Веррукомикробиота

Веррукомикробиота
	Просвечивающая электронная микрофотография II стадии эпиксеносом .
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Супертип:	Суперфилум ПВХ
Тип:	Веррукомикробиота ; Хедлунд 2021
Классы
	Ваучер на обучение ; « Метилацидифилы ». ; Терримикробия ; Веррукомикробии ;
Синонимы
	«Веррукомикробеота» Орен и др. 2015 год ; «Веррукомикробия» Hedlund et al. 1997 год ; «Веррукомикробия» Хедлунд 2010 г. ; «Веррукомикробия» Юн и др. 2010 год ; «Веррукомикробиота» Whitman et al. 2018 год ;

Verrucomicrobiota — тип грамотрицательных бактерий , включающий лишь несколько описанных видов. Выявленные виды были выделены из пресной воды , морской и почвенной среды, а также человеческих фекалий . Ряд еще не культивируемых видов был идентифицирован в ассоциации с эукариотическими хозяевами, включая экструзивные эксплозивные и эндосимбионты протистов нематод из рода эктосимбионты Xiphinema , проживающие в их гаметах . ^[2]^[3] Веррукомикробная бактерия Akkermansia muciniphila представляет собой кишечную симбиотическую бактерию человека, которая считается перспективным пробиотиком. ^[4]

Веррукомикробиота широко распространена в окружающей среде, хотя и относительно неактивна. ^[5] Считается, что у этого типа есть два сестринских типа: Chlamydiota (ранее Chlamydiae) и Lentisphaerota (ранее Lentisphaerae) в супертипе PVC . ^[6] Тип Verrucomicrobiota можно отличить от соседних типов внутри группы PVC по наличию нескольких консервативных сигнатурных инделей (CSI). ^[7] Эти CSI представляют собой уникальные синапоморфные характеристики, которые предполагают общее происхождение внутри Verrucomicrobiota и независимую линию среди других бактерий. ^[8] CSI Также были обнаружены , которые являются общими для Verrucomicrobiota и Chlamydiota исключительно среди всех других бактерий. ^[9] Эти CSI доказывают, что Chlamydiota является ближайшим родственником Verrucomicrobiota и что они более тесно связаны друг с другом, чем с Planctomycetales .

Verrucomicrobiota может принадлежать к кладе Planctobacteria в более крупной кладе Gracilicutes . ^[10]

В 2008 году был опубликован полный геном Mmethylacidiphilum infernorum (2,3 Мб ). На единственной кольцевой хромосоме было обнаружено 2473 предсказанных белка, 731 из которых не имел обнаруживаемых гомологов. Эти анализы также выявили множество возможных гомологий с Pseudomonadota . ^[11]^[12]

Филогения

на основе 16S рРНК ДП _01_2022 ^[13]^[14]^[15]

120 однокопийных маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^[16]^[17]^[18]

Лентисфаэрота	Лентисферия

Киритиматиеллота

Веррукомикробиота

	Альтерококк

	Пуницеикокковые

«Педосфералес»

	Аккермансиевые

	Рубритальные

Веррукомикробиота

Лентисферия

Лентисферальные	Лентисферовые

Олигосферальные	Олигосферовые

Виктивалес	Виктивалловые

Киритиматьеллия

«Спираденекалес»

«Спираденековые»

Киритимателлалес

Киритиматиелловые

	Тиховтунгиевые

	Понтиелловые

« Веррукомикробия ».

Урок извлечен

Опитутовые

	«Моанибактериальные»

	Варт-01

	«Мердусиевые»

	«Спирадосомовые»

«Церасикокковые»

	«Коралиомаргаритовые»

	Пуницеикокковые

«Лимисфералес»

	«Лимисферовые»

	«Педосферовые»

«Метилацидифилы»	«Метилацидифиловые»

Терримикробиалесы

	«Хтониобактерии»

	«Удеобактерии»

	Терримикробиевые

	«Ксифинематобактерии»

Веррукомикробиалы

Аккермансиевые

	SLCJ01

	Веррукомикробные

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^[19] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) ^[20]

Род ?" Ca. Epixenosoma " Bauer et al. 2005 г.
Род « Ca. Nucleicoccus » корриг. Сато и др. 2014 год
Род ?" Ca. Organicella " Williams et al. 2021 год
Род?" Ca. Rhizospheria " Nunes da Rocha 2010 г.
Классное ученичество Choo et al. 2007 год
- Заказать Opitutales Choo et al. 2007 год
  - Семейство Cerasicoccaceae Паллен, Родригес-Р и Алихан, 2022 г. [KCTC-12870]
    - Род Ruficoccus Lin et al. 2017 год
    - Род Cerasicococcus Yoon et al. 2007 год
  - Семейство Coraliomargaritaceae Паллен, Родригес-Р и Алихан, 2022 г. [DSM-45221]
    - Род " Lentimonas " Choo & Cho 2006 г.
    - Род Coraliomargarita Yoon et al. 2007 год
  - Семейство Merdousiaceae Паллен, Родригес-Р и Алихан 2022 [CAG-312]
    - Род « Ca. Merdousia » Gilroy et al. 2021 год
  - Семейство Moanibacteraceae Паллен, Родригес-Р и Алихан, 2022 [UBA2987]
    - Род " Ca. Moanibacter " исправлен. Воссеберг, Мартин и Эттема 2018
  - Семейство Opitutaceae Choo et al. 2007 год
    - Род Alterococcus Shieh и Jean 1999.
    - Род Cephaloticoccus Lin et al. 2016 год
    - Род « Ca. Didemniditutus » исправ. Лопера и др. 2017 год
    - Род Ereboglobus Tegtmeier et al. 2018 год
    - Род « Geminisphaera » Wertz et al. 2018 год
    - Род « Lacunisphaera » Rast et al. 2017 год
    - Род Nibricococcus Baek et al. 2019 год
    - Род Oleiharenicola Rochman et al. 2018 год
    - рода Исследование Chin et al. 2001 г.
    - Род Pelagicoccus Yoon et al. 2007 год
    - Род Rariglobus Pitt et al. 2020 год
    - Род « Ca. Synoicihabitans » Murray et al. 2021 год
  - Семейство Puniceicoccaceae Choo et al. 2007 год
    - Род « Ca. Fucivorax » Orellana et al. 2022 год
    - Род « Ca. Marcellius » Nixon et al. 2019 год
    - Род « Ca. Pelagisphaera » Bar-Shalom et al. 2023 год
    - Род « Ca. Pinguicoccous » Serra et al. 2020 год
    - Род Puniceicococcus Choo et al. 2007 год
  - Семейство Spyradosomataceae Паллен, Родригес-Р и Алихан, 2022 [UBA953]
    - Род « Ca. Spyradosoma » Gilroy et al. 2021 год
  - Семья Верруко-01
    - Род Oceanibritudu Feng et al. 2020 год
Класс « Метилацидифилы ».
- Отряд " Mmethylacidiphilales " Op den Camp 2009 ["Limisphaerales" Подосокорская и др. 2022 ]
  - Семейство « Метилацидифиловые » Op den Camp 2009 г.
    - Род « Mmethylacidimicrobium » van Teeseling et al. 2014 год
    - Род « Ca. methylacidiphilum » Hou et al. 2008 год
    - Род « Ca. Mmethylacidithermus » Picone et al. 2021 год
  - Семейство Limisphaeraceae Паллен, Родригес-Р и Алихан 2022 [NGM72-4]
    - Род Limisphaera Anders et al. 2015 год
  - Семейство Педосферовые .
    - Род " Pedosphaera " Озюрт 2008 г.
Класс Terrimicrobia García-López et al. 2020 год
- Отряд Terrimicrobiales García-López et al. 2020 [«Chthoniobacterales» Сангван и др. 2004 ]
  - Семейство « Chthoniobacteraceae » Sangwan et al. 2004 г.
    - Род « Chthoniobacter » Sangwan et al. 2004 г.
  - Семейство Terrimicrobiaceae García-López et al. 2020 год
    - Род Terrimicrobium Qiu et al. 2014 год
  - Семейство Udaeobacteraceae Паллен, Родригес-Р и Алихан 2022 [UBA10450]
    - Род « Ca. Udaeobacter » Brewer et al. 2016 год
  - Семейство Ксифинематобактериевые .
    - Род « Ca. Xiphinematobacter » Vandekerckhove et al.
Класс Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 год
- Порядок Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 год
  - Семейство Akkermansiaceae Hedlund & Derrien 2012 г.
    - Род Akkermansia Derrien et al. 2004 г.
    - Род Haloferula Yoon et al. 2008 год
    - Род Luteolibacter Yoon et al. 2008 год
    - Род « Ca. Mariakkermansia » Orellana et al. 2022 год
    - Род Oceaniferula Jin et al. 2022 год
    - Род Persicirhabdus Yoon et al. 2008 год
    - Род Roseibacillus Yoon et al. 2008 год
    - Род Rubritalea Scheuermayer et al. 2006 г.
  - Семья SLCJ01
    - Род « Sulfuriroseicoccus » Feng et al. 2022 год
  - Семейство Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 год
    - Род « Fucophilus » Sakai et al. 2001б
    - Род Brevifollis Otsuka et al. 2013 год
    - Род Phragmitibacter Szuróczki et al. 2021 год
    - Род Prosthecobacter Staley et al. 1976 г., ранее Стейли и др. 1980 год
    - Род Roseimicrobium Otsuka et al. 2013 год
    - Род Verrucomicrobium Schlesner 1988.

См. также

Ссылки

^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 . S2CID 239887308 .
^ Куманс А., Вандекерхове Т.Т., Клейс М. (1 января 2000 г.). «Трансовариальная передача симбионтов у Xiphinema brevicollum (Nematoda: Longidoridae)». Нематология . 2 (4). Брилл: 443–449. дои : 10.1163/156854100509303 . eISSN 1568-5411 . ISSN 1388-5545 .
^ Вандекеркхове Т.Т., Виллемс А., Гиллис М., Куманс А. (2000). «Появление новых видов веррукомикробных микроорганизмов, эндосимбиотических и связанных с партеногенезом у видов группы Xiphinema americanum (Nematoda, Longidoridae)». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (6). Общество микробиологов: 2197–2205. дои : 10.1099/00207713-50-6-2197 . ISSN 1466-5034 . ПМИД 11155997 .
^ Чжан, Тин; Ли, Цяньцянь; Ченг, Лей; Бух, Хина; Чжан, Слава (ноябрь 2019 г.). «Akkermansia muciniphila — перспективный пробиотик» . Микробная биотехнология . 12 (6): 1109–1125. дои : 10.1111/1751-7915.13410 . ISSN 1751-7915 . ПМК 6801136 . ПМИД 31006995 .
^ Уайт, Ричард Аллен; Боттос, Эрик М.; Рой Чоудхури, Тания; Цукер, Джереми Д.; Брислоун, Колин Дж.; Никора, Кэрри Д.; Фэнслер, Сара Дж.; Глеземанн, Курт Р.; Гласс, Кевин; Янссон, Джанет К. (28 июня 2016 г.). Ланжилль, Морган (ред.). «Молекулярное секвенирование длинного считывания облегчает сборку и геномное объединение сложных метагеномов почвы» . mSystems . 1 (3): e00045–16. дои : 10.1128/mSystems.00045-16 . ISSN 2379-5077 . ПМК 5069762 . ПМИД 27822530 .
^ Чо Дж., Вергин К., Моррис Р., Джованнони С. (2004). «Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, прозрачный экзополимер, продуцирующий морские бактерии, и описание нового бактериального типа Lentisphaerae». Энвайрон Микробиол . 6 (6): 611–21. Бибкод : 2004EnvMi...6..611C . дои : 10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x . ПМИД 15142250 .
^ Гупта Р.С., Бхандари В., Наушад Х.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры группы ПВХ (планктомицеты, веррукомикробии, хламидии и лентисферы) бактерий дают представление об их эволюционных взаимоотношениях» . Передний микробиол . 3 : 327. дои : 10.3389/fmicb.2012.00327 . ПМЦ 3444138 . ПМИД 23060863 .
^ Гупта РС (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . FEMS Микробиол Ред . 40 (4): 520–53. дои : 10.1093/femsre/fuw011 . ПМИД 27279642 .
^ Гриффитс Э., Гупта Р.С. (2007). «Филогения и общие консервативные вставки в белках свидетельствуют о том, что Verrucomicrobia являются ближайшими известными свободноживущими родственниками хламидий» . Микробиология . 153 (Часть 8): 2648–54. дои : 10.1099/mic.0.2007/009118-0 . ПМИД 17660429 . S2CID 2094762 .
^ Вагнер, М; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Современное мнение в области биотехнологии . 17 (3): 241–9. doi : 10.1016/j.copbio.2006.05.005 . ПМИД 16704931 .
^ Хоу, С; Макарова К.С.; Пила, Дж. Х.; Сенин, П; Ли, Б.В.; Чжоу, Z; Рен, Ю; Ван, Дж; Гальперин, М.Ю.; Омельченко Марина Владимировна; Вольф, Юрий I; Ютин, Наталья; Кунин, Евгений В.; Стотт, Мэтью Б; Маунтин, Брюс В.; Кроу, Мишель А; Смирнова Анжела В.; Данфилд, Питер Ф; Фэн, Лу; Ван, Лей; Алам, Максудул (2008). «Полная последовательность генома чрезвычайно ацидофильного изолята метанотрофа V4, Mmethylacidiphilum infernorum, представителя бактериального типа Verrucomicrobia» . Биология Директ . 3:26 . дои : 10.1186/1745-6150-3-26 . ПМЦ 2474590 . ПМИД 18593465 .
^ Людвиг В., Эзеби Дж., Уитмен В.Б. (2008). «Таксономические очерки Берджи: Том 4 - Проект таксономического очерка Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi и Gemmatimonadetes» (PDF) . Руководство Берджи : 15. Архивировано из оригинала (PDF) 8 ноября 2016 г. Проверено 22 июня 2011 г.
^ «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2022 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Архивировано из оригинала 4 сентября 2022 года . Проверено 23 февраля 2022 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_01_2022» (PDF) . Проверено 23 февраля 2022 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ Ж. П. Эзеби. «Веррукомикробиота» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.
^ Сэйерс; и др. «Веррукомикробия» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[1] Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 . S2CID 239887308 .

[2] Куманс А., Вандекерхове Т.Т., Клейс М. (1 января 2000 г.). «Трансовариальная передача симбионтов у Xiphinema brevicollum (Nematoda: Longidoridae)». Нематология . 2 (4). Брилл: 443–449. дои : 10.1163/156854100509303 . eISSN 1568-5411 . ISSN 1388-5545 .

[3] Вандекеркхове Т.Т., Виллемс А., Гиллис М., Куманс А. (2000). «Появление новых видов веррукомикробных микроорганизмов, эндосимбиотических и связанных с партеногенезом у видов группы Xiphinema americanum (Nematoda, Longidoridae)». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (6). Общество микробиологов: 2197–2205. дои : 10.1099/00207713-50-6-2197 . ISSN 1466-5034 . ПМИД 11155997 .

[4] Чжан, Тин; Ли, Цяньцянь; Ченг, Лей; Бух, Хина; Чжан, Слава (ноябрь 2019 г.). «Akkermansia muciniphila — перспективный пробиотик» . Микробная биотехнология . 12 (6): 1109–1125. дои : 10.1111/1751-7915.13410 . ISSN 1751-7915 . ПМК 6801136 . ПМИД 31006995 .

[5] Уайт, Ричард Аллен; Боттос, Эрик М.; Рой Чоудхури, Тания; Цукер, Джереми Д.; Брислоун, Колин Дж.; Никора, Кэрри Д.; Фэнслер, Сара Дж.; Глеземанн, Курт Р.; Гласс, Кевин; Янссон, Джанет К. (28 июня 2016 г.). Ланжилль, Морган (ред.). «Молекулярное секвенирование длинного считывания облегчает сборку и геномное объединение сложных метагеномов почвы» . mSystems . 1 (3): e00045–16. дои : 10.1128/mSystems.00045-16 . ISSN 2379-5077 . ПМК 5069762 . ПМИД 27822530 .

[6] Чо Дж., Вергин К., Моррис Р., Джованнони С. (2004). «Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, прозрачный экзополимер, продуцирующий морские бактерии, и описание нового бактериального типа Lentisphaerae». Энвайрон Микробиол . 6 (6): 611–21. Бибкод : 2004EnvMi...6..611C . дои : 10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x . ПМИД 15142250 .

[Gupta2012-7] Гупта Р.С., Бхандари В., Наушад Х.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры группы ПВХ (планктомицеты, веррукомикробии, хламидии и лентисферы) бактерий дают представление об их эволюционных взаимоотношениях» . Передний микробиол . 3 : 327. дои : 10.3389/fmicb.2012.00327 . ПМЦ 3444138 . ПМИД 23060863 .

[pmid27279642-8] Гупта РС (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . FEMS Микробиол Ред . 40 (4): 520–53. дои : 10.1093/femsre/fuw011 . ПМИД 27279642 .

[9] Гриффитс Э., Гупта Р.С. (2007). «Филогения и общие консервативные вставки в белках свидетельствуют о том, что Verrucomicrobia являются ближайшими известными свободноживущими родственниками хламидий» . Микробиология . 153 (Часть 8): 2648–54. дои : 10.1099/mic.0.2007/009118-0 . ПМИД 17660429 . S2CID 2094762 .

[10] Вагнер, М; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Современное мнение в области биотехнологии . 17 (3): 241–9. doi : 10.1016/j.copbio.2006.05.005 . ПМИД 16704931 .

[11] Хоу, С; Макарова К.С.; Пила, Дж. Х.; Сенин, П; Ли, Б.В.; Чжоу, Z; Рен, Ю; Ван, Дж; Гальперин, М.Ю.; Омельченко Марина Владимировна; Вольф, Юрий I; Ютин, Наталья; Кунин, Евгений В.; Стотт, Мэтью Б; Маунтин, Брюс В.; Кроу, Мишель А; Смирнова Анжела В.; Данфилд, Питер Ф; Фэн, Лу; Ван, Лей; Алам, Максудул (2008). «Полная последовательность генома чрезвычайно ацидофильного изолята метанотрофа V4, Mmethylacidiphilum infernorum, представителя бактериального типа Verrucomicrobia» . Биология Директ . 3:26 . дои : 10.1186/1745-6150-3-26 . ПМЦ 2474590 . ПМИД 18593465 .

[12] Людвиг В., Эзеби Дж., Уитмен В.Б. (2008). «Таксономические очерки Берджи: Том 4 - Проект таксономического очерка Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi и Gemmatimonadetes» (PDF) . Руководство Берджи : 15. Архивировано из оригинала (PDF) 8 ноября 2016 г. Проверено 22 июня 2011 г.

[13] «ЛТП» . Проверено 23 февраля 2022 г.

[14] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Архивировано из оригинала 4 сентября 2022 года . Проверено 23 февраля 2022 г.

[15] «Примечания к выпуску LTP_01_2022» (PDF) . Проверено 23 февраля 2022 г.

[about-16] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-17] "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-18] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[LPSN-19] Ж. П. Эзеби. «Веррукомикробиота» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[NCBI-20] Сэйерс; и др. «Веррукомикробия» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]