует либо название рода с видовым эпитетом, либо только название рода, либо только видовой эпитет. Примеры включают Candidatus Liberobacter asiaticum ; Кандидатская магнитобактерия ; Кандидат внутриклеточный . Список всех таксонов Candidatus ( Список кандидатов ) ведется Судебной комиссией ICSP в сотрудничестве с редакционной коллегией IJSEM и обновляется через соответствующие промежутки времени. ^[4] После успешного культивирования таксона Candidatus его название необходимо удалить из этого списка и предложить новое название в соответствии с Международным кодексом номенклатуры прокариот . ^{[ нужна ссылка ]}

Хотя предложение 1994 года и более поздний Кодекс предусматривают списка кандидатов сохранение , работа по подбору имен началась только в 2017 году, когда было опубликовано исследование «№ 0». Автор обнаружил, что 120 из примерно 400 собранных имен нарушат Кодекс, если они будут официально предложены. Распространенными причинами являются латинские ошибки, повторяющиеся имена и нелатинские имена. В результате списки кандидатов теперь также содержат исправления для таких имен. Исправленным именам даны корректировки. (для исправления ) в поле полномочий, ^[7] при этом некоторые источники идут дальше и цитируют исправления (например, « Ca. Karelsulcia », корриг. Моран и др., 2005 г., в Оген и др., 2020 г.). ^[8] Каждый опубликованный список, начиная с № 1, охватывает все известные имена кандидатов, предложенные в данный период времени, а также любые дополнения к предыдущим периодам. ^[7] По состоянию на декабрь 2022 г. ^[update]Последним из них является список кандидатов № 4 , опубликованный в ноябре 2022 года и включающий имена, предложенные в 2021 году. ^[9] В 2023 году был опубликован ненумерованный список Candidatus типов ; будущие нумерованные списки будут включать типы. ^[10]

SeqCode

Кодекс номенклатуры прокариот, описанных на основе данных о последовательностях (SeqCode) 2022 года, стандартизирует публикацию названий в системе, отдельной от ICNP. Вместо того, чтобы требовать культуру типов, SeqCode требует высококачественного генома в качестве номенклатурного типа , фактически предлагая путь к формализации имен Candidatus. Его производит Международное общество микробной экологии (ISME), которое не имеет отношения к ICSP. ^[11] SeqCode признает приоритет имен, в том числе Candidatus , опубликованных в рамках ICNP до 2023 года. ^[12]

Команда SeqCode изначально хотела просто внести поправки в ICNP, чтобы добавить такую систему, но ICSP отклонила петицию, что потребовало создания отдельного кодекса. ^[11]

Невозделываемость

Факторы окружающей среды

Существует несколько причин, по которым многие виды прокариот не растут в лаборатории, многие из которых остаются плохо изученными. Одной из этих причин является среда, из которой извлекаются виды, которую трудно смоделировать в лабораторных условиях. Многие прокариоты имеют весьма специфические требования к росту, включая потребность в определенном составе питательных веществ, определенных условиях pH, температуре, атмосферном давлении или уровне кислорода. ^[13] Большинство коммерчески доступных питательных сред и протоколов инкубации плохо отвечают этим требованиям, поэтому необходима комплексная оценка среды обитания для успешного выделения интересующих бактерий из образцов окружающей среды. ^{[ нужна ссылка ]}

Взаимодействие видов

Большинство видов прокариот живут не поодиночке, а скорее в сложных сообществах с другими видами из всех царств жизни. Как следствие, многие виды зависят от метаболитов или сигнальных соединений соседних видов для роста собственных клеток. Идентификация необходимых веществ может быть сложной задачей, но после их идентификации можно использовать совместное культивирование или добавление конкретного соединения для потенциального культивирования интересующих видов.

Редукция генома

Многие случаи взаимодействия видов носят симбиотический характер, который определяется как близкие, долгосрочные отношения между двумя или более видами, которые могут быть либо мутуалистическими, нейтральными, либо вредными. ^[14] В зависимости от местонахождения симбионта симбионты могут быть как эктосимбионтами , так и эндосимбионтами . резкое сокращение генома У эндосимбиотических бактерий наблюдалось за счет делеции генов, что, как полагают, происходит из-за того, что многие гены становятся ненужными в защищенной среде хозяина. Это часто влияет на гены репарации ДНК и регуляции транскрипции , что затрудняет культивирование этих организмов вне их хозяина. ^[14]

См. также

Ссылки

^ Стакебрандт, Э. (1 мая 2002 г.). «Отчет специальной комиссии по переоценке определения видов в бактериологии» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (3): 1043–1047. дои : 10.1099/ijs.0.02360-0 . ПМИД 12054223 . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ Мюррей, RGE; Шляйфер, К.Х. (1 января 1994 г.). «Таксономические заметки: предложение по регистрации свойств предполагаемых таксонов прокариотов» . Международный журнал систематической бактериологии . 44 (1): 174–176. дои : 10.1099/00207713-44-1-174 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 8123559 .
^ Тиндалл, Брайан Дж.; Кемпфер, Питер; Эзеби, Жан П.; Орен, Аарон (1 ноября 2006 г.). «Действительная публикация названий прокариот по правилам номенклатуры: прошлая история и современная практика» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (11): 2715–2720. дои : 10.1099/ijs.0.64780-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 17082418 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Международный кодекс номенклатуры прокариот: Кодекс прокариот (редакция 2008 г.)» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 69 (1А): С1–С111. 1 января 2019 г. doi : 10.1099/ijsem.0.000778 . ISSN 1466-5026 . ОСТИ 1254416 . ПМИД 26596770 .
^ Орен, Аарон; Гаррити, Джордж М.; Паркер, Чарльз Т.; Чувочина, Мария; Трухильо, Марта Э. (2020). «Списки названий прокариотических таксонов Candidatus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (7): 3956–4042. дои : 10.1099/ijsem.0.003789 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 32603289 .
^ Уитмен, Уильям Б.; Сатклифф, Иэн К.; Росселло-Мора, Рамон (1 июля 2019 г.). «Предложение о внесении изменений в Международный кодекс номенклатуры прокариот: предоставление приоритета названиям Candidatus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 69 (7): 2174–2175. дои : 10.1099/ijsem.0.003419 . hdl : 10261/203982 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 31066658 .
^ Jump up to: ^а ^б Орен, А. (ноябрь 2021 г.). «Номенклатура прокариотических таксонов Candidatus: наведение порядка в современном хаосе» . Новые микробы и новые инфекции . 44 : 100932. дои : 10.1016/j.nmni.2021.100932 . ПМЦ 8487987 . ПМИД 34631108 .
^ «Браузер таксономии (Candidatus Karelsulcia)» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ Орен, Аарон (25 ноября 2022 г.). «Список кандидатов № 4: Списки названий прокариотических таксонов Candidatus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 72 (11). дои : 10.1099/ijsem.0.005545 . ПМИД 35100104 . S2CID 246444866 .
^ Орен, Аарон; Гёкер, Маркус (9 мая 2023 г.). «Список кандидатов. Списки названий прокариотических типов Candidatus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 73 (5). дои : 10.1099/ijsem.0.005821 .
^ Jump up to: ^а ^б Хедлунд Б.П., Чувочина М., Хугенгольц П., Константинидис К.Т., Мюррей А.Е., Палмер М., Паркс Д.Х., Пробст А.Дж., Рейзенбах А.Л., Родригес-Р.Л.М., Росселло-Мора Р., Сатклифф И.С., Вентер С.Н., Уитмен В.Б. (октябрь 2022 г.). «SeqCode: номенклатурный код прокариот, описанный на основе данных последовательности» . Нат Микробиол . 7 (10): 1702–1708. дои : 10.1038/s41564-022-01214-9 . ПМЦ 9519449 . ПМИД 36123442 .
^ «Версия SeqCode 1.0.3» . Реестр SeqCode . 5 января 2023 г.
^ Кепке, Беате; Вильмс, Рейнхард; Энгелен, Берт; Ципионка, Гериберт; Сасс, Хенрик (декабрь 2005 г.). «Микробное разнообразие в прибрежных подземных отложениях: подход к культивированию с использованием различных акцепторов электронов и градиентов субстрата» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (12): 7819–7830. Бибкод : 2005ApEnM..71.7819K . дои : 10.1128/АЕМ.71.12.7819-7830.2005 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 1317335 . ПМИД 16332756 .
^ Jump up to: ^а ^б Мойя, Андрес; Перето, Хули; Гил, Росарио; Латорре, Ампаро (март 2008 г.). «Учимся жить вместе: геномный взгляд на симбиозы прокариот и животных» . Обзоры природы Генетика . 9 (3): 218–229. дои : 10.1038/nrg2319 . ISSN 1471-0056 . ПМИД 18268509 . S2CID 2866611 .

Дальнейшее чтение

Лабеда, ДП (1997). «Судебная комиссия Международного комитета по систематической бактериологии VIII-го Международного конгресса по микробиологии и прикладной бактериологии: протоколы заседаний, 17 и 22 августа 1996 г., Иерусалим, Израиль» . Международный журнал систематической бактериологии . 47 : 240. дои : 10.1099/00207713-47-1-240 .
«Международный комитет по систематической бактериологии, VII Международный конгресс по микробиологии и прикладной бактериологии: протоколы заседаний, 17, 18 и 22 августа 1996 г., Иерусалим, Израиль» . Международный журнал систематической бактериологии . 47 (2): 597–600. 1997. doi : 10.1099/00207713-47-2-597 .
Де Вос, П.; Трюпер, Х.Г.; Тиндалл, Би Джей (2005). «Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот; X Международный (IUMS) конгресс по бактериологии и прикладной микробиологии; протоколы заседаний, 28, 29 и 31 июля и 1 августа 2002 г., Париж, Франция» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 55 : 525–532. дои : 10.1099/ijs.0.63585-0 .
Стакебрандт, Э.; Фредериксен, В.; Гаррити, генеральный менеджер; Гримонт, Пенсильвания; Кемпфер, П.; Мейден, MC; Несме, X.; Росселло-Мора, Р.; Свингс, Дж.; Трюпер, Х.Г.; Вотерен, Л.; Уорд, AC; Уитмен, ВБ (2002). «Отчет специального комитета по переоценке определения видов в бактериологии». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 3): 1043–1047. дои : 10.1099/ijs.0.02360-0 . ПМИД 12054223 .

[1] Стакебрандт, Э. (1 мая 2002 г.). «Отчет специальной комиссии по переоценке определения видов в бактериологии» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (3): 1043–1047. дои : 10.1099/ijs.0.02360-0 . ПМИД 12054223 . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[2] Мюррей, RGE; Шляйфер, К.Х. (1 января 1994 г.). «Таксономические заметки: предложение по регистрации свойств предполагаемых таксонов прокариотов» . Международный журнал систематической бактериологии . 44 (1): 174–176. дои : 10.1099/00207713-44-1-174 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 8123559 .

[3] Тиндалл, Брайан Дж.; Кемпфер, Питер; Эзеби, Жан П.; Орен, Аарон (1 ноября 2006 г.). «Действительная публикация названий прокариот по правилам номенклатуры: прошлая история и современная практика» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (11): 2715–2720. дои : 10.1099/ijs.0.64780-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 17082418 .

[:0-4] Jump up to: ^а ^б ^с «Международный кодекс номенклатуры прокариот: Кодекс прокариот (редакция 2008 г.)» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 69 (1А): С1–С111. 1 января 2019 г. doi : 10.1099/ijsem.0.000778 . ISSN 1466-5026 . ОСТИ 1254416 . ПМИД 26596770 .

[5] Орен, Аарон; Гаррити, Джордж М.; Паркер, Чарльз Т.; Чувочина, Мария; Трухильо, Марта Э. (2020). «Списки названий прокариотических таксонов Candidatus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (7): 3956–4042. дои : 10.1099/ijsem.0.003789 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 32603289 .

[6] Уитмен, Уильям Б.; Сатклифф, Иэн К.; Росселло-Мора, Рамон (1 июля 2019 г.). «Предложение о внесении изменений в Международный кодекс номенклатуры прокариот: предоставление приоритета названиям Candidatus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 69 (7): 2174–2175. дои : 10.1099/ijsem.0.003419 . hdl : 10261/203982 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 31066658 .

[pmid34631108-7] Jump up to: ^а ^б Орен, А. (ноябрь 2021 г.). «Номенклатура прокариотических таксонов Candidatus: наведение порядка в современном хаосе» . Новые микробы и новые инфекции . 44 : 100932. дои : 10.1016/j.nmni.2021.100932 . ПМЦ 8487987 . ПМИД 34631108 .

[8] «Браузер таксономии (Candidatus Karelsulcia)» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[9] Орен, Аарон (25 ноября 2022 г.). «Список кандидатов № 4: Списки названий прокариотических таксонов Candidatus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 72 (11). дои : 10.1099/ijsem.0.005545 . ПМИД 35100104 . S2CID 246444866 .

[10] Орен, Аарон; Гёкер, Маркус (9 мая 2023 г.). «Список кандидатов. Списки названий прокариотических типов Candidatus» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 73 (5). дои : 10.1099/ijsem.0.005821 .

[Hedlund22-11] Jump up to: ^а ^б Хедлунд Б.П., Чувочина М., Хугенгольц П., Константинидис К.Т., Мюррей А.Е., Палмер М., Паркс Д.Х., Пробст А.Дж., Рейзенбах А.Л., Родригес-Р.Л.М., Росселло-Мора Р., Сатклифф И.С., Вентер С.Н., Уитмен В.Б. (октябрь 2022 г.). «SeqCode: номенклатурный код прокариот, описанный на основе данных последовательности» . Нат Микробиол . 7 (10): 1702–1708. дои : 10.1038/s41564-022-01214-9 . ПМЦ 9519449 . ПМИД 36123442 .

[12] «Версия SeqCode 1.0.3» . Реестр SeqCode . 5 января 2023 г.

[13] Кепке, Беате; Вильмс, Рейнхард; Энгелен, Берт; Ципионка, Гериберт; Сасс, Хенрик (декабрь 2005 г.). «Микробное разнообразие в прибрежных подземных отложениях: подход к культивированию с использованием различных акцепторов электронов и градиентов субстрата» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (12): 7819–7830. Бибкод : 2005ApEnM..71.7819K . дои : 10.1128/АЕМ.71.12.7819-7830.2005 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 1317335 . ПМИД 16332756 .

[:1-14] Jump up to: ^а ^б Мойя, Андрес; Перето, Хули; Гил, Росарио; Латорре, Ампаро (март 2008 г.). «Учимся жить вместе: геномный взгляд на симбиозы прокариот и животных» . Обзоры природы Генетика . 9 (3): 218–229. дои : 10.1038/nrg2319 . ISSN 1471-0056 . ПМИД 18268509 . S2CID 2866611 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]