✖


Jump to content

Список программного обеспечения для филогенетики

Этот список программного обеспечения для филогенетики представляет собой компиляцию программного обеспечения для вычислительной филогенетики, используемого для создания филогенетических деревьев . Такие инструменты обычно используются в сравнительной геномике , кладистике и биоинформатике . Методы оценки филогений включают в себя соединение соседей , максимальную экономию (также называемую просто экономией), UPGMA , байесовский филогенетический вывод , методы максимального правдоподобия и матрицы расстояний .

Список

[ редактировать ]
Имя Описание Методы Автор
АДМИКСТУОЛС [1] Пакет программного обеспечения R , содержащий программы qpGraph, qpAdm, qpWave и qpDstat. Ник Паттерсон и Дэвид Райх
ПредкиДерево [2] Алгоритм реконструкции клонального дерева на основе данных секвенирования рака из нескольких образцов. Максимальное правдоподобие, целочисленное линейное программирование (ILP) М. Эль-Кебир, Л. Оспер, Х. Ачесон-Филд и Б. Дж. Рафаэль
АлиГРУВ [3] Визуализация расхождения гетерогенных последовательностей при множественных выравниваниях последовательностей и обнаружение поддержки завышенных ветвей. Идентификация отдельных таксонов, которые демонстрируют преимущественно рандомизированное сходство последовательностей по сравнению с другими таксонами при множественном выравнивании последовательностей, и оценка надежности поддержки узлов в заданной топологии. Патрик Кюк, Сандра А Мейд, Кристиан Гросс, Бернхард Мисоф, Иоганн Вольфганг Вегеле.
обезьяна [4] Пакет R-Project для анализа филогенетики и эволюции Обеспечивает большое разнообразие филогенетических функций. Сопровождающий: Эммануэль Паради
Платформа рабочих процессов Armadillo [5] Платформа рабочих процессов, посвященная филогенетическому и общему биоинформатическому анализу Вывод филогенетических деревьев с использованием методов расстояния, максимального правдоподобия, максимальной экономии, байесовских методов и связанных с ними рабочих процессов. Э. Лорд, М. Леклерк, А. Бок, А.Б. Диалло и В. Макаренков
БАли-Фи [6] Одновременный байесовский вывод о выравнивании и филогении Байесовский вывод, выравнивание, а также поиск по дереву. М.А. Сушард, Б.Д. Ределингс
БАТВИНГ [7] Байесовский анализ деревьев с генерацией внутренних узлов Байесовский вывод, демографическая история, разделение населения Эй Джей Уилсон, Уил, Д.Балдинг
БайесФилогении [8] Байесовский вывод деревьев с использованием Монте-Карло для цепей Маркова методов Байесовский вывод, множественные модели, смешанная модель (автоматическое разделение) М. Пейджел, А. Мид
Байесовские черты [9] Анализирует эволюцию признаков среди групп видов, для которых доступна филогения или выборка филогений. Анализ черт М. Пейджел, А. Мид
ЗВЕРЬ [10] Деревья выборки байесовского эволюционного анализа Байесовский вывод, расслабленные молекулярные часы, демографическая история Эй Джей Драммонд, М. А. Сушард, Д. Се и А. Рамбо
Биоцифра Универсальная платформа для управления, хранения и анализа всех типов биологических данных, включая древовидный и сетевой вывод данных о последовательностях. Соединение соседей, максимальная экономия, UPGMA, максимальное правдоподобие, методы матрицы расстояний... Расчет надежности деревьев/ветвей с использованием начальной загрузки, повторной выборки перестановок или повторной выборки ошибок. Л. Вотерен и П. Вотерен.
Лес Интегрированное графическое программное обеспечение для выполнения филогенетического анализа, от импорта последовательностей до построения графиков и графического редактирования деревьев и выравниваний. Методы расстояния и максимального правдоподобия (с помощью фимла, филипа и головоломки с деревьями) С. Рамирес, Э. Родригес.
БАКИ Байесовское соответствие генных деревьев Байесовское согласие с использованием модифицированного жадного консенсуса неукорененных квартетов К. Ане , Б. Ларже, Д. А. Баум, С. Д. Смит, А. Рокас и Б. Ларже, С. К. Кота, Ч. Н. Дьюи, К. Ане
Навес [11] Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживание продольной и пространственной истории клональной эволюции с помощью секвенирования следующего поколения. Метод максимального правдоподобия, метод Монте-Карло цепи Маркова (MCMC) Ю. Цзян, Ю. Цю, Эй Джей Минн и Н. Р. Чжан
CGRфило [12] Метод CGR для точной классификации и отслеживания быстро развивающихся вирусов. Метод представления игры хаоса (CGR), основанный на концепциях статистической физики. Амариндер Сингх Тинд, Сомдатта Синха
ЦИТУП Вывод клональности в опухолях с использованием филогении Исчерпывающий поиск, квадратично-целочисленное программирование (QIP) С. Маликич, А. В. Макферсон, Н. Донмез, К. С. Сахинальп
КласталВ Прогрессивное множественное выравнивание последовательностей Матрица расстояний/ближайший сосед Томпсон и др. [13]
УгольEvol Моделирование эволюции ДНК и белков вдоль филогенетических деревьев (которое также можно моделировать с помощью слияния) Моделирование множественных выравниваний последовательностей ДНК или белков М. Аренас, Д. Посада
КодABC Кооценка замены, рекомбинации и dN/dS в белковых последовательностях Приблизительное байесовское вычисление М. Аренас, Дж. С. Лопес, М. А. Бомонт, Д. Посада
Дендроскоп [14] Инструмент для визуализации корневых деревьев и расчета корневых сетей Укорененные деревья, танглграммы, консенсусные сети, сети гибридизации. Дэниел Хьюсон и др.
ТОЧНЫЙ [15] [16] EXACT основан на идеальной модели филогении и использует очень быстрый алгоритм гомотопии для оценки пригодности различных деревьев, а затем выполняет грубый поиск по дереву с использованием графических процессоров или нескольких процессоров на одной или разных машинах. Алгоритм поиска методом перебора и гомотопии Цзя Б., Рэй С., Сафави С., Бенто Дж.
Этот редактор [17] EzEditor — это редактор выравнивания последовательностей генов, кодирующих рРНК и белки, на основе Java. Он позволяет манипулировать выравниванием последовательностей ДНК и белков для филогенетического анализа. Присоединение соседа Чон, Ю.С. и др.
fastDNAml Оптимизированная максимальная вероятность (только нуклеотиды) Максимальная вероятность Джи Джей Олсен
Фасттри 2 [18] Быстрый филогенетический вывод для выравниваний до сотен тысяч последовательностей Приблизительная максимальная вероятность М.Н. Прайс, П.С. Дехал, А.П. Аркин
подходящая модель Подходит для моделей кодонов разветвления без необходимости предварительного знания клад, подвергающихся положительному отбору. Максимальная вероятность С. Гуиндон
Гениальный Geneious предоставляет инструменты для исследования генома и протеома Объединение соседей, UPGMA, плагин MrBayes, плагин PHYML, плагин RAxML, плагин FastTree, плагин GARLi, плагин PAUP* A. J. Drummond, M.Suchard, V.Lefort et al.
HyPhy Проверка гипотез с использованием филогении Максимальное правдоподобие, соединение соседей, методы кластеризации, матрицы расстояний S.L. Kosakovsky Pond, S.D.W. Frost, S.V. Muse
IQPN Итеративный поиск в дереве машинного обучения с правилом остановки Максимальная вероятность, присоединение к соседям Л.С. Винь, А. фон Хэзелер, Б.К. Минь
IQ-ДЕРЕВО [19] Эффективное филогеномное программное обеспечение, по всей видимости, являющееся преемником IQPNNI и TREE-PUZZLE. Максимальное правдоподобие, выбор модели, поиск схемы разбиения, AIC, AICc, BIC, сверхбыстрая загрузка, [20] тесты ветвей, тесты топологии дерева, отображение правдоподобия Лам-Тунг Нгуен, О. Черномор, Х.А. Шмидт, А. фон Хэзелер, Б.К. Минь
jModelTest 2 Высокопроизводительная вычислительная программа для статистического выбора наиболее подходящих моделей нуклеотидных замен. Максимальное правдоподобие, AIC, BIC, DT, hLTR, dLTR Д. Дарриба, ГЛ. Табоада, Р. Доалло, Д. Посада
ДжолиДерево [21] [22] Процедура биоинформатики без выравнивания для вывода филогенетических деревьев на основе расстояний из сборок геномов, специально разработанная для быстрого вывода деревьев из геномов, принадлежащих к одному и тому же роду. Парное расстояние генома на основе MinHash , сбалансированная минимальная эволюция (BME), поиск по дереву BME на основе храповика, скорость элементарных квартетов А. Крискуоло
ЛисБет Трехпунктовый анализ для филогенетики и биогеографии Анализ по трем пунктам Ж. Дюкасс, Н. Цао и Р. Сарагета-Багилс
МЕГА Молекулярно-эволюционно-генетический анализ Методы расстояния, экономии и максимального комплексного правдоподобия Тамура К., Дадли Дж., Ней М. и Кумар С.
МегАлайн Про MegAlign Pro является частью пакета молекулярной биологии Lasergene компании DNASTAR . Это приложение выполняет множественное и парное выравнивание последовательностей, обеспечивает редактирование выравнивания и генерирует филогенетические деревья. Максимальное правдоподобие (RAxML) и присоединение к соседям ДНКСТАР
Мескитовый Mesquite — это программное обеспечение для эволюционной биологии, призванное помочь биологам анализировать сравнительные данные об организмах. Основное внимание в нем уделяется филогенетическому анализу, но некоторые из его модулей касаются сравнительного анализа или популяционной генетики, в то время как другие проводят нефилогенетический многомерный анализ. Его также можно использовать для построения временных деревьев, включающих геологическую шкалу времени, с некоторыми дополнительными модулями. Максимальная экономия, матрица расстояний, максимальная вероятность Уэйн Мэддисон и доктор Мэддисон
МетаПИГА2 Многоядерная программа филогенного вывода максимального правдоподобия для последовательностей ДНК и белков, а также морфологических данных. Анализы могут выполняться с использованием обширного и удобного графического интерфейса или с использованием пакетных файлов. Он также реализует инструменты визуализации дерева, наследственные последовательности и автоматический выбор лучшей модели и параметров замещения. Максимальное правдоподобие, стохастическая эвристика ( генетический алгоритм , метапопуляционный генетический алгоритм, имитация отжига и т. д.), дискретная неоднородность гамма-скорости, реконструкция предкового состояния, тестирование модели. Мишель К. Милинкович и Рафаэль Хеларс
МикробТрейс MicrobeTrace — бесплатное веб-приложение на основе браузера. Инструмент 2D- и 3D-визуализации сетей, визуализация дерева соединения соседей, диаграммы Ганта, пузырьковые диаграммы, сети, визуализируемые на картах, блок-схемы, сводные таблицы, эпикривые, гистограммы, средство просмотра выравниваний и многое другое. Эллсуорт М. Кэмпбелл, Энтони Бойлз, Анупама Шанкар, Джей Ким, Сергей Князев, Роксана Цинтрон, Уильям М. Свитцер [23]
MNHN-Инструменты для деревьев MNHN-Tree-Tools — это программное обеспечение для филогенетического вывода с открытым исходным кодом, работающее с последовательностями нуклеиновых и белковых последовательностей. Кластеризация последовательностей ДНК или белков и вывод филогенетического дерева на основе набора последовательностей. По сути, он использует подход, основанный на плотности расстояний. Томас Хашка, Лоик Понгер, Кристоф Эскюде и Жюльен Моцциконаччи [24]
Генератор моделей Выбор модели (белок или нуклеотид) Максимальная вероятность Томас Кин
МОЛФИ Молекулярная филогенетика (белок или нуклеотид) Максимальная вероятность Дж. Адачи и М. Хасэгава
МорфоБанк Веб-приложение для организации данных признаков (морфологических символов) для построения дерева. для использования с максимальной экономией (через портал CIPRES), максимальным правдоподобием и байесовским анализом) О'Лири, Массачусетс, и С. Кауфман, [25] также К. Альфонс
г-н Байес Оценка апостериорной вероятности Байесовский вывод Дж. Хюльзенбек и др. [26]
Сеть Бесплатное программное обеспечение для филогенетических сетей Медианное соединение, приведенная медиана, сеть Штайнера А. Рёль
Это его Филогенетический вывод Максимальная экономия, подразумеваемое взвешивание, трещотка П. Голобов
ПАМЛ Филогенетический анализ по максимальному правдоподобию Максимальное правдоподобие и байесовский вывод З. Ян
ПараФило [27] Вычисление деревьев генов и видов на основе событийных отношений (ортология, паралогия) Редактирование кографов и тройной вывод Хельмут
Поиск разделов Комбинированный выбор моделей молекулярной эволюции и схем разделения ДНК и белков. Максимальная вероятность, AIC, AICc, BIC Р. Ланфир, Б. Калкотт, SYW Хо, С. Гуиндон
PASTIS Пакет R для филогенетической сборки R, двухэтапный байесовский вывод с использованием MrBayes 3.2. Томас и др. 2013 год [28]
ПАУП* Филогенетический анализ с использованием экономии (*и других методов) Максимальная экономия, матрица расстояний, максимальная вероятность Д. Суоффорд
фангорн [29] Филогенетический анализ в R ML, MP, матрица расстояний, бутстрап, филогенетические сети, бутстрап, выбор модели, SH-тест, SOWH-тест Сопровождающий: К. Шлип
Фибаза [30] пакет R для анализа дерева видов филогенетические функции, STAR, NJst, STEAC, maxtree и т. д. Л. Лю и Л. Ю
фикласт Филогенетическая кластеризация (филокластеризация) Максимальная вероятность режимов конечной смеси Вэй-Чен Чен
ФИЛИПП Пакет филогенетических выводов Максимальная экономия, матрица расстояний, максимальная вероятность Дж. Фельзенштейн
филоТ Создает филогенетические деревья в различных форматах на основе таксономии NCBI. никто И. Летунич
Филокварт Реализация квартета (использует последовательности или расстояния) Метод квартета V. Berry
ФилоWGS Реконструкция субклонального состава и эволюции на основе полногеномного секвенирования опухолей MCMC А.Г. Дешвар, С. Вембу, К.К. Юнг, Г.Х. Джанг, Л. Стайн и К. Моррис
ФиМЛ [31] Быстрая и точная оценка филогений с использованием максимального правдоподобия Максимальная вероятность С. Гуиндон и О. Гаскюэль
фикс [32] Филогенетические инструменты командной строки Unix/Linux Исследуйте, манипулируйте, анализируйте и моделируйте филогенетические объекты (выравнивания, деревья и журналы MCMC) Дж. В. Браун, Дж. Ф. Уокер и С. А. Смит
ПОЯ Программа филогенетического анализа, которая поддерживает несколько типов данных и может выполнять выравнивание и выводы о филогении. Для этой цели были разработаны различные эвристические алгоритмы. Максимальная экономия, Максимальное правдоподобие, Хромосомная перестройка, дискретные символы, непрерывные символы, Выравнивание А. Варон, Н. Лукарони, Л. Хонг, В. Уилер
ПротАСР2 [33] Наследственная реконструкция белковых последовательностей, обеспечивающая стабильность сворачивания Максимальное правдоподобие, модели замещения М. Аренас, У. Бастолья
ПротЭвол Моделирование белковых последовательностей в рамках моделей структурно ограниченного замещения Моделирование последовательностей, модели замещения М. Аренас, А. Санчес-Кобос, У. Бастолья У
ПротеинЭволвер Моделирование белковых последовательностей вдоль филогений в рамках эмпирических и структурно ограниченных моделей замещения в эволюции белков Моделирование последовательностей вперед во времени, модели замещения М. Аренас, Х.Г. Дос Сантос, Д. Посада, У. Бастолья
БелокEvolverABC [34] Кооценка скорости рекомбинации и замены в белковых последовательностях Приблизительное байесовское вычисление М. Аренас
ПротТест3 Высокопроизводительная вычислительная программа для выбора модели эволюции белка, которая лучше всего соответствует заданному набору выровненных последовательностей. Максимальная вероятность, AIC, BIC, DT Д. Дарриба, ГЛ. Табоада, Р. Доалло, Д. Посада
ПиКогент Библиотека программного обеспечения для геномной биологии Моделирование последовательностей, выравнивание, управление сторонними приложениями, рабочими процессами, запросы к базам данных, создание графиков и филогенетических деревьев. Найт и др.
QuickTree Конструкция дерева оптимизирована для повышения эффективности Присоединение к соседям К. Хоу, А. Бейтман, Р. Дурбин
RAxML-HPC Рандомизированное ускоренное максимальное правдоподобие для высокопроизводительных вычислений (нуклеотиды и аминокислоты) Максимальная вероятность, простота. Максимальная экономия. А. Стаматакис
RAxML-NG [35] Рандомизированное ускоренное максимальное правдоподобие для высокопроизводительных вычислений (нуклеотиды и аминокислоты) следующего поколения Максимальная вероятность, простота. Максимальная экономия. А. Козлов, Д. Дарриба, Т. Флури, Б. Морель, А. Стаматакис
СЕМФИ Реконструкция дерева с использованием комбинированных преимуществ максимального правдоподобия (точности) и соединения соседей (скорости). SEMPHY устарел. Теперь авторы отсылают пользователей к RAxML, который превосходит их по точности и скорости. Гибридный метод максимального правдоподобия/присоединения соседей М. Нинио, Е. Привман, Т. Пупко, Н. Фридман
СГВЕ Моделирование полногеномной эволюции по филогенетическим деревьям Моделирование полногеномных последовательностей в прямом направлении Аренас М., Посада Д.
СимПлот++ [36] Графики сходства последовательностей (SimPlots [37] ), обнаружение событий внутригенной и межгенной рекомбинации, бутскан-анализ [38] и сети сходства последовательностей. SimPlot с использованием различных моделей расстояний нуклеотид/белок; тесты на рекомбинацию Phi, χ2 и NSS; Анализ сети сходства последовательностей S. Samson, E. Lord, V. Makarenkov
Ну и что [39] Проверка гипотез тест SOWH Черч, Райан и Данн
Сплатче3 [40] Моделирование генетических данных в рамках различных пространственно явных эволюционных сценариев Коалесцент, молекулярная эволюция, последовательности ДНК, SNP, STR, RFLP. М. Куррат и др.
СплитДерево [41] Дерево и сетевая программа Вычисление, визуализация и исследование филогенетических деревьев и сетей Д. Х. Хьюсон и Д. Брайант
ТНТ Филогенетический вывод Экономия, взвешивание, трещотка, дрейф деревьев, сращивание деревьев, секторальные обыски П. Голобов и др.
TOPALi Филогенетический вывод Выбор филогенетической модели, байесовский анализ и оценка филогенетического дерева максимального правдоподобия, обнаружение участков, подвергающихся положительному отбору, и анализ местоположения точки разрыва рекомбинации. Иэн Милн, Доминик Линднер и др.
TreeGen Построение дерева с учетом заранее вычисленных данных о расстоянии. Матрица расстояний ETH Цюрих
ДеревоВыровнять Эффективный гибридный метод Матрица расстояний и приблизительная экономия Дж. Хейн
Древесная Линия Алгоритм построения дерева в пакете DECIPHER для R Максимальная вероятность, максимальная экономия и расстояние Э. Райт
Древовидный [42] Быстрая реконструкция дерева ML, бутстрап-анализ, выбор модели, проверка гипотез, калибровка дерева, манипулирование деревом и визуализация, вычисление посайтовых скоростей, моделирование последовательностей, множество моделей эволюции (ДНК, белок, рРНК, смешанный белок, задается пользователем), графический интерфейс пользователя и язык сценариев Максимальная вероятность, расстояния и др. Джобб Г., фон Хэзелер А., Стриммер К.
ДЕРЕВО-ПАЗЗЛ [43] [44] Максимальное правдоподобие и статистический анализ Максимальная вероятность Makarenkov
T-REX (Веб-сервер) [45] Вывод и визуализация дерева, обнаружение горизонтального переноса генов , множественное выравнивание последовательностей Расстояние ( соединение соседей ), вывод дерева экономии и максимального правдоподобия (PhyML, RAxML), выравнивание последовательностей MUSCLE, MAFFT и ClustalW и связанные приложения. Boc A, Diallo AB, Makarenkov V
АШЕР [46] Филогенетическое размещение с использованием максимальной экономии вирусных геномов Максимальная экономия Турахия Ю., Торнлоу Б., Хинрикс А.С., Де Майо Н., Гозашти Л., Ланфир Р., Хаусслер Д. и Корбетт-Детиг Р.
НЕДЕЛИ Быстрый и бесплатный мультиплатформенный редактор деревьев Графический интерфейс с алгоритмами Phylip 3.6 и IQTree. Юнипро
Очень БыстроеДерево [47] Хорошо настроенный инструмент, который использует преимущества стратегий распараллеливания и векторизации для ускорения вывода филогений для огромных выравниваний. Приблизительная максимальная вероятность Сезар Пиньейро. Хосе М. Абуин и Хуан К. Пичел
Винклада Графический интерфейс и редактор дерева (требуется Nona) Максимальная экономия, трещотка К. Никсон
Xрейт Филограмматический двигатель Оценка скорости, оценка длины ветвей, аннотация выравнивания И. Холмс

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Паттерсон Н., Мурджани П., Луо Й., Маллик С., Роланд Н., Жан Й., Геншорек Т., Вебстер Т., Райх Д. (ноябрь 2012 г.). «Древняя примесь в истории человечества» . Генетика . 192 (3): 1065–93. дои : 10.1534/genetics.112.145037 . ПМК   3522152 . ПМИД   22960212 .
  2. ^ Эль-Кебир М., Оспер Л., Ачесон-Филд Х., Рафаэль Б.Дж. (июнь 2015 г.). «Реконструкция клональных деревьев и состава опухолей на основе данных секвенирования нескольких образцов» . Биоинформатика . 31 (12): i62-70. doi : 10.1093/биоинформатика/btv261 . ПМЦ   4542783 . ПМИД   26072510 .
  3. ^ Кюк П., Мейд С.А., Гросс С., Вегеле Й.В., Мисоф Б. (август 2014 г.). «AliGROOVE - визуализация расхождения гетерогенных последовательностей в пределах множественных выравниваний последовательностей и обнаружение поддержки завышенных ветвей» . БМК Биоинформатика . 15 (1): 294. дои : 10.1186/1471-2105-15-294 . ПМК   4167143 . ПМИД   25176556 .
  4. ^ Паради Э., Клод Дж., Стриммер К. (январь 2004 г.). «APE: анализ филогенетики и эволюции на языке R» . Биоинформатика . 20 (2). Оксфорд, Англия: 289–90. doi : 10.1093/биоинформатика/btg412 . ПМИД   14734327 .
  5. ^ Лорд Э., Леклерк М., Бок А., Диалло А.Б., Макаренков В. (2012). «Armadillo 1.1: оригинальная рабочая платформа для проектирования и проведения филогенетического анализа и моделирования» . ПЛОС ОДИН . 7 (1): e29903. Бибкод : 2012PLoSO...729903L . дои : 10.1371/journal.pone.0029903 . ПМК   3256230 . ПМИД   22253821 .
  6. ^ Сушард М.А., Ределингс Б.Д. (август 2006 г.). «BAli-Phy: одновременный байесовский вывод о выравнивании и филогении» . Биоинформатика . 22 (16): 2047–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btl175 . ПМИД   16679334 .
  7. ^ Уилсон И.Дж., Уил М.Э., Балдинг-ди-джей (июнь 2003 г.). «Выводы на основе данных ДНК: истории населения, эволюционные процессы и вероятности совпадения судебно-медицинской экспертизы» . Журнал Королевского статистического общества, серия A (Статистика в обществе) . 166 (2): 155–88. дои : 10.1111/1467-985X.00264 .
  8. ^ Пейгель М., Мид А. (2007), Байесовская филогения 1.0. Программное обеспечение, распространяемое авторами.
  9. ^ Пейджел М., Мид А. (2007). «BayesTraits. Программа для ЭВМ и документация» . стр. 1216–23.
  10. ^ Драммонд А., Сушард М.А., Се Д., Рамбо А. (2012). «Байесовская филогенетика с BEAUti и BEAST 1.7» . Молекулярная биология и эволюция . 29 (8): 1969–1973. дои : 10.1093/molbev/mss075 . ПМК   3408070 . ПМИД   22367748 .
  11. ^ Цзян Ю, Цю Ю, Минн А.Дж., Чжан Н.Р. (сентябрь 2016 г.). «Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживание продольной и пространственной истории клональной эволюции с помощью секвенирования следующего поколения» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (37): E5528-37. Бибкод : 2016PNAS..113E5528J . дои : 10.1073/pnas.1522203113 . ПМК   5027458 . ПМИД   27573852 .
  12. ^ Подумайте, Амариндер Сингх; Синха, Сомдатта (2023). «Использование представления хаос-игры для анализа линий SARS-CoV-2, новых штаммов и рекомбинантов» . Современная геномика . 24 (3): 187–195. дои : 10.2174/0113892029264990231013112156 . ПМЦ   10761335 . ПМИД   38178984 . S2CID   264500732 .
  13. ^ Томпсон, Джули Д.; Гибсон, Тоби Дж.; Хиггинс, Дес Г. (август 2002 г.). «Множественное выравнивание последовательностей с использованием ClustalW и ClustalX». Современные протоколы в биоинформатике . Глава 2: 2.3.1–2.3.22. дои : 10.1002/0471250953.bi0203s00 . ISSN   1934-340X . ПМИД   18792934 . S2CID   34156490 .
  14. ^ Хьюсон Д.Х., Скорнавакка К. (декабрь 2012 г.). «Дендроскоп 3: интерактивный инструмент для построения укорененных филогенетических деревьев и сетей» . Систематическая биология . 61 (6): 1061–7. дои : 10.1093/sysbio/sys062 . ПМИД   22780991 .
  15. ^ Цзя Б., Рэй С., Сафави С., Бенто Дж. (2018). «Эффективная проекция на идеальную модель филогении». В Бенджио С., Уоллаке Х., Ларошелле Х., Граумане К., Чезе-Бьянки Н., Гарнетте Р. (ред.). Достижения в области нейронных систем обработки информации 31 (NeurIPS 2018) . стр. 4108–4118.
  16. ^ Рэй С., Джиа Б., Сафави С., Опийнен Т., Исберг Р., Рош Дж., Бенто Дж. Точный вывод в рамках идеальной модели филогении . arXiv : 1908.08623 .
  17. ^ Чон Ю.С., Ли К., Пак С.К., Ким Б.С., Чо Ю.Дж., Ха С.М., Чун Дж. (февраль 2014 г.). «EzEditor: универсальный редактор выравнивания последовательностей генов, кодирующих как рРНК, так и белки». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 64 (Часть 2): 689–91. дои : 10.1099/ijs.0.059360-0 . ПМИД   24425826 .
  18. ^ Прайс М.Н., Дехал П.С., Аркин А.П. (март 2010 г.). «FastTree 2 — деревья примерно максимального правдоподобия для больших трасс» . ПЛОС ОДИН . 5 (3): е9490. Бибкод : 2010PLoSO...5.9490P . дои : 10.1371/journal.pone.0009490 . ПМЦ   2835736 . ПМИД   20224823 .
  19. ^ Нгуен Л.Т., Шмидт Х.А., фон Хэселер А., Мин БК (январь 2015 г.). «IQ-TREE: быстрый и эффективный стохастический алгоритм для оценки филогений максимального правдоподобия» . Молекулярная биология и эволюция . 32 (1): 268–74. дои : 10.1093/molbev/msu300 . ПМЦ   4271533 . ПМИД   25371430 .
  20. ^ Минь БК, Нгуен М.А., фон Хэзелер А. (май 2013 г.). «Сверхбыстрое приближение для филогенетического бутстрепа» . Молекулярная биология и эволюция . 30 (5): 1188–95. дои : 10.1093/molbev/mst024 . ПМЦ   3670741 . ПМИД   23418397 .
  21. ^ Крискуоло А (июнь 2019 г.). «Быстрая биоинформационная процедура без выравнивания, позволяющая построить точные филогенетические деревья на основе расстояний на основе сборок генома» . Идеи и результаты исследования . 5 : е36178. дои : 10.3897/rio.5.e36178 . S2CID   196180156 .
  22. ^ Крискуоло А (ноябрь 2020 г.). «О преобразовании неисправленных расстояний на основе MinHash в правильные эволюционные расстояния для филогенетических выводов» . F1000Исследования . 9 : 1309. doi : 10.12688/f1000research.26930.1 . ПМЦ   7713896 . ПМИД   33335719 .
  23. ^ Кэмпбелл, Эллсворт М.; Бойлз, Энтони; Шанкар, Анупама; Ким, Джей; Князев Сергей; Цинтрон, Роксана; Свитцер, Уильям М. (07 сентября 2021 г.). «MicrobeTrace: Переоснащение молекулярной эпидемиологии для быстрого реагирования общественного здравоохранения» . PLOS Вычислительная биология . 17 (9): e1009300. Бибкод : 2021PLSCB..17E9300C . дои : 10.1371/journal.pcbi.1009300 . ISSN   1553-7358 . ПМК   8491948 . ПМИД   34492010 .
  24. ^ Хашка, Томас; Понгер, Лоик; Эскуде, Кристоф; Моцциконаччи, Жюльен (08 июня 2021 г.). «MNHN-Tree-Tools: набор инструментов для вывода дерева с использованием многомасштабной кластеризации набора последовательностей» . Биоинформатика . 37 (21): 3947–3949. doi : 10.1093/биоинформатика/btab430 . ISSN   1367-4803 .
  25. ^ О'Лири, Морин А.; Кауфман, Сет (октябрь 2011 г.). «МорфоБанк: филофеномика в «облаке» » . Кладистика . 27 (5): 529–537. дои : 10.1111/j.1096-0031.2011.00355.x . ПМИД   34875801 . S2CID   76652345 .
  26. ^ Хюльзенбек, JP; Ронквист, Ф. (август 2001 г.). «MRBAYES: Байесовский вывод филогенетических деревьев» . Биоинформатика . 17 (8): 754–755. дои : 10.1093/биоинформатика/17.8.754 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   11524383 .
  27. ^ Хельмут М., Визеке Н., Лехнер М., Ленхоф Х.П., Миддендорф М., Штадлер П.Ф. (февраль 2015 г.). «Филогеномика с паралогами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (7): 2058–63. arXiv : 1712.06442 . Бибкод : 2015PNAS..112.2058H . дои : 10.1073/pnas.1412770112 . ПМЦ   4343152 . ПМИД   25646426 .
  28. ^ Томас, Гэвин Х.; Хартманн, Клаас; Джетц, Уолтер; Джой, Джеффри Б.; Мимото, Аки; Мурс, Арне О. (2013). «PASTIS: пакет R для облегчения филогенетической сборки с мягкими таксономическими выводами». Методы экологии и эволюции . 4 (11): 1011–1017. Бибкод : 2013MEcEv...4.1011T . дои : 10.1111/2041-210X.12117 . ISSN   2041-210X . S2CID   86694418 .
  29. ^ Шлип КП (февраль 2011 г.). «Фангорн: филогенетический анализ в R» . Биоинформатика . 27 (4): 592–3. doi : 10.1093/биоинформатика/btq706 . ПМК   3035803 . ПМИД   21169378 .
  30. ^ Лю Л, Ю Л (апрель 2010 г.). «Phybase: пакет R для анализа дерева видов» . Биоинформатика . 26 (7): 962–3. doi : 10.1093/биоинформатика/btq062 . ПМИД   20156990 .
  31. ^ Гуиндон, Стефан; Дюфайяр, Жан-Франсуа; Лефорт, Винсент; Анисимова, Мария; Хордейк, Вим; Гаскуэль, Оливье (29 марта 2010 г.). «Новые алгоритмы и методы оценки филогений максимального правдоподобия: оценка производительности PhyML 3.0» . Систематическая биология . 59 (3): 307–321. дои : 10.1093/sysbio/syq010 . hdl : 20.500.11850/25281 . ISSN   1076-836X .
  32. ^ Браун Дж.В., Уокер Дж.Ф., Смит С.А. (июнь 2017 г.). «Phyx: филогенетические инструменты для unix» . Биоинформатика . 33 (12): 1886–1888. doi : 10.1093/биоинформатика/btx063 . ПМК   5870855 . ПМИД   28174903 .
  33. ^ Аренас, Мигель; Бастолла, Уго (2020). «ProtASR2: Наследственная реконструкция белковых последовательностей, обеспечивающая стабильность сворачивания» . Методы экологии и эволюции . 11 (2): 248–257. Бибкод : 2020MEcEv..11..248A . дои : 10.1111/2041-210X.13341 . ISSN   2041-210X .
  34. ^ Аренас, Мигель (27 августа 2021 г.). «ProteinEvolverABC: оценка скорости рекомбинации и замены в белковых последовательностях путем приближенного байесовского расчета» . Биоинформатика . 38 (1): 58–64. doi : 10.1093/биоинформатика/btab617 . ISSN   1367-4803 . ПМЦ   8696103 . ПМИД   34450622 .
  35. ^ Козлов А.М., Дарриба Д., Флури Т., Морель Б., Стаматакис А. (май 2019 г.). «RAxML-NG: быстрый, масштабируемый и удобный инструмент для максимально правдоподобного филогенетического вывода» . Биоинформатика . 35 (21): 4453–4455. doi : 10.1093/биоинформатика/btz305 . ПМК   6821337 . ПМИД   31070718 .
  36. ^ Самсон, Стефан; Господи, Этьен! Макаренков Владимир (26 мая 2022 г.). «SimPlot++: приложение Python для представления сходства последовательностей и обнаружения рекомбинации». Биоинформатика . 38 (11): 3118–3120. arXiv : 2112.09755 . doi : 10.1093/биоинформатика/btac287 . ПМИД   35451456 .
  37. ^ Лоле, Кавита С.; Боллинджер, Роберт С.; Паранджапе, Рамеш С.; Гадкари, Дипак; Кулкарни, Смита С.; Новак, Николь Г.; Ингерсолл, Роксана; Шеппард, Хейнс В.; Рэй, Стюарт К. (январь 1999 г.). «Полноразмерные геномы вируса иммунодефицита человека типа 1 от сероконвертеров, инфицированных подтипом C, в Индии, с доказательствами межподтиповой рекомбинации» . Журнал вирусологии . 73 (1): 152–160. doi : 10.1128/JVI.73.1.152-160.1999 . ПМЦ   103818 . ПМИД   9847317 .
  38. ^ Салминен, Мика О.; Карр, Джин К.; Берк, Дональд С.; МакКАТЧАН, Франсин Э. (ноябрь 1995 г.). «Идентификация точек останова в межгенотипических рекомбинантах ВИЧ типа 1 путем бутсканирования». Исследования СПИДа и ретровирусы человека . 11 (11): 1423–1425. дои : 10.1089/aid.1995.11.1423 . ПМИД   8573403 .
  39. ^ Черч С.Х., Райан Дж.Ф., Данн К.В. (ноябрь 2015 г.). «Автоматизация и оценка теста SOWH с помощью SOWHAT» . Систематическая биология . 64 (6): 1048–58. дои : 10.1093/sysbio/syv055 . ПМК   4604836 . ПМИД   26231182 .
  40. ^ Куррат, Матиас; Аренас, Мигель; Килодран, Клаудио С; Экскофье, Лоран; Рэй, Николас (11 мая 2019 г.). «SPLATCHE3: моделирование серийных генетических данных в рамках пространственно явных эволюционных сценариев, включая распространение на большие расстояния» . Биоинформатика . 35 (21): 4480–4483. doi : 10.1093/биоинформатика/btz311 . ISSN   1367-4803 . ПМК   6821363 . ПМИД   31077292 .
  41. ^ Хьюсон Д.Х., Брайант Д. (февраль 2006 г.). «Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях» . Молекулярная биология и эволюция . 23 (2): 254–67. дои : 10.1093/molbev/msj030 . ПМИД   16221896 .
  42. ^ Джобб Г., фон Хэзелер А., Стриммер К. (июнь 2004 г.). «TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики» . Эволюционная биология BMC . 4:18 . дои : 10.1186/1471-2148-4-18 . ПМК   459214 . ПМИД   15222900 . (Отозвано, см. дои : 10.1186/s12862-015-0513-z , PMID   26542699 , Часы втягивания . Если это намеренная ссылка на отозванную статью, замените {{retracted|...}} с {{retracted|...|intentional=yes}}. )
  43. ^ Макаренков В (июль 2001 г.). «T-REX: реконструкция и визуализация филогенетических деревьев и ретикуляционных сетей» . Биоинформатика . 17 (7): 664–8. дои : 10.1093/биоинформатика/17.7.664 . ПМИД   11448889 .
  44. ^ Шмидт Х.А., Стриммер К., Вингрон М., фон Хэзелер А. (март 2002 г.). «ДЕРЕВО-ЗАГАДКА: филогенетический анализ максимального правдоподобия с использованием квартетов и параллельных вычислений» . Биоинформатика . 18 (3): 502–4. дои : 10.1093/биоинформатика/18.3.502 . ПМИД   11934758 .
  45. ^ Бок А., Диалло А.Б., Макаренков В. (июль 2012 г.). «T-REX: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с веб-сервером): W573–9. дои : 10.1093/nar/gks485 . ПМК   3394261 . ПМИД   22675075 .
  46. ^ Турахия Ю., Торнлоу Б., Хинрикс А.С., Де Майо Н., Гозашти Л., Ланфир Р., Хаусслер Д., Корбетт-Детиг Р. (июнь 2021 г.). «Сверхбыстрое размещение образцов на существующих деревьях (UShER) расширяет возможности филогенетики в реальном времени для борьбы с пандемией SARS-CoV-2» . Природная генетика . 53 (6): 809–816. дои : 10.1038/s41588-021-00862-7 . ПМЦ   9248294 . ПМИД   33972780 .
  47. ^ Пиньейру, Сезар; Абуин, Хосе М; Пичел, Хуан С (01 ноября 2020 г.). Понти, Янн (ред.). «Очень быстрое дерево: ускорение оценки филогений для больших выравниваний за счет стратегий распараллеливания и векторизации» . Биоинформатика . 36 (17): 4658–4659. doi : 10.1093/биоинформатика/btaa582 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   32573652 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=List_of_phylogenetics_software&oldid=1235963766"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 0d7fa237552922940066e920bb94a7d3__1721622300
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/0d/d3/0d7fa237552922940066e920bb94a7d3.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
List of phylogenetics software - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)