Проект «Всевидовое живое дерево»
 | Эту статью необходимо обновить . ( октябрь 2019 г. ) |
Проект « Живое дерево всех видов» представляет собой сотрудничество различных академических групп/институтов, таких как ARB , проект базы данных рРНК SILVA и LPSN , с целью создания базы данных последовательностей 16S рРНК всех достоверно опубликованных видов бактерий и Архея . [ 1 ] На одном этапе 23S . также были собраны последовательности [ 2 ] но с тех пор это прекратилось. [ 3 ]
В настоящее время в согласованном наборе данных насчитывается более 10 950 видов, и еще несколько добавляются либо по мере открытия новых видов, либо по мере секвенирования видов, не представленных в базе данных. Первоначально последняя группа состояла из 7% видов.
Подобные (и более поздние) проекты включают Геномную энциклопедию бактерий и архей (GEBA), в которой основное внимание уделяется полногеномному секвенированию бактерий и архей. [ 4 ] [ 5 ]
Дерево
[ редактировать ]Дерево было создано с помощью анализа максимального правдоподобия без начальной загрузки: следовательно, точность зависит от размера, и многие клады уровня типа не разрешаются правильно (например, Firmicutes). (Эукариоты в анализе не представлены). Эта филогения представляет собой краткое изложение LTP_08_2023 на основе 16S рРНК и содержит все типовые виды с действительно опубликованными названиями до августа 2023 года. [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
См. также
[ редактировать ]- Порядок ветвления бактериальных типов (Woese, 1987)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Гупта, 2001)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Кавальер-Смит, 2002)
- Порядок ветвления бактериальных типов (Раппе и Джованони, 2003).
- Порядок ветвления бактериальных типов (Battistuzzi et al., 2004).
- Порядок ветвления бактериальных типов (Ciccarelli et al., 2006)
- Порядок ветвления типов бактерий (База данных геномной таксономии, 2018)
- Бактериальные типы
- Список родов архей
- Список родов бактерий
- Список отрядов бактерий
- LPSN , список принятых названий бактерий и архей
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ярза, П.; Рихтер, М.; Пеплиес, младший; Юзеби, Дж.; Аманн, Р.; Шлейфер, К.Х.; Людвиг, В.; Глекнер, Ф.О.; Росселло-Мора, Р. (2008). «Проект «Всевидовое живое дерево»: филогенетическое дерево всех секвенированных типовых штаммов на основе 16S рРНК» . Систематическая и прикладная микробиология . 31 (4): 241–250. дои : 10.1016/j.syapm.2008.07.001 . hdl : 10261/103580 . ПМИД 18692976 .
- ^ Ярза, Пабло; Людвиг, Вольфганг; Эзеби, Жан; Аманн, Рудольф; Шлейфер, Карл-Хайнц; Глекнер, Фрэнк Оливер; Росселло-Мора, Рамон (2010). «Обновление проекта «Живое дерево для всех видов» на основе анализа последовательностей 16S и 23S рРНК». Систематическая и прикладная микробиология . 33 (6): 291–299. дои : 10.1016/j.syapm.2010.08.001 . ПМИД 20817437 .
- ^ Муньос, РЛ; Ярза, П.; Людвиг, В.; Эзеби, Ж.; Аманн, Р.; Шлейфер, К.Х.; Оливер Глёкнер, Ф.; Росселло-Мора, Р. (2011). «Выпуск LTP104 Всевидового живого дерева». Систематическая и прикладная микробиология . 34 (3): 169–170. дои : 10.1016/j.syapm.2011.03.001 . ПМИД 21497273 .
- ^ У, Дунъин; Гугенгольц, Филип; Мавроматис, Константинос; Пукалл, Рюдигер; Далин, Эйлин; Иванова Наталья Н.; Кунин, Виктор; Гудвин, Линн; Ву, Мартин; Тиндалл, Брайан Дж.; Хупер, Шон Д. (декабрь 2009 г.). «Геномная энциклопедия бактерий и архей, основанная на филогении» . Природа . 462 (7276): 1056–1060. Бибкод : 2009Natur.462.1056W . дои : 10.1038/nature08656 . ISSN 0028-0836 . ПМК 3073058 . ПМИД 20033048 .
- ^ Кирпидес, Никос К.; Гугенгольц, Филип; Эйзен, Джонатан А.; Войке, Таня; Гёкер, Маркус; Паркер, Чарльз Т.; Аманн, Рудольф; Бек, Брайан Дж.; Чейн, Патрик С.Г.; Чун, Чонсик; Колвелл, Рита Р. (5 августа 2014 г.). «Геномная энциклопедия бактерий и архей: секвенирование множества типовых штаммов» . ПЛОС Биология . 12 (8): e1001920. дои : 10.1371/journal.pbio.1001920 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 4122341 . ПМИД 25093819 .
- ^ «ЛТП» . Проверено 20 ноября 2023 г.
- ^ «Дерево LTP_all в формате Ньюика» . Проверено 20 ноября 2023 г.
- ^ «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.