Хлоробий

Хлоробий
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Хлоробиота
Сорт:	«Хлоробия»
Заказ:	Хлоробиалесы
Семья:	Хлоробиевые
Род:	Хлоробий ; Надсон 1906 г.
Типовой вид
	Хлоробий лимикола ; Надсон 1906 г.
Некоторые виды
	Посмотреть текст
Синонимы
	" Педиохлорис " Гейтлер 1925 г. ; Пелодиктион Лаутерборн 1913 г. ; " Шмидлея " Лаутерборн 1913г. ;

Хлоробий — род зеленых серобактерий . Они являются фотолитотрофными окислителями серы и, в первую очередь , используют нециклическую цепь переноса электронов для восстановления НАД+ . Фотосинтез осуществляется с использованием реакционного центра типа 1 с использованием бактериохлорофилла (БХл . ) Два фотосинтетических антенных комплекса способствуют поглощению света: комплекс Фенны-Мэтьюза-Олсона («FMO», также содержащий BChl a ) и хлоросомы , которые используют в основном BChl c , d или e . Сероводород используется в качестве источника электронов, а углекислый газ — в качестве источника углерода. ^{[ 1 ]}

Chlorobium Виды имеют темно-зеленый цвет; в колонке Виноградского часто наблюдаемый зеленый слой состоит из хлоробия . Этот род обитает в строго анаэробных условиях под поверхностью водоема, обычно в анаэробной зоне эвтрофного озера . ^{[ 1 ]}

Chlorobium aggregatum — это вид, который существует в симбиотических отношениях с бесцветными нефотосинтезирующими бактериями. Этот вид выглядит как пучок зеленых бактерий, прикрепленных к центральной палочковидной клетке, которая может передвигаться с помощью жгутика . Зеленые внешние бактерии используют свет для окисления сульфида в сульфат . Внутренняя клетка, не способная осуществлять фотосинтез , восстанавливает сульфат до сульфида. Эти бактерии делятся синхронно, придавая структуре многоклеточный вид, что весьма необычно для бактерий. ^{[ 2 ]}

Считается, что виды хлоробия сыграли важную роль в массовом вымирании на Земле. Если океаны станут бескислородными (из-за прекращения циркуляции океана), то хлоробий сможет конкурировать с другими фотосинтезирующими формами жизни. Они будут производить огромное количество метана и сероводорода , что вызовет глобальное потепление и кислотные дожди . Это будет иметь огромные последствия для других океанических организмов, а также для наземных организмов. Доказательством существования обильных популяций хлоробия служат химические окаменелости , обнаруженные в отложениях, отложившихся во время массового вымирания в меловой период .

Молекулярные подписи хлоробиоты

Сравнительный геномный анализ привел к идентификации двух консервативных сигнатурных инделей , которые уникально встречаются у представителей типа Chlorobiota (ранее Chlorobi) и, таким образом, характерны для этого типа. Первая индель представляет собой вставку из 28 аминокислот в ДНК-полимеразу III , а вторая представляет собой вставку из 12–14 аминокислот в аланил-тРНК-синтетазу . Эти инделы не обнаружены ни у каких других бактерий и, таким образом, служат молекулярными маркерами этого типа. Помимо консервативных сигнатурных инделей, 51 белок уникально обнаружен у представителей типа Chlorobiota . Было идентифицировано 65 других белков, уникальных для типа Chlorobiota , однако эти белки отсутствуют у некоторых видов Chlorobiota и не распределены по всему типу с какой-либо четкой закономерностью. Это означает, что могла произойти значительная потеря генов или присутствие этих белков может быть результатом горизонтального переноса генов . Из этих 65 белков 8 обнаружены только у Chlorobium luteolum и Хлоробий феовибриоидный . Эти два вида образуют прочно поддерживаемую кладу на филогенетических деревьях, и тесная связь между этими видами дополнительно подтверждается уникальным общим использованием этих 8 белков. ^{[ 3 ]}

Родство Chlorobiota с Bacteroidota и Fibrobacterota. типами

Виды из типов Bacteroidetes (ранее Bacteroidetes) и Chlorobiota очень тесно разветвляются на филогенетических деревьях, что указывает на близкое родство. С помощью сравнительного геномного анализа были идентифицированы 3 белка, которые уникальным образом присущи практически всем представителям типов Bacteroidota и Chlorobiota . ^{[ 3 ]} Совместное использование этих трех белков важно, поскольку, кроме этих трех белков, никакие белки типов Bacteroidota или Chlorobiota не являются общими для других групп бактерий. Также было идентифицировано несколько консервативных сигнатурных инделей, которые уникально свойственны представителям типов Bacteroidota и Chlorobiota . Наличие этих молекулярных сигнатур подтверждает тесное родство типов Bacteroidota и Chlorobiota . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} тип Fibrobacterota Кроме того, указано, что (ранее Fibrobacteres) конкретно связан с этими двумя типами. Клада, состоящая из этих трех типов, убедительно подтверждается филогенетическим анализом, основанным на ряде различных белков. ^{[ 4 ]} Эти типы также разветвляются в одном и том же положении на основании консервативных сигнатурных инделей в ряде важных белков. ^{[ 5 ]} Наконец, что наиболее важно, были идентифицированы две консервативные сигнатурные индели (в белке RpoC и в серингидроксиметилтрансферазе ) и один сигнатурный белок PG00081, которые уникальным образом присущи всем видам из этих трех типов. Все эти результаты предоставляют убедительные доказательства того, что виды этих трех типов имели общего предка, за исключением всех других бактерий, и было предложено признать их всех частью одного супертипа «FCB». ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 6 ]} и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) ^{[ 7 ]}

на основе 16S рРНК ДП _08_2023 ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}

120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

Хлоробий

С. лютеолум

С. лимикола

C. phaeovibrioides

	C. clathratiforme

	С. феобактериоиды

Хлоробий

C. limicola Nadson 1906 исправить. Имхофф 2003 (тип сп.)

C. phaeobacteroides Pfennig 1968

	C. luteolum (Schmidle 1901) исправить. Имхофф 2003 г.

	C. phaeovibrioides Pfennig 1968

	« C. chromophatii » Meschner 1957 ex Vogl et al. 2006 г.

	C. clathratiforme (Szafer 1911) Imhoff 2003

	« C. FerroOXIDANS » Heising et al. 1998 год

	« Ca.C.masyuteum » Lambrecht et al. 2021 год

Неопределенные типы сидений:

« Ca.C. antarctica» Panwar et al. 2021 год
« C. Bathyomarinum » Betty et al. 2005 г.
« Ca.C.canadense » Tsuji et al. 2020 год
« C. gokarna » Kumar et al. 2005 г.

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Прескотт, Харли, Кляйн. (2005). Микробиология стр. 195, 493, 597, 618-619, 339.
^ Постгейт, Джон: «Внешние пределы жизни», стр. 132-134. Издательство Кембриджского университета, 1994 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Гупта Р.С., Лоренцини Э. (2007). «Филогения и молекулярные признаки (консервативные белки и индели), специфичные для видов Bacteroidetes и Chlorobi» . Эволюционная биология BMC . 7:71 . дои : 10.1186/1471-2148-7-71 . ПМЦ 1887533 . ПМИД 17488508 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Гупта РС (2004). «Филогения и характеристики характерных последовательностей Fibrobacteres, Chlorobi и Bacteroidetes». Критические обзоры по микробиологии . 30 (2): 123–140. дои : 10.1080/10408410490435133 . ПМИД 15239383 . S2CID 24565648 .
^ Гриффитс Э., Гупта Р.С. (2001). «Использование сигнатурных последовательностей в различных белках для определения относительного порядка ветвления бактериальных подразделений: свидетельство того, что Fibrobacter разошлись в одно и то же время с Chlamydia и подразделением Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides» . Микробиология . 147 (Часть 9): 2611–22. дои : 10.1099/00221287-147-9-2611 . ПМИД 11535801 .
^ АС Парте; и др. «Хлоробий» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.
^ Сэйерс; и др. «Хлоробий» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.
^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
^ «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
^ «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

Внешние ссылки

Хлоробий в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию

[prescott-1] Перейти обратно: ^а ^б Прескотт, Харли, Кляйн. (2005). Микробиология стр. 195, 493, 597, 618-619, 339.

[2] Постгейт, Джон: «Внешние пределы жизни», стр. 132-134. Издательство Кембриджского университета, 1994 г.

[Gupta-3] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Гупта Р.С., Лоренцини Э. (2007). «Филогения и молекулярные признаки (консервативные белки и индели), специфичные для видов Bacteroidetes и Chlorobi» . Эволюционная биология BMC . 7:71 . дои : 10.1186/1471-2148-7-71 . ПМЦ 1887533 . ПМИД 17488508 .

[GuptaB-4] Перейти обратно: ^а ^б ^с Гупта РС (2004). «Филогения и характеристики характерных последовательностей Fibrobacteres, Chlorobi и Bacteroidetes». Критические обзоры по микробиологии . 30 (2): 123–140. дои : 10.1080/10408410490435133 . ПМИД 15239383 . S2CID 24565648 .

[5] Гриффитс Э., Гупта Р.С. (2001). «Использование сигнатурных последовательностей в различных белках для определения относительного порядка ветвления бактериальных подразделений: свидетельство того, что Fibrobacter разошлись в одно и то же время с Chlamydia и подразделением Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides» . Микробиология . 147 (Часть 9): 2611–22. дои : 10.1099/00221287-147-9-2611 . ПМИД 11535801 .

[LPSN-6] АС Парте; и др. «Хлоробий» . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[NCBI-7] Сэйерс; и др. «Хлоробий» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 9 сентября 2022 г.

[LTP-8] «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[9] «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.

[10] «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.

[about-11] «Выпуск GTDB 08-RS214» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[tree-12] "bac120_r214.sp_label" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-13] «История таксонов» . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]