Население призраков
Популяция -призрак — это популяция, полученная с помощью статистических методов. [1]
Популяционные исследования
[ редактировать ]В 2004 году было предложено, чтобы подходы максимального правдоподобия или байесовские подходы, оценивающие темпы миграции и размеры населения с использованием теории слияния, могли использовать наборы данных, содержащие население, о котором нет данных. Это называется «популяция-призрак». Манипулирование позволяет изучить влияние отсутствующих популяций на оценку размеров популяций и темпов миграции между двумя конкретными популяциями. Смещения предполагаемых параметров популяции зависят от величины скорости миграции из неизвестных популяций. [1] Методика определения популяций-призраков вызвала критику, поскольку популяции-призраки были результатом статистических моделей, а также их ограничений. [2]
Популяционная генетика
[ редактировать ]Люди
[ редактировать ]В 2012 году анализ ДНК и статистические методы были использованы для вывода о том, что ныне вымершая человеческая популяция в Северной Евразии скрестилась как с предками европейцев, так и с сибирской группой, которая позже мигрировала в Америку. Группу назвали популяцией-призраком, потому что их идентифицировали по отголоскам, которые они оставляют в геномах, а не по костям или древней ДНК. [3] В 2013 году другое исследование обнаружило останки члена этой группы призраков, что подтвердило более раннее предсказание об их существовании. [4] [5]
Согласно исследованию, опубликованному в 2020 году, есть признаки того, что от 2% до 19% (или около ≃6,6 и ≃7,0%) ДНК четырех популяций Западной Африки могло происходить от неизвестного архаичного гоминина, который отделился от предка Sapiens. (современные люди) и неандертальцы от 360 до 1,02 млн лет назад. Однако исследование также предполагает, что, по крайней мере, часть этой архаической примеси также присутствует у евразийцев/неафриканцев и что событие или события примеси варьируются от 0 до 124 тыс. лет назад, что включает период до выхода из Африки. миграции и до раскола Африки и Евразии (таким образом, частично затрагивая общих предков как африканцев, так и евразийцев/неафриканцев). [6] [7] [8] Другое недавнее исследование, которое обнаружило значительное количество ранее неописанных генетических вариаций человека, также обнаружило у африканцев наследственную генетическую вариацию, которая предшествовала современным людям и была потеряна у большинства неафриканцев. [9]
Другие животные
[ редактировать ]В 2015 году исследование происхождения и ранней миграции домашних свиней показало, что лучшая модель, которая соответствует данным, включает поток генов от призрачной популяции во время плейстоцена , которая сейчас вымерла. [10]
Исследование 2018 года предполагает, что общий предок волка и койота , возможно, скрестился с неизвестным псовым, родственным волку . [11]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Берли, П. (2004). «Влияние групп населения, не включенных в выборку, на оценку численности населения и темпов миграции между группами населения, включенными в выборку» . Молекулярная экология . 13 (4): 827–836. дои : 10.1111/j.1365-294x.2004.02101.x . ПМИД 15012758 . S2CID 18326408 .
- ^ Скаткин, М (2005). «Видеть призраков: влияние групп населения, не включенных в выборку, на уровень миграции, оцененный для групп населения, включенных в выборку». Молекулярная экология . 14 (1): 67–73. дои : 10.1111/j.1365-294X.2004.02393.x . ПМИД 15643951 . S2CID 17600283 .
- ^ Паттерсон, Н. (2012). «Древняя примесь в истории человечества» . Генетика . 192 (3): 1065–93. дои : 10.1534/genetics.112.145037 . ПМК 3522152 . ПМИД 22960212 .
- ^ Рагхаван, М. (2013). «Геном Сибири верхнего палеолита указывает на двойное происхождение коренных американцев» . Природа . 505 (7481): 87–91. Бибкод : 2014Natur.505...87R . дои : 10.1038/nature12736 . ПМК 4105016 . ПМИД 24256729 .
- ^ Каллауэй, Э. (2015). « Население-призрак намекает на давно потерянную миграцию в Америку». Природа . дои : 10.1038/nature.2015.18029 . S2CID 181337948 .
- ^ Арун Дурвасула; Шрирам Шанкарараман (2020). «Восстановление сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканском населении» . Достижения науки . 6 (7): eaax5097. Бибкод : 2020SciA....6.5097D . дои : 10.1126/sciadv.aax5097 . ПМК 7015685 . ПМИД 32095519 . «Неафриканские популяции (ханьцы в Пекине и жители Юты северного и западноевропейского происхождения) также демонстрируют аналогичные закономерности в CSFS, что позволяет предположить, что компонент архаического происхождения был общим до разделения африканского и неафриканского населения... Одна из интерпретаций недавнего времени интрогрессии, которую мы документируем, заключается в том, что архаические формы сохранялись в Африке до недавнего времени. С другой стороны, архаическая популяция могла раньше интрогрессировать в современную человеческую популяцию, которая затем впоследствии скрестилась с предками существующих у нас популяций. Анализируемые здесь модели не являются взаимоисключающими, и вполне вероятно, что история африканских популяций включает в себя генетический вклад множества дивергентных популяций, о чем свидетельствует большой эффективный размер популяции, связанный с интрогрессирующей архаической популяцией... Учитывая неопределенность в наших оценках времени интрогрессии, мы задались вопросом, может ли совместный анализ CSFS геномов CEU (жителей Юты с северным и западноевропейским происхождением) и YRI обеспечить дополнительное разрешение. В рамках модели C мы смоделировали интрогрессию до и после разделения между африканскими и неафриканскими популяциями и наблюдали качественные различия между двумя моделями в высокочастотных аллельных интервалах CSFS в африканских и неафриканских популяциях (рис. S40). ). Используя ABC для совместного сопоставления высокочастотных аллелей CSFS в CEU и YRI (определяемых как частота более 50%), мы обнаруживаем, что нижний предел 95% вероятного интервала времени интрогрессии старше, чем смоделированный раскол между CEU и YRI (2800 против 2155 поколений BP), указывающий на то, что по крайней мере часть архаических линий, наблюдаемых в YRI, также является общей с CEU...»
- ^ [1] Дополнительные материалы для восстановления сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканских популяциях», раздел «S8.2». «Мы смоделировали данные, используя те же априорные данные, что и в разделе S5.2, но вычислили спектр для обоих YRI [западноафриканская йоруба] и CEU [население европейского происхождения]. Мы обнаружили, что наиболее подходящими параметрами были архаичное время разделения 27 000 поколений назад (95% HPD: 26 000–28 000), доля примеси 0,09 (95% HPD: 0,04-0,17), время примеси 3000 поколений назад (95% HPD) : 2800–3400), а эффективная численность популяции составляет 19 700 особей (95% HPD: 19 300–20 200). Мы обнаружили, что нижняя граница времени примеси находится дальше, чем смоделированный раскол между CEU и YRI (2155 поколений назад), что дает некоторые доказательства в пользу события, предшествовавшего выходу из Африки. Эта модель предполагает, что многие популяции за пределами Африки также должны содержать гаплотипы, возникшие в результате этого интрогрессионного события, хотя обнаружение затруднено, поскольку многие методы используют несмешанные внешние группы для обнаружения интрогрессивных гаплотипов [Browning et al., 2018, Skov et al., 2018, Durvasula and Sankararaman , 2019] (5, 53, 22). Также возможно, что некоторые из этих гаплотипов были потеряны во время «узкого места» за пределами Африки».
- ^ Дурвасула, Арун; Шанкарараман, Шрирам (2020). «Восстановление сигналов призрачной архаической интрогрессии в африканском населении» . Достижения науки . 6 (7): eaax5097. Бибкод : 2020SciA....6.5097D . дои : 10.1126/sciadv.aax5097 . ПМК 7015685 . ПМИД 32095519 . S2CID 211472946 .
- ^ Бергстрем, А; Маккарти, С; Хуэй, Р; Альмарри, М; Аюб, Кью (2020). «Изучение генетических вариаций человека и истории популяции на основе 929 различных геномов» . Наука . 367 (6484): eaay5012. дои : 10.1126/science.aay5012 . ПМЦ 7115999 . ПМИД 32193295 . «Анализ архаических последовательностей в современных популяциях выявляет наследственные генетические вариации в африканских популяциях, которые, вероятно, предшествовали современным людям и были потеряны в большинстве неафриканских популяций... Мы обнаружили небольшое количество предков неандертальцев в западноафриканских геномах, скорее всего, отражающих евразийское происхождение. Несмотря на очень низкий уровень или отсутствие архаического происхождения, африканские популяции имеют много общих неандертальских и денисовских вариантов, отсутствующих в Евразии, что отражает то, как большая часть предковых вариаций человека сохранилась в Африке».
- ^ Франц, Л. (2015). «Доказательства долгосрочного потока генов и отбора во время одомашнивания на основе анализа геномов диких и домашних свиней Евразии». Природная генетика . 47 (10): 1141–1148. дои : 10.1038/ng.3394 . ПМИД 26323058 . S2CID 205350534 .
- ^ Гопалакришнан, Шьям; Синдинг, Миккель-Хольгер С.; Рамос-Мадригал, Хасмин; Ниманн, Йонас; Саманьего Каструита, Хосе А.; Виейра, Филипе Г.; Карё, Кристиан; Монтеро, Марк де Мануэль; Кудерна, Лукас; Серрес, Айтор; Гонсалес-Басаллоте, Виктор Мануэль; Лю, Ян-Ху; Ван, Го-Дун; Маркес-Боне, Томас; Мирараб, Сиаваш; Фернандес, Карлос; Гобер, Филипп; Кёпфли, Клаус-Петер; Бадд, Джейн; Рунесс, Эли Книспель; Хайде-Йоргенсен, Мадс Питер; Петерсен, Бент; Зихеритц-Понтен, Томас; Бахманн, Лутц; Виг, Эйстейн; Хансен, Андерс Дж.; Гилберт, М. Томас П. (2018). «Межвидовой поток генов сформировал эволюцию рода Canis» . Современная биология . 28 (21): 3441–3449.e5. дои : 10.1016/j.cub.2018.08.041 . ПМК 6224481 . ПМИД 30344120 .
