Ризобий

Ризобий
	Rhizobium tropici на чашке с агаром (агар с триптоном и дрожжевым экстрактом).
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Псевдомонадота
Сорт:	Альфапротеобактерии
Заказ:	Гифомикробиалы
Семья:	Ризобиевые
Род:	Ризобий ; Фрэнк 1889 г. (Утвержденные списки 1980 г.)
Типовой вид
	Ризобиум легуминозарум ; (Фрэнк, 1879 г.) Фрэнк, 1889 г. (Утвержденные списки, 1980 г.)
Разновидность
	Посмотреть текст

Ризобиумы — род грамотрицательных , почвенных бактерий фиксирующих азот . Виды Rhizobium образуют эндосимбиотическую азотфиксирующую ассоциацию с корнями (в первую очередь) бобовых и других цветковых растений.

Бактерии колонизируют растительные клетки, образуя корневые клубеньки , где они преобразуют атмосферный азот в аммиак с помощью фермента нитрогеназы . Аммиак передается растению-хозяину в виде органических азотистых соединений, таких как глутамин или уреиды . ^[3] Растение, в свою очередь, снабжает бактерии органическими соединениями, образующимися в результате фотосинтеза . Эти взаимовыгодные отношения справедливы для всех ризобий которых является род Rhizobium . , типичным примером ^[4] Ризобиум также способен растворять фосфат. ^[5]

История

Мартинус Бейеринк был первым, кто выделил и культивировал микроорганизм из клубеньков бобовых в 1888 году. ^[6] Он назвал его Bacillus radicicola , который теперь помещен в «Руководстве Берджи по детерминативной бактериологии» под родом Rhizobium .

Исследовать

Ризобиум вступает в симбиотические отношения с некоторыми растениями, такими как бобовые, фиксируя азот из воздуха в аммиак , который действует как естественное удобрение для растений. Служба сельскохозяйственных исследований проводит исследования, включающие генетическое картирование различных видов ризобий с соответствующими видами симбиотических растений, такими как люцерна или соя. Целью исследования является повышение продуктивности растений без использования удобрений. ^[7]

В молекулярной биологии Rhizobium был идентифицирован как загрязнитель реагентов наборов для экстракции ДНК и систем сверхчистой воды, что может привести к его ошибочному появлению в наборах микробиоты или метагеномных данных. ^[8] Присутствие азотфиксирующих бактерий в качестве загрязняющих веществ может быть связано с использованием газообразного азота при производстве сверхчистой воды для подавления роста микробов в резервуарах для хранения. ^[9]

Разновидность

Род Rhizobium включает следующие виды: ^[10]

Rhizobium acidisoli Роман-Понсе и др . 2016 год
Rhizobium aegyptiacum Shamseldin et al . 2016 год
Rhizobium aethiopicum Aserse et al . 2017 год
Rhizobium alamii Berge et al . 2009 год
« Альбом ризобия » Ханг и др . 2019 год
« Rizobium albus » Li et al . 2017 год
Rhizobium altiplani Baraúna et al . 2016 год
Rhizobium alvei Sheu et al . 2015 год
Rhizobium anhuiense Zhang et al . 2015 год
Rhizobium aquaticum Máthé и др . 2019 год
« Rizobium arachis » Wang et al. 2001 г.
Rhizobium areae Zhang et al . 2017 год ^{[Примечание 1]}
Rhizobium arsenicreducens Mohapatra et al . 2020 год
Rhizobium azooxydifex Behrendt et al . 2016 год
Rhizobium Bangladeshense Rashid et al . 2015 год
Rhizobium binae Рашид и др . 2015 год
Rhizobium calliandrae Rincón-Rosales et al . 2013 год
Rhizobium capsici Lin et al . 2015 год
Rhizobium cauense Liu et al . 2015 год
Rhizobium cellulolyticum García-Fraile et al . 2007 год ^{[Примечание 2]}
Rhizobium changzhiense Чжан и др . 2021 г.
Rhizobium chutanense Huo et al . 2019 год
« Ризобиевый крем » Yang et al. 2022 год
« Rhizobium croatiense » Rajnovic et al. 2022 год
« Ризобиум пустынный » Лю и др . 2020 год ^{[Примечание 2]}
Rhizobium dioscoreae Ouyabe et al . 2020 год
Rhizobium ecuadorense Ribeiro et al . 2015 год
Rhizobium endphyticum Лопес-Лопес и др . 2010 год
Rhizobium esperanzae Cordeiro et al . 2017 год
Rhizobium etli Segovia et al . 1993 год
Rhizobium favelukesii Torres Tejerizo et al . 2016 год
« Rhizobium flavescens » Su et al . 2021 год
Rhizobium freirei Dall'Agnol et al . 2013 год
Rhizobium Gallicum Amarger et al . 1997 год
Rhizobium gei Shi et al . 2016 год
« Rizobium glicinendophyticum » Wang et al . 2020 год ^{[Примечание 3]}
Rhizobium grahamii López-López et al . 2011 г.
Rhizobium hainanense Chen et al . 1997 год
Rhizobium halophytocola Bibi et al . 2012 год
« Rizobium halotolerans » Дианж и Ли, 2013 г. ^[11]
« Rizobium hedysari » Casella et al. 1986 год
« Rizobium hedysari » Сюй и др . 2017 год
« Rizobium hedysarum » Casella et al. 1984 г.
Rhizobium helianthi Wei et al . 2015 год
Rhizobium hidalgonense Yan et al . 2020 год
« Rizobium indicum » Rahi et al . 2020 год
Rhizobium indigoferae Wei et al . 2002 г.
Rhizobium jaguaris Rincón-Rosales et al . 2013 год
« Rhizobium kunmingense » Shen et al . 2010 год
Rhizobium laguerrea Saïdi et al . 2014 год
Rhizobium leguminosarum (Фрэнк, 1879 г.) Франк, 1889 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
Rhizobium Lemnae Kittiwongwattana & Thawai 2014 г.
Rhizobium lentis Рашид и др . 2015 год
Rhizobium leucaenae Ribeiro et al . 2011 г.
Rhizobium lusitanum Valverde et al . 2006 г.
« Candidatus Rhizobium Massiliense » Greub et al . 2004.
Rhizobium mayense Rincón-Rosales et al . 2013 год
Rhizobium mesoamericanum Лопес-Лопес и др . 2011 г.
Rhizobium mesosinicum Lin et al . 2009 год
Rhizobium metallidurans Grison et al . 2015 год
Rhizobium miluonense Gu et al . 2008 год
Rhizobium mongolense van Berkum et al . 1998 год
Rhizobium multihost Han et al . 2008 год
Rhizobium oryzicola Zhang et al . 2015 год
« Rizobium oryzihabitans » Чжао и др . 2020 год
Rhizobium pakistanense corrig. Халид и др . 2015 год ^{[Примечание 2]}
« Rizobium panacihumi » Канг и др . 2019 год
Rhizobium paranaense Dall'Agnol et al . 2014 год
Rhizobiumphaseoli Dangeard 1926 (утвержденные списки 1980 г.)
« Rizobium phenanthrenilyticum » Wen et al . 2011 г.
Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al . 2008 год
« Rhizobium pongamiae » Кесари и др . 2013 год ^[12]
Rhizobium populi Rozahon et al . 2014 год
« Rhizobium populisoli » Shen et al. 2021 год
Rhizobium puerariae Boonsnongcheep et al . 2016 год
« Rizobium qilianshanense » Сюй и др . 2013 год ^[13]
« Ризобиевый дуб » Wang et al. 2022 год
« Rizobium redzepovicii » Rajnovic et al. 2022 год
Rhizobium rhizogenes (Riker et al ., 1930) Young et al . 2001 г.
« Rhizobium rhizolycopersici » Thin et al . 2021 год
Rhizobium rhizoryzae Zhang et al . 2014 год
Rhizobium ruizarguesonis Jorrin et al . 2020 год
Rhizobium smilacinae Zhang et al . 2014 год ^{[Примечание 2]}
Rhizobium soli Yoon et al . 2010 год
Rhizobium sophorae Jiao et al . 2014 год
Rhizobium sophoriradicis Jiao et al . 2014 год
Rhizobium Straminorrizae Lin et al . 2014 год
Rhizobium sullae Squartini et al . 2002 г.
« Rizobium terrae » Руан и др . 2020 год
Rhizobium tibeticum Hou et al . 2009 год
Rhizobium tropici Martínez-Romero et al . 1991 год
Rhizobium Tubenense Zhang et al . 2011 г.
Rhizobium туморогены Кузманович и др . 2019 год
Rhizobium vallis Wang et al . 2011 г. ^[14]
Rhizobium viscosum (Gasdorf et al ., 1965) Flores-Félix et al . 2017 год
Rhizobium wenxiniae Gao et al . 2017. ^{[Примечание 2]}
Rhizobium yanglingense Tan et al . 2001 г. ^[15]
Rhizobium zeae Celador-Lera et al . 2017 год

Виды в «круглых скобках» были описаны, но не утверждены в соответствии с Бактериологическим кодексом . ^[10]

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^[10] Филогения основана на полногеномном анализе. ^[16]

Ризобий

внешние группы

	Аллоризобий

	Цицерибактер

Агробактерия

	Псевдоризобиум

	Неоризобий

Примечания

^ Этот вид принадлежит к Pararhizobium , но официально еще не передан.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Эти виды принадлежат к Neorhizobium , но официально еще не переданы.
^ Этот вид относится к Петерёнгии , но официально еще не передан.

Ссылки

^ Франк, Б. (1889). «О грибном симбиозе бобовых». Отчеты Немецкого ботанического общества . 7 :332-346.
^ Скерман, В.Б.; Макгоуэн, В.; Снит, PH (1980). «Утвержденные списки названий бактерий» . Международный журнал систематической бактериологии . 30 : 225–420. дои : 10.1099/00207713-30-1-225 .
^ Тилакаратна, Малинда С.; Райзада, Маниш Н. (01 января 2018 г.). «Визуализация накопления глутамина в корневых системах, участвующих в симбиозе бобовых и ризобий, путем размещения на агаре, встроенном в биосенсорные клетки-компаньоны» . Журнал «Фитобиомы» . 2 (3): 117–128. doi : 10.1094/PBIOMES-07-18-0031-TA .
^ Савада, Хироюки; Куикендалл, Л. Дэвид; Янг, Джон М. (июнь 2003 г.). «Изменение представлений о систематике бактериальных азотфиксирующих симбионтов бобовых» . Журнал общей и прикладной микробиологии . 49 (3): 155–79. дои : 10.2323/jgam.49.155 . ПМИД 12949698 .
^ Шридеви, М; Маллайя, К.В. (март 2009 г.). «Солюбилизация фосфатов штаммами Rhizobium » . Индийский журнал микробиологии . 49 (1): 98–102. дои : 10.1007/s12088-009-0005-1 . ПМЦ 3450048 . ПМИД 23100757 .
^ Бейеринк, Мартинус В. (1888). «Бактерии сосочковых узелков». Бот.Ztg . 46 .
^ «Чудесные коллекции микробов ускоряют открытия, чтобы защитить людей, растения и многое другое!» . Сельскохозяйственные исследования . Министерство сельского хозяйства США. Январь 2010 года . Проверено 10 августа 2018 г.
^ Солтер, Сюзанна Дж.; Кокс, Майкл Дж.; Турек Елена М.; Калус, Шимон Т.; Куксон, Уильям О.; Моффатт, Мириам Ф.; и др. (ноябрь 2014 г.). «Загрязнение реагентов и лабораторий может критически повлиять на анализ микробиома на основе последовательностей» . БМК Биология . 12:87 . bioRxiv 10.1101/007187 . дои : 10.1186/s12915-014-0087-z . ISSN 1741-7007 . ПМЦ 4228153 . ПМИД 25387460 .
^ Кулаков Леонид А.; Макалистер, Морвен Б.; Огден, Кимберли Л.; Ларкин, Майкл Дж.; О'Хэнлон, Джон Ф. (апрель 2002 г.). «Анализ бактерий, загрязняющих сверхчистую воду в промышленных системах» . Прикладная и экологическая микробиология . 68 (4): 1548–1555. дои : 10.1128/АЕМ.68.4.1548-1555.2002 . ПМК 123900 . ПМИД 11916667 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Эзеби, Япония; Парте, AC. « Ризобиевые » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 16 сентября 2022 г.
^ Дианге, Эбоа Адольф; Ли, Сан-Соб (июнь 2013 г.). « Rhizobium halotolerans sp. nov., выделенный из почвы, загрязненной хлорэтиленом». Современная микробиология . 66 (6): 599–605. дои : 10.1007/s00284-013-0313-x . ПМИД 23377488 . S2CID 17809044 .
^ Кесари, Вигья; Рамеш, Аади Мулам; Ранган, Лата (2013). « Rhizobium pongamiae sp. nov. из корневых клубеньков Pongamia pinnata » . БиоМед Исследования Интернэшнл . 2013 : 165198. дои : 10.1155/2013/165198 . ПМЦ 3783817 . ПМИД 24078904 .
^ Сюй, Линь; Чжан, Юн; Дэн, Чжэн Шань; Чжао, Лян; Вэй, Сю Ли; Вэй, Гэ Хун (март 2013 г.). « Rhizobium qilianshanense sp. nov., новый вид, выделенный из корневых клубеньков Oxytropis ochrocephala Bunge в Китае». Антони ван Левенгук . 103 (3): 559–65. дои : 10.1007/s10482-012-9840-x . ПМИД 23142858 . S2CID 18660422 .
^ Ван, Фанг; Ван, Энь Тао; Ву, Ли Хуан; Суй, Синь Хуа; Ли, Ин Ли; Чен, Вэнь Синь (ноябрь 2011 г.). « Rhizobium vallis sp. nov., выделенный из клубеньков трех видов бобовых» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (11): 2582–2588. дои : 10.1099/ijs.0.026484-0 . ПМИД 21131504 .
^ Сильва, Клаудия; Винуэса, Пабло; Эгиарте, Луис Э; Соуза, Валерия; Мартинес-Ромеро, Эсперанса (ноябрь 2005 г.). «Эволюционная генетика и биогеографическая структура Rhizobium Gallicum sensu lato , широко распространенного бактериального симбионта разнообразных бобовых». Молекулярная экология . 14 (13): 4033–50. дои : 10.1111/j.1365-294X.2005.02721.x . ПМИД 16262857 . S2CID 16668742 .
^ Хёрдт, Антон; Лопес, Марина Гарсия; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Шлейнинг, Марсель; Вайнхольд, Лиза-Мария; Тиндалл, Брайан Дж.; Гронов, Сабина; Кирпидес, Никос К.; Войке, Таня; Гёкер, Маркус (7 апреля 2020 г.). «Анализ более 1000 геномов типовых штаммов существенно улучшает таксономическую классификацию альфапротеобактерий» . Границы микробиологии . 11 : 468. дои : 10.3389/fmicb.2020.00468 . ПМЦ 7179689 . ПМИД 32373076 .

Внешние ссылки

[Pararhizobium-11] Этот вид принадлежит к Pararhizobium , но официально еще не передан.

[Neorhizobium-12] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Эти виды принадлежат к Neorhizobium , но официально еще не переданы.

[Peteryoungia-13] Этот вид относится к Петерёнгии , но официально еще не передан.

[1] Франк, Б. (1889). «О грибном симбиозе бобовых». Отчеты Немецкого ботанического общества . 7 :332-346.

[2] Скерман, В.Б.; Макгоуэн, В.; Снит, PH (1980). «Утвержденные списки названий бактерий» . Международный журнал систематической бактериологии . 30 : 225–420. дои : 10.1099/00207713-30-1-225 .

[3] Тилакаратна, Малинда С.; Райзада, Маниш Н. (01 января 2018 г.). «Визуализация накопления глутамина в корневых системах, участвующих в симбиозе бобовых и ризобий, путем размещения на агаре, встроенном в биосенсорные клетки-компаньоны» . Журнал «Фитобиомы» . 2 (3): 117–128. doi : 10.1094/PBIOMES-07-18-0031-TA .

[4] Савада, Хироюки; Куикендалл, Л. Дэвид; Янг, Джон М. (июнь 2003 г.). «Изменение представлений о систематике бактериальных азотфиксирующих симбионтов бобовых» . Журнал общей и прикладной микробиологии . 49 (3): 155–79. дои : 10.2323/jgam.49.155 . ПМИД 12949698 .

[5] Шридеви, М; Маллайя, К.В. (март 2009 г.). «Солюбилизация фосфатов штаммами Rhizobium » . Индийский журнал микробиологии . 49 (1): 98–102. дои : 10.1007/s12088-009-0005-1 . ПМЦ 3450048 . ПМИД 23100757 .

[6] Бейеринк, Мартинус В. (1888). «Бактерии сосочковых узелков». Бот.Ztg . 46 .

[7] «Чудесные коллекции микробов ускоряют открытия, чтобы защитить людей, растения и многое другое!» . Сельскохозяйственные исследования . Министерство сельского хозяйства США. Январь 2010 года . Проверено 10 августа 2018 г.

[8] Солтер, Сюзанна Дж.; Кокс, Майкл Дж.; Турек Елена М.; Калус, Шимон Т.; Куксон, Уильям О.; Моффатт, Мириам Ф.; и др. (ноябрь 2014 г.). «Загрязнение реагентов и лабораторий может критически повлиять на анализ микробиома на основе последовательностей» . БМК Биология . 12:87 . bioRxiv 10.1101/007187 . дои : 10.1186/s12915-014-0087-z . ISSN 1741-7007 . ПМЦ 4228153 . ПМИД 25387460 .

[9] Кулаков Леонид А.; Макалистер, Морвен Б.; Огден, Кимберли Л.; Ларкин, Майкл Дж.; О'Хэнлон, Джон Ф. (апрель 2002 г.). «Анализ бактерий, загрязняющих сверхчистую воду в промышленных системах» . Прикладная и экологическая микробиология . 68 (4): 1548–1555. дои : 10.1128/АЕМ.68.4.1548-1555.2002 . ПМК 123900 . ПМИД 11916667 .

[LPSN-10] Jump up to: ^а ^б ^с Эзеби, Япония; Парте, AC. « Ризобиевые » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 16 сентября 2022 г.

[14] Дианге, Эбоа Адольф; Ли, Сан-Соб (июнь 2013 г.). « Rhizobium halotolerans sp. nov., выделенный из почвы, загрязненной хлорэтиленом». Современная микробиология . 66 (6): 599–605. дои : 10.1007/s00284-013-0313-x . ПМИД 23377488 . S2CID 17809044 .

[15] Кесари, Вигья; Рамеш, Аади Мулам; Ранган, Лата (2013). « Rhizobium pongamiae sp. nov. из корневых клубеньков Pongamia pinnata » . БиоМед Исследования Интернэшнл . 2013 : 165198. дои : 10.1155/2013/165198 . ПМЦ 3783817 . ПМИД 24078904 .

[16] Сюй, Линь; Чжан, Юн; Дэн, Чжэн Шань; Чжао, Лян; Вэй, Сю Ли; Вэй, Гэ Хун (март 2013 г.). « Rhizobium qilianshanense sp. nov., новый вид, выделенный из корневых клубеньков Oxytropis ochrocephala Bunge в Китае». Антони ван Левенгук . 103 (3): 559–65. дои : 10.1007/s10482-012-9840-x . ПМИД 23142858 . S2CID 18660422 .

[17] Ван, Фанг; Ван, Энь Тао; Ву, Ли Хуан; Суй, Синь Хуа; Ли, Ин Ли; Чен, Вэнь Синь (ноябрь 2011 г.). « Rhizobium vallis sp. nov., выделенный из клубеньков трех видов бобовых» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (11): 2582–2588. дои : 10.1099/ijs.0.026484-0 . ПМИД 21131504 .

[Berkum-18] Сильва, Клаудия; Винуэса, Пабло; Эгиарте, Луис Э; Соуза, Валерия; Мартинес-Ромеро, Эсперанса (ноябрь 2005 г.). «Эволюционная генетика и биогеографическая структура Rhizobium Gallicum sensu lato , широко распространенного бактериального симбионта разнообразных бобовых». Молекулярная экология . 14 (13): 4033–50. дои : 10.1111/j.1365-294X.2005.02721.x . ПМИД 16262857 . S2CID 16668742 .

[Hördt-19] Хёрдт, Антон; Лопес, Марина Гарсия; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Шлейнинг, Марсель; Вайнхольд, Лиза-Мария; Тиндалл, Брайан Дж.; Гронов, Сабина; Кирпидес, Никос К.; Войке, Таня; Гёкер, Маркус (7 апреля 2020 г.). «Анализ более 1000 геномов типовых штаммов существенно улучшает таксономическую классификацию альфапротеобактерий» . Границы микробиологии . 11 : 468. дои : 10.3389/fmicb.2020.00468 . ПМЦ 7179689 . ПМИД 32373076 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[Примечание 1]

[Примечание 2]

[Примечание 3]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]