Сахарибактерии
| Сахарибактерии | |
|---|---|
| |
| ок. Nanosynbacter lyticus (он же TM7x, зеленый) и бактерии-хозяева (красный). Масштабные линейки составляют 5 мкм. | |
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| (без рейтинга): | |
| Тип: | Сахарибактерии Альбертсен и др. 2013 год
|
| Сорт: | «Сахаримонадия» исправление. Маклин и др. 2020 год
|
| Заказ: | "Сахаримонадале" исправление. Маклин и др. 2020 год
|
| Семьи | |
| |
| Синонимы | |
| |
Сахарибактерии , ранее известные как TM7 , [ 1 ] является основной бактериальной линией. Он был обнаружен посредством секвенирования 16S рРНК . [ 2 ]
TM7x из ротовой полости человека был культивирован и показал, что TM7x представляет собой чрезвычайно маленький кокк (200-300 нм) и ведет особый образ жизни, ранее не наблюдавшийся у микробов, связанных с человеком. [ 3 ] Это облигатный эпибионт различных хозяев, включая Actinomyces odontolyticus штамм (XH001), но он также имеет паразитическую фазу, тем самым убивая своего хозяина. Полная последовательность генома выявила сильно сокращенный геном (705 КБ). [ 4 ] и полное отсутствие биосинтетической способности аминокислот. культуре TM7 из полости рта, но ни последовательность, ни культура не были доступны. аксенической В 2014 году сообщалось об [ 5 ]
Наряду с кандидатом типа TM6 , [ 6 ] он был назван в честь последовательностей, полученных в 1994 году в ходе экологического исследования образца почвы торфяного болота в Германии, где 262 ПЦР-амплифицированных фрагмента 16S рДНК были клонированы в плазмидный вектор, названный TM-клонами для Torf, Mittlere Schicht ( букв. торф, средний слой). ). [ 7 ] С тех пор он был обнаружен в нескольких средах, например, в активном иле , [ 8 ] [ 9 ] водоочистных сооружений шлам [ 10 ] тропического леса , почва [ 11 ] человеческая слюна , [ 12 ] [ 13 ] в сочетании с губками , [ 14 ] тараканы , [ 15 ] золотые прииски , [ 16 ] ацетата , с добавками водоносного горизонта осадок [ 17 ] и других средах (бар термофильных ), что делает его многочисленным и широко распространенным типом. Недавно рДНК TM7 и целые клетки были обнаружены в активированном иле с идентичностью более 99,7% TM7 кожи человека и 98,6% идентичностью TM7a пероральной полости человека. [ 18 ] предполагая, что метаболически активные изоляты TM7 в окружающей среде могут служить модельными организмами для изучения роли видов TM7 в здоровье человека.
Характеристики
[ редактировать ]TM7-специфичные зонды FISH , идентифицирующие виды из ила биореактора, выявили наличие оболочек грамположительных клеток и нескольких морфотипов : покрытая оболочкой нить (обильная), палочка , состоящая из коротких цепочек, толстая нить и кокки ; первое может быть причиной Eikelboom типа 0041 (проблемы с набуханием активного ила). [ 10 ] Большинство типов бактерий представляют собой грамотрицательные дидермы , тогда как только Bacillota , Actinomycetota и Chloroflexota являются монодермами . [ 19 ]
Используя поликарбонатную мембрану в качестве ростовой поддержки и экстракт почвы в качестве субстрата, после 10-дневной инкубации выращивали микроколонии этой клады, состоящие из длинных нитевидных палочек длиной до 15 мкм с количеством клеток менее 50 или коротких палочек с несколькими сотнями клеток на колонию. . [ 20 ]
Благодаря микрофлюидному чипу, позволяющему изолировать и амплифицировать геном одной клетки, был секвенирован геном трех клеток с морфологией длинных нитей с идентичной 16S рРНК, чтобы создать черновой вариант последовательности генома, подтверждающий некоторые ранее установленные свойства и поясняющий некоторые из его метаболические возможности, раскрывающие новые гены и намекающие на потенциальные патогенные способности. [ 21 ]
более 50 различных филотипов . Идентифицировано [ 19 ] и он имеет относительно умеренное расхождение последовательностей 16S рДНК внутри деления, составляющее 17%, которое колеблется от 13 до 33%. [ 10 ] Интерактивное филогенетическое дерево TM7, [ 18 ] построен с использованием jsPhyloSVG , [ 22 ] обеспечивает быстрый доступ к последовательностям GenBank и расчетам матрицы расстояний между ветвями дерева.
Исследования стабильных изотопов показали, что некоторые представители этого типа могут разлагать толуол . [ 23 ] [ 24 ]
Таксономия
[ редактировать ]| 120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
| Раппе и Джованнони 2003 [ 19 ] | ||||||||||||||||||||||||||||||
|
| Динис и др. 2011 г. [ 18 ] | |||||||||||||||||||||||||||
|
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [ 34 ] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) [ 1 ]
- Класс « Сахаримонадии » корриг. Маклин и др. 2020 ["Нанопериодонтоморбия" исправ. Маклин и др. 2020 ; «Наносинкокция» корриг. Маклин и др. 2020 ]
- Отряд « Saccharimonadales » McLean et al. 2020 ["Nanogingivalales" корриг. Маклин и др. 2020 ; «Нанопериодонтоморбалес» корриг. Маклин и др. 2020 ; «Nanosynbacterales» McLean et al. 2020 ; «Nanosyncoccales» McLean et al. 2020 ]
- « Ca. Minimicrobia » Ибрагим и др. 2021 год
- « Ca. M. naudis» Ибрагим и др. 2021 год
- « Ca.M.vallesae » Ibrahim et al. 2021 год
- « Ca. Mycolatisynbacter » корриг. Батинович и др. 2021 [" Ca. Mycosynbacter" Батинович и др. 2021 ] (JR1)
- « Ca. M. amalyticus» корриг. Батинович и др. 2021 год
- « Ca. Nanosynsaccharibacterium » корриг. Маклин и др. 2020 год
- Семья AMD01
- " Ка. Чаэра " корриг. Лемос и др. 2019 год
- " Ка. К. Реней" правильно. Лемос и др. 2019 год
- " Ка. Чаэра " корриг. Лемос и др. 2019 год
- Семейство « Nanogingivalaceae » McLean et al. 2020 год
- « Ca. Nanogingivalis » McLean et al. 2020 (CMJM_G6_1_HOT_870; UMGS1907)
- « Ca. N. gingiviccus» McLean et al. 2020 год
- « Ca. Nanogingivalis » McLean et al. 2020 (CMJM_G6_1_HOT_870; UMGS1907)
- Семейство Nano periodontomorbaceae , исправ . Маклин и др. 2020 год
- " Ca. Nano periodontomorbus " корриг. Маклин и др. 2020 (EAM_G5_1_HOT_356; UBA1103)
- « Ca. N. periodonticus» корриг. Маклин и др. 2020 год
- " Ca. Nano periodontomorbus " корриг. Маклин и др. 2020 (EAM_G5_1_HOT_356; UBA1103)
- Семейство « Nanosynbacteraceae » McLean et al. 2020 год
- « Ca. Nanosynbacter » McLean et al. 2020 (ТМ7x)
- « Ca.N. Ферлиты » McLean et al. 2020 год
- « Ca.N.lyticus » McLean et al. 2020 год
- « Ca. Nanosynbacter » McLean et al. 2020 (ТМ7x)
- Семейство « Nanosyncocccaceae » McLean et al. 2020 год
- « Ca. Nanosyncoccus » McLean et al. 2020 (G3_2_Rum_HOT_351B; UBA2866)
- « Ca.N.alces » McLean et al. 2020 год
- « Ca. N. nanoralicus» McLean et al. 2020 год
- « Ca. Nanosyncoccus » McLean et al. 2020 (G3_2_Rum_HOT_351B; UBA2866)
- Семейство « Saccharimonadaceae » McLean et al. 2020 год
- « Ca. Saccharimonas » Albertsen et al. 2013 год
- « Ca.S.aalborgensis » Albertsen et al. 2013 год
- « Ca. Saccharimonas » Albertsen et al. 2013 год
- Семья UBA1547
- « Ca. Microsaccharimonas » корриг. Лемос и др. 2019 [«Кандидат на сахарибактеры» Lemos et al. 2019 г., а не Джодзима и др. 2004 ] (AMD02; UBA6175)
- « Ca. M. sossegonensis» правильно. Лемос и др. 2019 год
- « Ca. Microsaccharimonas » корриг. Лемос и др. 2019 [«Кандидат на сахарибактеры» Lemos et al. 2019 г., а не Джодзима и др. 2004 ] (AMD02; UBA6175)
- « Ca. Minimicrobia » Ибрагим и др. 2021 год
- Отряд « Saccharimonadales » McLean et al. 2020 ["Nanogingivalales" корриг. Маклин и др. 2020 ; «Нанопериодонтоморбалес» корриг. Маклин и др. 2020 ; «Nanosynbacterales» McLean et al. 2020 ; «Nanosyncoccales» McLean et al. 2020 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Сэйерс; и др. «Сахарибактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2021 г.
- ^ Пейс, NR (2009). «Картирование Древа Жизни: прогресс и перспективы» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 73 (4): 565–576. дои : 10.1128/MMBR.00033-09 . ПМЦ 2786576 . ПМИД 19946133 .
- ^ Он, Сюэсун; Маклин, Джеффри С.; Эдлунд, Анна; Юсеф, Сибу; Холл, Адам П.; Лю, Су-Ян; Доррестейн, Питер К.; Эскенази, Эдуардо; Хантер, Райан К. (6 января 2015 г.). «Культивирование связанного с человеком филотипа TM7 выявляет уменьшенный геном и эпибиотический паразитический образ жизни» . Труды Национальной академии наук . 112 (1): 244–249. Бибкод : 2015PNAS..112..244H . дои : 10.1073/pnas.1419038112 . ISSN 0027-8424 . ПМК 4291631 . ПМИД 25535390 .
- ^ «Кандидатный оральный таксон Saccharibacteria TM7x (ID 241438) - Биопроект - NCBI» .
- ^ Соро, В. (2014). «Аксеническая культура бактерии-кандидата отдела TM7 из полости рта человека и взаимодействие биопленки с другими бактериями полости рта» . Прикладная и экологическая микробиология . 80 (20): 6480–6489. Бибкод : 2014ApEnM..80.6480S . дои : 10.1128/АЕМ.01827-14 . ПМК 4178647 . ПМИД 25107981 .
- ^ Маклин, Джеффри С.; Ломбардо, Мэри-Джейн; Бэджер, Джонатан Х.; Эдлунд, Анна; Новотный, Марк; Йи-Гринбаум, Джойклин; Вяххи, Николай; Холл, Адам П.; Ян, Ёнгик (25 июня 2013 г.). «Геном кандидата типа TM6, извлеченный из биопленки больничной раковины, дает геномное представление об этом некультивируемом типе» . Труды Национальной академии наук . 110 (26): Е2390–Е2399. Бибкод : 2013PNAS..110E2390M . дои : 10.1073/pnas.1219809110 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 3696752 . ПМИД 23754396 .
- ^ Реймс, Х.; Рейни, ФА; Стакебрандт, Э. (1996). «Молекулярный подход к поиску разнообразия бактерий в окружающей среде» . Журнал промышленной микробиологии и биотехнологии . 17 (3–4): 159–169. дои : 10.1007/BF01574689 . S2CID 31868442 .
- ^ Бонд, Польша; Гугенгольц, П; Келлер, Дж; Блэколл, LL (1995). «Структуры бактериального сообщества удаляющих и не удаляющих фосфаты активных илов из реакторов периодического секвенирования» . Прикладная и экологическая микробиология . 61 (5): 1910–6. Бибкод : 1995ApEnM..61.1910B . дои : 10.1128/АЕМ.61.5.1910-1916.1995 . ПМК 167453 . ПМИД 7544094 .
- ^ Годон, Джей-Джей; Цумштейн, Э; Даберт, П; Хабузит, Ф; Молетта, Р. (1997). «Молекулярное микробное разнообразие анаэробного дигестера, определенное с помощью анализа последовательности малых субъединиц рДНК» . Прикладная и экологическая микробиология . 63 (7): 2802–13. Бибкод : 1997ApEnM..63.2802G . дои : 10.1128/АЕМ.63.7.2802-2813.1997 . ПМК 168577 . ПМИД 9212428 .
- ^ Jump up to: а б с Гугенгольц, П.; Тайсон, GW; Уэбб, Род-Айленд; Вагнер, AM; Блэколл, LL (2001). «Исследование потенциального подразделения TM7, недавно признанной основной линии доменных бактерий без известных представителей чистой культуры» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (1): 411–419. Бибкод : 2001ApEnM..67..411H . дои : 10.1128/АЕМ.67.1.411-419.2001 . ПМК 92593 . ПМИД 11133473 .
- ^ Борнеман, Дж; Триплетт, EW (1997). «Молекулярное микробное разнообразие в почвах восточной Амазонии: свидетельства существования необычных микроорганизмов и сдвигов микробных популяций, связанных с вырубкой лесов» . Прикладная и экологическая микробиология . 63 (7): 2647–53. Бибкод : 1997ApEnM..63.2647B . дои : 10.1128/АЕМ.63.7.2647-2653.1997 . ПМК 168563 . ПМИД 9212415 .
- ^ Лазаревич В.; Уайтсон, К.; Эрнандес, Д.; Франсуа, П.; Шренцель, Дж. (2010). «Изучение меж- и внутрииндивидуальных изменений микробиоты слюны» . БМК Геномика . 11 : 523. дои : 10.1186/1471-2164-11-523 . ПМК 2997015 . ПМИД 20920195 .
- ^ Дьюхерст, FE; Чен, Т.; Изард, Дж.; Пастер, Би Джей; Таннер, ACR; Ю, В.-Х.; Лакшманан, А.; Уэйд, WG (2010). «Микробиом полости рта человека» . Журнал бактериологии . 192 (19): 5002–5017. дои : 10.1128/JB.00542-10 . ПМЦ 2944498 . ПМИД 20656903 .
- ^ Тиль, В.; Лейнингер, С.; Шмальйоханн, Р.; Брюммер, Ф.; Имхофф, Дж. Ф. (2007). «Специфические для губок бактериальные ассоциации средиземноморской губки Chondrilla nucula (Demospongiae, Tetractinomorpha)». Микробная экология . 54 (1): 101–111. дои : 10.1007/s00248-006-9177-y . ПМИД 17364249 . S2CID 34564973 .
- ^ Берланга, М; Пастер, Би Джей; Герреро, Р. (2009). «Таксофизиологический парадокс: изменения микробиоты кишечника таракана-ксилофага Cryptocercus punctulatus в зависимости от физиологического состояния хозяина». Международная микробиология . 12 (4): 227–36. ПМИД 20112227 .
- ^ Растоги, Г.; Стетлер, Л.Д.; Пейтон, Б.М.; Сани, РК (2009). «Молекулярный анализ прокариотического разнообразия в глубоких недрах бывшего золотого рудника Хоумстейк, Южная Дакота, США» . Журнал микробиологии . 47 (4): 371–384. дои : 10.1007/s12275-008-0249-1 . ПМИД 19763410 . S2CID 7972151 .
- ^ Кантор, Роуз С.; Райтон, Келли С.; Хэндли, Ким М.; Шарон, Итай; Обнимаю, Лаура А.; Кастель, Синди Дж.; Томас, Брайан С.; Банфилд, Джиллиан Ф. (1 января 2013 г.). «Маленькие геномы и редкий метаболизм бактерий, связанных с отложениями, из четырех типов-кандидатов» . мБио . 4 (5): e00708–00713. дои : 10.1128/mBio.00708-13 . ISSN 2150-7511 . ПМК 3812714 . ПМИД 24149512 .
- ^ Jump up to: а б с д Динис, Дж. М.; Бартон, Делавэр; Гадири, Дж.; Сурендар, Д.; Редди, К.; Веласкес, Ф.; Чаффи, CL; Ли, MCW; Гаврилова Х.; Озуна, Х.; Смитс, SA; Оуверни, CC (2011). Ян, Чинг-Хонг (ред.). «В поисках некультивируемой бактерии TM7, связанной с человеком, в окружающей среде» . ПЛОС ОДИН . 6 (6): e21280. Бибкод : 2011PLoSO...621280D . дои : 10.1371/journal.pone.0021280 . ПМК 3118805 . ПМИД 21701585 .
- ^ Jump up to: а б с Раппе, М.С.; Джованнони, SJ (2003). «Некультурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии . 57 : 369–394. дои : 10.1146/annurev.micro.57.030502.090759 . ПМИД 14527284 .
- ^ Феррари, Британская Колумбия; Биннеруп, С.Дж.; Гиллингс, М. (2005). «Культивирование микроколоний на мембранной системе почвенного субстрата отбирает ранее некультивируемые почвенные бактерии» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (12): 8714–8720. Бибкод : 2005ApEnM..71.8714F . дои : 10.1128/АЕМ.71.12.8714-8720.2005 . ПМЦ 1317317 . ПМИД 16332866 .
- ^ Марси, Ю.; Оуверни, К.; Бик, Э.М.; Лосеканн, Т.; Иванова Н.; Мартин, Х.Г.; Сзето, Э.; Платт, Д.; Гугенгольц, П.; Релман, Д.А.; Землетрясение, СР (2007). «Первая статья: Рассечение биологической «темной материи» с помощью одноклеточного генетического анализа редких и некультивируемых микробов TM7 изо рта человека» . Труды Национальной академии наук . 104 (29): 11889–11894. Бибкод : 2007PNAS..10411889M . дои : 10.1073/pnas.0704662104 . ЧВК 1924555 . ПМИД 17620602 .
- ^ Смитс, SA; Оуверни, CC (2010). Пун, Арт Ф.Ю. (ред.). «JsPhyloSVG: библиотека Javascript для визуализации интерактивных и векторных филогенетических деревьев в Интернете» . ПЛОС ОДИН . 5 (8): e12267. Бибкод : 2010PLoSO...512267S . дои : 10.1371/journal.pone.0012267 . ПМЦ 2923619 . ПМИД 20805892 .
- ^ Се, С.; Сан, В.; Луо, К.; Капплс, AM (2010). «Новые аэробные микроорганизмы, разлагающие бензол, выявленные в трех почвах с помощью зондирования стабильными изотопами». Биодеградация . 22 (1): 71–81. дои : 10.1007/s10532-010-9377-5 . ПМИД 20549308 . S2CID 9840162 .
- ^ Луо, К.; Се, С.; Сан, В.; Ли, Х.; Капплс, AM (2009). «Идентификация новой бактерии, разлагающей толуол, из кандидатского типа TM7, как определено с помощью зондирования стабильных изотопов ДНК» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (13): 4644–4647. Бибкод : 2009ApEnM..75.4644L . дои : 10.1128/АЕМ.00283-09 . ПМК 2704817 . ПМИД 19447956 .
- ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ Jump up to: а б CL Schoch, Sayers et al .: Группа Parcubaacteria , группа Parcubaacteria (клада/супертип, син.-кандидатный отдел OD1); Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)
- ^ Дэмиен М. де Вьен: Группа Parcubaacteria , Карта жизни NCBI, Лионский университет . Lifemap — это интерактивный инструмент для изучения таксономии NCBI.
- ^ Майкл А. Дойка, Филип Хугенхольц, Шеридан К. Хаак, Норман Р. Пейс: Микробное разнообразие в водоносном горизонте, загрязненном углеводородами и хлорированными растворителями, подвергающемся внутренней биоремедиации . В: Прикл. АСМ. Окружающая среда. Микробиол. 64(10): 3869-3877. 29 октября 2020 г. doi:10.1128/AEM.64.10.3869-3877.1998 . PMID 9758812. PMC PMC106571
- ^ CL Schoch, Sayers et al .: подразделение-кандидат WS5 , подразделение-кандидат WS5 (клада, син. подразделение-кандидат Wurtsmith 5); Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)
- ^ Дэмиен М. де Вьен: образцы окружающей среды - кандидат в подразделение WS5 , NCBI Lifemap, Лионский университет . Lifemap — это интерактивный инструмент для изучения таксономии NCBI.
- ^ Фредрик Бекхед, Рут Лей, Джастин Л. Зонненбург, Дэниел А. Петерсон, Джеффри И. Гордон: Хозяин-бактериальный мутуализм в кишечнике человека . В: Science 307 (5717): 1915–1920. Апрель 2005 г. doi:10.1126/science.1104816 . PMID 15790844
- ^ Ж. П. Эзеби. «Сахарибактерии» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 27 июня 2021 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Ультрамаленькие паразитические бактерии, обнаруженные в грунтовых водах, собаках, кошках и в вас ; на: SciTechDaily; 21 июля 2020 г.; источник: Институт Форсайта
- Джеффри С. Маклин, Батбилег Бор, Кристофер А. Кернс, Келли Райтон, Веньюань Ши, Сюэсун Хэ и др. : Приобретение и адаптация сверхмалых паразитических бактерий с уменьшенным геномом к млекопитающим-хозяевам ; в: CellRep 32, 107939; 21 июля 2020 г.; doi:10.1016/j.celrep.2020.107939
- Джеффри С. Маклин, Батбилег Бор, Тао Т. То, Цюаньхуэй Лю, Кристофер А. Кернс, Линдси Солден, Келли Райтон, Сюэсонг Хэ, Вэньюань Ши: Доказательства независимого приобретения и адаптации сверхмалых бактерий к человеку-хозяину в самых разных масштабах. разнообразные, но уменьшенные геномы типа Saccharibacteria ; на: bioRxiv; 02 февраля 2018 г.; doi: 10.1101/258137 (Предварительная печать)