Филокод

Международный кодекс филогенетической номенклатуры известный как Филокод , сокращенно , представляет собой формальный набор правил, регулирующих филогенетическую номенклатуру . Его текущая версия специально разработана для регулирования наименования клад , оставляя управление названиями видов на основе рангов на усмотрение кодов номенклатуры ( ICN , ICNCP , ICNP , ICZN , ICVCN ).

PhyloCode ( ISPN связан с Международным обществом филогенетической номенклатуры ). Сопутствующий том Phylonyms содержит 300 названий таксонов под PhyloCode , которые служат примерами для тех, кто не знаком с кодом. RegNum — это связанная онлайн-база данных зарегистрированных названий кладов.

ФилоКодекс регулирует филогенетическую номенклатуру, предоставляя правила для решения того , какие ассоциации названий и определений считаются установленными. какие из них будут считаться омонимами или синонимы, и какой из набора синонимов или омонимов будет считаться принятым (обычно тот, который зарегистрирован первым; см. ниже). Филокод регулирует только наименование клад . не относится к парафилетическим или полифилетическим группам и допускает использование только образцов , видов и апоморфий в качестве спецификаторов (якорей).

Филогенетическая номенклатура

Основная статья: Филогенетическая номенклатура

на основе рангов В отличие от номенклатурных кодов ( ICN , ICZN , ICNB ), PhyloCode не требует использования рангов , хотя и допускает их использование. Коды на основе рангов определяют таксоны с использованием ранга (например, род , семейство и т. д.) и, во многих случаях, типового экземпляра или типового субтаксона . Точное содержание таксона, кроме типа, не определяется ранговыми кодами.

Напротив, в филогенетической номенклатуре содержание таксонов разграничивается с использованием определения, основанного на филогении (т. е. происхождения и происхождения) и использующего спецификаторы (например, виды, образцы, апоморфии) для обозначения реальных организмов . Формула определения указывает на предка. Таким образом, определяемый таксон — это этот предок и все его потомки. Таким образом, содержание филогенетически определенного таксона опирается на филогенетическую гипотезу.

Ниже приведены примеры типов филогенетического определения (заглавные буквы обозначают спецификаторы):

• На основе узла : «клада, происходящая от самого последнего общего предка A и B» или «наименее инклюзивная клада, содержащая A и B».
• На основе ветвей : «клада, состоящая из A и всех организмов или видов, которые имеют более недавнего общего предка с A, чем с Z» или «наиболее инклюзивная клада, содержащая A, но не Z». Другой термин для определений такого рода — «основанный на основе» .
• На основе апоморфии : «клада, происходящая от первого организма или вида, обладающего апоморфией M, унаследованной A».

Возможны и другие типы определений, принимая во внимание не только филогенетические отношения и апоморфии организмов, но также то, существуют ли родственные организмы или нет .

В следующей таблице приведены примеры филогенетических определений клад, которые также имеют ранги в традиционной номенклатуре. Когда все спецификаторы в определении на основе узлов являются существующими экземплярами или видами, как в следующем определении млекопитающих, группа кроны определяется . (Традиционное определение млекопитающих менее ограничительное, включая некоторые группы ископаемых за пределами группы кроны.)

Имя	Классифицировать	Тип	Возможное филогенетическое определение
Тираннозавриды	Семья	Тиранозавр Осборн 1905 г.	Наименее инклюзивная клада, содержащая тираннозавра рекса Осборна 1905 года, горгозавра libratus Lambe 1914 года и саркофага альбертозавра Осборна 1905 года.
Млекопитающие	Сорт	Н/Д	Клада, происходящая от самого недавнего общего предка человека, Homo sapiens Linnaeus 1758, и утконосов, Ornithorhynchus anatinus Shaw 1799.
Грызуны	Заказ	Н/Д	Самая инклюзивная клада, содержащая домашнюю мышь Mus musculus Linnaeus 1758, но не восточную хлопчатобумажную мышь Sylvilagus floridanus Allen 1890.
Неорниты (Современные птицы)	Подкласс	Н/Д	Клада, происходящая от самого недавнего общего предка современных членов наиболее инклюзивной клады, включающей домашнего воробья Passer Domesticus Linnaeus 1758, но не динозавра Stegosaurus Armatus Marsh 1887.
Четвероногие	Суперкласс	Н/Д	Клада, происходящая от самого раннего предка, от которого Homo sapiens Linnaeus 1758 унаследовал конечности с пальцами рук или ног.

Версии

PhyloCode претерпел несколько изменений. По состоянию на ноябрь 2023 г. , текущая версия — 6, выпущена на сайте 8 июня 2020 года.

Организация

Как и в случае с другими номенклатурными кодексами, правила Филокода организованы в виде статей, которые, в свою очередь, организованы в виде глав. Каждая статья также может содержать примечания, примеры и рекомендации.

Оглавление

• Предисловие (включая цитируемую литературу )
• Преамбула
• Раздел I. Принципы
• Дивизион II. Правила
  • Глава I. Таксоны (ст. 1–3)
  • Глава II. Публикация (ст. 4–5)
  • Глава III. Имена (ст. 6–8)
  • Глава IV. Названия кладов (ст. 9–11)
  • Глава V. Выбор устоявшихся наименований (ст. 12–15)
  • Глава VI. Положения о гибридах (ст. 16)
  • Глава VII. Орфография (ст. 17–18)
  • Глава VIII. Авторство имен (ст. 19)
  • Глава IX. Ссылка на авторов и регистрационные номера (ст. 20)
  • Глава X. Названия видов (ст. 21)
  • Глава XI. Управление (ст. 22)
• Глоссарий
• Приложения
  • Приложение А. Процедуры регистрации и требования к данным
  • Приложение Б. Кодекс этики

Регистрационная база данных

После реализации PhyloCode будет связан с регистрационной базой данных под названием RegNum , в которой будут храниться все имена и определения клад, которые будут считаться приемлемыми. Есть надежда, что это предоставит общедоступный инструмент для связи названий клад с определениями, которые затем можно будет связать с наборами подтаксонов или образцов через базы данных филогенетических деревьев (такие как TreeBASE ).

Однако, как планируется в настоящее время, наиболее важным использованием RegNum будет решение о том, какой из ряда синонимов или омонимов будет считаться принятым: тот, который имеет наименьший регистрационный номер, за исключением случаев сохранения.

История

(Сокращено из предисловия к PhyloCode . )

PhyloCode в августе 1998 года, на котором были приняты решения о его масштабах вырос из семинара в Гарвардском университете и содержании. Многие участники семинара, а также несколько других людей, которые впоследствии присоединились к проекту, выступали в качестве консультативной группы. В апреле 2000 года проект был опубликован в Интернете , и у научного сообщества были запрошены комментарии.

Второй семинар прошел в Йельском университете в июле 2002 года, на котором были внесены некоторые изменения в правила и рекомендации PhyloCode . Время от времени вносились и другие изменения.

В Первом международном совещании по филогенетической номенклатуре, которое проходило с 6 по 9 июля 2004 г. в Париже , Франция , приняли участие около 70 систематиков и эволюционистов биологов- из 11 стран. Это была первая открытая многодневная конференция, полностью посвященная филогенетической номенклатуре, и она стала местом открытия новой ассоциации — Международного общества филогенетической номенклатуры (ISPN). Члены ISPN избирают Комитет по филогенетической номенклатуре (CPN), который взял на себя роль консультативной группы, курировавшей ранние этапы разработки Филокода.

Второе Международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 28 июня 2006 г. по 2 июля 2006 г. в Йельском университете ( Нью-Хейвен , Коннектикут , США).

Третье Международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 21 по 22 июля 2008 г. в Университете Далхаузи ( Галифакс , Новая Шотландия , Канада).

PhyloCode вступил в силу с публикацией сопутствующего тома Phylonyms в 2020 году.

Влияния

Теоретическая основа Филокода была разработана в серии статей де Кейро и Готье . Это было предвосхищено более ранними предположениями о том, что название таксона может быть определено путем ссылки на часть филогенетического дерева .

Везде, где это было возможно, авторы Филокода использовали проект Биокода , который попытался объединить ранговый подход в единый код в качестве модели. Таким образом, организация Филокода , некоторая его терминология и формулировки некоторых правил заимствованы из Биокода . Другие правила выводятся из одного или нескольких ранговых кодов, особенно ботанического. и зоологический коды. Однако многие правила Филокода не имеют аналогов ни в одном кодексе, основанном на таксономических рангах, из-за фундаментальных различий в дефиниционной основе альтернативных систем. Обратите внимание, что Филокод не регулирует названия видов, правила доступности, типизации и т. д. которых по-прежнему регулируются необходимым традиционным Кодексом номенклатуры.

Будущее

Филокод . вызывает споры и вызвал резкую критику со стороны некоторых систематиков Несмотря на то, что PhyloCode был открыт несколько десятилетий назад, число сторонников широкого внедрения PhyloCode все еще невелико, а публикация литературы по PhyloCode в середине 2010-х годов застопорилась. прежде чем ускориться после публикации «Филонимов» в 2020 году и запуска «Бюллетеня филогенетической номенклатуры» , который представляет собой журнал, посвященный публикации номенклатурных актов (особенно определений названий таксонов), действующих в соответствии с ФилоКодексом . Чтобы быть действительными в соответствии с PhyloCode, названия таксонов и связанные с ними определения должны быть зарегистрированы в базе данных RegNum .

Список опубликованной критики PhyloCode можно найти на веб-сайте ISPN , как и список опровержений.

Литература

• Андерсон, Дж. С. (2002). «Использование известных имен в филогенетической номенклатуре: ответ Лорину» . Сист. Биол . 51 (5): 822–827. дои : 10.1080/10635150290102447 . ПМИД   12396594 .
• Баум, Д.А.; У.С. Алверсон; Р. Ниффелер (1998). «Дуриан под любым другим названием: таксономия и номенклатура основных малвалес». Гарвардские статьи по ботанике . 3 : 315–330. ISSN   1043-4534 .
• Бентон, MJ (2000). «Стебли, узлы, коронные клады и списки без рангов: Линней мертв?» . Биологические обзоры . 75 (4): 633–648. дои : 10.1111/j.1469-185X.2000.tb00055.x . ISSN   0006-3231 . ПМИД   11117201 . S2CID   17851383 . Архивировано из оригинала 5 июня 2011 г.
• Кантино, Филип Д. (2000). «Филогенетическая номенклатура: решение некоторых проблем». Таксон . 49 (1). Международная ассоциация таксономии растений (IAPT): 85–93. дои : 10.2307/1223935 . JSTOR   1223935 .
• Кантино, Филип Д. (2004). «Классификация видов вместо наименования клад» . Таксон . 53 (3). Международная ассоциация таксономии растений (IAPT): 795–798. дои : 10.2307/4135453 . JSTOR   4135453 .
• Карпентер, Дж. М. (2003). «Критика чистой глупости». Ботаническое обозрение . 69 (1): 79–92. doi : 10.1663/0006-8101(2003)069[0079:COPF]2.0.CO;2 . ISSN   0006-8101 . S2CID   40505806 .
• де Кейроз, К. (1992). «Филогенетические определения и таксономическая философия». Биол. Филос . 7 (3): 295–313. дои : 10.1007/BF00129972 . S2CID   36728162 .
• де Кейроз, К. (2006). «Филокод и различие между таксономией и номенклатурой» . Сист. Биол . 55 (1): 160–162. дои : 10.1080/10635150500431221 . ПМИД   16507533 .
• де Кейрос, К.; П.Д. Кантино (2001). «Филогенетическая номенклатура и Филокод». Бык. Зоол. Номенкл . 58 : 254–271. ISSN   0007-5167 .
• де Кейрос, К.; Ж. Готье (1990). «Филогения как центральный принцип систематики: филогенетические определения названий таксонов». Сист. Зоол . 39 (4). Общество биологов-систематиков: 307–322. дои : 10.2307/2992353 . JSTOR   2992353 .
• де Кейрос, К.; Ж. Готье. (1992). «Филогенетическая систематика». Анну. Преподобный Экол. Сист . 23 : 449–480. doi : 10.1146/annurev.es.23.110192.002313 . ISSN   0066-4162 .
• де Кейрос, К.; Ж. Готье (1994). «К филогенетической системе биологической номенклатуры». Тенденции Экол. Эвол . 9 (1): 27–31. дои : 10.1016/0169-5347(94)90231-3 . ПМИД   21236760 .
• Домингес, Э.; К. Д. Уилер (1997). «Таксономическая стабильность — это невежество». Кладистика . 13 (4): 367–372. дои : 10.1006/клад.1997.0050 . ISSN   0748-3007 .
• Донохью, MJ; Ж. А. Готье (2004). «Внедрение Филокода». Тенденции Экол. Эвол . 19 (6): 281–282. дои : 10.1016/j.tree.2004.04.004 . ПМИД   16701272 .
• Готье, Дж.; К. де Кейроз (2001). «Пернатые динозавры, летающие динозавры, коронные динозавры и название « Авес »». В Ж. А. Готье; Л. Ф. Галл (ред.). Новые взгляды на происхождение и раннюю эволюцию птиц: материалы Международного симпозиума в честь Джона Х. Острома . Нью-Хейвен, Коннектикут, США: Музей естественной истории Пибоди, Йельский университет. стр. 7–41 стр.
• Лаурин, М. (2005). «Dites oui au PhyloCode!» (PDF) . Бык. Соц. о. Сист . 34 : 25–31. ISSN   1240-3253 . Архивировано из оригинала (полный текст в формате PDF) 8 августа 2007 г.
• Лорин, М.; Филип Д. Кантино (2004). «Первое Международное совещание по филогенетической номенклатуре: отчет». Зоол. Скр . 33 (5): 475–479. дои : 10.1111/j.0300-3256.2004.00176.x . S2CID   86552807 .
• Лорин, М.; К. де Кейроз; Филип Д. Кантино (2006). «Смысл и устойчивость названий таксонов». Зоол. Скр . 35 (1): 113–114. дои : 10.1111/j.1463-6409.2006.00219.x . S2CID   86040732 .
• Нордал, И.; Б. Стедже (2005). «Письма в редакцию: Парафилетические таксоны следует принять» (PDF) . Таксон . 54 (1): 5–6. дои : 10.2307/25065296 . ISSN   0040-0262 . JSTOR   25065296 . Архивировано из оригинала (полный текст в формате PDF) 28 февраля 2006 г. включая предложение, но без 150 поддержавших его сторон
• Риппель, О. (2006). «Филокод: критическое обсуждение его теоретической основы» . Кладистика . 22 (2): 186–197. дои : 10.1111/j.1096-0031.2006.00097.x . ПМИД   34892874 . S2CID   59463810 .
• Серено, ПК (1999). «Определения в филогенетической таксономии: критика и обоснование» . Сист. Биол . 48 (2): 329–351. дои : 10.1080/106351599260328 . ПМИД   12066711 .
• Серено, ПК (2005). «Логические основы филогенетической систематики». Сист. Биол . 54 (4): 595–619. CiteSeerX   10.1.1.541.7233 . дои : 10.1080/106351591007453 . ПМИД   16109704 . S2CID   15050748 .

Внешние ссылки

• PhyloCode (текущий проект)
• Международное общество филогенетической номенклатуры
• Дискуссионный форум Международного общества филогенетической номенклатуры
• Литература по филогенетической номенклатуре
• RegNum , официальный репозиторий филогенетических названий клад, сгенерированных в соответствии с правилами PhyloCode.
• Кристин Соареш, Что в имени? , Scientific American (ноябрь 2004 г.).
• Дебаты о Филокоде
• Что, если мы решим переименовать все живое на Земле? , Журнал Discovery , (28.04.2005)