✖


Jump to content

Псевдомонадота

Псевдомонадота
кишечная палочка
Научная классификация Изменить эту классификацию
Домен: Бактерии
Тип: Псевдомонадота
Гаррити и др. 2021 год [1]
Классы
Синонимы
  • «Протеобактерии» Stackebrandt et al. 1988 год [6]
  • «Протеобактерии» Грей и Хервиг, 1996 г. [7]
  • «Протеобактерии» Гаррити и др. 2005 г. [8]
  • «Протеобактерии» Кавальер-Смит 2002 г. [9]
  • Alphaproteobacteraeota Oren et al. 2015 год
  • «Альфапротеобактериота» Whitman et al. 2018 год
  • «Каулобактерита» корриг. Гаррити и др. 2021 год
  • «Неопротеи» Пеллетье 2012г.
  • Родобактерии Кавальер-Смит 2002 г.

Pseudomonadota (синоним Proteobacteria ) — основной тип грамотрицательных бактерий . [10] В настоящее время они считаются преобладающим типом среди бактерий. [11] В природе они встречаются как патогенные и свободноживущие (непаразитарные ) роды. [11] Тип включает шесть классов Acidithiobacillia , Alphaproteobacteria , Betaproteobacteria , Gammaproteobacteria , Hydrogenophilia и Zetaproteobacteria . [11] Pseudomonadota широко разнообразны, с различиями в морфологии , метаболических процессах, отношении к человеку и экологическом влиянии. [11]

Классификация

[ редактировать ]

Американский микробиолог Карл Вёзе основал эту группу в 1987 году, неофициально назвав ее «фиолетовыми бактериями и их родственниками». [12] Позже группа была официально названа «Протеобактерии» в честь греческого бога Протея, который, как известно, принимал множество форм. [13] В 2021 году Международный комитет по систематике прокариот обозначил синоним Pseudomonadota, а также переименовал многие другие типы прокариот. [1] Это переименование нескольких типов прокариот в 2021 году, включая Pseudomonadota, остается спорным среди микробиологов, многие из которых продолжают использовать более раннее название Proteobacteria, давно употребленное в литературе. [14] Тип Pseudomonadota включает классы Acidithiobacillia, Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Hydrogenophilia и Zetaproteobacteria. [11] Тип включает большое разнообразие патогенных родов, таких как Escherichia , Salmonella , Vibrio , Yersinia , Legionella и многие другие. [15] Другие являются свободноживущими (непаразитарными ) и включают множество бактерий, ответственных за фиксацию азота . [16]

Ранее тип Pseudomonadota включал два дополнительных класса, а именно Deltaproteobacteria и Oligoflexia . Однако дальнейшее изучение филогении этих таксонов с помощью анализа геномных маркеров продемонстрировало их отделение от типа Pseudomonadota. [17] Дельтапротеобактерии были идентифицированы как разнообразная таксономическая единица, что привело к предложению о ее реклассификации в отдельные типы: Desulfobacterota (включая Thermodesulfobacteria ), Myxococcota и Bdellovibrionota (включая Oligoflexia ). [17]

Класс Epsilonproteobacteria был дополнительно идентифицирован в типе Pseudomonadota. Этот класс характеризуется своим значением как хемолитотрофных первичных продуцентов и метаболическими способностями в глубоководных гидротермальных жерловых экосистемах. [18] К заслуживающим внимания патогенным родам этого класса относятся Campylobacter , Helicobacter и Arcobacter . Анализ топологии филогенетического дерева и генетических маркеров выявил прямое отличие Epsilonproteobacteria от типа Pseudomonadota. [18] Ограниченные данные о внешних группах и низкие значения начальной загрузки подтверждают эти открытия. Несмотря на дальнейшие исследования, консенсус не был достигнут относительно монофилетической природы Epsilonproteobacteria внутри Proteobacteria, что побудило исследователей предложить ее таксономическое отделение от типа. Предлагаемая реклассификация названия Epsilonproteobacteria на Campylobacterota . [18]

Таксономия

[ редактировать ]

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LSPN). [19] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). [20]

Группа Pseudomonadota определяется на основе секвенирования рибосомальной РНК (рРНК) и делится на несколько подклассов. Эти подклассы считались таковыми в течение многих лет, но теперь рассматриваются как различные классы типа. Эти классы монофилетичны . [21] [22] [23] Род Acidithiobacillus , входящий в состав гаммапротеобактерий, пока в 2013 году не был переведен в класс Acidithiobacillia. [2] ранее считался парафилетическим по отношению к бетапротеобактериям согласно исследованиям мультигеномного выравнивания . [24] В 2017 году бетапротеобактерии подверглись серьезным изменениям, и был создан класс Hydrogenophilalia, включающий порядок Hydrogenophilales. [4]

Классы Pseudomonadota с достоверно опубликованными названиями включают несколько известных родов: [25] например:

по данным ARB Living Tree, iTOL, Bergey's и других. на основе 16S рРНК ДП _12_2021 г. [26] [27] [28] 120 однокопийных маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 [29] [30] [31]

« Каулобактерии » ( Alphaproteobacteria )

« Марипрофундия » ( Зетапротеобактерии )

« Магнетококция »

« Псевдомонадия ».

клад 1

«Фолиамикалес»

клада 3

Иммундизолибактериальные инфекции

клада 5

«Ацидитиобациллиды» ​​( Acidithiobacillia )

«Neisseriidae» ( бетапротеобактерии и вложенные гидрогенофилалии )

«Псевдомонадиды» ( гаммапротеобактерии )

Характеристики

[ редактировать ]

Псевдомонадоты представляют собой разнообразную группу. Хотя некоторые виды могут окрашиваться в лаборатории как на грамположительные, так и на грамположительные, номинально они являются грамотрицательными . Их уникальная внешняя мембрана в основном состоит из липополисахаридов , что помогает отличить их от грамположительных видов. [32] Большинство Pseudomonadota подвижны и передвигаются с помощью жгутиков. Многие передвигаются с помощью жгутиков , но некоторые неподвижны или полагаются на бактериальное скольжение . [33]

Псевдомонадоты имеют большое разнообразие типов метаболизма . Большинство из них являются факультативными или облигатными анаэробами , хемолитоавтотрофами и гетеротрофами , хотя существуют многочисленные исключения. Множество отдаленно родственных родов Pseudomonadota получают энергию от света посредством обычного фотосинтеза или аноксигенного фотосинтеза . [33]

Acidithiobacillia содержат только серу, железо и уранокисляющие автотрофы . Типовой порядок — Acidithiobacillaceae , который включает пять различных видов Acidithiobacillus, используемых в горнодобывающей промышленности. В частности, эти микробы помогают в процессе биологического выщелачивания , в котором микробы помогают извлекать металлы из отходов горнодобывающей промышленности, которые обычно не могут быть удалены методами экстракции. [34]

Некоторые альфапротеобактерии могут расти при очень низком уровне питательных веществ и иметь необычную морфологию в течение своего жизненного цикла. Некоторые образуют стебли, чтобы облегчить колонизацию, и образуют почки во время деления клеток. Другие включают важные для сельского хозяйства бактерии, способные вызывать фиксацию азота в симбиозе с растениями. Типовой порядок — Caulobacterales , включающий стеблеобразующие бактерии, такие как Caulobacter . [35] эукариот Считается , что митохондрии являются потомками альфапротеобактерий. [36]

Бетапротеобактерии фотоавтотрофы весьма метаболически разнообразны и содержат хемолитоавтотрофы , универсальные и гетеротрофы . Типовой отряд — Burkholderiales , включающий огромное разнообразие метаболического разнообразия, включая условно-патогенные микроорганизмы . Эти патогены являются первичными как для людей, так и для животных, например, возбудитель лошадей Burkholderia mallei и Burkholderia cepacia , вызывающий инфекции репаративных путей у людей с муковисцидозом. [37]

Гаммапротеобактерии — один из крупнейших классов по родам, содержащий около 250 достоверно опубликованных названий. [24] Типовой порядок — Pseudomonadales , который включает роды Pseudomonas и азотфиксирующие Azotobacter , а также многие другие. является хорошо известным патогенным родом, Помимо того, что Pseudomonas он также способен к биоразложению некоторых материалов, таких как целлюлоза. [35]

Гидрогенофилалии — термофильные хемогетеротрофы и автотрофы. [38] Бактерии обычно используют газообразный водород в качестве донора электронов, но могут также использовать восстановленные сернистые соединения. Благодаря этой способности ученые начали использовать определенные виды Hydrogenophilalia для удаления сульфидов, загрязняющих промышленные системы сточных вод. Типовой порядок — Hydrogenophilaceae , который включает роды Thiobacillus, Petrobacter, Sulfuricella, Hydrogenophilus и Tepidiphilus . В настоящее время ни один представитель этого класса не признан патогенным. [39]

Зетапротеобактерии , распространенные по всему миру — это железоокисляющие нейтрофильные хемолитоавтотрофы в эстуариях и морских средах обитания. [33] Эта группа настолько успешна в своей среде обитания благодаря своей микроаэрофильной природе. Поскольку им требуется меньше кислорода, чем то, что присутствует в атмосфере, они способны конкурировать с абиотическим окислением железа(II), которое уже происходит в окружающей среде. [40] Единственным подтвержденным типовым отрядом для этого класса является Mariprofundaceae , который не содержит ни одного известного патогенного вида. [41]

Трансформация

[ редактировать ]

Трансформация – процесс, при котором генетический материал переходит от одной бактерии к другой. [42] сообщалось по крайней мере у 30 видов Pseudomonadota, относящихся к классам альфа, бета и гамма. [43] Наиболее изученными Pseudomonadota в отношении естественной генетической трансформации являются важные с медицинской точки зрения патогены человека Neisseria gonorrhoeae (класс бета) и Haemophilus influenzae (класс гамма). [44] Естественная генетическая трансформация — это половой процесс, включающий перенос ДНК из одной бактериальной клетки в другую через промежуточную среду и интеграцию донорской последовательности в геном реципиента. У патогенных Pseudomonadota трансформация, по-видимому, служит процессом восстановления ДНК , который защищает ДНК патогена от атаки фагоцитарной защиты хозяина, использующей окислительные свободные радикалы . [44]

среда обитания

[ редактировать ]

Благодаря своеобразию каждого из шести классов Pseudomonadota этот тип занимает множество ареалов. К ним относятся:

  • Полость рта человека [45]
  • Микробные маты в глубоком море [46]
  • Морские отложения [7]
  • Термальные серные источники [47]
  • Сельскохозяйственная почва [47]
  • Гидротермальные источники [48]
  • Стеблевые клубеньки бобовых [11]
  • Внутри тлей как эндосимбионтов [11]
  • Желудочно-кишечный тракт теплокровных видов [11]
  • Солоноватые воды эстуария [11]
  • Микробиомы креветок и моллюсков [11]
  • Человеческий вагинальный тракт [10]
  • Микробиом ризосферы картофеля [49]

Значение

[ редактировать ]

Здоровье человека

[ редактировать ]

Исследования показали, что псевдомонадота является важным признаком заболевания желудочно -кишечного тракта (ЖКТ) человека, поскольку она выступает в качестве маркера нестабильности микробиоты. [10] кишечника человека Микробиом состоит в основном из четырех типов: Firmicutes , Bacteroidetes , Actinobacteria и Pseudomonadota. [10] Колонизация кишечника микроорганизмами динамична от рождения до смерти, со стабилизацией в первые несколько лет жизни, с увеличением разнообразия у взрослых и уменьшением разнообразия у пожилых людей. [10] Микробиом кишечника осуществляет такие процессы, как синтез питательных веществ, химический метаболизм и формирование кишечного барьера. [10] Кроме того, микробиом кишечника облегчает взаимодействие хозяина с окружающей средой посредством регуляции всасывания питательных веществ и поступления бактерий. В исследованиях секвенирования 16s рРНК и метагенома протеобактерии были идентифицированы как бактерии, вызывающие эндотоксемию (воспалительную реакцию кишечника) и метаболические нарушения в желудочно-кишечном тракте человека. [10] Другое исследование Michail et al. показали корреляцию микробного состава у детей с неалкогольной жировой болезнью печени (НАЖБП) и без нее, при этом у пациентов с НАЖБП наблюдается более высокое содержание гаммапротеобактерий , чем у пациентов без заболевания. [50]

Классы бетапротеобактерий и гаммапротеобактерий широко распространены в полости рта человека и являются маркерами хорошего здоровья полости рта. [45] Микробиом полости рта состоит из 11 сред обитания, включая спинку языка, твердое небо , миндалины, горло, слюну и многое другое. [51] Изменения в микробиоме полости рта обусловлены эндогенными и экзогенными факторами, такими как образ жизни хозяина, генотип , окружающая среда, иммунная система и социально-экономический статус. [51] Если рассматривать диету как фактор, то высокое содержание насыщенных жирных кислот (SAF), достигаемое за счет неправильного питания, коррелирует с увеличением численности бетапротеобактерий в полости рта. [51]

Экономическая ценность

[ редактировать ]

Бактерии Pseudomonadota имеют симбиотическую или мутуалистическую связь с корнями растений, например, с корневищами растений картофеля. [52] Благодаря этим симбиотическим отношениям фермеры имеют возможность повысить урожайность сельскохозяйственных культур. [52] Более здоровая корневая система может привести к лучшему усвоению питательных веществ, улучшению удержания воды, повышению устойчивости к болезням и вредителям и, в конечном итоге, к более высокой урожайности сельскохозяйственных культур с акра. [53] Увеличение сельскохозяйственного производства может стимулировать экономический рост, способствовать продовольственной безопасности и привести к созданию рабочих мест в сельской местности. [54]

Как кратко упоминалось в предыдущих разделах, представители Pseudomonadota обладают обширными метаболическими способностями, которые позволяют им использовать и производить различные соединения. биовыщелачивание , осуществляемое различными видами Thiobacillus . Ярким примером этого является [55] Любые виды, окисляющие железо и серу, потенциально могут обнаружить металлы и низкосортные руды, которые не удалось извлечь обычными методами добычи. В настоящее время их чаще всего используют для извлечения меди и урана, но исследователи надеются расширить эту область в будущем. Обратной стороной этого метода является то, что бактерии производят кислые побочные продукты, которые в конечном итоге попадают в кислотные дренажи шахт . Биологическое выщелачивание имеет значительные экономические перспективы, если его можно контролировать и не наносить дальнейшего вреда окружающей среде. [34]

Экологическое воздействие

[ редактировать ]

Псевдомонадоты — это микробы, обычно встречающиеся в почвенных системах. [52] Микробы играют решающую роль в окружающей экосистеме, выполняя такие функции, как круговорот питательных веществ , фиксация углекислого газа, разложение и фиксация азота. [56] Pseudomonadota можно охарактеризовать как фототрофы , гетеротрофы и литотрофы . Будучи гетеротрофами (примеры Pseudomonas и Xanthomonas ), эти бактерии эффективно расщепляют органические вещества, способствуя круговороту питательных веществ. [56] Кроме того, фотолитотрофы этого типа способны осуществлять фотосинтез, используя сульфид или элементарную серу в качестве доноров электронов , что позволяет им участвовать в фиксации углерода и производстве кислорода даже в анаэробных условиях. [56] Эти бактерии Pseudomonadota также считаются копиотрофными организмами, то есть их можно встретить в средах с высокой доступностью питательных веществ. [56] В этой среде есть достаточно источников углерода и других питательных веществ, таких как плодородные почвы, компост и сточные воды. Эти копиотрофные бактерии способны улучшать здоровье почвы, осуществляя круговорот питательных веществ и разложение отходов. [56]

Поскольку этот тип способен вступать в симбиотические отношения с корнями растений, включение Pseudomonadota в сельскохозяйственную практику соответствует принципам устойчивого земледелия . [57] [52] Эти бактерии способствуют здоровью и плодородию почвы, способствуют естественной борьбе с вредителями и повышают устойчивость сельскохозяйственных культур к стрессовым факторам окружающей среды. [57]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б Орен А., генеральный директор Гаррити (октябрь 2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД   34694987 . S2CID   239887308 .
  2. ^ Jump up to: а б с Уильямс КП, Келли ДП (август 2013 г.). «Предложение о новом классе внутри типа Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., с типовым порядком Acidithiobacillales, и исправленное описание класса Gammaproteobacteria». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (Часть 8): 2901–2906. дои : 10.1099/ijs.0.049270-0 . ПМИД   23334881 . S2CID   39777860 .
  3. ^ Гаррити ГМ, Белл Дж.А., Лилберн Т. (2005). «Класс I. Класс альфапротеобактерий . Ноябрь». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2 (Протеобактерии), Часть C (Альфа-, Бета-, Дельта- и Эпсилонпротеобактерии) (2-е изд.). Спрингер. п. 1. дои : 10.1002/9781118960608.cbm00041 . ISBN  978-1-118-96060-8 .
  4. ^ Jump up to: а б с Боден Р., Хатт Л.П., Рэй А.В. (май 2017 г.). «Реклассификация Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) в Annwoodia aquaesulis gen. nov.,comb. nov., перевод Thiobacillus (Beijerinck, 1904) из Hydrogenophilales в Nitrosomonadales, предложение класса Hydrogenophilalia nov. в рамках ' Proteobacteria» и четыре новых семейства в отрядах Nitrosomonadales и Rhodocyclales» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 67 (5): 1191–1205. дои : 10.1099/ijsem.0.001927 . hdl : 10026.1/8740 . ПМИД   28581923 .
  5. ^ Эмерсон Д., Рентц Дж.А., Лилберн Т.Г., Дэвис Р.Э., Олдрич Х., Чан С. и др. (август 2007 г.). «Новая линия протеобактерий, участвующих в формировании морских сообществ Fe-окисляющих микробных матов» . ПЛОС ОДИН . 2 (7): е667. Бибкод : 2007PLoSO...2..667E . дои : 10.1371/journal.pone.0000667 . ЧВК   1930151 . ПМИД   17668050 .
  6. ^ Стакебрандт Э., Мюррей Р.Г., Трюпер Х.Г. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственников» » . Международный журнал систематической бактериологии . 38 (3): 321–325. дои : 10.1099/00207713-38-3-321 .
  7. ^ Jump up to: а б Грей Дж.П., Хервиг Р.П. (ноябрь 1996 г.). «Филогенетический анализ бактериальных сообществ морских отложений» . Прикладная и экологическая микробиология . 62 (11): 4049–4059. Бибкод : 1996ApEnM..62.4049G . doi : 10.1128/aem.62.11.4049-4059.1996 . ПМК   168226 . ПМИД   8899989 .
  8. ^ Гаррити ГМ, Белл Дж.А., Лилберн Т. (2005). «Тип XIV. Протеобактерии типа ноя». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2 (Протеобактерии), Часть B (Гаммапротеобактерии) (2-е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер. п. 1.
  9. ^ Кавалер-Смит Т. (январь 2002 г.). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД   11837318 .
  10. ^ Jump up to: а б с д и ж г Риццатти Дж., Лопетузо Л.Р., Гибино Дж., Бинда С., Гасбаррини А. (2017). «Протеобактерии: общий фактор заболеваний человека» . БиоМед Исследования Интернэшнл . 10.1155 / 9351507 дои : 2017/ . ПМЦ   5688358 . ПМИД   29230419 .
  11. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж Керстерс К., Де Вос П., Гиллис М., Свингс Дж., Вандамм П., Стакебрандт Э. (2006). «Знакомство с протеобактериями». Дворкин М., Фальков С., Розенберг Э., Шлейфер К.Х. (ред.). Прокариоты . Том. 5: Протеобактерии: альфа- и бета-подклассы. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер. стр. 3–37. дои : 10.1007/0-387-30745-1_1 . ISBN  978-0-387-30745-9 . Проверено 12 апреля 2024 г.
  12. ^ Вёзе CR (июнь 1987 г.). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. дои : 10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987 . ПМК   373105 . ПМИД   2439888 .
  13. ^ Мун КД, Янг В., Маклин П.Х., Куксон А.Л., Бермингем Э.Н. (октябрь 2018 г.). «Метагеномное понимание роли протеобактерий в желудочно-кишечном микробиоме здоровых собак и кошек» . МикробиологияОткрыть . 7 (5): e00677. дои : 10.1002/mbo3.677 . ПМК   6182564 . ПМИД   29911322 .
  14. ^ Робицки Д. (4 января 2022 г.). «Недавно переименованный тип прокариот вызывает бурю негодования» . Ученый .
  15. ^ Слончевски Дж.Л., Фостер Дж.В., Фостер Э. (2020). Микробиология: развивающаяся наука (5-е изд.). WW Нортон и компания.
  16. ^ Сах С., Кришнани С., Сингх Р. (декабрь 2021 г.). «Pseudomonas опосредовала деятельность по стимулированию питания и роста для устойчивой продовольственной безопасности» . Текущие исследования в области микробных наук . 2 : 100084. doi : 10.1016/j.crmicr.2021.100084 . ПМЦ   8645841 . ПМИД   34917993 .
  17. ^ Jump up to: а б Уэйт Д.В., Чувочина М., Пеликан С., Паркс Д.Х., Йилмаз П., Вагнер М. и др. (ноябрь 2020 г.). «Предложение реклассифицировать классы протеобактерий Deltaproteobacteria и Oligoflexia , а также тип Thermodesulfobacteria на четыре типа, отражающие основные функциональные возможности» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5972–6016. дои : 10.1099/ijsem.0.004213 . ПМИД   33151140 .
  18. ^ Jump up to: а б с Уэйт Д.В., Ванвонтергем И., Ринке С., Паркс Д.Х., Чжан Ю., Такай К. и др. (2017). «Сравнительный геномный анализ класса Epsilonproteobacteria и предлагаемая реклассификация в Epsilonbacteraeota (фил. ноябрь)» . Границы микробиологии . 8 : 682. дои : 10.3389/fmicb.2017.00682 . ПМК   5401914 . ПМИД   28484436 .
  19. ^ Эузеби Ж.П. « Псевдомонадота » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г.
  20. ^ Сэйерс. « Протеобактерии » . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г.
  21. ^ Криг Н.Р., Бреннер DJ, Стейли Дж.Т. (2005). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2: Протеобактерии. Спрингер. ISBN  978-0-387-95040-2 .
  22. ^ Сиссарелли Ф.Д., Доркс Т., фон Меринг С., Криви С.Дж., Снел Б., Борк П. (март 2006 г.). «К автоматической реконструкции высокоразрешенного древа жизни». Наука . 311 (5765): 1283–1287. Бибкод : 2006Sci...311.1283C . CiteSeerX   10.1.1.381.9514 . дои : 10.1126/science.1123061 . ПМИД   16513982 . S2CID   1615592 .
  23. ^ Ярза П., Людвиг В., Эзеби Дж., Аманн Р., Шлейфер К.Х., Глёкнер Ф.О. и др. (октябрь 2010 г.). «Обновление проекта «Живое дерево для всех видов» на основе анализа последовательностей 16S и 23S рРНК». Систематическая и прикладная микробиология . 33 (6): 291–299. дои : 10.1016/j.syapm.2010.08.001 . ПМИД   20817437 .
  24. ^ Jump up to: а б Уильямс К.П., Гиллеспи Дж.Дж., Собрал Б.В., Нордберг Е.К., Снайдер Э.Э., Шаллом Дж.М. и др. (май 2010 г.). «Филогения гаммапротеобактерий» . Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–2314. дои : 10.1128/JB.01480-09 . ПМЦ   2863478 . ПМИД   20207755 .
  25. ^ «Интерактивное Древо Жизни» . Гейдельберг, Германия: Европейская лаборатория молекулярной биологии . Архивировано из оригинала 23 февраля 2022 г. Проверено 23 февраля 2022 г.
  26. ^ «Проект «Всевидовое живое дерево» (LTP)» . Проверено 23 февраля 2021 г.
  27. ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 23 февраля 2021 г.
  28. ^ «Примечания к выпуску LTP_12_2021» (PDF) . Проверено 23 февраля 2021 г.
  29. ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  30. ^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  31. ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  32. ^ Силхави Т.Дж., Кане Д., Уокер С. (1 мая 2010 г.). «Оболочка бактериальной клетки» . Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии . 2 (5): а000414. doi : 10.1101/cshperspect.a000414 . ISSN   1943-0264 . ПМЦ   2857177 . ПМИД   20452953 .
  33. ^ Jump up to: а б с «Псевдомонадота Гаррити и др., 2021» . www.gbif.org . Проверено 18 апреля 2024 г.
  34. ^ Jump up to: а б Келли Д.П., Вуд А.П. (2014), Розенберг Э., Делонг Э.Ф., Лори С., Стакебрандт Э. (ред.), «Семейство Acidithiobacillaceae» , «Прокариоты: гаммапротеобактерии » , Берлин, Гейдельберг: Springer, стр. 15–25, doi : 10.1007/978-3-642-38922-1_250 , ISBN  978-3-642-38922-1 , получено 18 апреля 2024 г.
  35. ^ Jump up to: а б Bandopadhyay S, Shade A (2024), «Почвенные бактерии и археи» , Почвенная микробиология, экология и биохимия , Elsevier, стр. 41–74, doi : 10.1016/b978-0-12-822941-5.00003-x , ISBN  978-0-12-822941-5 , получено 18 апреля 2024 г.
  36. ^ Роджер А.Дж., Муньос-Гомес С.А., Камикава Р. (ноябрь 2017 г.). «Происхождение и разнообразие митохондрий» . Современная биология . 27 (21): Р1177–Р1192. Бибкод : 2017CBio...27R1177R . дои : 10.1016/j.cub.2017.09.015 . ISSN   0960-9822 . ПМИД   29112874 .
  37. ^ Коэнье Т. (2014), Розенберг Э., Делонг Э.Ф., Лори С., Стакебрандт Э. (ред.), «Семейство Burkholderiaceae» , Прокариоты: альфапротеобактерии и бетапротеобактерии , Берлин, Гейдельберг: Springer, стр. 759–776, doi : 10.1007 . /978-3-642-30197-1_239 , ISBN  978-3-642-30197-1 , получено 18 апреля 2024 г.
  38. ^ Вакаи С., Масанари М., Икеда Т., Ямагути Н., Уэсима С., Ватанабэ К. и др. (апрель 2013 г.). «Окислительное фосфорилирование у термофильного факультативного хемоавтотрофа Hydrogenophilus thermoluteolus, живущего преимущественно в геотермальных нишах» . Отчеты по экологической микробиологии . 5 (2): 235–242. Бибкод : 2013EnvMR...5..235W . дои : 10.1111/1758-2229.12005 . ISSN   1758-2229 . ПМИД   23584967 .
  39. ^ Орлигссон Дж., Кристьянссон Дж.К. (2014), Розенберг Э., Делонг Э.Ф., Лори С., Стакебрандт Э. (ред.), «Семейство Hydrogenophilaceae» , Прокариоты: альфапротеобактерии и бетапротеобактерии , Берлин, Гейдельберг: Springer, стр. 859–868, дои : 10.1007/978-3-642-30197-1_244 , ISBN  978-3-642-30197-1 , получено 18 апреля 2024 г.
  40. ^ Макаллистер С.М., Мур Р.М., Гартман А., Лютер Г.В., Эмерсон Д., Чан К.С. (2019). «Fe(II)-окисляющие зетапротеобактерии : исторические, экологические и геномные перспективы» . ФЭМС Микробиология Экология . 95 (4). дои : 10.1093/femsec/fiz015 . ПМК   6443915 . ПМИД   30715272 . Проверено 18 апреля 2024 г.
  41. ^ Морейра А.П., Мейреллес П.М., Томпсон Ф. (2014), Розенберг Э., Делонг Э.Ф., Лори С., Стакебрандт Э. (ред.), «Семейство Mariprofundaceae» , Прокариоты: Deltaproteobacteria и Epsilonproteobacteria , Берлин, Гейдельберг: Springer, стр. 403 –413, номер домена : 10.1007/978-3-642-39044-9_378 , ISBN  978-3-642-39044-9 , получено 18 апреля 2024 г.
  42. ^ Джонстон С., Мартин Б., Фичант Г., Полард П., Клаверис Дж. П. (март 2014 г.). «Бактериальная трансформация: распространение, общие механизмы и дивергентный контроль». Обзоры природы. Микробиология . 12 (3): 181–196. дои : 10.1038/nrmicro3199 . ПМИД   24509783 . S2CID   23559881 .
  43. ^ Джонсборг О., Эльдхольм В., Ховарштайн Л.С. (декабрь 2007 г.). «Естественная генетическая трансформация: распространенность, механизмы и функции» . Исследования в области микробиологии . 158 (10): 767–778. дои : 10.1016/j.resmic.2007.09.004 . ПМИД   17997281 .
  44. ^ Jump up to: а б Мишод Р.Э., Бернштейн Х., Недельку А.М. (май 2008 г.). «Адаптационное значение пола у микробных патогенов». Инфекция, генетика и эволюция . 8 (3): 267–285. дои : 10.1016/j.meegid.2008.01.002 . ПМИД   18295550 .
  45. ^ Jump up to: а б Леан И, де Карвалью Т.Б., Энрикеш В., Феррейра К., Сампайо-Майя Б., Манайя К.М. (февраль 2023 г.). «Псевдомонадота в полости рта: взгляд на связь между окружающей средой и человеком» . Прикладная микробиология и биотехнология . 107 (2–3): 517–534. дои : 10.1007/s00253-022-12333-y . ПМЦ   9842593 . PMID   36567346 .
  46. ^ Уильямс КП, Келли ДП (август 2013 г.). «Предложение о новом классе внутри типа Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., с типовым порядком Acidithiobacillales, и исправленное описание класса Gammaproteobacteria». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (Часть 8): 2901–2906. дои : 10.1099/ijs.0.049270-0 . ПМИД   23334881 .
  47. ^ Jump up to: а б Боден Р., Хатт Л.П., Рэй А.В. (май 2017 г.). «Реклассификация Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) в Annwoodia aquaesulis gen. nov.,comb. nov., перевод Thiobacillus (Beijerinck, 1904) из Hydrogenophilales в Nitrosomonadales, предложение класса Hydrogenophilalia nov. в рамках ' Proteobacteria» и четыре новых семейства в отрядах Nitrosomonadales и Rhodocyclales». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 67 (5): 1191–1205. дои : 10.1099/ijsem.0.001927 . hdl : 10026.1/8740 . ПМИД   28581923 .
  48. ^ Эмерсон Д., Рентц Дж.А., Лилберн Т.Г., Дэвис Р.Э., Олдрич Х., Чан С. и др. (август 2007 г.). «Новая линия протеобактерий, участвующих в формировании морских сообществ Fe-окисляющих микробных матов» . ПЛОС ОДИН . 2 (7): е667. Бибкод : 2007PLoSO...2..667E . дои : 10.1371/journal.pone.0000667 . ЧВК   1930151 . ПМИД   17668050 .
  49. ^ Гарсиа-Серкен А.Л., Чумбе-Ноласко Л.Д., Наваррете А.А., Хирон-Агилар Р.С., Гутьеррес-Рейносо Д.Л. (17 февраля 2024 г.). «Традиционные системы обработки картофеля в Перуанских Андах влияют на бактериальное разнообразие, однородность, состав сообщества и функции почвенных микробиомов» . Научные отчеты . 14 (1): 3963. Бибкод : 2024НатСР..14.3963Г . дои : 10.1038/s41598-024-54652-2 . ISSN   2045-2322 . ПМЦ   10874408 . PMID   38368478 .
  50. ^ Михаил С., Лин М., Фрей М.Р., Фантер Р., Палий О., Хилбуш Б. и др. (февраль 2015 г.). «Измененная микробная энергия и метаболизм кишечника у детей с неалкогольной жировой болезнью печени» . ФЭМС Микробиология Экология . 91 (2): 1–9. дои : 10.1093/femsec/fiu002 . ПМЦ   4358749 . ПМИД   25764541 .
  51. ^ Jump up to: а б с Цзя Г, Чжи А, Лай ПФ, Ван Г, Ся Ю, Сюн З и др. (март 2018 г.). «Микробиота полости рта – механистическая роль системных заболеваний» . Британский стоматологический журнал . 224 (6): 447–455. дои : 10.1038/sj.bdj.2018.217 . ПМИД   29569607 .
  52. ^ Jump up to: а б с д Гарсиа-Серкен А.Л., Чумбе-Ноласко Л.Д., Наваррете А.А., Хирон-Агилар Р.С., Гутьеррес-Рейносо Д.Л. (17 февраля 2024 г.). «Традиционные системы обработки картофеля в Перуанских Андах влияют на бактериальное разнообразие, однородность, состав сообщества и функции почвенных микробиомов» . Научные отчеты . 14 (1): 3963. Бибкод : 2024НатСР..14.3963Г . дои : 10.1038/s41598-024-54652-2 . ISSN   2045-2322 . ПМЦ   10874408 . PMID   38368478 .
  53. ^ Хартман К., Шмид М.В., Боденхаузен Н., Бендер С.Ф., Валцано-Хельд А.Ю., Шлеппи К. и др. (31 июля 2023 г.). «Симбиотический след в микробиоме корня растения» . Экологический микробиом . 18 (1): 65. Бибкод : 2023EMicb..18...65H . дои : 10.1186/s40793-023-00521-w . ISSN   2524-6372 . ПМК   10391997 . ПМИД   37525294 .
  54. ^ Мозумдар Л., Мозумдар Л. (2012). «Производительность сельского хозяйства и продовольственная безопасность в развивающихся странах» . Бангладешский журнал экономики сельского хозяйства . 35 . doi : 10.22004/AG.ECON.196764 .
  55. ^ Босекер К. (июль 1997 г.). «Биолечение: солюбилизация металлов микроорганизмами». Обзоры микробиологии FEMS . 20 (3–4): 591–604. дои : 10.1111/j.1574-6976.1997.tb00340.x .
  56. ^ Jump up to: а б с д и Гупта А., Гупта Р., Сингх Р.Л. (2017), Сингх Р.Л. (редактор), «Микробы и окружающая среда», Принципы и применение экологической биотехнологии для устойчивого будущего , Сингапур: Springer Singapore: 43–84, doi : 10.1007/978 -981-10-1866-4_3 , ISBN  978-981-10-1865-7 , ПМЦ   7189961
  57. ^ Jump up to: а б Мапелли Ф., Менгони А., Рива В., Борин С. (январь 2023 г.). «Культивирование бактерий имеет решающее значение для стимулирования устойчивого сельского хозяйства» . Тенденции в микробиологии . 31 (1): 1–4. дои : 10.1016/j.tim.2022.10.005 . hdl : 2434/945499 .
[ редактировать ]
Wikispecies содержит информацию, связанную с Pseudomonadota .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Pseudomonadota&oldid=1233339228"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 081ee88cc10be6e6fff5ef665d2ee1f0__1720440600
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/08/f0/081ee88cc10be6e6fff5ef665d2ee1f0.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Pseudomonadota - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)