Суперфилум ПВХ
| Суперфилум ПВХ | |
|---|---|
 | |
| Хламидия трахоматис | |
Научная классификация  (временный) | |
| Домен: | Бактерии |
| Клэйд : | Гидробактерии |
| Супертип: | Суперфилум ПВХ |
| Фила | |
Хламидиота | |
| Синонимы | |
Планктобактерии Кавальер-Смит, 1987 г. [1] | |
Супертип PVC — это супертип бактерий , названный в честь трех его важных членов: Planctomycetota , Verrucomicrobiota и Chlamydiota . [2] [3] Кавальер-Смит предположил, что ПВХ-бактерии, вероятно, дважды потеряли или уменьшили свою пептидогликановую клеточную стенку . [4] Было высказано предположение, что член клады PVC мог быть клеткой-хозяином в эндосимбиотическом событии , которое дало начало первой протоэукариотической клетке . [5] [6]
Кавалье-Смит называет ту же группу планктобактериями и считает ее типом . Однако этому не следует более широкое научное сообщество. [7] В бактериальной мегаклассификации Кавальера-Смита он входит в бактерий Gracilicutes инфрацарство и включает типы Chlamydiota , Lentisphaerota , Planctomycetota , Verrucomicrobiota . [4] [8]
| Суперфилум ПВХ [9] [10] [2] [11] |
Молекулярные подписи
[ редактировать ]Planctomycetota , Verrucomicrobiota и Chlamydiota с традиционной точки зрения молекулярной филогении считаются типами и также группируются в супертипе PVC вместе с типом-кандидатом Omnitropica . [12] (ранее OP3) и Poribacteria. [13] важный молекулярный маркер в форме консервативного сигнатурного белка Было обнаружено, что постоянно является общим для членов PVC, за исключением Poribacteria . Консервативный сигнатурный белок может быть маркером, отражающим синапоморфное качество, и средством различения этой бактериальной группы. В 2014 году исследования охарактеризовали этот белок, и было установлено, что он играет важную функцию «домашнего хозяйства» при связывании ДНК/РНК. [14] Это наблюдение не только дает возможность разграничить супертип PVC, но и убедительно подтверждает эволюционные отношения, присущие этой кладе, которые отличаются от других бактерий. [15] [16]
консервативные сигнатурные индели Также были обнаружены (CSI), специфичные для Planctomycetota , Verrucomicrobiota и Chlamydiota , которые отличают каждый соответствующий тип друг от друга и от других бактерий. [15] [17] вставка из трех аминокислот в РНК-полимеразы белке RpoB Была обнаружена Verrucomicrobia, Chlamydiae и Lentisphaerae , которая является общей для всех секвенированных видов . CSI отсутствует у соседних Planctomycetes и Poribacteria, что предполагает общее происхождение групп, для которых CSI специфичен. [15]
Были найдены дополнительные доказательства существования этой клады. [18] [19] К ним относятся наличие белков, подобных мембранной оболочке, тубулина , синтеза стеринов и наличие конденсированной ДНК.
Примечания
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кавальер-Смит, Т. (1987). «Происхождение эукариот и архебактериальных клеток». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 503 (1): 17–54. Бибкод : 1987NYASA.503...17C . дои : 10.1111/j.1749-6632.1987.tb40596.x . ПМИД 3113314 . S2CID 38405158 .
- ^ Jump up to: а б Вагнер, М.; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Современное мнение в области биотехнологии . 17 (3): 241–249. doi : 10.1016/j.copbio.2006.05.005 . ПМИД 16704931 .
- ^ Ривас-Марин, Елена; Девос, Дэмиен П. (1 июня 2018 г.). «Парадигмы, которые они меняются: прошлое, настоящее и будущее исследований бактерий ПВХ» . Антони ван Левенгук . 111 (6): 785–799. дои : 10.1007/s10482-017-0962-z . ПМЦ 5945725 . ПМИД 29058138 .
- ^ Jump up to: а б Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД 11837318 .
- ^ Фортерре, Патрик (январь 2011 г.). «Новая слитая гипотеза происхождения Эукарий: лучше предыдущих, но, вероятно, тоже ошибочна» . Исследования в области микробиологии . 162 (1): 77–91. дои : 10.1016/j.resmic.2010.10.005 . ПМИД 21034817 .
- ^ Баум, Дэвид А; Баум, Базз (28 октября 2014 г.). «Происхождение эукариотической клетки изнутри наружу» . БМК Биология . 12 (1): 76. дои : 10.1186/s12915-014-0076-2 . ПМК 4210606 . ПМИД 25350791 .
- ^ Криг, Северная Каролина; Людвиг, В.; Уитмен, ВБ; Хедлунд, BP; Пастер, Би Джей; Стейли, Джей Ти; Уорд, Н.; Браун, Д.; Парте, А. (24 ноября 2010 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Planctomycetes . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 4 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 908. ИСБН 978-0-387-95042-6 . Британская библиотека №. GBA561951.
- ^ Кавалер-Смит Т. (2006). «Укоренение древа жизни посредством анализа переходов» . Биол. Прямой . 1 (1): 19. дои : 10.1186/1745-6150-1-19 . ПМК 1586193 . ПМИД 16834776 .
- ^ Раппе, М.С.; Джованнони, SJ (2003). «Некультурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии . 57 : 369–394. дои : 10.1146/annurev.micro.57.030502.090759 . ПМИД 14527284 .
- ^ Вёзе, ЧР (1987). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. дои : 10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987 . ПМК 373105 . ПМИД 2439888 .
- ^ Стефан Спринг, Бойк Банк, Катрин Шпроер, Питер Шуман, Манфред Роде, Брайан Дж. Тиндалл и Ханс-Петер Кленк, (2016). Характеристика первого культивированного представителя Verrucomicrobia подразделения 5 указывает на предложение нового типа . Природа.
- ^ «Таксономия — Candidatus Omnitropica (PHYLUM)» . ЮниПрот .
- ^ Вагнер, М.; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Современное мнение в области биотехнологии . 17 (3): 241–249. doi : 10.1016/j.copbio.2006.05.005 . ПМИД 16704931 .
- ^ Лагкувардос И., Джел М.А., Раттей Т., Хорн М. (2014). «Сигнатурный белок супертипа ПВХ» . Appl Environ Microbiol . 80 (2): 440–445. Бибкод : 2014ApEnM..80..440L . дои : 10.1128/АЕМ.02655-13 . ПМЦ 3911108 . ПМИД 24185849 .
- ^ Jump up to: а б с Гупта Р.С., Бхандари В., Наушад Х.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры группы ПВХ (планктомицеты, веррукомикробии, хламидии и лентисферы) бактерий дают представление об их эволюционных взаимоотношениях» . Передний микробиол . 3 : 327. дои : 10.3389/fmicb.2012.00327 . ПМЦ 3444138 . ПМИД 23060863 .
- ^ Гупта РС (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . FEMS Микробиол Ред . 40 (4): 520–53. дои : 10.1093/femsre/fuw011 . ПМИД 27279642 .
- ^ Гупта Р.С., Наушад С., Чокши С., Гриффитс Е., Адеолу М. (2015). «Анализ типа Chlamydiae на основе филогеномных и молекулярных маркеров: предложение разделить класс Chlamydiia на два порядка, Chlamydiales и Parachlamydiales ord. nov., и исправленное описание класса Chlamydiia». Антони ван Левенгук . 108 (3): 765–781. дои : 10.1007/s10482-015-0532-1 . ПМИД 26179278 . S2CID 17099157 .
- ^ Вагнер М., Хорн М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Курс. Мнение. Биотехнология . 17 (3): 241–9. doi : 10.1016/j.copbio.2006.05.005 . ПМИД 16704931 .
- ^ Камнева О.К., Либерлес Д.А., Уорд Н.Л. (2010). «Общегеномное влияние замен indel на эволюцию бактерий супертипа PVC, выявленное с помощью нового вычислительного метода» . Геном Биол Эвол . 2 : 870–86. дои : 10.1093/gbe/evq071 . ПМК 3000692 . ПМИД 21048002 .