Нитроспинота
| Нитроспинота | |
|---|---|
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| (без рейтинга): | Группа Тектомикробия |
| Тип: | Нитроспинота Люкер и др. 2021 год [1] |
| Классы [2] | |
| |
| Синонимы | |
| |
Нитроспинота — тип бактерий. Несмотря на то, что описано лишь несколько видов, представители этого типа являются основными нитрит-окисляющими бактериями в поверхностных водах океана. Окисляя нитриты в нитраты, они играют важную роль в процессе нитрификации в морской среде. [3]
Хотя род Nitrospina является аэробной бактерией, было показано, что он окисляет нитрит также в зоне минимума кислорода океана. Истощение кислорода в таких зонах приводит к предпочтению анаэробных процессов, таких как денитрификация и потеря азота через анаммокс . Таким образом, Nitrospina перевешивает потери азота в результате нитрификации даже в этих зонах с обеднением кислородом. [4] [5]
Среди культивируемых изолятов рода Nitrospina выделяют Nitrospina gracilis. [6] [3] и Nitrospina watsonii . [7] Дальнейшие геномы были разделены путем независимого от культуры объединения метагеномов . [5] Однако два вида Nitrospina отдаленно связаны с широко распространенной в окружающей среде некультивируемой Nitrospinota. [8] Два других штамма культивировались в 2020 году каждый в бинарной культуре с альфапротеобактериальным гетеротрофом . Их называют Candidatus Nitrohelix vancouverensis и Candidatus Nitronauta Litoralis . « Nitrohelix vancouverensis » тесно связан с некультивируемыми, широко распространенными в окружающей среде кладами Nitrospinota 1 и 2. [8]
Таксономия
[ редактировать ]| Филогения нитроспиноты [9] [10] [11] | |||||||||||||||
|
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [12] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) [13]
Тип Nitrospinota Lücker et al. 2021 год
- Класс «Nitrospinia» Lücker et al. 2013 год
- Заказ «Нитроспиналес» Lücker et al. 2013 год
- Семейство Nitrospinaceae Гаррити, Белл и Лилберн, 2006 г.
- Род « Candidatus Nitrohelix » Mueller et al. 2021 год
- « Ca. N. vancouverensis » Mueller et al. 2021 год
- Род « Candida Nitromaritima » Ngugi et al. 2016 год
- Род « Candidatus Nitronauta » Mueller et al. 2021 год
- « Ca.N.litoralis » Mueller et al. 2021 год
- Род Nitrospina Watson & Waterbury 1971.
- Н. gracilis Уотсон и Уотербери, 1971 г.
- « N. watsonii » Spieck et al. 2014 год
- Род « Candidatus Nitrohelix » Mueller et al. 2021 год
- Семейство Nitrospinaceae Гаррити, Белл и Лилберн, 2006 г.
- Заказ «Нитроспиналес» Lücker et al. 2013 год
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД 34694987 . S2CID 239887308 .
- ^ «Нитроспина» . Глобальный информационный фонд по биоразнообразию . Проверено 5 сентября 2021 г.
- ^ Jump up to: а б Люкер С., Новка Б., Раттей Т., Шпик Э., Даймс Х. (2013). «Геном Nitrospina gracilis освещает метаболизм и эволюцию основного морского окислителя нитрита» . Границы микробиологии . 4 : 27. doi : 10.3389/fmicb.2013.00027 . ПМК 3578206 . ПМИД 23439773 .
- ^ Беман Дж. М., Лейлей Ши Дж., Попп Б. Н. (ноябрь 2013 г.). «Окисление нитритов в верхней толще воды и зоне минимума кислорода восточной тропической части северной части Тихого океана» . Журнал ISME . 7 (11): 2192–205. дои : 10.1038/ismej.2013.96 . ПМЦ 3806268 . ПМИД 23804152 .
- ^ Jump up to: а б Сан X, Коп Л.Ф., Лау MC, Фрэнк Дж., Джаякумар А., Люкер С., Уорд Б.Б. (октябрь 2019 г.). «Некультивируемые виды, подобные Nitrospina, являются основными нитритокисляющими бактериями в зонах минимума кислорода» . Журнал ISME . 13 (10): 2391–2402. дои : 10.1038/s41396-019-0443-7 . ПМК 6776041 . ПМИД 31118472 .
- ^ Уотсон, Стэнли В.; Уотербери, Джон Б. (1971). «Характеристики двух морских нитритокисляющих бактерий: Nitrospina gracilis nov. gen. nov. sp. и Nitrococcus mobilis nov. gen. nov. sp» . Архив микробиологии . 77 (3): 203–230. дои : 10.1007/bf00408114 . ISSN 0302-8933 . S2CID 35169111 .
- ^ Шпик, Ева; Койтер, Сабина; Венцель, Тило; Бок, Эберхард; Людвиг, Вольфганг (май 2014 г.). «Характеристика новой морской нитритокисляющей бактерии Nitrospina watsonii sp. nov., члена недавно предложенного типа «Nitrospinae» » . Систематическая и прикладная микробиология . 37 (3): 170–176. дои : 10.1016/j.syapm.2013.12.005 . ISSN 0723-2020 . ПМИД 24581679 .
- ^ Jump up to: а б Мюллер, Анна Дж.; Юнг, Человек-Янг; Страчан, Кэмерон Р.; Гербольд, Крейг В.; Киркегор, Расмус Х.; Вагнер, Майкл; Даймс, Хольгер (март 2021 г.). «Геномный и кинетический анализ новых Nitrospinae, обогащенных сортировкой клеток» . Журнал ISME . 15 (3): 732–745. дои : 10.1038/s41396-020-00809-6 . ISSN 1751-7362 . ПМЦ 8026999 . ПМИД 33067588 .
- ^ «Выпуск GTDB 07-RS207» . База данных таксономии генома . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ "ar53_r207.sp_label" . База данных таксономии генома . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ «История таксонов» . База данных таксономии генома . Проверено 20 июня 2022 г.
- ^ Ж. П. Эзеби. « Нитроспина » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 17 ноября 2020 г.
- ^ . Сэйерс; и др. «Нитроспина» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 17 ноября 2020 г.