Международный комитет по таксономии вирусов
Аббревиатура | ICTV |
---|---|
Формирование | 1966 год |
Цель | Регулирование систематики вирусов |
Поля | Таксономия Вирусология |
Президент (2020–2023 гг.) | Мурило Зербини |
Вице-президент (2020–2023 гг.) | Стюарт Сидделл |
Головная организация | Международный союз микробиологических обществ , Отдел вирусологии |
Принадлежности | Общество микробиологов Добро пожаловать |
Веб-сайт | ictv |
Международный комитет по таксономии вирусов ( ICTV ) утверждает и организует таксономическую классификацию и номенклатуру вирусов . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] ICTV разрабатывает универсальную таксономическую схему вирусов и, таким образом, имеет средства для надлежащего описания, названия и классификации каждого вирусного таксона. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются экспертами -вирусологами . [ 4 ] ICTV был создан и управляется Отделением вирусологии Международного союза микробиологических обществ . [ 5 ] Детальная работа, такая как идентификация новых таксонов и определение границ видов, родов, семейств и т. д., обычно выполняется исследовательскими группами экспертов по семействам. [ 2 ]
История
[ редактировать ]Международный комитет по номенклатуре вирусов (ICNV) был создан в 1966 году на Международном конгрессе микробиологов в Москве для стандартизации названий таксонов вирусов. [ 6 ] ICVN опубликовала свой первый отчет в 1971 году. [ 6 ] Что касается вирусов, поражающих позвоночных , первое сообщение включало 19 родов, 2 семейства и еще 24 неклассифицированные группы. [ нужна ссылка ]
В 1974 году ICNV был переименован в Международный комитет по таксономии вирусов. [ 6 ]
Организационная структура
[ редактировать ]Организация разделена на исполнительный комитет, в который входят члены и руководители с избираемыми на определенный срок должностями, а также непосредственно назначаемые главы семи подкомитетов. Каждый глава подкомитета, в свою очередь, назначает многочисленные «исследовательские группы», каждая из которых состоит из одного председателя и переменного числа членов, занимающихся таксономией определенного таксона, такого как отряд или семейство. Эту структуру можно представить следующим образом: [ 7 ]
- Исполнительный комитет
- Президент
- Вице-президент
- Секретари
- Бизнес-секретарь
- Секретарь предложений
- Секретарь данных
- Председатели – должностей: 7 (по одному на каждый подкомитет)
- Избранные члены – должностей: 11
- Подкомитеты
- Подкомитет по ДНК-вирусам и ретровирусам животных – исследовательские группы: 18
- Подкомитет по дцРНК и оцРНК животных – исследовательские группы: 24
- Подкомитет по вирусам оцРНК+ животных – исследовательские группы: 16
- Подкомитет по бактериальным вирусам – исследовательские группы: 20
- Подкомитет по архейным вирусам – исследовательские группы: 11
- Подкомитет по грибковым и протистическим вирусам – исследовательские группы: 12
- Подкомитет по вирусам растений – исследовательские группы: 22
Цели
[ редактировать ]Целями Международного комитета по таксономии вирусов являются: [ 8 ] : §3
- Разработать согласованную на международном уровне таксономию вирусов.
- Установить согласованные на международном уровне названия таксонов вирусов.
- Доводить до сведения вирусологов принятые решения по классификации и номенклатуре вирусов путем проведения совещаний и публикации отчетов.
- Вести официальный указатель согласованных названий вирусных таксонов.
- Изучить влияние вирусов на современное общество и их поведение.
Принципы номенклатуры
[ редактировать ]Основные принципы номенклатуры вирусов ICTV: [ 9 ] : §2.1
- Стабильность
- Чтобы избежать или отклонить использование имен, которые могут вызвать ошибку или путаницу.
- Чтобы избежать ненужного создания имен
Универсальная система классификации вирусов ICTV использует слегка модифицированную версию стандартной системы биологической классификации . Он распознает только порядок таксонов , семейство, подсемейство, род и вид. Когда неясно, как отнести вид к роду, но его классификация в семействе ясна, он будет классифицирован как неотнесенный вид этого семейства. Многие таксоны остаются без ранжирования. Также по состоянию на 2005 г. [update] Последовательности GenBank отнесены к 3142 «видам», которые не учтены в отчете ICTV (однако из-за особенностей работы GenBank фактическое количество правильных видов, вероятно, значительно меньше). [ 2 ] Ожидается, что количество неопознанных последовательностей вируса будет только увеличиваться по мере резкого увеличения скорости секвенирования вируса. [ 2 ]
ICTV добился поразительных успехов в достижении стабильности с момента своего создания в 1962 году. Каждый род и семейство, признанные в 1980-х годах, продолжали использоваться, например, с 2005 года. [ 2 ]
Именование и изменение таксонов
[ редактировать ]Предложения о новых названиях, изменении названий, установлении и таксономическом размещении таксонов рассматриваются исполкомом ICTV в форме предложений. Перед принятием решения проводятся консультации со всеми соответствующими подкомитетами и исследовательскими группами ICTV. [ 9 ] : §3.8,3.19
Название таксона не имеет официального статуса до тех пор, пока оно не будет одобрено ICTV, и названия будут приняты только в том случае, если они связаны с утвержденными иерархическими таксонами. [ 9 ] : §2.4,3.7 Если для таксона не предложено подходящего названия, таксон может быть одобрен, а название оставлено нерешенным до тех пор, пока не будет принято приемлемое международное название, когда оно будет предложено и принято ICTV. [ нужна ссылка ] Названия не должны передавать значение таксона, которое могло бы либо исключать вирусы, которые по праву являются членами этого таксона, либо исключать членов, которые однажды могут принадлежать к этому таксону, либо включать вирусы, являющиеся членами разных таксонов. [ 9 ] : §3.17
В вирусологии не существует принципа приоритета , поэтому имя, используемое в настоящее время, не может быть признано недействительным путем требования приоритета. [ 9 ] : §3.10
Правила для таксонов
[ редактировать ]Разновидность
[ редактировать ]С 2020 года [ 10 ] Вирусный код требует использования биномиальных названий для новых видов: рода, за которым следует конкретный эпитет. [ 9 ] : §3.21 Название вида должно обеспечивать соответствующую однозначную идентификацию вида. [ 9 ] : §3.22
До этого действовала более либеральная система именования: название вида должно состоять из как можно меньшего количества слов, но не должно состоять только из имени хозяина и слова « вирус» . могут использоваться цифры, буквы или их комбинации, В качестве видовых эпитетов если такие цифры и буквы уже широко используются. Однако вновь обозначенные серийные номера, буквы или их комбинации неприемлемы сами по себе в качестве видовых эпитетов. Если существует серия цифр или букв, ее можно продолжить. [ нужна ссылка ]
Роды
[ редактировать ]Род вируса — это группа родственных видов, которые имеют некоторые общие свойства и часто различаются только диапазоном хозяев и вирулентностью. Название рода должно состоять из одного слова, оканчивающегося суффиксом- вирус . Утверждение нового рода должно сопровождаться утверждением типового вида . [ 9 ] : §3.24
Подсемейства
[ редактировать ]Подсемейство – это группа родов, имеющих определенные общие признаки. Таксон следует использовать только тогда, когда он необходим для решения сложной иерархической задачи. Имя подсемейства должно состоять из одного слова, оканчивающегося суффиксом -virinae . [ 9 ] : §3.24
Семьи
[ редактировать ]Семья — это группа родов, независимо от того, организованы ли они в подсемейства или нет, имеющие друг с другом определенные общие признаки. Фамилия должна состоять из одного слова, оканчивающегося на суффикс - viridae . [ 9 ] : §3.24
Заказы
[ редактировать ]Орден — это группа семей, имеющих определенные общие черты. Название заказа должно состоять из одного слова, заканчивающегося суффиксом -virales . [ 9 ] : §3.24
Правила для субвирусных агентов
[ редактировать ]Правила классификации вирусов распространяются и на классификацию вироидов . Формальными окончаниями таксонов вироидов являются слово viroid для видов, суффикс -viroid для родов, суффикс -viroinae для подсемейств, если этот таксон необходим, и -viroidae для семейств. [ 9 ] : §3.26 Аналогичная система используется для спутников и вириформ, заменяя -vir- в нормальных таксонах окончаниями на -сателлит- и -вириформ- . [ 9 ] : §3.26 [ когда? ]
Ретротранспозоны по классификации и номенклатуре считаются вирусами. Прионы не классифицируются как вирусы, им присваивается произвольная классификация, которая кажется полезной для специалистов в конкретных областях. [ нужна ссылка ]
Правила орфографии
[ редактировать ]- В формальном таксономическом использовании принятые названия отрядов, семейств, подсемейств и родов вирусов печатаются курсивом, а первые буквы названий пишутся с заглавной буквы. [ 11 ]
- Названия видов печатаются курсивом, а первая буква первого слова пишется с заглавной буквы. Другие слова не пишутся с заглавной буквы, если они не являются именами собственными или частями имен собственных.
- В формальном использовании название таксона должно предшествовать термину таксономической единицы.
Классификация вирусов, открытых метагеномикой
[ редактировать ]Признавая важность вирусной метагеномики, ICTV признает, что геномы, собранные на основе метагеномных данных, представляют собой реальные вирусы, и поощряет их официальную классификацию в соответствии с теми же процедурами, которые используются для вирусов, выделенных и охарактеризованных с использованием классических вирусологических подходов. [ 12 ] [ 13 ]
ICTV сообщает
[ редактировать ]ICTV публикует отчеты о таксономии вирусов примерно два раза в десятилетие, начиная с 1971 года (перечислены ниже — «Отчеты»). Девятый отчет ICTV был опубликован в декабре 2011 года; [ 14 ] теперь этот контент доступен бесплатно на веб-сайте ICTV. [ 15 ] Начиная с 2017 года десятый отчет ICTV будет публиковаться онлайн на сайте ICTV. [ 16 ] [ 17 ] и будет доступен бесплатно, а отдельные главы будут обновляться по мере поступления. Таксономия 2018 года доступна онлайн, [ 18 ] включая загружаемую электронную таблицу Excel со всеми признанными видами.
База данных ICTVdb
[ редактировать ]ICTVdb — это база данных видов и изолятов, которая призвана служить дополнением к базе данных таксономии ICTV. ICTVdB поддерживает развитие ICTV с 1991 года и изначально предназначалось для помощи в таксономических исследованиях. База данных классифицирует вирусы, в первую очередь, на основе их химических характеристик, геномного типа, репликации нуклеиновых кислот , заболеваний, переносчиков и географического распространения, а также других характеристик. [ нужна ссылка ]
База данных была разработана в Австралийском национальном университете при поддержке Национального научного фонда США и при финансовой поддержке Американской коллекции типовых культур . Он использует систему языка описания таксономии ( DELTA ), мировой стандарт обмена таксономическими данными, разработанный Австралийской организацией научных и промышленных исследований (CSIRO). DELTA способна хранить самые разнообразные данные и переводить их на язык, подходящий для традиционных отчетов и веб-публикаций. Например, ICTVdB сам по себе не содержит информации о геномной последовательности, но может конвертировать данные DELTA в формат NEXUS. [ 19 ] Он также может обрабатывать большие объемы данных и подходит для составления длинных списков свойств вирусов, текстовых комментариев и изображений.
Концепция и возможности ICTVdB выросли и стали основным справочным ресурсом и исследовательским инструментом; в 1999 году он получал более 30 000 онлайн-посещений в день со своего основного сайта в Австралийском национальном университете и двух зеркальных сайтов, расположенных в Великобритании и США. [ 20 ]
В 2011 году ICTV решило приостановить работу проекта и веб-сайта ICTVdb. Это решение было принято после того, как стало очевидно, что таксономия, представленная на сайте, устарела на много лет и что некоторая информация на сайте была неточной из-за проблем с тем, как запрашивалась и обрабатывалась база данных для поддержки естественного языка. результаты веб-сайта ICTVdb. ICTV начала обсуждение того, как лучше всего решить эти проблемы, но решила, что сроки обновлений и исправления ошибок достаточно длительны, поэтому лучше всего закрыть сайт, а не продолжать публиковать неточную информацию. [ нужна ссылка ] По состоянию на август 2013 года работа базы данных приостановлена. [ 3 ] Согласно некоторым мнениям, «ICTV следует также поощрять использование общедоступной базы данных вместо базы данных ICTV в качестве хранилища первичных метаданных отдельных вирусов и публиковать в этой базе данных рефераты отчетов ICTV, чтобы они были «открытыми». Доступ'." [ 3 ] База данных была возрождена в 2017 году. [ 17 ]
Отчеты
[ редактировать ]- Вирусы, Международный комитет по номенклатуре; Уайлди, Питер (1971). Классификация и номенклатура вирусов . 1-й отчет.
Распродано
- Вирусы, Международный комитет по таксономии; Феннер, Фрэнк (1976). Классификация и номенклатура вирусов . 2-й отчет. ISBN 978-3805524186 .
- Вирусы, Международный комитет по таксономии; Мэтьюз, Ричард Эллис Форд; Секция вирусологии, Международная ассоциация микробиологических обществ (1979). Классификация и номенклатура вирусов . 3-й отчет. ISBN 978-3805505239 .
- Эллис, Ричард; Мэтьюз, Форд, ред. (1982). Классификация и номенклатура вирусов . 4-й отчет. Каргер. п. 199. ИСБН 9783805535571 .
- Вирусы, Международный комитет по таксономии; Франки, Р. Б. (1991). Классификация и номенклатура вирусов . 5-й отчет. ISBN 978-3211822869 .
- Мерфи, Фредерик А. (1995). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов . 6-й отчет. ISBN 978-3211825945 .
- Вирусы, Международный комитет по таксономии; Ван Регенмортель, MH V; Фоке, CM; Бишоп, Д.Х. Л. (2000). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов . 7-й отчет. ISBN 978-0123702005 .
- Фоке, CM, изд. (2005). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов . 8-й отчет. Эльзевир/Академическая пресса. ISBN 978-0080575483 .
- Кинг, Эндрю MQ; Лефковиц, Эллиот; Адамс, Майкл Дж.; и др., ред. (2011). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов . 9-й отчет. Эльзевир/Академическая пресса. п. 1338. ИСБН 9780123846846 . Также доступно онлайн. [ 15 ]
- ICTV 10th (online) Report [ 16 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кинг, Эндрю MQ; Лефковиц, Э.; Адамс, MJ; Карстенс, Э.Б. (2012). Классификация и номенклатура вирусов по таксономии вирусов: девятый отчет Международного комитета по таксономии вирусов . Эльзевир. ISBN 978-0-12-384684-6 . Архивировано из оригинала 10 декабря 2017 года . Проверено 13 апреля 2017 г. .
- ^ Jump up to: а б с д и Фоке, СМ; Фаргетт, Д. (2005). «Международный комитет по таксономии вирусов и 3142 неустановленных видов» . Вирусологический журнал . 2:64 . дои : 10.1186/1743-422X-2-64 . ПМК 1208960 . ПМИД 16105179 .
- ^ Jump up to: а б с Гиббс, Эй Джей (2013). «Вирусная систематика нуждается в генеральной чистке; эра ее исследований закончилась» . Вирусологический журнал . 10 :254. дои : 10.1186/1743-422X-10-254 . ПМЦ 3751428 . ПМИД 23938184 .
- ^ «Различные банковские данные – истоки ICTVdB» . 13 ноября 2005 г. Архивировано из оригинала 13 ноября 2005 г. Проверено 6 апреля 2018 г.
- ^ «Международный союз микробиологических обществ (IUMS)» . Архивировано из оригинала 30 сентября 2007 года . Проверено 22 июня 2006 г.
- ^ Jump up to: а б с Кун, Йенс Х. (2021). «Таксономия вирусов» . Энциклопедия вирусологии . 1 : 28–37. дои : 10.1016/B978-0-12-809633-8.21231-4 . ISBN 9780128145166 . ПМК 7157452 .
- ^ «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)» . ictv.global . Проверено 13 сентября 2023 г.
- ^ «Устав Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)» . ICTV . Март 2023.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м «Международный кодекс классификации и номенклатуры вирусов (ICVCN)» . ICTV . Март 2021.
- ^ Чаппелл, Билл (1 августа 2022 г.). «Критики говорят, что «оспа обезьян» — это расистское название. Но оно не исчезнет в ближайшее время» . ЭНЕРГЕТИЧЕСКИЙ ЯДЕРНЫЙ РЕАКТОР . Проверено 18 декабря 2023 г.
И хотя ICTV сообщает, что официальное название вируса оспы обезьян может быть изменено в ближайшие год или два, этот пересмотр не станет реакцией на текущую вспышку. Вместо этого это часть широкого пересмотра соглашений об именах для всех видов вирусов, включая оспу обезьян, после того, как в 2020 году ICTV приняла изменения для стандартизации своего формата именования.
- ^ Али, Мухаммед (2016). «К последовательной номенклатуре вирусов растений» . Вирусология Синика . 31 (3): 197–198. дои : 10.1007/s12250-016-3741-5 . ПМЦ 8193424 . ПМИД 27052507 . S2CID 10162214 .
- ^ Симмондс П., Адамс М.Дж., Бенко М., Брейтбарт М. , Бристер Дж.Р., Карстенс Э.Б., Дэвисон А.Дж., Дельварт Е., Горбаленя А.Е., Харрах Б., Халл Р., Кинг AMQ, Кунин Е.В., Крупович М., Кун Дж.Х., Лефковиц Э.Дж., Ниберт М.Л. , Ортон Р., Руссинк М.Дж., Сабанадзович С., Салливан МБ, Саттл Калифорния, Теш РБ, ван дер Влугт Р.А., Варсани А., Зербини FM (2017). «Заявление о консенсусе: таксономия вирусов в эпоху метагеномики» (PDF) . Обзоры природы Микробиология . 15 (3): 161–168. дои : 10.1038/nrmicro.2016.177 . ПМИД 28134265 . Архивировано (PDF) из оригинала 23 июля 2018 года . Проверено 18 октября 2019 г.
- ^ Адамс М.Дж., Лефковиц Э.Дж., Кинг А.М., Харрах Б., Харрисон Р.Л., Ноулз Н.Дж., Кропински А.М., Крупович М., Кун Дж.Х., Мушегян А.Р., Ниберт М.Л., Сабанадзович С., Санфасон Х., Сидделл С.Г., Симмондс П., Варсани А., Зербини Ф.М. , Ортон Р.Дж., Смит Д.Б., Горбаленя А.Е., Дэвисон А.Дж. (2017). «50 лет Международному комитету по таксономии вирусов: прогресс и перспективы» (PDF) . Архив вирусологии . 162 (5): 1441–1446. дои : 10.1007/s00705-016-3215-y . ПМИД 28078475 . Архивировано (PDF) из оригинала 23 июля 2018 года . Проверено 17 сентября 2019 г.
- ^ Кинг, Эндрю MQ; и др., ред. (2012). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов: девятый доклад Международного комитета по таксономии вирусов . Лондон: Академическая пресса. ISBN 978-0123846846 . Архивировано из оригинала 11 сентября 2014 года . Проверено 9 декабря 2014 г.
- ^ Jump up to: а б «Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов; 9-й отчет ICTV (2011)» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 2 апреля 2019 года . Проверено 18 октября 2019 г. – не включает содержание части III (содержит устав и Кодекс ICTV)
- ^ Jump up to: а б «Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов; 10-й отчет ICTV» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 1 июля 2019 года . Проверено 18 октября 2019 г.
- ^ Jump up to: а б Лефковиц, Э.Дж.; Демпси, DM; Хендриксон, Колорадо; Ортон, Р.Дж.; Сидделл, СГ; Смит, Д.Б. (4 января 2018 г.). «Таксономия вирусов: база данных Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д708–Д717. дои : 10.1093/нар/gkx932 . ПМЦ 5753373 . ПМИД 29040670 .
- ^ «Текущий выпуск таксономии ICTV» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 4 марта 2018 года . Проверено 18 октября 2019 г.
- ^ Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. (декабрь 1997 г.). «NEXUS: расширяемый формат файла для систематической информации» . Сист. Биол . 46 (4): 590–621. дои : 10.1093/sysbio/46.4.590 . ПМИД 11975335 . S2CID 30267491 .
- ^ «Различные банковские данные – истоки ICTVdB» . 13 ноября 2005 г. Архивировано из оригинала 13 ноября 2005 г. Проверено 18 октября 2019 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Официальный сайт
- «История ICTVdB» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 7 сентября 2006 года . Проверено 22 июня 2006 г.
- Ресурсный центр вирусной биоинформатики
- Гиббс, Адриан Дж. (9 августа 2013 г.). «Вирусная систематика нуждается в генеральной чистке; эра ее исследований закончилась» . Вирусологический журнал . 10 :254. дои : 10.1186/1743-422X-10-254 . ПМЦ 3751428 . ПМИД 23938184 .
Аннотация: Международный комитет по таксономии вирусов недавно изменил утвержденное определение вирусного вида, а также прекратил работу над своей базой данных описания вирусов.