Проект АРБ

Проект ARB — это бесплатный пакет программного обеспечения для филогенетического анализа рРНК и других биологических последовательностей, включая последовательности ДНК и белков. Это упрощает импорт и сборку генетических последовательностей любых организмов с использованием автоматического выравнивателя. Этот процесс редактирования можно разделить на две подкатегории: «Редактор первичной структуры» и «Редактор вторичной структуры». Это обеспечивает необходимую основу для построения филогенетического дерева. Программное обеспечение обеспечивает визуализацию биологических последовательностей, обычно используемых при сравнении данных филогении различных организмов. ^{[ 1 ]}

Введение

Судя по описанию авторов, ^{[ 2 ]}

Программный пакет ARB (сокращение ARB от латинского arbor ) включает в себя множество напрямую взаимодействующих программных инструментов для обслуживания и анализа базы данных последовательностей, управляемых общим графическим интерфейсом пользователя . Хотя изначально он был разработан для данных о рибосомальных РНК , его можно использовать для нуклеиновых кислот и аминокислот данных о последовательностях . Центральная база данных содержит обработанные (выровненные) данные первичной структуры . Дополнительные описательные данные могут храниться в полях базы данных, присвоенных отдельным последовательностям или связанных через локальные или глобальные сети. Филогенетическое дерево, визуализируемое в главном окне, можно использовать для доступа к данным и их визуализации. Пакет содержит дополнительные инструменты для импорта и экспорта данных, выравнивания последовательностей, редактирования первичной и вторичной структуры , расчета профиля и фильтра, филогенетического анализа, разработки и оценки конкретного гибридизационного зонда, а также другие компоненты для анализа данных.

Последняя версия программного обеспечения вышла в 2021 году. ^{[ 3 ]} Новая версия может работать на macOS .

Ссылки

^ Кумар, Ядху. «Проект АРБ» (PDF) .
^ Людвиг, В. (23 февраля 2004 г.). «ARB: программная среда для данных о последовательностях» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (4): 1363–1371. дои : 10.1093/nar/gkh293 . ПМК 390282 . ПМИД 14985472 .
^ «ARB 7.0: Улучшение работы с большими базами данных рРНК и филогенетическими деревьями» . www.mpi-bremen.de . Проверено 26 июня 2023 г.

Внешние ссылки

Домашняя страница проекта

Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Кумар, Ядху. «Проект АРБ» (PDF) .

[2] Людвиг, В. (23 февраля 2004 г.). «ARB: программная среда для данных о последовательностях» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (4): 1363–1371. дои : 10.1093/nar/gkh293 . ПМК 390282 . ПМИД 14985472 .

[3] «ARB 7.0: Улучшение работы с большими базами данных рРНК и филогенетическими деревьями» . www.mpi-bremen.de . Проверено 26 июня 2023 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]