Порядок ветвления бактериальных типов (Woese, 1987)
Существует несколько моделей порядка ветвления бактериальных типов , одна из них была предложена в статье 1987 года Карлом Везе . [ 1 ]
Порядок ветвления, предложенный Карлом Везе, был основан на молекулярной филогении , которая считалась революционной, поскольку все предыдущие модели были основаны на обсуждениях морфологии. ( v. Монера ). [ 2 ] С тех пор было предложено несколько моделей, и в настоящее время не достигнут консенсус относительно порядка ветвления основных бактериальных линий. [ 3 ]
В качестве гена использовалась рибосомальная ДНК 16S .
Дерево
[ редактировать ]Названия были изменены, чтобы отразить более современную номенклатуру, используемую молекулярными филогенистами.
|
Археи + эукариоты | |
| Бактерии | |
Обратите внимание на имена
[ редактировать ]Несмотря на влияние статьи на классификацию бактерий, это не было предложением об изменении таксономии. Следовательно, многие клады получили официальные названия. Лишь впоследствии это произошло: например, «фиолетовые бактерии и родственники» были переименованы в Proteobacteria . [ 4 ]
Обсуждение
[ редактировать ]
В 1987 году Карл Вёзе , считающийся предшественником революции молекулярной филогении, разделил эубактерии на 11 подразделений на основе последовательностей 16S рибосомальной РНК (SSU), перечисленных ниже. [ 1 ] [ 6 ] С тех пор было предложено много новых типов.
- Пурпурные бактерии и их родственники (позже переименованные в протеобактерии). [ 7 ] )
- альфа-подраздел ( пурпурные несерные бактерии , ризобактерии , агробактерии , риккетсии , нитробактерии )
- бета-подраздел ( Rhodocyclus , (некоторые) Thiobacillus , Alcaligenes , Spirillum , Nitrosovibrio )
- гамма-подраздел (энтеральные вещества, флуоресцентные псевдомонады , пурпурные серобактерии , легионеллы , (некоторые) беггиатоа )
- дельта-подразделение (Редукторы серы и сульфатов ( Desulfovibrio ), Миксобактерии , Bdellovibrio )
- Грамположительные эубактерии [ Примечание 1 ]
- Виды с высоким содержанием G+C (позже переименованные в Actinobacteria [ 11 ] ) ( Actinomyces , Streptomyces , Arthrobacter , Micrococcus , Bifidobacterium )
- Виды с низким содержанием G+C (позже переименованные в Firmicutes). [ 11 ] ) ( Клостридии , Пептококки , Бациллы , Микоплазмы )
- Фотосинтезирующие виды ( гелиобактерии )
- Виды с грамотрицательными стенками ( Megasphaera , Sporomusa )
- Цианобактерии и хлоропласты ( Aphanocapsa , Oscillatoria , Nostoc , Synechococcus , Gloeobacter , Prochromon )
- Спирохеты и родственники
- Спирохеты ( Spirochaeta , Treponema , Borrelia )
- Лептоспиры ( Leptospira , Leptonema )
- Зеленые серобактерии ( Хлоробий , Хлорогерпетон )
- Bacteroides , Flavobacteria и родственники (позже переименованные в Bacteroidetes).
- Бактероиды ( Bacteroides , Fusobacterium )
- Группа флавобактерий ( Flavobacterium , Cytophaga , Saprospira , Flexibacter )
- Planctomyces и родственники (позже переименованные в Planctomycetes )
- Planctomyces ( Planctomyces , Pasteuria ) . Группа [ Примечание 2 ] )
- Термофилы ( Isocystis pallida )
- Хламидии ( Chlamydia psittaci , Chlamydia trachomatis )
- Радиорезистентные микрококки и их родственники (теперь обычно называемые Deinococcus-Thermus). [ 12 ] или Терми ) [ Примечание 3 ]
- Группа дейнококков ( Deinococcus radiodurans )
- Термофилы ( Thermus aquaticus )
- Зеленые несерные бактерии и их родственники (позже переименованные в Chloroflexi). [ 16 ] )
- Группа хлорофлексусов ( Chloroflexus , Herpetosiphon )
- Группа термомикробиумов ( Thermomicrobium roseum )
- Термотоги ( Thermotoga maritima )
Последний универсальный общий предок
[ редактировать ]Корень дерева, то есть узел последнего универсального общего предка , расположен между доменом Bacteria (или царством Eubacteria , как его тогда называли) и кладой, образованной доменами Archaea (ранее царство Archaebacteria ) и Eukaryotes . Это согласуется со всеми последующими исследованиями, за исключением исследования Томаса Кавалье-Смита в 2002 и 2004 годах, которое не было основано на молекулярной филогении. [ 17 ]
Эукариоты представляют собой мозаику различных линий:
- Геном в ядре происходит от первого эукариота без органелл, «уркариота», родственного вида предковому археону.
- Митохондрии — органеллы , произошедшие от протомитохондрий , вида Rickettsiales ( Alphaproteobacteria ) ( v. Reclinomonas и retortamonads ).
- Хлоропласты – органеллы цианобактериального происхождения.
Следовательно, Woese (1987) называет эту группу уркариотами.
Клада, состоящая из архей и ядерного генома эукариотов, названа Т. Кавальер-Смитом Неомурой. [ 17 ]
См. также
[ редактировать ]- Порядок ветвления бактериальных типов (Woese, 1987)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Раппе и Джованони, 2003).
- Порядок ветвления типов бактерий после живого дерева ARB Silva
- Порядок ветвления бактериальных типов (Ciccarelli et al., 2006)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Battistuzzi et al.,2004)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Гупта, 2001)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Кавальер-Смит, 2002)
- Везианская революция
Сноски
[ редактировать ]- ^ До недавнего времени считалось, что грамположительными являются только Firmicutes и Actinobacteria. Однако тип-кандидат TM7 также может быть грамположительным. [ 8 ] Однако Chloroflexi имеет один бислой, но не окрашивается (за некоторыми исключениями). [ 9 ] ). [ 10 ]
- ^ Pasteuria теперь отнесена к типу Bacilli , а не к типу Planctomycetes .
- ^ Было предложено назвать кладу Xenobacteria. [ 13 ] или гадобактерии [ 14 ] (последнее считается незаконным именем [ 15 ] ).
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Вёзе, ЧР (1987). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–71. дои : 10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987 . ПМК 373105 . ПМИД 2439888 .
- ^ Олсен Г.Дж., Вёзе Ч.Р., Овербик Р. (1994). «Ветры (эволюционных) перемен: вдохнуть новую жизнь в микробиологию» . Журнал бактериологии . 176 (1): 1–6. дои : 10.2172/205047 . ПМК 205007 . ПМИД 8282683 .
- ^ Пейс, NR (2009). «Картирование Древа Жизни: прогресс и перспективы» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 73 (4): 565–576. дои : 10.1128/MMBR.00033-09 . ПМЦ 2786576 . ПМИД 19946133 .
- ^ Штакебрандт; и др. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственников» » . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 38 (3): 321–325. дои : 10.1099/00207713-38-3-321 .
- ^ Шлюенцен Ф; и др. (2000). «Структура функционально активированной малой рибосомальной субъединицы с разрешением 3,3 ангстрема» . Клетка . 102 (5): 615–23. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . ПМИД 11007480 .
- ^ Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Карл Везе в авангарде революции в области бактериальной эволюции» . Ученый . 3 (10).
- ^ Штакебрандт; и др. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственников» » . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 38 (3): 321–325. дои : 10.1099/00207713-38-3-321 .
- ^ Гугенгольц, П.; Тайсон, GW; Уэбб, Род-Айленд; Вагнер, AM; Блэколл, LL (2001). «Исследование потенциального подразделения TM7, недавно признанной основной линии доменных бактерий без известных представителей чистой культуры» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (1): 411–9. дои : 10.1128/АЕМ.67.1.411-419.2001 . ПМК 92593 . ПМИД 11133473 .
- ^ Ябе, С.; Айба, Ю.; Сакаи, Ю.; Хазака, М.; Ёкота, А. (2010). « Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. nov. и Thermogemmatispora foliorum sp. nov., выделенных из опавших листьев на геотермальных почвах, и описание Thermogemmatisporaceae fam. nov. и Thermogemmatisporales ord. nov. в классе Ktedonobacteria» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (4): 903–910. дои : 10.1099/ijs.0.024877-0 . ПМИД 20495028 .
- ^ Сатклифф, IC (2011). «Архитектура клеточной оболочки в Chloroflexi: меняющаяся линия фронта в филогенетической войне за сферы влияния». Экологическая микробиология . 13 (2): 279–282. дои : 10.1111/j.1462-2920.2010.02339.x . ПМИД 20860732 .
- ^ Jump up to: а б Стакебрандт, Э.; Рейни, ФА; Уорд-Рейни, Нидерланды (1997). «Предложение о новой иерархической системе классификации Actinobacteria classis nov» . Международный журнал систематической бактериологии . 47 (2): 479–491. дои : 10.1099/00207713-47-2-479 .
- ^ Ж. П. Эзеби. «Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре: классификация Deinococcus – Thermus» . Архивировано из оригинала 27 января 2013 года . Проверено 30 декабря 2010 г.
- ^ Руководство Берджи по систематической бактериологии, 1-е изд.
- ^ Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД 11837318 .
- ^ «Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре — класс Hadobacteria» . ЛПСН . Архивировано из оригинала 19 апреля 2012 года . Проверено 30 декабря 2010 г. Эузеби, JP (1997). «Список названий бактерий, имеющих номенклатурное положение: папка доступна в Интернете» . Int J Syst Bacteriol . 47 (2): 590–2. дои : 10.1099/00207713-47-2-590 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 9103655 .
- ^ Бун Д.Р.; Кастенхольц Р.В. (18 мая 2001 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. Гэррити GM (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. стр. 721 . ISBN 978-0-387-98771-2 . Британская библиотека №. GBA561951.
- ^ Jump up to: а б Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД 11837318 .
