Jump to content

Хлорофлексота

(Перенаправлено с Chloroflexi (тип) )

Хлорофлексота
Научная классификация Изменить эту классификацию
Домен: Бактерии
Клад : Террабактерии
Тип: Хлорофлексота
Гаррити и Холт 2021 [ 1 ]
Классы
Синонимы
  • «Хлоробактерии» Кавальер-Смит 2006 г.
  • «Хлорофлекси» Гаррити и Холт, 2001 г.
  • «Эобактерия» Кавальер-Смит 2002 г.
  • «Хлорофлексота» Whitman et al. 2018 год
  • «Хлорофлексеота» Орен и др. 2015 год
  • Термомикробиота Орен и Гаррити 2021

Chloroflexota , — это тип бактерий аэробными содержащий изоляты с разнообразными фенотипами, включая представителей, которые являются термофилами , которые используют кислород и хорошо растут при высоких температурах; аноксигенные фототрофы , использующие свет для фотосинтеза ( зеленые несерные бактерии ); и анаэробные галореспиреры , которые используют галогенированные органические вещества (такие как токсичные хлорированные этины и полихлорированные дифенилы ) в качестве акцепторов электронов.

Представители филума Chloroflexota являются монодермами (то есть имеют одну клеточную мембрану без внешней оболочки), но окрашиваются преимущественно грамотрицательно. [ 2 ] Многие хорошо изученные типы бактерий представляют собой дидермы и окрашивают грамотрицательные бактерии , тогда как хорошо известные монодермы, окрашивающие грамположительные бактерии, включают Firmicutes (или Bacillota ) ( с низким содержанием G+C грамположительные микроорганизмы ), Actinomycetota (грамположительные бактерии с высоким содержанием G+C). положительные) и Deinococta (грамположительные дидермы с толстым слоем пептидогликана).

Название таксона было создано в издании 2001 года Тома 1 « Руководства Берджи по систематической бактериологии» и представляет собой латинское множественное число от названия Chloroflexus , названия типового рода этого типа, общепринятой практики . [ 3 ]

В 1987 году Карл Вёзе , считающийся одним из предшественников революции в молекулярной филогении, разделил эубактерии на 11 подразделений на основе последовательностей 16S рибосомальной РНК (SSU) и сгруппировал роды Chloroflexus , Herpetosiphon и Thermomicrobium в «зеленые несерные бактерии и родственники", [ 4 ] [ 5 ] который был временно переименован в «Хлорофлекси» в первом томе «Руководства по систематической бактериологии» Берджи. [ 6 ]

Chloroflexota является глубоко разветвленным типом (см. Типы бактерий ), и в первом томе «Руководства по систематической бактериологии Берги» считалось, что он включает один класс с тем же названием. [ 6 ] Однако с 2001 года благодаря вновь открытым видам были созданы новые классы, и теперь тип Chloroflexi разделен на несколько классов.

« Dehalococcoidetes » — это имя-заполнитель, данное Hugenholtz & Stackebrandt, 2004 г., [ 7 ] после Dehalococcoides ethenogenes , вида, частично описанного в 1997 году. [ 8 ] Первым полностью описанным видом был Dehalogenimonas lykanthroporepellens Moe et al. 2009, [ 9 ] но в описании этого вида класс не был официально оформлен, а также не были указаны семейства или отряды, поскольку эти два вида имеют только 90% идентичности 16S рибосомальной РНК , а это означает, что они могут относиться к разным семействам или даже отрядам. [ 9 ]

Недавний филогенетический анализ Chloroflexota обнаружил очень слабую поддержку группировки различных классов, которые в настоящее время являются частью этого типа. [ 10 ] Шесть классов, составляющих тип, не образуют последовательно хорошо поддерживаемую кладу в филогенетических деревьях, основанных на конкатенированных последовательностях для больших наборов данных белков, и не было идентифицировано никаких консервативных сигнатурных инделей , которые были бы уникально общими для всего типа. [ 10 ] Однако было обнаружено, что классы Chloroflexi и Thermomicrobia последовательно группируются как обычными филогенетическими методами, так и с помощью идентификации общих консервативных сигнатурных инделей в 50S рибосомальном белке L19 и ферменте UDP-глюкозо-4-эпимеразе. [ 10 ] Было высказано предположение, что тип Chloroflexi sensu stricto должен включать только классы Chloroflexi и Thermomicrobia, а остальные четыре класса («Dehalococcoidetes», Anaerolineae, Caldilineae и Ktedonobacteria) могут представлять собой один или несколько независимых типов, разветвляющихся по соседству с Chloroflexi. [ 10 ]

Филогения

[ редактировать ]

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [ 11 ] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). [ 12 ]

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] 120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 (28 апреля 2023 г.). [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]
Ктедонобактерии
Термогематиспоралесы
Термогематиспоровые

Термогемматиспора

Ктедонобактериалы
Термоспоротриховые

Термоспоротрикс

Ктедонобактерии

Ктедонобактер

Ктедоноспоробактерии

Ктедоноспоробактер

Ретикулибактерии

Ретикулибактерия

Диктиобактерии
Термофлексия
Термофлексалес
Термофлексовые

Термофлексус

«Лимноцилиндррия»
«Лимноцилиндралес»
«Лимноцилиндрровые»

« Ка Аквидульцис »

"Кальдилиния"
хлорофлексия
«Термобакулы»
«Термобакуловые»

Термобакулум

Термомикробиалы

Таксономия

[ редактировать ]

Род Candidatus Caldibacter корриг . Шпик и др. 2020 год
Род Candidatus Chlorotrichoides правильный . Орен и др. 2020 [" Candidatus Chlorothrix " Клаппенбах и Пирсон 2004 г., не Дьяр 1921 г., не Бергер-Перро 1982 г. [ 22 ] ]
Род « Candidatus Nitrocaldera » Spieck et al. 2020 год
Род « Candidatus Nitrotheca » Spieck et al. 2020 год
Род « Candida Poriflexus » Kogawa et al. 2022 год
Класс « Limnocylindria » Mehrshad et al. 2018 год

Класс Ktedonobacteria Cavaletti et al. Покупка 2007 года. Ябе и др. 2010 год

Класс « Умбрициклопия » Mehrshad et al. 2018 год

Класс « Bathosphaeria » Mehrshad et al. 2018 год

Класс Tepidiformia Кочеткова и др. 2020 год

Класс Dehalococcoidia Löffler et al. 2013 год

Класс « Термофонтия » испр. Уорд и др. 2018 год

Класс Ardenticatenia Kawaichi et al. 2013 год

Класс " Caldilineia " Орен, Парте и Гаррити 2016 г. от Cavalier-Smith 2020 г.

Класс Thermoflexia Dodsworth et al. 2014 год

Класс " Анаэролиния " Орен, Парте и Гаррити 2016г.

Класс Thermomicrobiia Oren, Parte & Garrity 2016

Класс « Спирибактерии » Williams et al. 2024 год

Класс « Мартимикробия » Williams et al. 2024 год

Класс « Tarhunnaeia » Williams et al. 2024 год

Класс « Уликсимикробии » Williams et al. 2024 год

Класс Chloroflexia Gupta et al. 2013 год

Этимология

[ редактировать ]

Название Chloroflexi представляет собой неолатинский именительный падеж мужского рода множественного числа от Chloroflexus , названия первого описанного рода. Существительное представляет собой сочетание греческого прилагательного хлорос, -а, на (χλωρός, -ά, -όν) , [ 27 ] что означает «зеленовато-желтый», и латинское пассивное совершенное причастие мужского рода flexus (от flecto ), [ 28 ] означает «согнутый». [ 6 ] Этимология не связана с хлором , элементом, который был открыт в 1810 году сэром Хамфри Дэви и назван в честь его бледно-зеленого цвета. Другой тип с тем же корнем — Chlorobiota , тогда как « цианобактерии » имеют корень cyanos ( κύανος ), что означает «сине-зеленый». [ 29 ]

В отличие от некоторых других типов, в названии родов Chloroflexota нет тематического корня, и фактически многие роды, начинающиеся с « Chloro- » или заканчивающиеся на «-хлорис», являются либо цианобактериями, либо хлороби.

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Орен А., генеральный менеджер Гаррити (2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот» . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . ПМИД   34694987 . S2CID   239887308 .
  2. ^ Сатклифф, IC (2010). «Взгляд на архитектуру оболочки бактериальных клеток на уровне типа». Тенденции в микробиологии . 18 (10): 464–470. дои : 10.1016/j.tim.2010.06.005 . ПМИД   20637628 .
  3. ^ Дон Дж. Бреннер; Ноэль Р. Криг; Джеймс Т. Стейли (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Вводные эссе . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 2А (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 304. ИСБН  978-0-387-24143-2 . Британская библиотека №. GBA561951.
  4. ^ Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Возе, Карл в авангарде революции в области бактериальной эволюции». Ученый . 4 (10).
  5. ^ Вёзе, ЧР (1987). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. дои : 10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987 . ПМК   373105 . ПМИД   2439888 .
  6. ^ Jump up to: а б с Дон Дж. Бреннер; Ноэль Р. Криг; Джеймс Т. Стейли (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Вводные эссе . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 2А (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 304. ИСБН  978-0-387-24143-2 . Британская библиотека №. GBA561951.
  7. ^ Гугенгольц, П.; Стакебрандт, Э. (2004). «Реклассификация Sphaerobacter thermophilus из подкласса Sphaerobacteridae типа Actinobacteria в класс Thermomicrobia (исправленное описание) в типе Chloroflexi (исправленное описание)» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (6): 2049–2051. дои : 10.1099/ijs.0.03028-0 . ПМИД   15545432 .
  8. ^ Маймо-Гателл, X.; Чиен, Ю.; Госсетт, Дж. М.; Зиндер, С.Х. (1997). «Выделение бактерии, которая восстановительно дехлорирует тетрахлорэтен до этилена». Наука . 276 (5318): 1568–1571. дои : 10.1126/science.276.5318.1568 . ПМИД   9171062 .
  9. ^ Jump up to: а б Мо, ВМ; Ян, Дж.; Нобре, МФ; Да Коста, MS; Рейни, ФА (2009). «Dehalogenimonas lykanthroporepellens gen. Nov., sp. Nov., восстановительно дегалогенирующая бактерия, выделенная из грунтовых вод, загрязненных хлорированными растворителями» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (11): 2692–2697. дои : 10.1099/ijs.0.011502-0 . ПМИД   19625421 .
  10. ^ Jump up to: а б с д Гупта, РС; Чандер, П.; Джордж, С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки класса Chloroflexi и его различных клад; предложение о разделении класса Chloroflexi class. nov. на подотряд Chloroflexineae subord. nov., состоящий из исправленного семейства Oscilloloridaceae и семейства Chloroflexaceae семейства nov., и подотряд Roseiflexineae subord., содержащий семейство Roseiflexaceae fam nov. Антони ван Левенгук . 103 (1): 99–119. дои : 10.1007/s10482-012-9790-3 . ПМИД   22903492 . S2CID   17656551 .
  11. ^ Ж. П. Эзеби. «Хлорофлекси» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 июля 2018 г.
  12. ^ Сэйерс; и др. «Хлорофлекси» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2014 г.
  13. ^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
  14. ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
  15. ^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
  16. ^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  17. ^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  18. ^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  19. ^ Jump up to: а б с д и Ямада, Т.; Секигути, Ю.; Ханада, С.; Имачи, Х.; Охаси, А.; Харада, Х.; Камагата, Ю. (2006). " Anaerolinea thermolimosa sp. nov., Levilinea saccharolytica gen. nov., sp. nov. и Leptolinea tardivitalis gen. nov., sp. nov., новые нитчатые анаэробы и описание новых классов Anaerolineae classis nov. и Caldilineae classis nov. в бактериальном типе Chloroflexi» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (6): 1331–1340. дои : 10.1099/ ijs.0.64169-0 ПМИД   16738111 .
  20. ^ Секигути, Ю.; Ямада, Т.; Ханада, С.; Охаси, А.; Харада, Х.; Камагата, Ю. (2003). « Anaerolinea thermophila gen. nov., sp. nov. и Caldilinea aerophila gen. nov., sp. nov., новые нитчатые термофилы, которые представляют ранее некультивируемую линию доменных бактерий на уровне подтипа» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1843–1851. дои : 10.1099/ijs.0.02699-0 . ПМИД   14657113 .
  21. ^ Jump up to: а б с Ямада, Т.; Имачи, Х.; Охаси, А.; Харада, Х.; Ханада, С.; Камагата, Ю.; Секигути, Ю. (2007). « Bellilinea Caldifistulae gen. nov., sp. nov. и Longilinea arvoryzae gen. nov., sp. nov., строго анаэробные нитчатые бактерии типа Chloroflexi, выделенные из метаногенных консорциумов, разлагающих пропионат» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (10): 2299–2306. дои : 10.1099/ ijs.0.65098-0 ПМИД   17911301 .
  22. ^ Клаппенбах, JA; Пирсон, БК (2004). «Филогенетическая и физиологическая характеристика нитчатой ​​аноксигенной фотоавтотрофной бактерии Candidatus Chlorothrix halophila Gen. Nov., sp. Nov., выделенной из гиперсоленых микробных матов». Архив микробиологии . 181 (1): 17–25. дои : 10.1007/s00203-003-0615-7 . ПМИД   14655000 . S2CID   23854988 .
  23. ^ Ябе, С.; Айба, Ю.; Сакаи, Ю.; Хазака, М.; Ёкота, А. (2010). « Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. nov. и Thermogemmatispora foliorum sp. nov., выделенных из опавших листьев на геотермальных почвах, и описание Thermogemmatisporaceae fam. Nov. и Thermogemmatisporales ord. Nov. В пределах класса Ktedonobacteria» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (4): 903–910. дои : 10.1099/ijs.0.024877-0 . ПМИД   20495028 .
  24. ^ Ябе, С.; Айба, Ю.; Сакаи, Ю.; Хазака, М.; Ёкота, А. (2009). « Thermosporothrix hazakensis gen. nov., sp. nov., выделенный из компоста, описание семейства Thermosporotrichaceae. Nov. В классе Ktedonobacteria Cavaletti et al. 2007 и исправленное описание класса Ktedonobacteria» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (8): 1794–1801. дои : 10.1099/ijs.0.018069-0 . ПМИД   19767365 .
  25. ^ Грегуар, П.; Фардо, ML; Джозеф, М.; Гуаско, С.; Хамаиде, Ф.; Биасутти, С.; Мичоти, ВР; Бонин, П.; Оливье, Б. (2011). «Выделение и характеристика Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp. nov., термофильной анаэробной бактерии, относящейся к типу «Chloroflexi», выделенной из глубокого горячего водоносного горизонта в бассейне Аквитании». Систематическая и прикладная микробиология . 34 (7): 494–497. дои : 10.1016/j.syapm.2011.02.004 . ПМИД   21621938 .
  26. ^ Ву, К.; Уоттс, ДЖЕМ; Сауэрс, КР; Мэй, HD (2002). «Идентификация бактерии, которая специфически катализирует восстановительное дехлорирование полихлорированных дифенилов двуфланковыми хлорами» . Прикладная и экологическая микробиология . 68 (2): 807–812. Бибкод : 2002ApEnM..68..807W . дои : 10.1128/АЕМ.68.2.807-812.2002 . ПМК   126686 . ПМИД   11823222 .
  27. ^ χλωρός . Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»
  28. ^ Льюис и Шорт...
  29. ^ κύανος . Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f6aba842dab581cddf7ba1a61bc9b90e__1708653000
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f6/0e/f6aba842dab581cddf7ba1a61bc9b90e.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Chloroflexota - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)