сульфуримонас

сульфуримонас
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Кампилобактерия
Сорт:	« Кампилобактерии »
Заказ:	Кампилобактерии
Семья:	сульфуримонадовые
Род:	сульфуримонас ; Инагаки и др. 2003 г.
Типовой вид
	Sulfurimonas автотрофика ; Инагаки и др. 2003 г.
Разновидность
	Посмотреть текст

Sulfurimonas — род бактерий класса Campylobacterota , известный способностью восстанавливать нитраты, окислять серу и водород и содержать гидрогеназы группы IV. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Этот род состоит из четырех видов: Sulfurimonas autorophica , Sulfurimonas denitrificans , Sulfurimonas gotlandica и Sulfurimonas paralvinellae . Название рода происходит от « сера» латинского слова и греческого слова «монас» , что вместе означает «стержень, окисляющий серу». ^{[ 5 ]} Размер бактерий варьируется примерно от 1,5-2,5 мкм в длину и 0,5-1,0 мкм в ширину. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 4 ]} Представители рода Sulfurimonas встречаются в самых разных средах, включая глубокие морские жерла, морские отложения и наземные среды обитания. ^{[ 3 ]} Их способность выживать в экстремальных условиях объясняется наличием нескольких копий одного фермента. ^{[ нужны дальнейшие объяснения ]}. ^{[ 3 ]} Филогенетический анализ показывает, что представители рода Sulfurimonas обладают ограниченной способностью к расселению, и на его видообразование повлияла географическая изоляция, а не гидротермальный состав. ^{[ нужна ссылка ]}. Глубоководные океанские течения влияют на распространение видов Sulfurimonas , влияя на их видообразование . ^{[ 8 ]} Как показано в отчете MLSA ^{[ нужны дальнейшие объяснения ]} Из глубоководных гидротермальных источников Campylobacterota , Sulfurimonas глубоководных гидротермальных источников обладают более высокой способностью к распространению по сравнению с термофилами , что указывает на аллопатрическое видообразование. ^{[ нужна проверка ]}. ^{[ 8 ]}

Характеристики

Таблица 1. Видовые характеристики четырех видов **рода Sulfurimonas**
Разновидность	Размер	Морфология ^{[ 9 ]}	Движение	Температурная зависимость ^{[ 6 ]}	Условия обитания	Оптимальные условия	Время удвоения при оптимальных условиях (часы)
Sulfurimonas автотрофика	1,5-2,5 х 0,5-1,0 мкм ^{[ 5 ]}	Стержень	Один полярный жгутик ^{[ 5 ]}	Мезофильный	Температура: 10–40 °С. ^{[ 5 ]} pH: 5 - 9 ^{[ 5 ]}	Температура: 23–26 °С. ^{[ 9 ]}РН= 6,5 ^{[ 6 ]}	1.4 ^{[ 9 ]}
Sulfurimonas denitrificans	Переменная длина с шириной ~0,3 мкм ^{[ 6 ]}	Короткий стержень или спирилла	Н/Д	Мезофильный	Температура: 10-30°С; ^{[ 9 ]} pH: 7 ^{[ 10 ]}	Температура: 22 °С ^{[ 9 ]} РН=7 ^{[ 6 ]}	12 ^{[ 9 ]}
Сульфуримонас Готландика	0,66±0,083×62,1±0,54 мкм ^{[ 11 ]}	Изогнутый стержень или спириллоподобный	Один полярный жгутик или два жгутика на противоположных полюсах. ^{[ 11 ]}	Психротолерантный	Температура: 4 – 20 °C ^{[ 6 ]} pH: 6,7–8,0 ^{[ 6 ]}	Температура: 15 °С ^{[ 6 ]}	13 ^{[ 6 ]}
Sulfurimonas paralvinellae	1,50–2,50 мкм × 0,6–0,8 мкм ^{[ 9 ]}	Стержень	движущийся жгутик Длина 1,5–2,5 мкм, ширина 0,6–0,8 мкм. ^{[ 9 ]}	Мезофильный	Температура: 4-35 °С ^{[ 9 ]} рН: 5,4-8,6	Температура: 30 °С ^{[ 9 ]} рН=6,1 ^{[ 6 ]}	13-16 ^{[ 9 ]}

История признания

«Ауто» и «трофикос» происходят от греческих слов , где «ауто» означает «сам», а «трофикос» относится к уходу, уходу или кормлению, что указывает на его автотрофность. ^{[ 4 ]} Численность и распределение подгрупп внутри Campylobacterota и рода Sulfurimonas были обнаружены в толще воды с использованием ряда методов, включая клонирование 16S рРНК, катализируемое осаждение репортера и флуоресцентную гибридизацию in situ (CARD-FISH), а также количественные измерения ПЦР. ^{[ 12 ]} Пробы воды отбирались на разных глубинах, и концентрации питательных веществ, кислорода и серы измерялись сразу после отбора проб. В образце измеряли скорость фиксации углерода , экстрагировали ДНК и специфические последовательности амплифицировали с помощью ПЦР. ^{[ 12 ]}

Часть « денитрификанты» в названии Sulfurimonas denitrificans (S. denitrificans ) относится к ее способности восстанавливать нитраты в газообразный диазот, процесс, известный как денитрификация . В 2006 году Sulfurimonas denitrificans был последним видом, отнесенным к роду Sulfurimonas , поскольку в 2000 году его ошибочно отнесли к роду Thiomicrospira . ^{[ 13 ]}

Исследования Sulfurimonas gotlandica (S. gotlandica ) в основном проводились в Балтийском море с использованием трансмиссионной электронной микроскопии и флуоресцентной микроскопии с фосфорновольфрамовой кислотой и окрашиванием DAPI в качестве форм визуализации. ^{[ 6 ]}^{[ 14 ]}^{[ 13 ]}

Sulfurimonas paralvinellae впервые была получена из гнезда глубоководных многощетинковых червей , в частности из семейства Alvinellidae . Представители рода Paralvinellae были обнаружены в сульфидном кургане глубоководного гидротермального источника на Северном поле Ихэя в Среднеокинавском прогибе. ^{[ 9 ]} Первоначально штамм был отделен от гнезда методом разведения до уничтожения. Штамм получил название GO25 T и имел физиологические и филогенетические характеристики, напоминающие Sulfurimonas autotropica. Позднее было установлено, что этот вид отличается от Sulfurimonas autotropica ярко выраженным энергетическим обменом . ^{[ 3 ]}^{[ 9 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 15 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) ^{[ 16 ]}

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 17 ]}^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}

120 однокопийных маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 20 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]}

сульфуримонас

С. Готландика

	С. Индика

	С. paralvinellae

	С. литотрофика

	С. Марина Ван и др. 2022 год

С. автотрофика

S. aquatica Kojima et al. 2023 год

С. денитрификанты

	С. кратерис

	Святой Сямэненсис

сульфуримонас

	« Ca.S.baltica » Henkel et al. 2021 год

	« Ca. S. marisnigri» Henkel et al. 2019 г. от Henkel et al. 2021 год

S. denitrificans (Тиммер-тен Хоор, 1975) Takai et al., 2006.

	S. crateris Ратникова и др. 2020 год

	S. xiamenensis Wang et al. 2020 год

S.lithotropica Wang et al. 2020 год

	S. gotlandica Labrenz et al. 2013 год

	« S. hongkongensis » Cai et al. 2014 год

« Ca.S.ponti » Ван Влит и др. 2021 год

	S. indica Hu et al. 2021 год

	S. paralvinellae Takai et al. 2006 г.

S. autotropica Inagaki et al. 2003 г.

	« S. Hydrogeniphila » Wang et al. 2021 год

	« С. осадок » Wang et al. 2021 год

Метаболизм

Как правило, бактерии имеют множество путей метаболизма , и в случае представителей рода Sulfurimonas они подразделяются на таксоны. ^{[ 23 ]} Представители рода Sulfurimonas живут в самых разных средах и играют жизненно важную роль в хемоавтотрофных процессах, в зависимости от окружающей среды. ^{[ 3 ]} Было показано, что изоляты четырех видов этого рода растут с использованием самых разных акцепторов и доноров электронов, что позволяет представителям рода Sulfurimonas расти в самых разных средах. ^{[ 3 ]} Таким образом, успех Sulfurimonas spp. приписывают его способности быть хемолитотрофом, его гибкому метаболизму меняющихся акцепторов/доноров электронов и источников неорганического углерода, его толерантности к кислороду и его способности меняться в зависимости от окружающей среды. ^{[ 3 ]}^{[ 24 ]} четыре типа энергетического метаболизма В разных средах наблюдаются ; включая обмен серы, водорода, азота и углерода. ^{[ 13 ]}

Метаболизм серы

является сероокисляющей Sulfurimonas эпсилонпротеобактерией. Исследования показали, что spp . используйте для роста широкий спектр доноров электронов, включая сульфид, серу, тиосульфат и сульфит. ^{[ 3 ]} Однако, как показано ниже, не все виды могут использовать каждый из упомянутых доноров электронов ( табл. 2 ). Серооксигеназоредуктаза (SOR) катализирует серу , образуя сульфит , тиосульфат и сульфид . ^{[ 25 ]} Гены SOR обнаружены у S. gotlandica и S. autotropica, но отсутствуют у S. denitrificans . ^{[ 13 ]} Предполагается, что S. denitrificans потеряли гены SOR из-за среды обитания с низким содержанием сульфидов в голландском Вадденском море . ^{[ 13 ]}

Sulfurimonas paralvinellae способна использовать для метаболизма как молекулярный водород , так и восстановленную серу , что делает ее второй глубоководной кампилобактерией, обнаружившей это. ^{[ 9 ]} Sulfurimonas paralvinellae также способна использовать дрожжевой экстракт в качестве источника серы. ^{[ 3 ]} Молекулярный водород обеспечивает более высокую скорость роста, и Sulfurimonas paralvinellae предпочитает ему свободную восстановленную серу, даже если последняя присутствует в окружающей среде в избытке. Возможно, это можно объяснить меньшим количеством молекулярного водорода, необходимого для поддержания роста бактериальной клетки, по сравнению с восстановленной серой. ^{[ 9 ]}

Таблица 2. Список доноров электронов видов Sulfurimonas . ^{[ 3 ]}

	Sulfurimonas autorophica	Sulfurimonas denitrificans	Сульфуримонас Готландика	Sulfurimonas paralvinellae
Сульфид	✓	✓	✓	Х
сера	✓	✓	✓	✓
Тиосульфат	✓	✓	✓	✓
Сульфит	Х	Х	✓	Х
Водород	Х	✓	✓	✓

За исключением S. paralvinellae, все виды Sulfurimonas могут использовать сульфид в качестве донора электронов, окисляя сульфид до сульфата. ^{[ 3 ]} Используемый путь окисления сульфида называется сульфид:хинонредуктазой (SQR) и кодируется генами, участвующими в пути, ответственном за катализацию окисления сульфида. ^{[ 3 ]}^{[ 26 ]} Во всех королевствах известно шесть типов белков SQR. ^{[ 3 ]}

Большинство изолятов эпсиолонпротеобактерий имеют SQR, классифицированные как тип II, IV и VI, никогда не имеют типа I и иногда имеют типы III и V. ^{[ 3 ]} Sulfurimonas — единственный известный род Campylobacterota , имеющий SQR III и V типов. ^{[ 3 ]} Тип III встречается только у S. denitrificans и S. gotlandica . ^{[ 3 ]} SQR типа IV высококонсервативен и обнаружен у всех четырех видов Sulfurimonas , поэтому считается наиболее важным SQR для выживания клеток в роде Sulfurimonas . ^{[ 3 ]} Согласно исследованию, посвященному гетерологичной экспрессии SQR гомологов у S.denitrificans, он имеет три функциональных SQR; Тип II, III и IV. ^{[ 26 ]} Другое исследование также показало, что SQR типа VI не было у S. denitrificans , но было у трех других видов. ^{[ 13 ]} Исследователи обнаружили, что SQR типа VI, функционирующий в средах с высоким содержанием сульфидов , ^{[ 13 ]} и предположил, что S. 'denitrificans не требует SQR типа VI, поскольку представители этого вида имеют низкую вероятность встречи со свободным сульфидом. ^{[ 13 ]} С другой стороны, S. автотрофный — единственный из четырех видов, который содержит SQR типа V и был связан с организмами, живущими в кислых шахтах. ^{[ 5 ]}

Точная роль функциональных SQR остается неизвестной. ^{[ 26 ]} Однако в целом SQR имеют решающее значение для окисления сульфидов, ассимиляции и передачи сигналов, выработки энергии и устойчивости к тяжелым металлам. ^{[ 26 ]} Таким образом, представители рода Sulfurimonas вносят значительный вклад в глобальный цикл серы, поскольку все представители этого вида окисляют серу до сульфата. ^{[ 5 ]}

Водородный обмен

кроме одного, Все виды Sulfurimonas, могут использовать водород в качестве источника энергии для роста. ^{[ 13 ]} Представители S. autotropica — единственные виды Sulfurimonas . не использовать водород, и было показано, что он растет с водородом в аэробных и анаэробных условиях. ^{[ 6 ]} Напротив, водород иногда используется в качестве донора электронов бактериями, принадлежащими к S. denitrificans , S. gotlandica и S. paralvinellae , вместо соединений на основе серы. ^{[ 27 ]}^{[ 6 ]}

Бактерии рода Sulfurimonas катализируют водородный обмен, используя [NiFe]-гидрогеназу. Реакция $H_{2}\longleftrightarrow 2H^{+}+2e^{-}$ . ^{[ 28 ]} Существует множество различных [NiFe]-гидрогеназ, которые подразделяются на разные группы (группы от I до IV) и обнаружены у всех четырех видов Sulfurimonas . ^{[ 13 ]} Поскольку S. autotropica содержит гидрогеназы, исследование пришло к выводу, что в определенных условиях окружающей среды он может потреблять водород. ^{[ 5 ]}

Другое исследование показывает, что S. denitrificans растет более эффективно с водородом , чем с тиосульфатом . ^{[ 13 ]} Три вида Sulfurimonas активного поглощения водорода экспрессируют гидрогеназу и могут расти на водороде. ^{[ 13 ]} Место обитания бактерий (например, морская вода, отложения или гидротермальные источники) будет влиять на уровень кислорода в окружающей среде и, следовательно, на тип метаболизма. ^{[ 13 ]} что они используют.

Азотистый обмен

Насколько нам известно, азотистый обмен происходит у всех представителей видов Sulfurimonas, кроме S. autotropica. ^{[ 13 ]}. Показано, что S. autotropica не может расти в концентрации нитрата натрия 5 мМ в лабораторных условиях. ^{[ 4 ]} Денитрификация Sulfurimonas spp . играет решающую роль в круговороте азота. ^{[ 13 ]} нитратов Обмен у S. denitrificans составляет 20 мМ за период от трех (с тиосульфатом и водородом) до шести дней (тиосульфат и без водорода). ^{[ 13 ]} Обмен нитратов у двух других видов — S. gotlandica и S. paralvinellae — совершенно различен. ^{[ 13 ]} S. gotlandica использовала только 1 мМ нитрат в течение 9 дней (с тиосульфатом), а S. paralvinellae использовала 10 мМ нитрата в течение 4 дней (с водородом и серой). ^{[ 7 ]}^{[ 9 ]} Кроме того, S. gotlandica и S. denitrificans могут использовать нитрит вместо нитрата в качестве акцептора электронов. ^{[ 13 ]} Список акцепторов электронов, которые могут использовать виды Sulfurimonas , приведен в таблице 3 .

Таблица 3. Список акцепторов электронов видов Sulfurimonas . ^{[ 13 ]}

	Sulfurimonas autorophica	Sulfurimonas denitrificans	Сульфуримонас Готландика	Sulfurimonas paralvinellae
Нитрат	Х	✓	✓	✓
Нитрит	Х	✓	✓	Х
Кислород	✓	✓	✓	✓

Для катализа реакции азотистого обмена все виды Sulfurimonas имеют периплазматическую каталитическую субъединицу нитратредуктазы (Nap) (NapA). Эти эпсиолонпротеобактериальные NapA обладают высоким сродством к нитратам и могут представлять собой адаптацию представителей этого рода к низким концентрациям нитратов в окружающей среде в глубоководных жерлах.

Изоляты S. gotlandica и S. denitrificans хорошо адаптированы к изменяющимся концентрациям кислорода и сероводорода в окружающей среде, поскольку они могут использовать нитрат , нитрит или кислород в качестве акцепторов электронов. Их способность использовать нитраты или нитриты в качестве акцептора электронов вместо кислорода расширяет их экологическую нишу за пределы бескислородных зон на гораздо более глубокие области в толще воды.

Видообразование

Виды, составляющие род Sulfurimonas, различаются по четким физиологическим и генотипическим различиям. ^{[ 6 ]} Многие изоляты были частично или полностью секвенированы. Например, геном изолята S. autotropica имеет примерно 2 153 198 пар оснований. ^{[ 5 ]}

Представители этого рода бактерий обитают в сульфидных водах, пелагических окислительно-восстановительных зонах и глубоководных жерлах, где много серосодержащих соединений. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Виды рода Sulfurimonas используют множество белков, которые катализируют определенные соединения, обнаруженные в этих областях, что еще раз подчеркивает сходство и различия в их ДНК-геномах. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 6 ]}^{[ 8 ]}

Сходство последовательностей генов 16S рРНК у Sulfurimonas gotlandica, Sulfurimonas paralvinellae, Sulfurimonas autotropica и Sulfurimonas dentrificans превышает 90%. ^{[ 6 ]} с S. gotlandica имеет сходство с другими видами от 93,7 до 94,2%. ^{[ 6 ]} Аналогичным образом, S. paralvinellae и S. autotropica (штамм OK10) имеют сходство последовательностей генов 16S рРНК на 96,3%. ^{[ 5 ]}^{[ 9 ]} в то время как S. dentrificans и S. autotropica (OK10) имеют сходство последовательностей на 93,5%. ^{[ 5 ]}

Содержание G + C в геномах некоторых видов схоже. S. gotlandica содержит ДНК с содержанием G + C 33,6 мол% (A + T, 66,4 мол%), ^{[ 6 ]} в то время как S. paralvinellae имеет 37,6 мол% содержания ДНК G + C (63,4 моль % A + T). ^{[ 9 ]}

Филогенетический анализ показал, что Sulfurimonas проявляет ограниченную способность к распространению, поскольку на видообразование больше влияет географическое положение, чем гидротермальный состав. ^{[ 8 ]} могут влиять глубоководные течения Кроме того, на видообразование . ^{[ 8 ]}

В следующей таблице обобщена информация, представленная выше:

Таблица 4: Содержание ДНК и сходство генов 16s рРНК между Sulfurimonas

	ДНК Содержание G + C (моль %)	Содержание ДНК А + Т (моль%)	Сходство генов 16s рРНК (%)
Sulfurimonas автотрофика	Н/Д	Н/Д	Сходство с S. paralvinellae 96,3%. Сходство с S. gotlandica 93,7-94,2%. Сходство 93,5% с S. dentrificans.
сульфуримонас зубочистители	Н/Д	Н/Д	Сходство 93,5% с S. autrotropica (ОК10) . Сходство с S. gotlandica 93,7-94,2%.
Сульфуримонас Готландика	33,6 мол%	66,4 мол%	Сходство со ВСЕМИ видами 93,7 - 94,2%.
Sulfurimonas paralvinellae	37,6 мол%	63,4 мол%	Сходство 96,3% с S. autrotropica (ОК10) . Сходство с S. gotlandica 93,7-94,2%.

среда обитания

Sulfurimonas обычно встречаются в (сульфидогенных) средах обитания, таких как морские отложения, глубоководные гидротермальные жерла, пелагические редоксклинали и нефтяные месторождения. ^{[ 29 ]} Среда обитания, в которой они встречаются, отражается на их генном содержании; у некоторых членов меньше генов, в то время как у других больше генов, связанных со средой, в которой они встречаются. ^{[ 3 ]} Некоторые из этих генов позволяют использовать различные доноры и акцепторы электронов, что позволяет им обитать в различных средах. ^{[ 3 ]} В глубоководных гидротермальных источниках окисление сульфидов является наиболее важным источником химической энергии для видов Sulfurimonas. ^{[ 9 ]} По совпадению, высокие концентрации сероводорода в глубоководных жерлах образуются в результате высокотемпературного взаимодействия морской воды и горных пород. ^{[ 9 ]} Примечательно, что микроорганизмы, живущие в глубоком темном океане, окисляют соединения серы с целью хемолитоавтотрофии ; этот процесс опосредован микробами. ^{[ 9 ]} Например, сульфидхинонредуктазы (SQR), обнаруженные во всех изолятах Sulfurimonas spp. способствует окислению серо- и тиосульфатсодержащих соединений. ^{[ 4 ]}^{[ 3 ]}^{[ 26 ]} Кроме того, гидрогеназы и другие ферменты позволяют этому конкретному роду колонизировать «разнородные» среды. ^{[ 3 ]} Из-за зависимости от серосодержащих соединений в глубоководных районах это может создать конкуренцию между видами.

Бактериальные маты встречаются на глубине около 100 м рядом с активными гидротермальными жерлами. ^{[ 11 ]} Филогенетический анализ показал, что эти бактериальные маты состояли из бактерий рода Sulfurimonas . ^{[ 11 ]} Подобные бактериальные маты обычно встречаются на подводных горах, образованных подводными вулканами, а также в результате интенсивного вулканизма в гидротермальных жерлах. ^{[ 29 ]} Гидротермальная вентиляция способствует росту бактериальных матов, в которых встречается Sulfurimonas , например, на подводных горах Камаэуаканалоа , Аксиал , Вайлулуу и Суйо , а также на Марианских дугах и дугах Кермадек. ^{[ 29 ]}

Биотические взаимодействия

Хищничество

Sulfurimonas (подгруппа GD17) доминирует в хемотрофной денитрификации в пелагических редоксклиналях Балтийского моря . ^{[ 14 ]}^{[ 13 ]}^{[ 6 ]} Используя такие методы, как анализ хищников и культуру бактериальных поправок, было обнаружено, что популяция Sulfurimonas (подгруппа GD17) имела время удвоения от 1 до 1,5 дней, что намного больше, чем их среднее время удвоения в оптимальных условиях, показанных в Таблице 1. . ^{[ 30 ]} Однако выпас может поглотить популяцию в течение одного дня. ^{[ 30 ]} были обнаружены пять активных травоядных , которые обычно встречаются у редоксклиновых инфузорий (Oligohymenophorea, Prostomatea) и групп морских жгутиконосцев С помощью RNA-SIP (MAST-4, Chrysophyta, Cercozoa) . ^{[ 30 ]} холодного просачивания В экосистеме крабы-литодиды ( Paralomis sp .), питающиеся фильтрами, питаются тиотропными бактериальными матами, состоящими из множества различных типов бактерий . ^{[ 30 ]}

Было обнаружено, что в отсутствие других возможных предикторов бактерии, принадлежащие к роду Sulfurimonas , растут в унимодальных отношениях, что позволяет предположить увеличение бактериального разнообразия и продуктивности. Это означает, что без предикторов эти бактерии могут дифференцироваться и расти в геометрической прогрессии. ^{[ 30 ]}

Симбиоз

Sulfurimonas — род, который обычно наблюдается в симбиозе с другими организмами, в основном с морскими кольчатыми червями. Sulfurimonas paralvinellae связана с глубоководными колониями полихет , расположенными вблизи гидротермальных источников. Гнезда этих червей покрыты восстановленными частицами серы, образующимися в результате сочетания микробиологических и химических процессов. Эти частицы серы служат легкодоступным источником энергии для бактерий, принадлежащих к роду Sulfurimonas . ^{[ 9 ]}

Биотурбация мохоногими червями в условиях мелководья в условиях отсутствия кислорода усиливает метаболизм бактерий филотипа Epsilonproteobacterium , который имеет более чем 95% сходство с Sulfurimonas denitrificans. Деятельность мохоносцев, такая как рытье нор и перистальтическая перекачка, приводит к тому, что кислород и углекислый газ, растворенные в воде, попадают в осадок. Этот обогащенный слой опускается вниз и смешивается с нижележащими осадками. Кислород, взятый из воды, проникает в этот анаэробный слой и создает сульфат, который может быть использован бактериями для метаболизма . Сульфид из воды также может обезвреживаться мозаиками либо за счет разветвленной дыхательной цепи, либо за счет окислительно-восстановительной регуляции окисления сульфида. Конечным продуктом этих реакций является тиосульфат, который становится еще одним источником энергии для хемоавтотрофных бактерий, колонизирующих осадок. ^{[ 31 ]}

Соревнование

Бактерии, принадлежащие к роду Sulfurimonas, конкурируют с другими сульфатокисляющими бактериями (SOB) за пищевые ресурсы и интенсивно изучаются из-за их важности в нефтяной промышленности. ^{[ 32 ]}^{[ 31 ]} Сообщества SOB представляют собой физиологически разнообразные представители, такие как роды Sulfurimonas , Chlorobia и Chloroflexi . ^{[ 32 ]} Все эти роды встречаются в нефтяных резервуарах, а Sulfurimonas присутствуют в высоких количествах. ^{[ 31 ]}^{[ 32 ]} Представители этого рода заняли примерно 26% водоемов, все из которых различаются температурой и относительным соотношением других SOB, что является еще одним показателем того, что этот род способен к росту в широком диапазоне температур. ^{[ 3 ]}^{[ 14 ]}^{[ 31 ]}^{[ 32 ]} Несмотря на это, Sulfurimonas конкурируют с Thioclava , Sulfuricurvum и Thiohalomonas, которые коррелируют с 15,4%, 12,0% и 17,0% соответственно. ^{[ 32 ]} Большинство бактерий, присутствующих в этих резервуарах, представляют собой некультивируемые бактерии, глубоко не изученные. ^{[ 31 ]}^{[ 32 ]} Бактерии указанных родов получают энергию за счет окисления восстановленных сернистых соединений (т.е. сульфидов и тиосульфатов), что позволяет предположить прямую конкуренцию между ними за серосодержащие соединения. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 6 ]}

Пищевая цепь/Сеть

Известно, что представители бактериального рода Sulfurimonas влияют на относительную численность видов вокруг них. ^{[ 33 ]} В случае штамма GD1 S. gotlandica было продемонстрировано, что популяции гетеротрофных нанофлагеллят (HNF) уменьшались, в то время как численность инфузорий и динофлагеллят оставалась относительно постоянной в условиях, богатых кислородом / сероводородом. ^{[ 33 ]} Напротив, в субоксических условиях наблюдалась противоположная тенденция: HNF и инфузорий численность увеличивалась, тогда как динофлагелляты оставались постоянными. ^{[ 33 ]} Эти изменения были объяснены как присутствием кислорода/сероводорода в окружающей среде, так и потенциальным хищничеством HNF со стороны S. gotlandica . ^{[ 33 ]}

В другом исследовании было обнаружено, что в условиях редоксклина обитают пять активных травоядных, а именно редоксклиновые инфузории, группы морских жгутиковых и некоторые виды экосистем холодного просачивания. ^{[ 30 ]}^{[ 34 ]} Фактически, эти организмы способны уничтожить всю популяцию Sulfurimonas в этом конкретном районе за день. ^{[ 30 ]}

Экологическая значимость

Для роста виды Sulfurimonas потребляют как восстановленные виды серы, так и окисленные виды азота. Таким образом, представители Sulfurimonas напрямую влияют на биогеохимический круговорот этих элементов в средах, где они существуют и численно многочисленны. Например, по данным подсчета клеток CARD-FISH, Sulfurimonas gotlandica может составлять до 25% микробного сообщества в редоксклине Балтийского моря. ^{[ 35 ]} и виды Sulfurimonas . составили значительное количество чтений Campylobacterota в исследовании микробного разнообразия в глубоководных диффузных источниках потока с использованием амплифицированных последовательностей 16S.

Дальнейшие исследования

Sulfurimonas hongkongensis — недавно обнаруженный вид рода Sulfurimonas. Его нашли в Гонконге, недалеко от прибрежных отложений у подходного канала Кай Так, соединяющего гавань Виктория. Он производит энергию в бескислородных условиях. Его донором электронов является тиосульфат, сульфид или водород, а акцептором электронов — нитрат. Его морфология палочковидная, растет при 15–35 °C (оптимально при 30 °C), pH 6,5–8,5 (оптимально при 7,0–7,5) и 10–60 г/л. ⁻¹ NaCl (оптимально 30 г/л ⁻¹) . Его геном на 34,9% состоит из GC, 2290 генов, кодирующих белки, и 42 генов РНК (3 гена рРНК). Основными клеточными жирными кислотами были C14:0 (4,8%), C16:0 (32,8%), 2-OH C16:0 (9,5%), C16:1 (14,6%), C18:0 (16,9%) и С18:1 (19,2%). Состав этих жирных кислот аналогичен составам, обнаруженным в изолятах Sulfurimonas paralvinellae' и Sulfurimonas autotropica', но имеется уникальная жирная кислота, представленная 2-OH C16:0, которая определила, что этот вид отличается от других представителей Род Sulfurimonas.

См. также

Ссылки

^ Инагаки, Ф.; Такай, К.; Кобаяши, Х.; Нилсон, К.Х.; Хорикоши, К. (2003). «Sulfurimonas autotropica gen. nov., sp. nov., новая сероокисляющая ε-протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Среднеокинавского желоба». Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 53 (6): 1801–1805. дои : 10.1099/ijs.0.02682-0 . ПМИД 14657107 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Кардман, Зена (2014). «Активные прокариотические сообщества вдоль термически и геохимически изменчивого трансекта в гидротермальных отложениях бассейна Гуаймас». Издательство диссертаций ProQuest . ПроКвест 1612445722 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т ^в ^v ^В ^х ^и Хан, Ючен; Пернер, Мирьям (1 января 2015 г.). «Всемирно распространенный род Sulfurimonas: универсальный энергетический метаболизм и адаптация к окислительно-восстановительным процессам» . Границы микробиологии . 6 : 989. дои : 10.3389/fmicb.2015.00989 . ПМЦ 4584964 . ПМИД 26441918 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Инагаки, Фумио; Такай, Кен; Кобаяши, Хидеки; Нилсон, Кеннет Х.; Хорикоши, Коки (1 января 2003 г.). «Sulfurimonas autotropica gen. nov., sp. nov., новая сероокисляющая ε-протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Среднеокинавского желоба». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1801–1805. дои : 10.1099/ijs.0.02682-0 . ПМИД 14657107 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к Сикорский, Йоханнес; Мунк, Кристина; Лапидус, Алла; Нгачу Джао, Оливье Дуплекс; Лукас, Сьюзен; Главина Дель Рио, Тихана; Нолан, Мэтт; Тайс, Хоуп; Хан, Клифф (27 октября 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Sulfurimonas autotropica (OK10T)» . Стандарты в геномных науках . 3 (2): 194–202. дои : 10.4056/sigs.1173118 . ISSN 1944-3277 . ПМК 3035374 . ПМИД 21304749 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т Лабренц, Матиас; Гроте, Яна; Маммич, Керстин; Бошкер, Хенрикус Т.С.; Лауэ, Майкл; Йост, Гюнтер; Глаубиц, Сабина; Юргенс, Клаус (01 января 2013 г.). «Sulfurimonas gotlandica sp. nov., хемоавтотрофная и психротолерантная эпсилонпротеобактерия, выделенная из пелагического редоксклина, и исправленное описание рода Sulfurimonas» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (11): 4141–4148. дои : 10.1099/ijs.0.048827-0 . ПМЦ 3836495 . ПМИД 23749282 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Маммич, Керстин; Йост, Гюнтер; Юргенс, Клаус (01 февраля 2014 г.). «Влияние концентрации растворенного неорганического углерода и pH на рост хемолитоавтотрофной эпсилонпротеобактерии Sulfurimonas gotlandica GD1T» . МикробиологияОткрыть . 3 (1): 80–88. дои : 10.1002/mbo3.153 . ISSN 2045-8827 . ПМЦ 3937731 . ПМИД 24376054 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Мино, Саяка; Накагава, Сатоши; Макита, Хироко; Токи, Томохиро; Миядзаки, Дзюнъити; Зиверт, Стефан М; Польц, Мартин Ф; Инагаки, Фумио; Годфрой, Энн (2017). «Эндемичность космополитных мезофильных хемолитоавтотрофов Sulfurimonas в глубоководных гидротермальных источниках» . Журнал ISME . 11 (4): 909–919. Бибкод : 2017ISMEJ..11..909M . дои : 10.1038/ismej.2016.178 . ПМК 5364360 . ПМИД 28045457 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т ^в ^v Такай, Кен; Сузуки, Масаэ; Накагава, Сатоши; Миядзаки, Масаюки; Сузуки, Йохей; Инагаки, Фумио; Хорикоши, Коки (1 января 2006 г.). «Sulfurimonas paralvinellae sp. nov., новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф среди Epsilonproteobacteria, выделенный из гнезда полихет глубоководных гидротермальных источников, реклассификация Thiomicrospira denitrificans в Sulfurimonas denitrificans comb. nov. и исправленное описание рода Сульфуримонас» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (8): 1725–1733. дои : 10.1099/ijs.0.64255-0 . ПМИД 16901999 .
^ ЯННАШ, ХОЛЬГЕР В; ВИРСЕН, КАРЛ О.; НЕЛЬСОН, ДУГЛАС К.; РОБЕРТСОН, ЛЕСЛИ А. (1985). «Thiomicrospira crunogena sp. nov., бесцветная сероокисляющая бактерия из глубоководных гидротермальных источников» . Международный журнал систематической бактериологии . 35 (4): 422–424. дои : 10.1099/00207713-35-4-422 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Филлипс, Бреннан; Данбабин, Мэтью; Хеннинг, Брэд; Хауэлл, Кори; ДеЧиччио, Алекс; Флиндерс, Эштон; Келли, Кэтрин; Скотт, Джаррод; Альберт, Саймон (2016). «Изучение «Акульего канана»: биогеохимические наблюдения за подводным вулканом Кавачи (Соломоновы острова)» . Океанография . 29 (4): 160–169. дои : 10.5670/oceanog.2016.85 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Гроте, Яна; Лабренц, Матиас; Пфайффер, Биргит; Йост, Гюнтер; Юргенс, Клаус (01 ноября 2007 г.). «Количественное распределение Epsilonproteobacteria и подгруппы Sulfurimonas в пелагических редоксклиналях центральной части Балтийского моря» . Прикладная и экологическая микробиология . 73 (22): 7155–7161. Бибкод : 2007ApEnM..73.7155G . дои : 10.1128/АЕМ.00466-07 . ISSN 0099-2240 . ПМК 2168200 . ПМИД 17921285 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т Хан, Ючен; Пернер, Мирьям (2014). «Роль водорода в метаболизме Sulfurimonas denitrificans» . ПЛОС ОДИН . 9 (8): е106218. Бибкод : 2014PLoSO...9j6218H . дои : 10.1371/journal.pone.0106218 . ПМЦ 4149538 . ПМИД 25170905 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Гроте, Яна; Шотт, Томас; Брукнер, Кристиан Г.; Глекнер, Фрэнк Оливер; Йост, Гюнтер; Тилинг, Ханно; Лабренц, Матиас; Юргенс, Клаус (10 января 2012 г.). «Геном и физиология модельной эпсилонпротеобактерии, ответственной за детоксикацию сульфидов в морских зонах с истощением кислорода» . Труды Национальной академии наук . 109 (2): 506–510. Бибкод : 2012PNAS..109..506G . дои : 10.1073/pnas.1111262109 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 3258601 . ПМИД 22203982 .
^ АС Парте; и др. «Сульфуримонас» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2023 г.
^ Сэйерс; и др. «Сульфуримонас» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2023 г.
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ Сюй, Цзяньпин (01 июня 2006 г.). «ПРИГЛАШЕННЫЙ ОБЗОР: Микробная экология в эпоху геномики и метагеномики: концепции, инструменты и последние достижения» . Молекулярная экология . 15 (7): 1713–1731. Бибкод : 2006MolEc..15.1713X . дои : 10.1111/j.1365-294X.2006.02882.x . ISSN 1365-294X . ПМИД 16689892 . S2CID 16374800 .
^ Кэмпбелл, Барбара Дж.; Энгель, Аннетт Саммерс ; Портер, Меган Л.; Такай, Кен (1 июня 2006 г.). «Универсальные эпсилон-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидной среде обитания». Обзоры природы. Микробиология . 4 (6): 458–468. дои : 10.1038/nrmicro1414 . ISSN 1740-1526 . ПМИД 16652138 . S2CID 10479314 .
^ Янош, Клаудия (2015). «Серная оксигеназа-редуктаза (Sor) в умеренно термоацидофильных выщелачивающих бактериях: исследования на Sulfobacillus thermosulfidooxydans и Acidithiobacillus Caldus» . Микроорганизмы . 3 (4): 707–724. дои : 10.3390/микроорганизмы3040707 . ПМК 5023260 . ПМИД 27682113 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Хан, Ючен; Пернер, Мирьям (2016). «Потребление сульфида у Sulfurimonas denitrificans и гетерологичная экспрессия его трех гомологов SQR» . Американское общество микробиологии . 198 (8): 1260–1267. дои : 10.1128/JB.01021-15 . ПМЦ 4859588 . ПМИД 26833414 .
^ Геверц, Д.; Теланг, Эй Джей; Вордоу, Г.; Дженнеман, GE (1 июня 2000 г.). «Выделение и характеристика штаммов CVO и FWKO B, двух новых нитратредуцирующих и сульфидокисляющих бактерий, выделенных из нефтяных месторождений» . Прикладная и экологическая микробиология . 66 (6): 2491–2501. Бибкод : 2000ApEnM..66.2491G . дои : 10.1128/aem.66.6.2491-2501.2000 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 110567 . ПМИД 10831429 .
^ Винье, Полетт М.; Биллоуд, Бернар (1 октября 2007 г.). «Происхождение, классификация и биологическая функция гидрогеназ: обзор». Химические обзоры . 107 (10): 4206–4272. дои : 10.1021/cr050196r . ISSN 0009-2665 . ПМИД 17927159 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Эмерсон, Дэвид; Мойер, Крейг Л. (2010). Микробиология подводных гор . Роквилл, США: Океанография. п. 151.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Андерсон, Рут; Вилезич, Клаудия; Глаубиц, Сабина; Лабренц, Матиас; Юргенс, Клаус (01 мая 2013 г.). «Влияние выпаса протистов на ключевую группу бактерий для биогеохимического круговорота на границах пелагических кислородных и бескислородных зон Балтийского моря». Экологическая микробиология . 15 (5): 1580–1594. Бибкод : 2013EnvMi..15.1580A . дои : 10.1111/1462-2920.12078 . ISSN 1462-2920 . ПМИД 23368413 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Гош, Риддхиман; Плотина, Бомба (01 ноября 2009 г.). «Биохимия и молекулярная биология литотрофного окисления серы таксономически и экологически разнообразными бактериями и архей» . Обзоры микробиологии FEMS . 33 (6): 999–1043. дои : 10.1111/j.1574-6976.2009.00187.x . ISSN 1574-6976 . ПМИД 19645821 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Тянь, Хуэймэй; Гао, Пейке; Чен, Чжаохуэй; Ли, Яншу; Ли, Ян; Ван, Янсен; Чжоу, Цзефан; Ли, Гоцян; Ма, Тинг (2 февраля 2017 г.). «Состав и численность сульфатредуцирующих и сераокисляющих микроорганизмов в обводненных нефтяных резервуарах с различной температурой в Китае» . Границы микробиологии . 8 : 143. дои : 10.3389/fmicb.2017.00143 . ISSN 1664-302X . ПМЦ 5288354 . ПМИД 28210252 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д «Изменения в ходе экспериментов по исключению хищников с... - Рисунок 3 из 6» . Исследовательские ворота . Проверено 23 марта 2017 г.
^ Ниманн, Хельге; Линке, Питер; Книттел, Катрин; Макферсон, Энрике; Боэций, Антье; Брюкманн, Уорнер; Ларвик, Гауте; Вальманн, Клаус; Шахт, Ульрика (07 октября 2013 г.). «Поток метана и углерода в бентосную пищевую сеть на холодных просачиваниях - пример из зоны субдукции Коста-Рики» . ПЛОС ОДИН . 8 (10): е74894. Бибкод : 2013PLoSO...874894N . дои : 10.1371/journal.pone.0074894 . ISSN 1932-6203 . ПМК 3792092 . ПМИД 24116017 .
^ Гроте, Дж.; и др. (2012). «Геном и физиология модельной эпсилонпротеобактерии, ответственной за детоксикацию сульфидов в морских зонах с истощением кислорода» . ПНАС . 109 (2): 506–510. Бибкод : 2012PNAS..109..506G . дои : 10.1073/pnas.1111262109 . ПМЦ 3258601 . ПМИД 22203982 .

[1] Инагаки, Ф.; Такай, К.; Кобаяши, Х.; Нилсон, К.Х.; Хорикоши, К. (2003). «Sulfurimonas autotropica gen. nov., sp. nov., новая сероокисляющая ε-протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Среднеокинавского желоба». Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 53 (6): 1801–1805. дои : 10.1099/ijs.0.02682-0 . ПМИД 14657107 .

[:02-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с Кардман, Зена (2014). «Активные прокариотические сообщества вдоль термически и геохимически изменчивого трансекта в гидротермальных отложениях бассейна Гуаймас». Издательство диссертаций ProQuest . ПроКвест 1612445722 .

[:12-3] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т ^в ^v ^В ^х ^и Хан, Ючен; Пернер, Мирьям (1 января 2015 г.). «Всемирно распространенный род Sulfurimonas: универсальный энергетический метаболизм и адаптация к окислительно-восстановительным процессам» . Границы микробиологии . 6 : 989. дои : 10.3389/fmicb.2015.00989 . ПМЦ 4584964 . ПМИД 26441918 .

[:92-4] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Инагаки, Фумио; Такай, Кен; Кобаяши, Хидеки; Нилсон, Кеннет Х.; Хорикоши, Коки (1 января 2003 г.). «Sulfurimonas autotropica gen. nov., sp. nov., новая сероокисляющая ε-протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Среднеокинавского желоба». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1801–1805. дои : 10.1099/ijs.0.02682-0 . ПМИД 14657107 .

[:63-5] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к Сикорский, Йоханнес; Мунк, Кристина; Лапидус, Алла; Нгачу Джао, Оливье Дуплекс; Лукас, Сьюзен; Главина Дель Рио, Тихана; Нолан, Мэтт; Тайс, Хоуп; Хан, Клифф (27 октября 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Sulfurimonas autotropica (OK10T)» . Стандарты в геномных науках . 3 (2): 194–202. дои : 10.4056/sigs.1173118 . ISSN 1944-3277 . ПМК 3035374 . ПМИД 21304749 .

[:153-6] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т Лабренц, Матиас; Гроте, Яна; Маммич, Керстин; Бошкер, Хенрикус Т.С.; Лауэ, Майкл; Йост, Гюнтер; Глаубиц, Сабина; Юргенс, Клаус (01 января 2013 г.). «Sulfurimonas gotlandica sp. nov., хемоавтотрофная и психротолерантная эпсилонпротеобактерия, выделенная из пелагического редоксклина, и исправленное описание рода Sulfurimonas» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (11): 4141–4148. дои : 10.1099/ijs.0.048827-0 . ПМЦ 3836495 . ПМИД 23749282 .

[:112-7] Перейти обратно: ^а ^б Маммич, Керстин; Йост, Гюнтер; Юргенс, Клаус (01 февраля 2014 г.). «Влияние концентрации растворенного неорганического углерода и pH на рост хемолитоавтотрофной эпсилонпротеобактерии Sulfurimonas gotlandica GD1T» . МикробиологияОткрыть . 3 (1): 80–88. дои : 10.1002/mbo3.153 . ISSN 2045-8827 . ПМЦ 3937731 . ПМИД 24376054 .

[:52-8] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Мино, Саяка; Накагава, Сатоши; Макита, Хироко; Токи, Томохиро; Миядзаки, Дзюнъити; Зиверт, Стефан М; Польц, Мартин Ф; Инагаки, Фумио; Годфрой, Энн (2017). «Эндемичность космополитных мезофильных хемолитоавтотрофов Sulfurimonas в глубоководных гидротермальных источниках» . Журнал ISME . 11 (4): 909–919. Бибкод : 2017ISMEJ..11..909M . дои : 10.1038/ismej.2016.178 . ПМК 5364360 . ПМИД 28045457 .

[:102-9] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т ^в ^v Такай, Кен; Сузуки, Масаэ; Накагава, Сатоши; Миядзаки, Масаюки; Сузуки, Йохей; Инагаки, Фумио; Хорикоши, Коки (1 января 2006 г.). «Sulfurimonas paralvinellae sp. nov., новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф среди Epsilonproteobacteria, выделенный из гнезда полихет глубоководных гидротермальных источников, реклассификация Thiomicrospira denitrificans в Sulfurimonas denitrificans comb. nov. и исправленное описание рода Сульфуримонас» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (8): 1725–1733. дои : 10.1099/ijs.0.64255-0 . ПМИД 16901999 .

[:21-10] ЯННАШ, ХОЛЬГЕР В; ВИРСЕН, КАРЛ О.; НЕЛЬСОН, ДУГЛАС К.; РОБЕРТСОН, ЛЕСЛИ А. (1985). «Thiomicrospira crunogena sp. nov., бесцветная сероокисляющая бактерия из глубоководных гидротермальных источников» . Международный журнал систематической бактериологии . 35 (4): 422–424. дои : 10.1099/00207713-35-4-422 .

[:13-11] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Филлипс, Бреннан; Данбабин, Мэтью; Хеннинг, Брэд; Хауэлл, Кори; ДеЧиччио, Алекс; Флиндерс, Эштон; Келли, Кэтрин; Скотт, Джаррод; Альберт, Саймон (2016). «Изучение «Акульего канана»: биогеохимические наблюдения за подводным вулканом Кавачи (Соломоновы острова)» . Океанография . 29 (4): 160–169. дои : 10.5670/oceanog.2016.85 .

[:20-12] Перейти обратно: ^а ^б Гроте, Яна; Лабренц, Матиас; Пфайффер, Биргит; Йост, Гюнтер; Юргенс, Клаус (01 ноября 2007 г.). «Количественное распределение Epsilonproteobacteria и подгруппы Sulfurimonas в пелагических редоксклиналях центральной части Балтийского моря» . Прикладная и экологическая микробиология . 73 (22): 7155–7161. Бибкод : 2007ApEnM..73.7155G . дои : 10.1128/АЕМ.00466-07 . ISSN 0099-2240 . ПМК 2168200 . ПМИД 17921285 .

[:4-13] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л ^м ^н ^тот ^п ^д ^р ^с ^т Хан, Ючен; Пернер, Мирьям (2014). «Роль водорода в метаболизме Sulfurimonas denitrificans» . ПЛОС ОДИН . 9 (8): е106218. Бибкод : 2014PLoSO...9j6218H . дои : 10.1371/journal.pone.0106218 . ПМЦ 4149538 . ПМИД 25170905 .

[:8-14] Перейти обратно: ^а ^б ^с Гроте, Яна; Шотт, Томас; Брукнер, Кристиан Г.; Глекнер, Фрэнк Оливер; Йост, Гюнтер; Тилинг, Ханно; Лабренц, Матиас; Юргенс, Клаус (10 января 2012 г.). «Геном и физиология модельной эпсилонпротеобактерии, ответственной за детоксикацию сульфидов в морских зонах с истощением кислорода» . Труды Национальной академии наук . 109 (2): 506–510. Бибкод : 2012PNAS..109..506G . дои : 10.1073/pnas.1111262109 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 3258601 . ПМИД 22203982 .

[LPSN-15] АС Парте; и др. «Сульфуримонас» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2023 г.

[NCBI-16] Сэйерс; и др. «Сульфуримонас» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2023 г.

[LTP-17] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[18] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[19] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-20] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-21] "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-22] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[23] Сюй, Цзяньпин (01 июня 2006 г.). «ПРИГЛАШЕННЫЙ ОБЗОР: Микробная экология в эпоху геномики и метагеномики: концепции, инструменты и последние достижения» . Молекулярная экология . 15 (7): 1713–1731. Бибкод : 2006MolEc..15.1713X . дои : 10.1111/j.1365-294X.2006.02882.x . ISSN 1365-294X . ПМИД 16689892 . S2CID 16374800 .

[24] Кэмпбелл, Барбара Дж.; Энгель, Аннетт Саммерс ; Портер, Меган Л.; Такай, Кен (1 июня 2006 г.). «Универсальные эпсилон-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидной среде обитания». Обзоры природы. Микробиология . 4 (6): 458–468. дои : 10.1038/nrmicro1414 . ISSN 1740-1526 . ПМИД 16652138 . S2CID 10479314 .

[25] Янош, Клаудия (2015). «Серная оксигеназа-редуктаза (Sor) в умеренно термоацидофильных выщелачивающих бактериях: исследования на Sulfobacillus thermosulfidooxydans и Acidithiobacillus Caldus» . Микроорганизмы . 3 (4): 707–724. дои : 10.3390/микроорганизмы3040707 . ПМК 5023260 . ПМИД 27682113 .

[:2-26] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Хан, Ючен; Пернер, Мирьям (2016). «Потребление сульфида у Sulfurimonas denitrificans и гетерологичная экспрессия его трех гомологов SQR» . Американское общество микробиологии . 198 (8): 1260–1267. дои : 10.1128/JB.01021-15 . ПМЦ 4859588 . ПМИД 26833414 .

[27] Геверц, Д.; Теланг, Эй Джей; Вордоу, Г.; Дженнеман, GE (1 июня 2000 г.). «Выделение и характеристика штаммов CVO и FWKO B, двух новых нитратредуцирующих и сульфидокисляющих бактерий, выделенных из нефтяных месторождений» . Прикладная и экологическая микробиология . 66 (6): 2491–2501. Бибкод : 2000ApEnM..66.2491G . дои : 10.1128/aem.66.6.2491-2501.2000 . ISSN 0099-2240 . ПМЦ 110567 . ПМИД 10831429 .

[28] Винье, Полетт М.; Биллоуд, Бернар (1 октября 2007 г.). «Происхождение, классификация и биологическая функция гидрогеназ: обзор». Химические обзоры . 107 (10): 4206–4272. дои : 10.1021/cr050196r . ISSN 0009-2665 . ПМИД 17927159 .

[:22-29] Перейти обратно: ^а ^б ^с Эмерсон, Дэвид; Мойер, Крейг Л. (2010). Микробиология подводных гор . Роквилл, США: Океанография. п. 151.

[:32-30] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Андерсон, Рут; Вилезич, Клаудия; Глаубиц, Сабина; Лабренц, Матиас; Юргенс, Клаус (01 мая 2013 г.). «Влияние выпаса протистов на ключевую группу бактерий для биогеохимического круговорота на границах пелагических кислородных и бескислородных зон Балтийского моря». Экологическая микробиология . 15 (5): 1580–1594. Бибкод : 2013EnvMi..15.1580A . дои : 10.1111/1462-2920.12078 . ISSN 1462-2920 . ПМИД 23368413 .

[:17-31] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и Гош, Риддхиман; Плотина, Бомба (01 ноября 2009 г.). «Биохимия и молекулярная биология литотрофного окисления серы таксономически и экологически разнообразными бактериями и архей» . Обзоры микробиологии FEMS . 33 (6): 999–1043. дои : 10.1111/j.1574-6976.2009.00187.x . ISSN 1574-6976 . ПМИД 19645821 .

[:16-32] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Тянь, Хуэймэй; Гао, Пейке; Чен, Чжаохуэй; Ли, Яншу; Ли, Ян; Ван, Янсен; Чжоу, Цзефан; Ли, Гоцян; Ма, Тинг (2 февраля 2017 г.). «Состав и численность сульфатредуцирующих и сераокисляющих микроорганизмов в обводненных нефтяных резервуарах с различной температурой в Китае» . Границы микробиологии . 8 : 143. дои : 10.3389/fmicb.2017.00143 . ISSN 1664-302X . ПМЦ 5288354 . ПМИД 28210252 .

[:19-33] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д «Изменения в ходе экспериментов по исключению хищников с... - Рисунок 3 из 6» . Исследовательские ворота . Проверено 23 марта 2017 г.

[:18-34] Ниманн, Хельге; Линке, Питер; Книттел, Катрин; Макферсон, Энрике; Боэций, Антье; Брюкманн, Уорнер; Ларвик, Гауте; Вальманн, Клаус; Шахт, Ульрика (07 октября 2013 г.). «Поток метана и углерода в бентосную пищевую сеть на холодных просачиваниях - пример из зоны субдукции Коста-Рики» . ПЛОС ОДИН . 8 (10): е74894. Бибкод : 2013PLoSO...874894N . дои : 10.1371/journal.pone.0074894 . ISSN 1932-6203 . ПМК 3792092 . ПМИД 24116017 .

[gotlandica-35] Гроте, Дж.; и др. (2012). «Геном и физиология модельной эпсилонпротеобактерии, ответственной за детоксикацию сульфидов в морских зонах с истощением кислорода» . ПНАС . 109 (2): 506–510. Бибкод : 2012PNAS..109..506G . дои : 10.1073/pnas.1111262109 . ПМЦ 3258601 . ПМИД 22203982 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]