Трепонема

Трепонема
	Бледная трепонема спирохеты
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Спирохетата
Сорт:	Спирохета
Заказ:	Спирохеты
Семья:	Трепонемовые
Род:	Трепонема ; Шаудинн, 1905 г., исправление. Абт, Гёкер и Кленк, 2013 г.
Типовой вид
	Трепонема бледная ; (Шаудинн и Хоффманн, 1905 г.) Шаудинн, 1905 г.
Разновидность
	Посмотреть текст
Синонимы
	« Спиронема » Вильмен 1905 г. в Клебсе 1892 г. в Леже и Гессене 1922 г. в Рафинеске 1838 г. в Хохсте. 1842 г. в Линдли 1840 г. в Мике 1864 г. ; « Микроспиронема » Стайлз и Пфендер, 1905 г. ;

Трепонема — род бактерий спиралевидной формы . Основным видом трепонем, патогенных для человека, является Treponema pallidum , подвиды которого ответственны за такие заболевания, как сифилис , беджель и фрамбезия . Treponema carateum является причиной пинты . ^[2] Treponema paraluiscuniculi связана с сифилисом у кроликов . ^[3] Treponema succinifaciens была обнаружена в микробиоме кишечника традиционных сельских жителей. ^[4]

Филогения [ править ]

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^[5] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). ^[1]

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^[6]^[7]^[8]

120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^[9]^[10]^[11]

Трепонемовые

	Gracilinema Caldarium (Pohlschröder, Leschine & Canale-Parola 1995) Brune et al. 2022 год

	Zuelzera stenostrepta (Zuelzer 1912) Brune et al. 2022 год

Breznakiella homolactica Song et al. 2022 год

Helmutkoenigia isoptericolens (Dröge et al. 2008) Brune et al. 2022 год

	Leadbettera azotonutricia (Graber et al. 2004) Brune et al. 2022 год

	Treponema primitia Graber, Leadbetter & Breznak, 2004 г.

Брюспастера парасинтрофика Сонг и др. 2023 год

Teretinema zuelzerae (Canale-Parola 1980) Song et al. 2023 год

Трепонема

Т. средний Umemoto et al. 1997 год

T. phagedenis (Noguchi 1912) Brumpt 1922 из Kuhnert et al. 2020 год

T. denticola (Flügge 1886) Brumpt 1925 ex Chan et al. 1993 год

	Т. pedis Evans et al. 2009 год

	Т. putidum Wyss et al. 2004 г.

SS

Трепонема

Т. brennaborense Schrank et al. 1999 год

	Т. lecitinolyticum Wyss et al. 1999 год

	T.maltophilum Wyss et al. 1996 год

Т. pectinovorum Смайберт и Бурмейстер, 1983 г.

	Т. Брайанти Стэнтон и Канале-Парола, 1980 г.

	Т. ректальная Staton et al. 2017 год

Т. berlinense Nordhoff et al. 2005 г.

T. porcinum Nordhoff et al. 2005 г.

	Т. peruense Belkhou et al. 2021 год

	T. succinifaciens Cwyk и Canale-Parola 1981 г.

	Т. ruminis Newbrook et al. 2017 год

	Т. saccharophilum Paster & Canale-Parola 1986 г.

	Т. amylovorum Wyss et al. 1997 год

	Т. минор Wyss et al. 2001 год, а не Добелл 1912 год.

Т. Сокранский

T. s. paredis Smibert, Johnson & Ranney 1984

	T. s. buccale Smibert, Johnson & Ranney 1984

	T. s. socranskii Smibert, Johnson & Ranney 1984

видовая группа 2

Брезнакиелловые

Грацилинема кальдариум

Брезнакиелла гомолактика

	Ледбеттера азотонутриция

	Трепонемы примитивные

Трепонемовые

« Ca. Gallitreponema excrementavium» Gilroy et al. 2021 год

	« Ca. Avitreponema avistercoris» Gilroy et al. 2021 год

	Брюспастера парасинтрофика

Трепонема

Т. педис

	Т. дентикола

	Т. гнилой

	Т. средний

	« T. vincentii » (Бланшар, 1906 г.), Брампт, 1922 г., из Смайберта, 1984 г.

	T. pallidum (Schaudinn & Hoffmann 1905) Schaudinn 1905 [вкл. Treponema paraluiscuniculi (Jacobsthal 1920) Smibert 1974 ]

	Т. фагеденис

SS

Трепонема

	Трепонема бреннаборенса

	« Ca. Treponema excrementipulum» Gilroy et al. 2021 год

	Трепонема лецитинолитическая

	Трепонема мальтофилум

	Treponema bryantii

	Трепонема свиная

	Трепонема маленькая

	Трепонема сокранская

Трепонема перуэнская

	Трепонема ректальная

	Т. сукцинификанс

	Трепонема Берлиненсе

	Трепонема пектиниворум

Трепонема руминум

	Трепонема сахарофилум

	« Treponema zioleckii » Пикнова и др. 2008 год

видовая группа 2

SS

Неназначенные виды:

« Ca. Treponema caballi» Gilroy et al. 2022 год
Трепонема каллигирум Ногучи 1913 г.
Treponema carateum Brumpt 1939 ( пинту вызывающая трепонема, )
« Лошадь Ca.T. » Гилрой и др. 2022 нет (Новый и Напп 1906) Ногучи 1928
« Ca. T. equifaecale» Gilroy et al. 2022 год
« Ca. Treponema faecavium» Gilroy et al. 2021 год
« Внутриклеточный Ca.T. » Ohkuma et al. коррекция 2015 г. Орен и др. 2020 год
" T. legeri " (Дюбоск и Лебайи, 1912 г.) Зульцер, 1925 г.
" Т. macrodentium " Ногучи 1912 г.
« Ca. T. merdequi» Гилрой и др. 2022 год
Treponema paraluisleporis Lumeij et al. 1994 г.
Treponema pertenue (Castellani 1905) Castellani & Chalmers 1910
Treponema refringens (Schaudinn and Hofmann 1905) Кастеллани и Чалмерс
« Ca. T. scatequi» Гилрой и др. 2022 год
« Treponema scoliodonta » (Hoffmann 1920) Noguchi 1928 ex Smibert 1984
« Ca. Treponema suis» Molbak et al. 2006 г. не Куюмгев и Спасова 1967 г.
« Ca. Treponema teratonymphae» Noda et al. 2018 год
« Т. тримеродонта » (Хоффманн, 1920 г.) Прево, 1940 г.

Виды Treponema hyodysenteriae и Treponema innocens были реклассифицированы в Serpulina hyodysenteriae и Serpulina innocens . ^[12]

См. также [ править ]

Ссылки [ править ]

↑ Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б Сэйерс; и др. « Трепонема » . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2023 г.
^ Antal GM, Lukehart SA, Meheus AZ (январь 2002 г.). «Эндемические трепонематозы». Микробы заражают . 4 (1): 83–94. дои : 10.1016/S1286-4579(01)01513-1 . ПМИД 11825779 .
^ Харпер К.Н., Лю Х., Окампо П.С. и др. (август 2008 г.). «Последовательность гена белка кислого повтора (arp) отличает венерические подвиды Treponema pallidum от невенерических , и этот ген эволюционировал под сильным положительным отбором в подвидах, вызывающих сифилис» . ФЭМС Иммунол. Мед. Микробиол . 53 (3): 322–32. дои : 10.1111/j.1574-695X.2008.00427.x . ПМИД 18554302 .
^ Ангелакис Э., Бачар Д., Ясир М., Муссо Д., Джоссу Ф., Габорит Б. и др. (январь 2019 г.). «Виды трепонем обогащают микробиоту кишечника традиционного сельского населения, но отсутствуют у городских жителей» . Новые микробы и новые инфекции . 27 : 14–21. дои : 10.1016/j.nmni.2018.10.009 . ПМК 6276622 . ПМИД 30555706 .
^ Ж. П. Эзеби. « Трепонема » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2023 г.
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ Стэнтон Т.Б., Дженсен Н.С., Кейси Т.А., Тордофф Л.А., Дьюхерст Ф.Е., Пастер Б.Дж. (январь 1991 г.). «Реклассификация Treponema hyodysenteriae и Treponema innocens в новый род Serpula gen. nov., как Serpula hyodysenteriae com. nov. и Serpula innocens com. nov.» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 41 (1): 50–8. дои : 10.1099/00207713-41-1-50 . ПМИД 1704792 .

[NCBI-1] Перейти обратно: Перейти обратно: ^а ^б Сэйерс; и др. « Трепонема » . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2023 г.

[pmid11825779-2] Antal GM, Lukehart SA, Meheus AZ (январь 2002 г.). «Эндемические трепонематозы». Микробы заражают . 4 (1): 83–94. дои : 10.1016/S1286-4579(01)01513-1 . ПМИД 11825779 .

[pmid18554302-3] Харпер К.Н., Лю Х., Окампо П.С. и др. (август 2008 г.). «Последовательность гена белка кислого повтора (arp) отличает венерические подвиды Treponema pallidum от невенерических , и этот ген эволюционировал под сильным положительным отбором в подвидах, вызывающих сифилис» . ФЭМС Иммунол. Мед. Микробиол . 53 (3): 322–32. дои : 10.1111/j.1574-695X.2008.00427.x . ПМИД 18554302 .

[pmid30555706-4] Ангелакис Э., Бачар Д., Ясир М., Муссо Д., Джоссу Ф., Габорит Б. и др. (январь 2019 г.). «Виды трепонем обогащают микробиоту кишечника традиционного сельского населения, но отсутствуют у городских жителей» . Новые микробы и новые инфекции . 27 : 14–21. дои : 10.1016/j.nmni.2018.10.009 . ПМК 6276622 . ПМИД 30555706 .

[5] Ж. П. Эзеби. « Трепонема » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2023 г.

[LTP-6] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[7] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[8] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-9] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-10] "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-11] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[pmid1704792-12] Стэнтон Т.Б., Дженсен Н.С., Кейси Т.А., Тордофф Л.А., Дьюхерст Ф.Е., Пастер Б.Дж. (январь 1991 г.). «Реклассификация Treponema hyodysenteriae и Treponema innocens в новый род Serpula gen. nov., как Serpula hyodysenteriae com. nov. и Serpula innocens com. nov.» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 41 (1): 50–8. дои : 10.1099/00207713-41-1-50 . ПМИД 1704792 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]