Порядок ветвления типов бактерий (База данных геномной таксономии, 2018)
Существует несколько моделей порядка ветвления типов бактерий , одна из них — База данных таксономии генома (GTDB).
GTDB — это инициатива по созданию стандартизированной таксономии микробов, основанная на филогении генома, в первую очередь финансируемая стипендией лауреатов Австралийского исследовательского совета. Геномы, используемые для построения филогении, получены из RefSeq и Genbank , а выпуски GTDB индексируются с выпусками RefSeq , начиная с выпуска 76. Важно и все чаще то, что этот набор данных включает черновики геномов некультивируемых микроорганизмов, полученных из метагеномов и отдельных клеток, что обеспечивает улучшенную геномику. представление мира микробов. Все геномы перед включением в GTDB проходят независимый контроль качества с помощью CheckM.
Таксономия GTDB основана на геномных деревьях, полученных с помощью FastTree на основе выровненного объединенного набора из 120 однокопийных маркерных белков для бактерий и с помощью IQ-TREE на основе объединенного набора из 53 (начиная с RS207; 122 ранее) маркерных белков для архей. Дополнительные наборы маркеров также используются для перекрестной проверки древовидных топологий, включая составные рибосомальные белки и гены рибосомальной РНК.
Таксономия Национального центра биотехнологической информации (NCBI) изначально использовалась для украшения геномного дерева с помощью Tax2tree. на основе 16S рРНК Таксономия Greengenes используется в качестве дополнения к таксономии, особенно в областях дерева, где нет культивируемых представителей. Список названий прокариот со статусом в номенклатуре (LPSN) используется в качестве основного таксономического авторитета для установления приоритетов именования. Таксономические ранги нормализуются с использованием PhyloRank, а таксономия вручную корректируется для удаления полифилетических групп. [1] [2] [3] [4] [5]
Филогения
[ редактировать ]Кладограмма взята из версии GTDB 08-RS214 (28 апреля 2023 г.). [6] [7] [8] [9]
Общее примечание:
- Данные GTDB включают только имена доменов и типов. Любые более крупные группы добавляются редакторами Википедии путем сопоставления с известными таксономическими названиями по мере возможности.
- GTDB нормализует ранговые различия за счет геномной дивергенции, создавая новые имена. После этих названий могут быть добавлены комментарии, чтобы указать другие названия таких клад в литературе.
- Из-за прямоты преобразования кавычки для предлагаемых названий не приводятся.
Архея
[ редактировать ]
| « Эвриархеота » |
Бактерии
[ редактировать ]
| « Террабактерия » |
См. также
[ редактировать ]- Порядок ветвления бактериальных типов (Woese, 1987)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Раппе и Джованони, 2003).
- Порядок ветвления типов бактерий после живого дерева ARB Silva
- Порядок ветвления бактериальных типов (Ciccarelli et al., 2006)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Battistuzzi et al.,2004)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Гупта, 2001)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Кавальер-Смит, 2002)
Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Паркс, ДХ; Чувочина, М; Уэйт, Д.В.; Ринке, С; Скаршевский, А; Шомей, Пенсильвания; Гугенгольц, П. (ноябрь 2018 г.). «Стандартизированная таксономия бактерий, основанная на филогении генома, существенно пересматривает древо жизни». Природная биотехнология . 36 (10): 996–1004. bioRxiv 10.1101/256800 . дои : 10.1038/nbt.4229 . ПМИД 30148503 . S2CID 52093100 .
- ^ Паркс, ДХ; Чувочина, М; Шомей, Пенсильвания; Ринке, С; Массиг, Эй Джей; Гугенгольц, П. (сентябрь 2020 г.). «Полная межвидовая таксономия бактерий и архей» . Природная биотехнология . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964 . дои : 10.1038/s41587-020-0501-8 . ПМИД 32341564 . S2CID 216560589 .
- ^ Шомей, Пенсильвания; Массиг, Эй Джей; Гугенгольц, П; Паркс, DH (15 ноября 2019 г.). «GTDB-Tk: набор инструментов для классификации геномов с помощью базы данных таксономии геномов» . Биоинформатика . 36 (6): 1925–1927. doi : 10.1093/биоинформатика/btz848 . ПМЦ 7703759 . ПМИД 31730192 .
- ^ Алмейда, Александр; Найфач, Стивен; Боланд, Мигель; Строцци, Франческо; Беракочеа, Мартин; Ши, Чжоу Джейсон; Поллард, Кэтрин С.; Сахарова Екатерина; Паркс, Донован Х.; Гугенгольц, Филип; Сегата, Никола; Кирпидес, Никос К.; Финн, Роберт Д. (20 июля 2020 г.). «Единый каталог 204 938 эталонных геномов микробиома кишечника человека» . Природная биотехнология . 39 (1): 105–114. дои : 10.1038/s41587-020-0603-3 . ISSN 1087-0156 . ПМЦ 7801254 . ПМИД 32690973 .
- ^ Найфач, Стивен; и др. (9 ноября 2020 г.). «Геномный каталог микробиомов Земли» . Природная биотехнология . 39 (4): 499–509. дои : 10.1038/s41587-020-0718-6 . ПМК 8041624 . ПМИД 33169036 .
- ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ "ar53_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
- ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
