Грацилибактерии
| Грацилибактерии | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| (без рейтинга): | |
| Тип: | « Грацилибактерии » Rinke et al. 2013 |
| Род: | " Ка. Альтимаринус " |
| Типовой вид | |
| " Ка. А. Тихоокеанский" Rinke et al. 2013 | |
Gracilibacteria — это тип бактерий-кандидатов, ранее известный как GN02, BD1-5 или SN-2. Он входит в группу Candidate Phyla Radiation и Patescibacteria.
О первом представителе типа Gracilibacteria было сообщено в 1999 году после того, как он был извлечен из образца глубоководных отложений. Репрезентативная последовательность 16S рРНК была обозначена как «BD1-5» (образец BD1, последовательность 5), и хотя было отмечено, что она демонстрирует низкую идентичность последовательности с любым известным геном 16S рРНК, в настоящее время она не была предложена в качестве нового типа. . [1] В 2006 году представители Gracilibacteria были выделены из гиперсоленого микробного мата в Герреро-Негро, Южная Нижняя Калифорния, Мексика, и предложены в качестве нового типа «GN02». [2] В 2013 году тип BD1-5/GN02 был переименован в Gracilibacteria. [3] [4]
Первый геном Gracilibacteria был извлечен из водоносного горизонта с поправками ацетата (Рифл, Колорадо, США) с использованием независимых от культуры метагеномных методов с разрешением генома в 2012 году. [5] Геномный анализ показывает, что представители типа Gracilibacteria имеют ограниченный метаболизм и, вероятно, являются симбионтами или эндосимбионтами . [3] Представители Gracilibacteria используют альтернативный генетический код , в котором UGA кодирует глицин аминокислоту вместо стоп-кодона. [6]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ли, Лина; Като, Чиаки; Хорикоши, Коки (1 мая 1999 г.). «Бактериальное разнообразие в глубоководных отложениях разных глубин». Биоразнообразие и охрана . 8 (5): 659–677. дои : 10.1023/А:1008848203739 . ISSN 1572-9710 . S2CID 25820840 .
- ^ Лей, Рут Э.; Харрис, Дж. Кирк; Уилкокс, Джошуа; Спир, Джон Р.; Миллер, Скотт Р.; Бебут, Брэд М.; Мареска, Джулия А.; Брайант, Дональд А.; Согин, Митчелл Л.; Пейс, Норман Р. (1 мая 2006 г.). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Герреро-Негро» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (5): 3685–3695. Бибкод : 2006ApEnM..72.3685L . дои : 10.1128/АЕМ.72.5.3685-3695.2006 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 1472358 . ПМИД 16672518 .
- ^ Jump up to: а б Зибер, Кристиан, депутат Кнессета; Пол, Блэр Г.; Кастель, Синди Дж.; Ху, Пин; Тринге, Сюзанна Г.; Валентин, Дэвид Л.; Андерсен, Гэри Л.; Банфилд, Джиллиан Ф. (12 ноября 2019 г.). «Необычный метаболизм и гипервариация генома Gracilibacterium (BD1-5) из сообщества, разлагающего нефть» . мБио . 10 (6). дои : 10.1128/mbio.02128-19 . ISSN 2150-7511 . ПМК 6851277 . ПМИД 31719174 .
- ^ Ринке, Кристиан; Швентек, Патрик; Щирба, Александр; Иванова Наталья Н.; Андерсон, Иэн Дж.; Ченг, Ян-Фан; Дорогой, Аарон; Малфатти, Стефани; Свон, Брэндон К.; Гис, Эстер А.; Додсворт, Джереми А. (июль 2013 г.). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи» . Природа . 499 (7459): 431–437. Бибкод : 2013Natur.499..431R . дои : 10.1038/nature12352 . hdl : 10453/27467 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 23851394 .
- ^ Райтон, Коннектикут; Томас, Британская Колумбия; Шэрон, И.; Миллер, CS; Кастель, CJ; ВерБеркмос, Северная Каролина; Уилкинс, MJ; Хеттич, РЛ; Липтон, штат Массачусетс; Уильямс, К.Х.; Лонг, ЧП (27 сентября 2012 г.). «Ферментация, обмен водорода и серы в множественных некультивируемых бактериальных типах». Наука . 337 (6102): 1661–1665. Бибкод : 2012Sci...337.1661W . дои : 10.1126/science.1224041 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 23019650 . S2CID 10362580 .
- ^ Ханке, Анна; Хаманн, Эммо; Шарма, Ритин; Гилхуд, Джанин С.; Харгешаймер, Тереза; Крафт, Беате; Мейер, Волкер; Ленк, Сабина; Осмерс, Харальд; Ву, Ронг; Макинва, Кофи (16 мая 2014 г.). «Перекодирование стоп-кодона UGA в глицин бактерией BD1-5/SN-2 и разделение ниш между альфа- и гаммапротеобактериями в микробном сообществе приливных отложений, естественным образом выбранном в лабораторном хемостате» . Границы микробиологии . 5 : 231. дои : 10.3389/fmicb.2014.00231 . ISSN 1664-302X . ПМК 4032931 . ПМИД 24904545 .