ДЕШИФЕР (программное обеспечение)
| Разработчик(и) | Эрик Райт |
|---|---|
| Стабильная версия | 3.0.0
/ 2024 |
| Написано в | Р , С |
| Операционная система | Unix , Linux , MacOS , Windows |
| Платформа | ИА-32 , x86-64 , ARM |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Лицензия GPL 3 |
| Веб-сайт | расшифровать |
DECIPHER — это программное обеспечение, которое можно использовать для эффективной расшифровки биологических последовательностей и управления ими с помощью языка R. программирования
Функции
[ редактировать ]- Базы данных последовательностей: импортируйте, обслуживайте, просматривайте и экспортируйте, а также взаимодействуйте с огромным количеством последовательностей.
- Поиск гомологии: быстрый запрос последовательностей на наличие гомологичных совпадений среди набора целевых последовательностей или геномов. Сгруппируйте в группы родственные последовательности. [ 1 ]
- Множественное выравнивание последовательностей : выравнивание последовательностей ДНК , РНК , [ 2 ] или аминокислоты . [ 3 ]
- Выравнивание генома: найдите и выровняйте синтенные области нескольких геномов.
- Олигонуклеотидный дизайн: [ 4 ] грунтовка дизайн [ 5 ] [ 6 ] для полимеразной цепной реакции (ПЦР), зонда разработка для флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) [ 7 ] или ДНК-микрочипы . [ 8 ]
- Манипулируйте последовательностями: обрезайте области низкого качества, исправляйте рамки считывания , меняйте ориентацию нуклеотидов, определяйте консенсус или расщепляйте рестриктазами сдвиг .
- Анализируйте последовательности: находите химеры, [ 9 ] обнаруживать повторы, предсказывать вторичную структуру , классифицировать организмы в таксономии [ 10 ] или функции, [ 11 ] создавать филогенетические деревья и реконструкцию предков .
- Поиск генов : прогнозирование кодирующих и некодирующих генов [ 12 ] в геноме, извлеките их из генома и экспортируйте в файл.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Райт Э.С. (2024). «Точная кластеризация биологических последовательностей в линейном времени посредством сортировки по родству» . Природные коммуникации . 15 : 3047. doi : 10.1038/s41467-024-47371-9 . ПМК 11001989 . ПМИД 38589369 .
- ^ Райт Э.С. (2020). «RNAconTest: сравнение инструментов для выравнивания множественных последовательностей некодирующих РНК на основе структурной согласованности» . РНК . 26 : 531–540. дои : 10.1261/rna.073015.119 . ПМК 7161358 . ПМИД 32005745 .
- ^ Райт Э.С. (2015). «РАСШИФРОВАНИЕ: использование локального контекста последовательностей для улучшения выравнивания множественных последовательностей белков» . БМК Биоинформатика . 16 : 322. дои : 10.1186/s12859-015-0749-z . ПМЦ 4595117 . ПМИД 26445311 .
- ^ Ногера Д.Р., Райт Э.С., Камехо П., Йилмаз Л.С. (2014). «Математические инструменты для оптимизации конструкции олигонуклеотидных зондов и праймеров». Прикладная микробиология и биотехнология . 98 (23): 9595–608. дои : 10.1007/s00253-014-6165-x . ПМИД 25359473 . S2CID 903222 .
- ^ Райт Э.С., Йилмаз Л.С., Рам С., Гассер Дж.М., Харрингтон Г.В., Ногера Д.Р. (2014). «Использование смещения удлинения в полимеразной цепной реакции для улучшения специфичности праймеров в ансамблях почти идентичных матриц ДНК». Экологическая микробиология . 16 (5): 1354–1365. дои : 10.1111/1462-2920.12259 . ПМИД 24750536 .
- ^ Райт Э.С., Вецигян К.Х. (2016). «DesignSignatures: инструмент для разработки праймеров, позволяющий получать ампликоны с разными сигнатурами» . Биоинформатика . 32 (10): 1565–1567. doi : 10.1093/биоинформатика/btw047 . ПМИД 26803162 .
- ^ Райт Э.С., Йилмаз Л.С., Коркоран А.М., Октен Х.Е., Ногера Д.Р. (2014). «Автоматизированный дизайн зондов для флуоресценции, направленной на рРНК, гибридизации in situ раскрывает преимущества использования двойных зондов для точной идентификации» . Прикладная и экологическая микробиология . 80 (16): 5124–5133. дои : 10.1128/АЕМ.01685-14 . ПМЦ 4135741 . ПМИД 24928876 .
- ^ Йылмаз Л.С., Лой А., Райт Э.С., Вагнер М., Ногера Д.Р. (2012). «Моделирование формамидной денатурации гибридов зонд-мишень для улучшения конструкции микрочипов в микробной диагностике» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е43862. Бибкод : 2012PLoSO...743862Y . дои : 10.1371/journal.pone.0043862 . ПМЦ 3428302 . ПМИД 22952791 .
- ^ Райт Э.С., Йилмаз Л.С., Ногера Д.Р. (2012). «DECIPHER, основанный на поиске подход к идентификации химер последовательностей 16S рРНК» . Прикладная и экологическая микробиология . 78 (3): 717–725. дои : 10.1128/АЕМ.06516-11 . ПМК 3264099 . ПМИД 22101057 .
- ^ Мурали А., Бхаргава А., Райт Э.С. (2018). «IDTAXA: новый подход к точной таксономической классификации последовательностей микробиома» . Микробиом . 6 (140): 140. дои : 10.1186/s40168-018-0521-5 . ПМК 6085705 . ПМИД 30092815 .
- ^ Кули Н., Райт Э.С. (2021). «Точная аннотация последовательностей, кодирующих белки, с помощью IDTAXA» . НАР Геномика и биоинформатика . 3 (3): 1–10. дои : 10.1093/nargab/lqab080 . ПМЦ 8445202 . ПМИД 34541527 .
- ^ Райт Э.С. (февраль 2022 г.). «FindNonCoding: быстрое и простое обнаружение некодирующих РНК в геномах» . Биоинформатика . 38 (3): 841–843. doi : 10.1093/биоинформатика/btab708 . ПМЦ 10060727 . ПМИД 34636849 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта научная статья о программном обеспечении незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |