✖


Jump to content

Зетапротеобактерии

Зетапротеобактерии
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Псевдомонадота
Сорт:
Зетапротеобактерии

Макита и др. 2017 год
Заказ:
Марипрофундалес

Макита и др. 2017 год
Семья:
Марипрофундовые

Хёрдт и др. 2020 год
Роды
Синонимы
  • «Марипрофундия» Кавальер-Смит 2020

Класс Zetaproteobacteria — шестой и наиболее недавно класс Pseudomonadota описанный . [1] Зетапротеобактерии также могут относиться к группе организмов, отнесенных к этому классу. Первоначально дзетапротеобактерии были представлены одним описанным видом — Mariprofundus Ferrooxydans . [2] который представляет собой железоокисляющий нейтрофильный хемолитоавтотроф, первоначально выделенный с подводной горы Камаэуаканалоа (ранее Лойхи) в 1996 году (после извержения). [1] [3] Методы молекулярного клонирования, фокусирующиеся на гене малой субъединицы рибосомальной РНК, также использовались для идентификации более разнообразного большинства зетапротеобактерий, которые пока еще не удалось культивировать. [4]

Независимо от статуса культивирования, зетапротеобактерии обнаруживаются по всему миру в устьевых и морских средах обитания, связанных с резкими окислительно-восстановительными градиентами восстановленного ( железа ) железа и кислорода, либо в качестве второстепенного обнаруживаемого компонента, либо в качестве доминирующего члена микробного сообщества. [5] [6] [7] [8] [9] [10] Зетапротеобактерии чаще всего обнаруживаются в глубоководных гидротермальных источниках . [4] хотя недавнее открытие представителей этого класса в прибрежной среде привело к переоценке распространения и значения Zetaproteobacteria. [11] [12] [13]

Микробные маты, покрытые оксидом железа, на склоне подводной горы Камаэуаканалоа, Гавайи. Микробные сообщества в среде обитания этого типа могут содержать микробные сообщества, в которых доминируют окисляющие железо зетапротеобактерии.

Значение

[ редактировать ]

Зетапротеобактерии распространены по всему миру в глубоководных и прибрежных средах на границах кислородного и бескислородного климата. Благодаря такому широкому распространению зетапротеобактерии могут играть существенную роль в биогеохимическом цикле как в прошлом, так и в настоящем. С экологической точки зрения зетапротеобактерии играют важную роль в создании собственной среды обитания за счет использования контролируемого осаждения минерализованных оксидов железа, что также напрямую влияет на окружающую среду других членов микробного сообщества.

Распространенность Zetaproteobacteria в прибрежных экспериментах по биокоррозии металлических (например, стали) купонов подчеркивает влияние этих морских окислителей железа на дорогостоящие проблемы, такие как ржавление корпусов кораблей, металлических свай и трубопроводов. [11] [14] [15]

Открытие

[ редактировать ]
Mariprofundus Ferrooxydans PV-1, скрученные стебли, ПЭМ-изображение. Один из примеров морфотипов оксида железа, продуцируемых зетапротеобактериями. Изображение Клары Чан

Зетапротеобактерии были впервые обнаружены в 1991 году Крейгом Мойером, Фредом Доббсом и Дэвидом Карлом в виде единственного редкого клона в мезофильном или умеренно температурном гидротермальном поле, известном как жерла Пеле на подводной горе Камаэуаканалоа (ранее Лойхи), Гавайи. В этом конкретном жерле преобладали окисляющие серу Campylobacterota . Поскольку на тот момент близких родственников не было известно, клон первоначально был обозначен как Gammaproteobacteria . [16]

Последующее выделение двух штаммов M. Ferrooxydans , PV-1 и JV-1, [3] наряду с растущим осознанием того, что филогенетически отличная группа Pseudomonadota (Zetaproteobacteria) может быть обнаружена во всем мире в качестве доминирующих членов бактериальных сообществ, привело к предположению о создании этого нового класса протеобактерий.

Выращивание

[ редактировать ]

Нейтрофильные микроаэрофильные Fe-окисляющие бактерии обычно культивируют с использованием стабилизированной агарозой или жидкой культуры с пробкой FeS или FeCO 3 . Затем свободное пространство культуральной пробирки продувают воздухом или кислородом низкой концентрации (часто 1% или менее O 2 ). Fe-окислители также успешно культивируются в жидкой культуре с FeCl 2 в качестве источника Fe. Эти методы выращивания соответствуют методам, описанным Эмерсоном и Флойдом (2005). [17]

Недавно исследователям удалось культивировать зетапротеобактерии, используя графитовые электроды при фиксированном напряжении. [18] Исследователи также стремились улучшить методы выращивания, используя метод периодического культивирования с высокой биомассой. [19]

Морфология

[ редактировать ]

Одним из наиболее характерных способов визуальной идентификации околонейтральных железоокисляющих бактерий является определение структуры минерализованного продукта оксигидроксида железа, образующегося при окислении железа. [3] [20] Окисленное, или трехвалентное , железо нерастворимо при околонейтральном pH, поэтому микроб должен иметь способ справиться с минерализованными «отходами». Считается, что одним из способов добиться этого является контроль отложения окисленного железа. [21] [22] [23] Некоторые из наиболее распространенных морфотипов включают: аморфные оксиды в виде частиц, скрученные или спиральные стебли (рисунок), [21] оболочки, [24] и Y-образные неправильные нити.

Эти морфологии существуют как в пресноводных, так и в морских средах обитания железа, хотя распространенные пресноводные железоокисляющие бактерии, такие как Gallionella sp. (скрученный стебель) и Leptothrix ochracea (ножны) крайне редко встречались в глубоководных водах (незначительная численность). Одним из опубликованных в настоящее время морфотипов, который частично выяснен, является скрученный стебель, который обычно образуется у M. Ferrooxydans . Эта бактерия представляет собой грамотрицательную клетку, имеющую форму фасоли, которая откладывает оксиды железа на вогнутой стороне клетки, образуя скрученные стебли при движении в окружающей среде. [21] [22]

Клетка Mariprofundus Ferrooxydans PV-1, прикрепленная к скрученному стеблю, изображение ПЭМ. Изображение Клары Чан.

Другим распространенным морфотипом Zetaproteobacteria является структура оболочки, которую еще предстоит изолировать, но которая была идентифицирована с помощью флуоресцентной гибридизации in situ (FISH). [24]

Морфотипы окисления железа могут сохраняться и были обнаружены в древних гидротермальных отложениях, сохранившихся в летописи горных пород. [25] [26] [27] [28] [29] Некоторые текущие работы сосредоточены на том, как зетапротеобактерии формируют свои отдельные биоминералы в современной окружающей среде, чтобы ученые могли лучше интерпретировать биоминералы железа, обнаруженные в горных породах. [30] [31] [32]

Экология

[ редактировать ]
Филогенетическое дерево , показывающее филогенетическое размещение Zetaproteobacteria (оранжевые ветви) внутри Pseudomonadota. Звездочками отмечены культивированные изоляты Zetaproteobacteria.

Биоразнообразие

[ редактировать ]

, Операционная таксономическая единица или OTU, позволяет микробиологу определять бактериальные таксоны, используя определенные ячейки сходства на основе интересующего гена. В микробной экологии ген малой субъединицы рибосомальной РНК обычно используется при пороге сходства 97% для определения OTU. В самом простом смысле OTU представляет собой вид бактерий .

Для зетапротеобактерий определено 28 ОТЕ. [4] Интерес представляли два глобально распространенных OTU, которые доминировали на филогенетическом дереве , два OTU, которые, по-видимому, возникли в глубоких недрах. [10] и несколько эндемичных OTU, а также относительно ограниченное обнаружение изолированного представителя Zetaproteobacteria.

Классификация

[ редактировать ]

OTU Zetaproteobacteria теперь можно классифицировать в соответствии со схемой наименования, используемой McAllister et al. (2011). [4] Программа ZetaHunter использует закрытое группирование ссылок для идентификации последовательностей, тесно связанных с установленными OTU, в дополнение к идентификации новых OTU Zetaproteobacteria. Список функций ZetaHunter продолжает расти, но включает в себя: 1) стабильное группирование OTU, 2) сравнение образцов, 3) опции управления базой данных и маской, 4) многопоточную обработку, 5) проверку химер, 6) проверки на наличие не связанных с базой данных данных. последовательности и 7) карты сети OTU. Программное обеспечение ZetaHunter можно загрузить по адресу: https://github.com/mooreryan/ZetaHunter.

Филогения Mariprofundaceae по GTDB 07-RS207 [33] [34] [35]
Марипрофундовые

Ghiorsea bivora Mori et al. 2017 год

Глубокое море

« М. достичь » Гаррисон и др. 2019 год

М. Ferrooxydans Emerson et al. 2010 год

« М. micogutta » Makita et al. 2017 год

« М. эстуарий » Chiu et al. 2017 год

« M.ferrinatatus » Chiu et al. 2017 год

Места обитания

[ редактировать ]

Экологическая ниша

[ редактировать ]

Все среды обитания, где были обнаружены зетапротеобактерии, имеют (по крайней мере) две общие черты: 1) все они обеспечивают интерфейс крутых окислительно-восстановительных градиентов кислорода и железа. [66] и 2) они морские или солоноватые . [47]

Восстановленные гидротермальные жидкости, например, выходящие из жерл в глубоководных водах, несут с собой высокие концентрации двухвалентного железа и других восстановленных химических соединений, создавая градиент вверх через микробный мат с высоким и низким содержанием двухвалентного железа. Аналогично, кислород из вышележащей морской воды диффундирует в микробный мат, что приводит к нисходящему градиенту от высокого к низкому содержанию кислорода. Считается, что зетапротеобактерии живут на границе раздела, где достаточно кислорода для использования в качестве акцептора электронов, но при этом его не слишком много, чтобы организм мог конкурировать с возросшей скоростью химического окисления, и где достаточно двухвалентного железа для роста. [20] [66]

Окисление железа не всегда энергетически выгодно. Ссылка [42] обсуждаются благоприятные условия для окисления железа в средах обитания, в которых в противном случае можно было бы подумать, что доминируют процессы окисления водорода или серы, дающие больше энергии.

Примечание. Железо — не единственная восстановленная химическая разновидность, связанная с этими средами с окислительно-восстановительным градиентом. Вероятно, не все зетапротеобактерии являются окислителями железа.

Метаболизм

[ редактировать ]

Пути окисления железа как в ацидофильных, так и в циркум-нейтральных пресноводных средах окисления железа, таких как кислые дренажи шахт или выходы железа из грунтовых вод, соответственно, лучше изучены, чем морское циркум-нейтральное окисление железа.

В последние годы исследователи добились прогресса в предположении о том, как зетапротеобактерии окисляют железо, в первую очередь с помощью сравнительной геномики . С помощью этого метода сравниваются геномы организмов со схожей функцией, например пресноводных бетапротеобактерий, окисляющих железо, и морских зетапротеобактерий, окисляющих железо, чтобы найти гены, которые могут потребоваться для этой функции. Идентификация пути окисления железа у зетапротеобактерий началась с публикации первого описанного культивируемого представителя, штамма M. Ferrooxydans PV-1. В этом геноме генное соседство белка молибдоптерин-оксидоредуктазы было идентифицировано как место для начала поиска генов-кандидатов пути окисления железа. [67] При последующем анализе метагеномного образца Singer et al. (2013) пришли к выводу, что эта кассета гена молибдоптериноксидоредуктазы, вероятно, участвует в окислении Fe. [68] Однако сравнительный анализ нескольких геномов одиночных клеток позволил предположить альтернативную консервативную генную кассету с несколькими генами цитохрома с и цитохромоксидазы, которые участвуют в окислении Fe. [69] Дополнительную информацию о путях окисления Fe см. в ссылке. [70]

Филогенетическое расстояние между зетапротеобактериями и пресноводными бетапротеобактериями, окисляющими железо, позволяет предположить, что окисление железа и образующиеся биоминералы являются результатом конвергентной эволюции. [24] Однако сравнительная геномика смогла идентифицировать несколько генов, которые являются общими для двух клад, что позволяет предположить, что признак окисления железа мог передаваться горизонтально, возможно, опосредованно вирусом. [71] [72]

Было обнаружено, что Fe-маты, связанные с зетапротеобактериями, помимо окисляющего Fe обладают генетическим потенциалом для денитрификации, детоксикации мышьяка, цикла Кальвина-Бенсона-Башама (CBB) и циклов восстановительных трикарбоновых кислот (rTCA). Были разработаны новые праймеры для обнаружения этих генов в образцах окружающей среды. [73]

На данный момент трудно рассуждать о метаболизме всего класса Zetaproteobacteria (по крайней мере, с 28 различными OTU/видами) при ограниченном размере выборки.

Рекомендуемые отзывы

[ редактировать ]
  • Эмерсон и др., 2010. Железоокисляющие бактерии: экологический и геномный взгляд. [20]
  • Hedrich et al., 2011. Железоокисляющие протеобактерии. [74]
  • Ильберт и Боннефой, 2013. Взгляд на эволюцию путей окисления железа. [70]
  • Като, 2015. Экофизиология нейтрофильных железоокисляющих микроорганизмов и ее значение в глобальном биогеохимическом круговороте. [75]
  • Ишибаши и др. ред., 2015. Подводная биосфера, связанная с гидротермальными системами. [76]
  • Мелтон и др., 2014. Взаимодействие микробно-опосредованных и абиотических реакций в биогеохимическом цикле железа. [77]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б с Эмерсон, Д.; Ренц, Дж. А.; Лилберн, Т.Г.; Дэвис, RE; Олдрич, Х.; Чан, К.; Мойер, CL (2007). Рейзенбах, Анна-Луиза (ред.). «Новая линия протеобактерий, участвующих в формировании сообществ морских Fe-окисляющих микробных матов» . ПЛОС ОДИН . 2 (8): е667. Бибкод : 2007PLoSO...2..667E . дои : 10.1371/journal.pone.0000667 . ЧВК   1930151 . ПМИД   17668050 .
  2. ^ марипрофундус в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатурное положение (ЛПСН), перемещается в ДСМЗ» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  3. ^ Перейти обратно: а б с Эмерсон, Д.; Мойер, CL (2002). «Нейтрофильные бактерии, окисляющие железо, широко распространены в гидротермальных жерлах подводной горы Лойхи и играют важную роль в отложении оксида железа» . Прикладная и экологическая микробиология . 68 (6): 3085–3093. Бибкод : 2002ApEnM..68.3085E . дои : 10.1128/АЕМ.68.6.3085-3093.2002 . ПМК   123976 . ПМИД   12039770 .
  4. ^ Перейти обратно: а б с д и Макаллистер, С.М.; Дэвис, RE; Макбет, Дж. М.; Тебо, Б.М.; Эмерсон, Д.; Мойер, CL (2011). «Биоразнообразие и новая биогеография нейтрофильных железоокисляющих зетапротеобактерий» . Прикладная и экологическая микробиология . 77 (15): 5445–5457. Бибкод : 2011ApEnM..77.5445M . дои : 10.1128/АЕМ.00533-11 . ПМК   3147450 . ПМИД   21666021 .
  5. ^ Перейти обратно: а б Шауэр, Р.; Рой, Х.; Огюстен, Н.; Геннерих, Х.Х.; Питерс, М.; Венцхофер, Ф.; Аманн, Р.; Мейердиеркс, А. (2011). «Бактериальный цикл серы формирует микробные сообщества в поверхностных отложениях ультраосновного гидротермального жерлового поля» (PDF) . Экологическая микробиология . 13 (10): 2633–2648. Бибкод : 2011EnvMi..13.2633S . дои : 10.1111/j.1462-2920.2011.02530.x . ПМИД   21895907 .
  6. ^ Перейти обратно: а б Ходжес, ТВ; Олсон, Дж. Б. (2008). «Молекулярное сравнение бактериальных сообществ в железосодержащих хлопьевидных матах, связанных с подводными вулканами вдоль дуги Кермадек» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (6): 1650–1657. дои : 10.1128/АЕМ.01835-08 . ПМК   2655482 . ПМИД   19114513 .
  7. ^ Перейти обратно: а б Дэвис, RE; Стейкс, ДС; Пшеница, ЦГ; Мойер, CL (2009). «Бактериальная изменчивость в гидротермальном кургане, богатом железом, кремнеземом и марганцем, расположенном вне оси в сегменте расщелины хребта Хуан-де-Фука». Геомикробиологический журнал . 26 (8): 570–580. Бибкод : 2009GmbJ...26..570D . дои : 10.1080/01490450902889080 . S2CID   53621745 .
  8. ^ Перейти обратно: а б Забудьте, Нидерланды; Мердок, ЮАР; Можжевельник, СК (2010). «Бактериальное разнообразие в богатых железом гидротермальных отложениях двух подводных вулканов дуги Южной Тонги». Геобиология . 8 (5): 417–432. Бибкод : 2010Gbio....8..417F . дои : 10.1111/j.1472-4669.2010.00247.x . ПМИД   20533949 . S2CID   807482 .
  9. ^ Перейти обратно: а б Хэндли, КМ; Бутман, К.; Миллс, РА; Панкост, РД; Ллойд, младший (2010). «Функциональное разнообразие бактерий железистых гидротермальных осадков» . Журнал ISME . 4 (9): 1193–1205. Бибкод : 2010ISMEJ...4.1193H . дои : 10.1038/ismej.2010.38 . ПМИД   20410934 .
  10. ^ Перейти обратно: а б с Като, С.; Янагава, К.; Сунамура, М.; Такано, Ю.; Исибаши, Дж.И.; Какегава, Т.; Уцуми, М.; Яманака, Т.; Токи, Т.; Ногучи, Т.; Кобаяши, К.; Морой, А.; Кимура, Х.; Каварабаяси, Ю.; Марумо, К.; Урабе, Т.; Ямагиши, А. (2009). «Обилие зетапротеобактерий в коровых флюидах задуговых гидротермальных полей Южного Марианского прогиба» . Экологическая микробиология . 11 (12): 3210–3222. Бибкод : 2009EnvMi..11.3210K . дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.02031.x . ПМИД   19691504 .
  11. ^ Перейти обратно: а б с д Макбет, Дж. М.; Литтл, Би Джей; Рэй, Род-Айленд; Фаррар, КМ; Эмерсон, Д. (2010). «Нейтрофильные железоокисляющие «зетапротеобактерии» и коррозия мягкой стали в прибрежной морской среде» . Прикладная и экологическая микробиология . 77 (4): 1405–1412. дои : 10.1128/АЕМ.02095-10 . ПМК   3067224 . ПМИД   21131509 .
  12. ^ Макбет, Дж. М.; Флеминг, Э.Дж.; Эмерсон, Д. (2013). «Переход от пресноводных к морским линиям бактерий, окисляющих железо, вдоль градиента солености на реке Шипскот, штат Мэн, США». Отчеты по экологической микробиологии . 5 (3): 453–63. Бибкод : 2013EnvMR...5..453M . дои : 10.1111/1758-2229.12033 . ПМИД   23754725 .
  13. ^ Перейти обратно: а б с Макаллистер, С.М.; Барнетт, Дж. М.; Хейсс, JW; Финдли, Эй Джей; Макдональд, диджей; Доу, CL; Лютер, GW; Майкл, ХА; Чан, CS (2015). «Динамические гидрологические и биогеохимические процессы приводят к усиленному микробами круговороту железа и серы в приливной зоне смешивания пляжного водоносного горизонта» . Лимнология и океанография . 60 (1): 329–345. Бибкод : 2015LimOc..60..329M . дои : 10.1002/lno.10029 .
  14. ^ Перейти обратно: а б Данг, Х.; Чен, Р.; Ван, Л.; Шао, С.; Дай, Л.; Йе, Й.; Го, Л.; Хуанг, Г.; Клотц, М.Г. (2011). «Молекулярная характеристика предполагаемой биокорродирующей микробиоты с обнаружением новой ниши эпсилон- и зетапротеобактерий в прибрежных морских водах Тихого океана». Экологическая микробиология . 13 (11): 3059–3074. Бибкод : 2011EnvMi..13.3059D . дои : 10.1111/j.1462-2920.2011.02583.x . ПМИД   21951343 .
  15. ^ Ли, Дж. С.; Макбет, Дж. М.; Рэй, Род-Айленд; Литтл, Би Джей; Эмерсон, Д. (2013). «Целотурирование железа при корродировании поверхностей из углеродистой стали» . Биологическое обрастание . 29 (10): 1243–1252. Бибкод : 2013Биофо..29.1243Л . дои : 10.1080/08927014.2013.836184 . ПМЦ   3827670 . ПМИД   24093730 .
  16. ^ Мойер, CL; Доббс, ФК; Карл, DM (1995). «Филогенетическое разнообразие бактериального сообщества микробного мата в активной гидротермальной системе жерл, подводная гора Лойхи, Гавайи» . Прикладная и экологическая микробиология . 61 (4): 1555–1562. Бибкод : 1995ApEnM..61.1555M . дои : 10.1128/АЕМ.61.4.1555-1562.1995 . ПМК   167411 . ПМИД   7538279 .
  17. ^ Эмерсон, Д.; Меррилл Флойд, М. (2005). «Обогащение и выделение железоокисляющих бактерий при нейтральном pH». Экологическая микробиология . Методы энзимологии. Том. 397. стр. 112–23. дои : 10.1016/S0076-6879(05)97006-7 . ISBN  9780121828028 . ПМИД   16260287 .
  18. ^ Саммерс, З.М.; Гральник, Дж.А.; Бонд, ДР (2013). «Культивирование облигатной Fe(II)-окисляющей литоавтотрофной бактерии с использованием электродов» . мБио . 4 (1): e00420–e00412. дои : 10.1128/mBio.00420-12 . ПМК   3560526 . ПМИД   23362318 .
  19. ^ Барко, РА; Эдвардс, К.Дж. (2014). «Взаимодействие белков с биогенными оксигидроксидами железа и новый метод культивирования для увеличения выхода биомассы нейтрофильных железоокисляющих бактерий» . Границы микробиологии . 5 : 259. дои : 10.3389/fmicb.2014.00259 . ПМК   4038746 . ПМИД   24910632 .
  20. ^ Перейти обратно: а б с Эмерсон, Д.; Флеминг, Э.Дж.; Макбет, Дж. М. (2010). «Железоокисляющие бактерии: экологическая и геномная перспектива». Ежегодный обзор микробиологии . 64 : 561–583. дои : 10.1146/annurev.micro.112408.134208 . ПМИД   20565252 .
  21. ^ Перейти обратно: а б с Чан, CS; Факра, Южная Каролина; Эмерсон, Д.; Флеминг, Э.Дж.; Эдвардс, К.Дж. (2010). «Литотрофные железоокисляющие бактерии производят органические стебли для контроля роста минералов: значение для формирования биосигнатуры» . Журнал ISME . 5 (4): 717–727. дои : 10.1038/ismej.2010.173 . ПМК   3105749 . ПМИД   21107443 .
  22. ^ Перейти обратно: а б Комолли, ЛР; Люф, Б.; Чан, CS (2011). «2D и 3D крио-ТЕМ высокого разрешения выявляет структурную адаптацию двух стеблеобразующих бактерий к образу жизни, окисляющему железо». Экологическая микробиология . 13 (11): 2915–2929. Бибкод : 2011EnvMi..13.2915C . дои : 10.1111/j.1462-2920.2011.02567.x . ПМИД   21895918 .
  23. ^ Сайни, Г.; Чан, CS (2013). «Почти нейтральный поверхностный заряд и гидрофильность предотвращают образование минеральной корки микроорганизмами, окисляющими железо». Геобиология . 11 (2): 191–200. Бибкод : 2013Gbio...11..191S . дои : 10.1111/gbi.12021 . ПМИД   23279435 . S2CID   205139903 .
  24. ^ Перейти обратно: а б с Флеминг, Э.Дж.; Дэвис, RE; Макаллистер, С.М.; Чан, CS; Мойер, CL; Тебо, Б.М.; Эмерсон, Д. (2013). «Скрытые на виду: открытие образующих оболочки и окисляющих железо зетапротеобактерий на подводной горе Лойхи, Гавайи, США» . ФЭМС Микробиология Экология . 85 (1): 116–127. Бибкод : 2013FEMME..85..116F . дои : 10.1111/1574-6941.12104 . ПМИД   23480633 .
  25. ^ Можжевельник, С. Ким; Ив Фуке (1988). «Нитчатые железокремнеземные отложения современных и древних гидротермальных объектов». Канадский минералог . 26 : 859–869.
  26. ^ Хофманн, бакалавр; Фармер, доктор юридических наук; фон Бланкенбург, Ф.; Фалик, А.Е. (2008). «Подповерхностные нитевидные ткани: оценка происхождения на основе морфологических и геохимических критериев с последствиями для экзопалеонтологии». Астробиология . 8 (1): 87–117. Бибкод : 2008AsBio...8...87H . дои : 10.1089/ast.2007.0130 . ПМИД   18241094 .
  27. ^ Планавский Н.; Руксель, О.; Беккер, А.; Шапиро, Р.; Фралик, П.; Кнудсен, А. (2009). «Микробные экосистемы, окисляющие железо, процветали в окислительно-восстановительно-слоистых океанах позднего палеопротерозоя». Письма о Земле и планетологии . 286 (1–2): 230–242. Бибкод : 2009E&PSL.286..230P . дои : 10.1016/j.epsl.2009.06.033 .
  28. ^ Литтл, CTS; Глинн, SEJ; Миллс, РА (2004). «Запись бактериогенных осадков оксида железа в гидротермальных источниках на морском дне за четыреста девяносто миллионов лет» (PDF) . Геомикробиологический журнал . 21 (6): 415–429. Бибкод : 2004GmbJ...21..415L . дои : 10.1080/01490450490485845 . S2CID   54894240 .
  29. ^ Солнце, З.; Ли, Дж.; Хуанг, В.; Донг, Х.; Литтл, CTS; Ли, Дж. (2015). «Образование гидротермальных месторождений оксигидроксида Fe-Si на Юго-Западном Индийском хребте и его значение для происхождения древних образований полосчатого железа» (PDF) . Журнал геофизических исследований: Биогеонауки . 120 (1): 187–203. Бибкод : 2015JGRG..120..187S . дои : 10.1002/2014JG002764 . S2CID   62895694 .
  30. ^ Крепский, С.Т.; Эмерсон, Д.; Хредзак-Шоуолтер, Польша; Лютер, GW; Чан, CS (2013). «Морфология биогенных оксидов железа отражает микробную физиологию и условия окружающей среды: к интерпретации микроокаменелостей железа». Геобиология . 11 (5): 457–71. Бибкод : 2013Gbio...11..457K . дои : 10.1111/gbi.12043 . ПМИД   23790206 . S2CID   350074 .
  31. ^ Чан, CS; Факра, Южная Каролина; Эдвардс, округ Колумбия; Эмерсон, Д.; Банфилд, Дж. Ф. (2009). «Минерализация оксигидроксида железа на микробных внеклеточных полисахаридах» . Geochimica et Cosmochimica Acta . 73 (13): 3807–3818. Бибкод : 2009GeCoA..73.3807C . дои : 10.1016/j.gca.2009.02.036 . S2CID   31706001 .
  32. ^ Беннетт, ЮАР; Тонер, БМ; Барко, Р.; Эдвардс, К.Дж. (2014). «Адсорбция углерода на стеблях оксигидроксида железа, производимая литотрофными железоокисляющими бактериями». Геобиология . 12 (2): 146–156. Бибкод : 2014Gbio...12..146B . дои : 10.1111/gbi.12074 . ПМИД   24428517 . S2CID   205140009 .
  33. ^ «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
  34. ^ "ar53_r207.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
  35. ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 20 июня 2022 г.
  36. ^ Расса, AC; Макаллистер, С.М.; Сафран, ЮАР; Мойер, CL (2009). «Зета-протеобактерии доминируют в колонизации и формировании микробных матов в низкотемпературных гидротермальных источниках на подводной горе Лойхи, Гавайи». Геомикробиологический журнал . 26 (8): 623–638. Бибкод : 2009GmbJ...26..623R . дои : 10.1080/01490450903263350 . S2CID   53617751 .
  37. ^ Эмерсон, Д.; Мойер, К. (2010). «Микробиология подводных гор: общие закономерности, наблюдаемые в структуре сообществ» . Океанография . 23 : 148–163. дои : 10.5670/oceanog.2010.67 .
  38. ^ Судек, Луизиана; Темплтон, AS; Тебо, Б.М.; Штаудигель, Х. (2009). «Микробная экология матов (гидр)оксида железа и базальтовых пород с подводной горы Вайлулуу, Американское Самоа». Геомикробиологический журнал . 26 (8): 581–596. Бибкод : 2009GmbJ...26..581S . дои : 10.1080/01490450903263400 . S2CID   85954222 .
  39. ^ Эдвардс, К.Дж.; Глейзер, БТ; Руксель, О.Дж.; Бах, В.; Эмерсон, Д.; Дэвис, RE; Тонер, БМ; Чан, CS; Тебо, Б.М.; Штаудигель, Х.; Мойер, CL (2011). «Ультрадиффузное гидротермальное излияние поддерживает бактерии, окисляющие железо, и массивные отложения умбры на высоте 5000 м от Гавайских островов» . Журнал ISME . 5 (11): 1748–1758. Бибкод : 2011ISMEJ...5.1748E . дои : 10.1038/ismej.2011.48 . ПМК   3197161 . ПМИД   21544100 .
  40. ^ Като, С.; Кобаяши, К.; Какегава, Т.; Ямагиши, А. (2009). «Микробные сообщества в богатых железом и кремнием микробных матах глубоководных гидротермальных полей Южного Марианского прогиба». Экологическая микробиология . 11 (8): 2094–2111. Бибкод : 2009EnvMi..11.2094K . дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.01930.x . ПМИД   19397679 .
  41. ^ Дэвис, RE; Мойер, CL (2008). «Чрезвычайная пространственная и временная изменчивость сообществ гидротермальных микробных матов вдоль Марианской островной дуги и южной задуговой системы Марианы» . Журнал геофизических исследований . 113 (Б8): Б08С15. Бибкод : 2008JGRB..113.8S15D . дои : 10.1029/2007JB005413 .
  42. ^ Перейти обратно: а б Като, С.; Накамура, К.; Токи, Т.; Исибаши, Дж.И.; Цуногай, У.; Хирота, А.; Окума, М.; Ямагиши, А. (2012). «Микробная экосистема на основе железа на морском дне и под ним: исследование гидротермальных полей Южной Марианской впадины» . Границы микробиологии . 3 : 89. дои : 10.3389/fmicb.2012.00089 . ПМК   3304087 . ПМИД   22435065 .
  43. ^ Мейер-Домбард, DAR; Поправка, JP; Осберн, MR (2012). «Микробное разнообразие и потенциал биогеохимического круговорота мышьяка и железа в богатых мышьяком мелководных гидротермальных источниках (залив Тутум, Папуа-Новая Гвинея)». Химическая геология . 348 : 37–47. doi : 10.1016/j.chemgeo.2012.02.024 .
  44. ^ Ли, Дж.; Чжоу, Х.; Пэн, X.; Ву, З.; Чен, С.; Фанг, Дж. (2012). «Микробное разнообразие и биоминерализация в низкотемпературных гидротермальных железокремнеземистых осадках гидротермального поля бассейна Лау» . ФЭМС Микробиология Экология . 81 (1): 205–216. Бибкод : 2012FEMME..81..205L . дои : 10.1111/j.1574-6941.2012.01367.x . ПМИД   22443540 .
  45. ^ Деков В.М.; Петерсен, С.; Гарбе-Шенберг, К.-Д.; Каменов, Г.Д.; Пернер, М.; Кузманн, Э.; Шмидт, М. (2010). «Отложения оксигидроксида Fe-Si в медленно расширяющемся центре с утолщенной океанической корой: гидротермальное поле Лилипутии (9 ° 33 'ю.ш., Срединно-Атлантический хребет)». Химическая геология . 278 (3–4): 186–200. Бибкод : 2010ЧГео.278..186Д . doi : 10.1016/j.chemgeo.2010.09.012 .
  46. ^ Перейти обратно: а б с Макдональд, диджей; Финдли, Эй Джей; Макаллистер, С.М.; Барнетт, Дж. М.; Хредзак-Шоуолтер, П.; Крепский, С.Т.; Конус, С.Г.; Скотт, Дж.; Беннетт, СК; Чан, CS; Эмерсон, Д.; Лютер III, GW (2014). «Использование вольтамперометрии in situ как инструмента для идентификации и характеристики среды обитания железоокисляющих бактерий: от водно-болотных угодий с пресной водой до гидротермальных жерл». Наука об окружающей среде: процессы и воздействия . 16 (9): 2117–2126. дои : 10.1039/c4em00073k . ПМИД   24924809 .
  47. ^ Перейти обратно: а б Скотт, Джей-Джей; Брейер, Дж.А.; Лютер, GW; Эмерсон, Д. (2015). «Микробные железные маты на Срединно-Атлантическом хребте и доказательства того, что зетапротеобактерии могут быть ограничены морскими системами, окисляющими железо» . ПЛОС ОДИН . 10 (3): e0119284. Бибкод : 2015PLoSO..1019284S . дои : 10.1371/journal.pone.0119284 . ПМЦ   4356598 . ПМИД   25760332 .
  48. ^ Цао, Х.; Ван, Ю.; Ли, О.О.; Цзэн, X.; Шао, З.; Цянь, П.-Ю. (2014). «Микробный цикл серы в двух гидротермальных трубах на юго-западе Индийского хребта» . мБио . 5 (1): e00980–e00913. дои : 10.1128/mBio.00980-13 . ПМК   3903282 . ПМИД   24473131 .
  49. ^ Сильван, Дж.Б.; Тонер, БМ; Эдвардс, К.Дж. (2012). «Жизнь и смерть глубоководных жерл: бактериальное разнообразие и последовательность экосистем на неактивных гидротермальных сульфидах» . мБио . 3 (1): e00279–e00211. дои : 10.1128/mBio.00279-11 . ПМЦ   3262234 . ПМИД   22275502 .
  50. ^ Диллон, А.; Теске, А.; Диллон, Дж.; Шталь, Д.А.; Согин, М.Л. (2003). «Молекулярная характеристика сульфатредуцирующих бактерий в бассейне Гуаймас» . Прикладная и экологическая микробиология . 69 (5): 2765–2772. Бибкод : 2003ApEnM..69.2765D . дои : 10.1128/АЕМ.69.5.2765-2772.2003 . ПМЦ   154542 . ПМИД   12732547 .
  51. ^ Като, С.; Икехата, К.; Сибуя, Т.; Урабе, Т.; Окума, М.; Ямагиши, А. (2015). «Возможность биогеохимического круговорота серы, железа и углерода в массивных сульфидных отложениях под морским дном». Экологическая микробиология . 17 (5): 1817–35. Бибкод : 2015EnvMi..17.1817K . дои : 10.1111/1462-2920.12648 . ПМИД   25330135 .
  52. ^ Джейкобсон Мейерс, Мэн; Сильван, Дж.Б.; Эдвардс, К.Дж. (2014). «Внеклеточная ферментативная активность и микробное разнообразие, измеренные на обнаженных базальтах морского дна подводной горы Лойхи, указывают на важность базальтов для глобального биогеохимического цикла» . Прикладная и экологическая микробиология . 80 (16): 4854–64. Бибкод : 2014ApEnM..80.4854J . дои : 10.1128/AEM.01038-14 . ПМЦ   4135773 . ПМИД   24907315 .
  53. ^ Рубин-Блюм, М.; Антлер, Г.; Цадок Р.; Шемеш, Э.; Остин, Дж.А.; Коулман, Д.Ф.; Гудман-Чернов, Б.Н.; Бен-Авраам, З.; Чернов, Д. (2014). «Первые доказательства присутствия железоокисляющих зетапротеобактерий на континентальных окраинах Леванта» . ПЛОС ОДИН . 9 (3): е91456. Бибкод : 2014PLoSO...991456R . дои : 10.1371/journal.pone.0091456 . ПМЦ   3948872 . ПМИД   24614177 .
  54. ^ Боуман, JP; МакКуэйг, РД (2003). «Биоразнообразие, структурные сдвиги сообществ и биогеография прокариот в отложениях континентального шельфа Антарктики» . Прикладная и экологическая микробиология . 69 (5): 2463–2483. Бибкод : 2003ApEnM..69.2463B . дои : 10.1128/АЕМ.69.5.2463-2483.2003 . ПМЦ   154503 . ПМИД   12732511 .
  55. ^ Эдер, В.; Янке, LL; Шмидт, М.; Хубер, Р. (2001). «Микробное разнообразие на границе рассол-морская вода в глубине Кебрита, Красное море, изученное с помощью последовательностей генов 16S рРНК и методов культивирования» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (7): 3077–3085. Бибкод : 2001ApEnM..67.3077E . дои : 10.1128/АЕМ.67.7.3077-3085.2001 . ПМК   92984 . ПМИД   11425725 .
  56. ^ Моро, JW; Зиренберг, РА; Банфилд, Дж. Ф. (2010). «Разнообразие генов диссимиляционной сульфитредуктазы (dsrAB) в солончаке, пострадавшем от длительного кислотного дренажа шахты» . Прикладная и экологическая микробиология . 76 (14): 4819–4828. Бибкод : 2010ApEnM..76.4819M . дои : 10.1128/АЕМ.03006-09 . ПМК   2901737 . ПМИД   20472728 .
  57. ^ Штауферт, М.; Краво-Лоро, К.; Жезекель, Р.; Барантал, С.; Куни, П.; Гилберт, Ф.; Каньон, К.; Милитон, CC; Амуру, Д.; Махдауи, Ф.; Буисьер, Б.; Стора, Г.; Мерлин, FOX; Дюран, Р. (2013). «Влияние нефти на структуру бактериального сообщества в биотурбированных отложениях» . ПЛОС ОДИН . 8 (6): e65347. Бибкод : 2013PLoSO...865347S . дои : 10.1371/journal.pone.0065347 . ПМЦ   3677869 . ПМИД   23762350 .
  58. ^ Пишедда, Л.; Милитон, CC; Гилберт, Ф.; Куни, П. (2011). «Характеристика специфики структуры бактериального сообщества в среде норы морской полихеты Hediste (Nereis) diversicolor» . Исследования в области микробиологии . 162 (10): 1033–42. дои : 10.1016/j.resmic.2011.07.008 . ПМИД   21946148 . S2CID   11103232 .
  59. ^ Асано, Р.; Накаи, Ю.; Кавада, В.; Шимура, Ю.; Инамото, Т.; Фукусима, Дж. (2013). «Затопление морской водой в результате цунами Тохоку 2011 года продолжает сильно влиять на почвенные бактериальные сообщества год спустя». Микробная экология . 66 (3): 639–46. Бибкод : 2013MicEc..66..639A . дои : 10.1007/s00248-013-0261-9 . ПМИД   23846833 . S2CID   16593799 .
  60. ^ Томпсон, К.; Бейс-Да-Сильва, В.; Санти, LL; Бергер, М.; Вайнштейн, М.; Гима Раес, Ж.; Васконселос, AT (2013). «Потенциальный источник открытия целлюлолитических ферментов и экологических аспектов, выявленных с помощью метагеномики бразильских мангровых зарослей» . АМБ Экспресс . 3 (1): 65. дои : 10.1186/2191-0855-3-65 . ПМЦ   3922913 . ПМИД   24160319 .
  61. ^ Эмерсон, Дж.Б.; Томас, Британская Колумбия; Альварес, В.; Банфилд, Дж. Ф. (2015). «Метагеномный анализ подповерхностного микробного сообщества с высоким содержанием углекислого газа, населенного хемолитоавтотрофами, бактериями и архей из типов-кандидатов». Экологическая микробиология . 18 (6): 1686–1703. дои : 10.1111/1462-2920.12817 . ОСТИ   1571927 . ПМИД   25727367 . S2CID   4677869 .
  62. ^ Колман, доктор медицинских наук; Гарсия-младший; Кросси, LJ; Карлстрем, К.; Джексон-Уивер, О.; Такач-Весбах, К. (2014). «Анализ геотермальных и углекислых источников на западе Соединенных Штатов, поддерживаемых глубокими поступлениями жидкости». Геобиология . 12 (1): 83–98. Бибкод : 2014Gbio...12...83C . дои : 10.1111/gbi.12070 . ПМИД   24286205 . S2CID   22057647 .
  63. ^ Ионеску, Д.; Хейм, К.; Полерецкий, Л.; Раметт, А.; Хойслер, С.; Бизич-Ионеску, М.; Тиль, В.; Де Бир, Д. (2015). «Разнообразие железоокисляющих и восстанавливающих бактерий в проточных реакторах в Лаборатории твердых пород Эспё» . Геомикробиологический журнал . 32 (3–4): 207–220. Бибкод : 2015GmbJ...32..207I . дои : 10.1080/01490451.2014.884196 . hdl : 1874/330162 . S2CID   96387274 .
  64. ^ Збинден, М.; Камбон-Бонавита, Массачусетс (2003). «Наличие Deferribacterales и Entomoplasmatales в кишечнике глубоководной креветки Alvinocarid Rimicaris exoculata» . ФЭМС Микробиология Экология . 46 (1): 23–30. Бибкод : 2003FEMME..46...23Z . дои : 10.1016/S0168-6496(03)00176-4 . ПМИД   19719579 .
  65. ^ Ян, К.; Петерсен, Дж. М.; Вернер, Дж.; Тилинг, Х.; Хуанг, С.; Глекнер, Ф.О.; Голышина О.В.; Дюбилье, Н.; Голышин П.Н.; Джеббар, М.; Камбон-Бонавита, Массачусетс (2014). «Эпибиоз жаберной камеры глубоководных креветок Rimicarisexoculata : углубленное метагеномное исследование и открытие Zetaproteobacteria » . Экологическая микробиология . 16 (9): 2723–38. Бибкод : 2014EnvMi..16.2723J . дои : 10.1111/1462-2920.12406 . ПМИД   24447589 .
  66. ^ Перейти обратно: а б Глейзер, БТ; Руксель, О.Дж. (2009). «Окислительно-восстановительное видообразование и распространение в разнообразных средах обитания микробов с преобладанием железа на подводной горе Лойхи». Геомикробиологический журнал . 26 (8): 606–622. Бибкод : 2009GmbJ...26..606G . дои : 10.1080/01490450903263392 . S2CID   50934359 .
  67. ^ Сингер, Э.; Эмерсон, Д.; Уэбб, Э.А.; Барко, РА; Куэнен, Дж.Г.; Нельсон, WC; Чан, CS; Комолли, ЛР; Феррьера, С.; Джонсон, Дж.; Гейдельберг, Дж. Ф.; Эдвардс, К.Дж. (2011). Ходурский, Аркадий Б. (ред.). «Mariprofundus Ferrooxydans PV-1 — первый геном морской Fe(II)-окисляющей зетапротеобактерии» . ПЛОС ОДИН . 6 (9): e25386. Бибкод : 2011PLoSO...625386S . дои : 10.1371/journal.pone.0025386 . ПМК   3179512 . ПМИД   21966516 .
  68. ^ Сингер, Э.; Гейдельберг, Дж. Ф.; Диллон, А.; Эдвардс, К.Дж. (2013). «Метагеномное понимание доминирующих Zetaproteobacteria, окисляющих Fe (II), из железной циновки в Лоихи, Гавайи» . Границы микробиологии . 4 : 52. дои : 10.3389/fmicb.2013.00052 . ПМК   3603346 . ПМИД   23518919 .
  69. ^ Филд, ЕК; Щирба, А.; Лайман, А.Е.; Харрис, CC; Войк, Т.; Степанаускас Р.; Эмерсон, Д. (2014). «Геномный взгляд на некультивируемые морские зетапротеобактерии на подводной горе Лойхи» . Журнал ISME . 9 (4): 857–70. дои : 10.1038/ismej.2014.183 . ПМЦ   4817698 . ПМИД   25303714 .
  70. ^ Перейти обратно: а б Ильберт, М.; Боннефой, В. (2013). «Понимание эволюции путей окисления железа» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) — Биоэнергетика . 1827 (2): 161–175. дои : 10.1016/j.bbabio.2012.10.001 . ПМИД   23044392 .
  71. ^ Эмерсон, Д.; Филд, ЕК; Чертков О.; Давенпорт, КВ; Гудвин, Л.; Мунк, К.; Нолан, М.; Войк, Т. (2013). «Сравнительная геномика пресноводных Fe-окисляющих бактерий: значение для физиологии, экологии и систематики» . Границы микробиологии . 4 : 254. дои : 10.3389/fmicb.2013.00254 . ПМК   3770913 . ПМИД   24062729 .
  72. ^ Альтерманн, Э. (2014). «Приглашенный комментарий: смазка ржавого колеса, новое понимание железоокисляющих бактерий посредством сравнительной геномики» . Границы микробиологии . 5 : 386. дои : 10.3389/fmicb.2014.00386 . ПМК   4115626 . ПМИД   25126088 .
  73. ^ Джессер, К.Дж.; Фуллертон, Х.; Хагер, К.В.; Мойер, CL (2015). «Количественный ПЦР-анализ функциональных генов в богатых железом микробных матах в активной гидротермальной жерловой системе (подводная гора Лоихи, Гавайи)» . Прикладная и экологическая микробиология . 81 (9): 2976–2984. Бибкод : 2015ApEnM..81.2976J . дои : 10.1128/АЕМ.03608-14 . ПМЦ   4393452 . ПМИД   25681182 .
  74. ^ Хедрич, С.; Шломанн, М.; Джонсон, Д.Б. (2011). «Железоокисляющие протеобактерии» . Микробиология . 157 (6): 1551–1564. дои : 10.1099/mic.0.045344-0 . ПМИД   21511765 .
  75. ^ Като, Синго (2015). «Экофизиология нейтрофильных железоокисляющих микроорганизмов и ее значение в глобальном биогеохимическом круговороте». Тикюкагаку (Геохимия) . 49 : 1–17. дои : 10.14934/чикюкагаку.49.1 .
  76. ^ Исибаши, Дзюн-Ичиро; Окино, Кёко; Сунамура, Мичинари, ред. (2015). Подводная биосфера, связанная с гидротермальными системами . дои : 10.1007/978-4-431-54865-2 . ISBN  978-4-431-54864-5 . S2CID   133245369 .
  77. ^ Мелтон, Эдуард; Суоннер, Эд; Беренс, С.; Шмидт, К.; Капплер, А. (2014). «Взаимодействие микробно-опосредованных и абиотических реакций в биогеохимическом цикле железа». Обзоры природы Микробиология . 12 (12): 797–808. дои : 10.1038/nrmicro3347 . ПМИД   25329406 . S2CID   24058676 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Zetaproteobacteria&oldid=1230697322"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 95d230a19189bf6cbd62ed41ed5c903b__1719196440
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/95/3b/95d230a19189bf6cbd62ed41ed5c903b.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Zetaproteobacteria - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)