Актиномицетота
| Актиномицетота | |
|---|---|
 | |
| Сканирующая электронная микрофотография Actinomyces israelii . | |
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Клэйд : | Террабактерии |
| Тип: | Актиномицетота Гудфеллоу 2021 [1] |
| Типовой род | |
| Актиномицеты Гарц 1877 г. (утвержденные списки 1980 г.) | |
| Классы [2] | |
| Синонимы | |
| |
Actinomycetota Actinobacteria (или ) представляют собой разнообразный тип грамположительных бактерий с высоким содержанием GC . [4] Они могут быть наземными или водными . [5] Они имеют большое значение для наземной флоры из-за их вклада в почвенные системы. В почве они помогают разлагать органические вещества могли заново поглощать молекулы мертвых организмов, чтобы растения . Хотя эту роль также играют грибы , Actinomycetota гораздо меньше и, вероятно, не занимают ту же экологическую нишу . В этой роли колонии часто выращивают обширный мицелий , как это делают грибы, и название важного отряда этого типа, Actinomycetales (актиномицеты), отражает то, что долгое время считалось, что они являются грибами. Некоторые почвенные актиномицеты (такие как Frankia ) живут в симбиозе с растениями, корни которых пронизывают почву, фиксируя азот для растений в обмен на доступ к некоторым растительным сахаридам . Другие виды, такие как многие представители рода Mycobacterium , являются важными патогенами .
Помимо большого интереса к Actinomycetota из-за их роли в почве, о них еще многое предстоит узнать. Хотя в настоящее время их понимают главным образом как почвенные бактерии, они могут быть более распространены в пресных водах. [6] Actinomycetota является одним из доминирующих типов бактерий и содержит один из крупнейших родов бактерий, Streptomyces . [7] Streptomyces и другие актиномицеты вносят основной вклад в биологическую буферность почв. [8] Они также являются источником многих антибиотиков . [9] [10]
Род Actinomycetota Bifidobacterium является наиболее распространенной бактерией в микробиоме младенцев. [11] Хотя у взрослых меньше бифидобактерий, кишечные бифидобактерии помогают поддерживать барьер слизистой оболочки и снижать содержание липополисахаридов в кишечнике. [12]
Хотя некоторые из самых крупных и сложных бактериальных клеток принадлежат Actinomycetota, группа морских Actinomarinales была описана как обладающая наименьшими свободноживущими прокариотическими клетками. [13]
Некоторые сибирские или антарктические актиномицеты считаются старейшими живыми организмами на Земле, замороженными в вечной мерзлоте около полумиллиона лет назад. [14] [15] Признаки жизни были обнаружены по выбросу CO 2 из образцов вечной мерзлоты возрастом 640 тысяч лет назад или моложе. [16]
Общий
[ редактировать ]Большинство Actinomycetota, имеющих медицинское или экономическое значение, относятся к классу Actinomycetia и принадлежат к порядку Actinomycetales . Хотя многие из них вызывают заболевания у людей, Streptomyces известны как источник антибиотиков . [10]
Из тех Actinomycetota, которые не входят в состав Actinomycetales, Gardnerella является одной из наиболее изученных. Классификация гарднереллы противоречива, и MeSH классифицирует ее как как грамположительный, так и грамотрицательный организм. [17]
Actinomycetota, особенно виды Streptomyces , признаны продуцентами многих биологически активных метаболитов, полезных для человека в медицине, таких как антибактериальные средства, [18] противогрибковые средства, [19] противовирусные средства, антитромботические средства, иммуномодификаторы, противоопухолевые препараты и ингибиторы ферментов; и в сельском хозяйстве, включая инсектициды, гербициды, фунгициды и вещества, стимулирующие рост растений и животных. [20] К антибиотикам актиномицетота, имеющим важное значение в медицине, относятся аминогликозиды, антрациклины, хлорамфеникол, макролиды, тетрациклины и др. [ нужна ссылка ]
Actinomycetota имеют высокое содержание гуанина и цитозина в ДНК . [21] Содержание G+C в Actinomycetota может достигать 70%, хотя некоторые из них могут иметь низкое содержание G+C. [22]
Анализ последовательности глутаминсинтетазы был предложен для филогенетического анализа Actinomycetota. [23]
Филогения
[ редактировать ]| Полногеномная филогения [24] | на основе 16S рРНК ДП _12_2021 г. [25] [26] [27] | ГТДБ 08-RS214 [28] [29] [30] | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Таксономия
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [2] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). [31]
- Класс « Syntropaliphaticia » корриг. Лю и др. 2020 год
- Класс « Аквакультура » Цзяо и др. 2021 год
- Класс « Geothermincolia » Jiao et al. 2021 год
- Класс « Гумимикробия » Jiao et al. 2021 год
- Класс Ацидимикробия Норриса 2013 г.
- Класс Actinomycetia (Stackebrandt et al. 1997) Salam et al. 2020 ( Нитрилируптория Людвиг и др. 2013 )
- Подкласс Actinobacteridae Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997
- Подкласс Nitriliruptoridae Kurahashi et al. 2010 год
- Класс Coriobacteriia König 2013
- Класс Рубробактерии Сузуки
- Класс термолеофилии Suzuki и Whitman 2013 г.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 . S2CID 239887308 .
- ^ Перейти обратно: а б Эузеби Ж.П., Парте AC. « Актинобактерии » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). Архивировано из оригинала 6 мая 2021 года . Проверено 7 июня 2021 г.
- ^ Гудфеллоу М (2012). «Тип XXVI. Actinobacteria phyl. nov.». В Гудфеллоу М., Кемпфер П., Трухильо М.Э., Сузуки К., Людвиг В., Уитмен В.Б. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 5 (2-е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер. стр. 33–34.
- ^ Гао Б., Гупта Р.С. (март 2012 г.). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки основных клад типа Actinobacteria» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. дои : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПМЦ 3294427 . ПМИД 22390973 .
- ^ Сервин Дж.А., Гербольд К.В., Скопхаммер Р.Г., Лейк Дж.А. (январь 2008 г.). «Доказательства исключения корня древа жизни из актинобактерий» . Мол. Биол. Эвол . 25 (1): 1–4. дои : 10.1093/molbev/msm249 . ПМИД 18003601 .
- ^ Гай Р., Родригес-Валера Ф., МакМахон К.Д., Тояма Д., Ринке Р., Кристина Соуза де Оливейра Т. и др. (2011). Лопес-Гарсия П. (ред.). «Метагеномика водной толщи нетронутого верхнего течения реки Амазонки» . ПЛОС ОДИН . 6 (8): e23785. Бибкод : 2011PLoSO...623785G . дои : 10.1371/journal.pone.0023785 . ПМК 3158796 . ПМИД 21915244 .
- ^ Хоган CM (2010). «Бактерии» . В Драггане С., Кливленде CJ (ред.). Энциклопедия Земли . Вашингтон, округ Колумбия: Национальный совет по науке и окружающей среде. Архивировано из оригинала 11 мая 2011 г.
- ^ Нинтхуджам Д.С., Санасам С., Тамрейхао К., Нимаичанд С. (ноябрь 2009 г.). «Антагонистическая активность местных изолятов актиномицетов против возбудителей рисовых грибов». Африканский журнал микробиологических исследований . 3 (11): 737–742.
- ^ Дональд, Лавиния; Пипит, Атанас; Субрамани, Рамеш; Оуэн, Джереми; Кейзерс, Роберт А.; Тауфа, Тайтуси (2022). «Streptomyces: по-прежнему крупнейший производитель новых природных вторичных метаболитов, современная перспектива» . Микробиологические исследования . 13 (3): 418–465. doi : 10.3390/microbiolres13030031 . ISSN 2036-7481 .
- ^ Перейти обратно: а б ПРОКОПИО, Руди Эмерсон де Лима; СИЛЬВА, Ингрид Рейс да; МАРТИНС, Майра Кассавара; Азеведо, Жоау Лусиу де; Араужо, Джанете Магали де (2012). «Антибиотики, производимые Streptomyces» . Бразильский журнал инфекционных заболеваний . 16 (5): 466–471. дои : 10.1016/j.bjid.2012.08.014 . ISSN 1678-4391 . ПМИД 22975171 .
- ^ Туррони Ф, Пеано К, Пасс Д.А., Форони Э, Севергнини М, Клаессон МДж, Керр К, Хурихан Дж, Мюррей Д, Фулиньи Ф, Гемонд М, Марголь А, Де Беллис Дж, О'Тул ПВ, ван Синдерен Д, Маркези Младший, Вентура М (11 мая 2012 г.). «Разнообразие бифидобактерий в микробиоте кишечника ребенка» . ПЛОС ОДИН . 7 (5): e36957. Бибкод : 2012PLoSO...736957T . дои : 10.1371/journal.pone.0036957 . ПМЦ 3350489 . ПМИД 22606315 .
- ^ Пинцоне М.Р., Селесия Б.М., Ди Роза М., Какопардо Б., Нуннари Г. (2012). «Микробная транслокация при хронических заболеваниях печени» . Международный журнал микробиологии . 2012 : 694629. doi : 10.1155/2012/694629 . ПМЦ 3405644 . ПМИД 22848224 .
- ^ Гай Р., Мизуно СМ, Пикасо А., Камачо А., Родригес-Валера Ф (2013). «Метагеномика открывает новую группу низкоGC и сверхмелких морских актинобактерий» . Научные отчеты . 3 : 2471. Бибкод : 2013NatSR...3E2471G . дои : 10.1038/srep02471 . ПМЦ 3747508 . ПМИД 23959135 .
- ^ Образец I (2 мая 2010 г.). «Самые старые живые организмы: древние выжившие с хрупким будущим» . Хранитель . Архивировано из оригинала 02 марта 2013 г.
- ^ Хэнсон Дж. «Самое старое живое существо в мире» . Быть умным — это нормально . Архивировано из оригинала 13 июля 2018 г. Проверено 13 июля 2018 г.
- ^ Джонсон С.С., Хебсгаард М.Б., Кристенсен Т.Р., Мастепанов М., Нильсен Р., Мунк К. и др. (сентябрь 2007 г.). «Древние бактерии демонстрируют доказательства восстановления ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (36): 14401–14405. Бибкод : 2007PNAS..10414401J . дои : 10.1073/pnas.0706787104 . ЧВК 1958816 . ПМИД 17728401 .
- ^ Гарднерелла в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH).
- ^ Махаджан ГБ (2012). «Антибактериальные средства из актиномицетов – обзор». Границы бионауки . 4 : 240–53. дои : 10.2741/e373 .
- ^ Гупте М., Кулкарни П., Гангули Б.Н. (январь 2002 г.). «Противогрибковые антибиотики». Прикладная микробиология и биотехнология . 58 (1): 46–57. дои : 10.1007/s002530100822 . ПМИД 11831475 . S2CID 8015426 .
- ^ Брессан В. (2003). «Биологическая борьба с патогенными грибами семян кукурузы с помощью актиномицетов». Биоконтроль . 48 (2): 233–240. дои : 10.1023/а:1022673226324 . S2CID 29320215 .
- ^ Вентура М., Канчая С., Тауч А., Чандра Г., Фицджеральд Г.Ф., Чейтер К.Ф., ван Синдерен Д. (сентябрь 2007 г.). «Геномика актинобактерий: прослеживание эволюционной истории древнего типа» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 71 (3): 495–548. дои : 10.1128/MMBR.00005-07 . hdl : 11381/1721088 . ПМК 2168647 . ПМИД 17804669 .
- ^ Гай Р., МакМахон К.Д., Родригес-Валера Ф. (февраль 2012 г.). «Нарушение парадигмы: космополитические и многочисленные пресноводные актинобактерии имеют низкий GC». Отчеты по экологической микробиологии . 4 (1): 29–35. Бибкод : 2012EnvMR...4...29G . дои : 10.1111/j.1758-2229.2011.00274.x . ПМИД 23757226 .
- ^ Хейворд Д., Ван Хелден П.Д., Виид И.Дж. (2009). «Эволюция последовательности глутаминсинтетазы в микобактериях и их использование в качестве молекулярных маркеров видообразования Actinomycetota» . БМК Эвол. Биол . 9:48 . дои : 10.1186/1471-2148-9-48 . ПМК 2667176 . ПМИД 19245690 .
- ^ Нуиуи И, Карро Л., Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Дж.П., Войк Т., Кирпидес Н.К., Пукалл Р., Кленк Х.П., Гудфеллоу М., Маркус Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация рода актинобактерий » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМК 6113628 . ПМИД 30186281 .
- ^ «ЛТП» . Архивировано из оригинала 14 июня 2021 года . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Архивировано из оригинала 28 февраля 2022 года . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_12_2021» (PDF) . Архивировано (PDF) из оригинала 28 февраля 2022 года . Проверено 23 февраля 2021 г.
- ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Архивировано из оригинала 26 октября 2022 года . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Архивировано из оригинала 16 мая 2023 года . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Архивировано из оригинала 1 ноября 2021 года . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ Шох К.Л., Чуфо С., Домрачев М., Хоттон К.Л., Каннан С., Хованская Р. и др. «Актинобактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Архивировано из оригинала 17 апреля 2021 г. Проверено 20 марта 2021 г.
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Бальц Р.Х. (2005). «Открытие антибиотиков из актиномицетов: последует ли за упадком и падением ренессанс?» Новости SIM . 55 : 186–196.
- Бальц Р.Х. (2007). «Противомикробные препараты из актиномицетов: назад в будущее» . Микроб . 2 (3): 125–131. Архивировано из оригинала 31 декабря 2013 г.
- Панди Б., Гимире П., Агравал В.П. (12–15 января 2004 г.). Исследования антибактериальной активности актиномицетов, выделенных из региона Кхумбу в Непале (PDF) . Международная конференция по Великим Гималаям: климат, здоровье, экология, управление и охрана. Катманду. Архивировано из оригинала (PDF) 10 августа 2013 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]