Древоискатель

TreeFinder
Разработчик(и)	Ганггольф Работа
Стабильная версия	март 2011 г. / 1 марта 2011 г.
Доступно в	Английский
Тип	биоинформатики Инструмент
Веб-сайт	www .treefinder .из

Treefinder — это компьютерная программа для на основе правдоподобия реконструкции филогенетических деревьев на основе молекулярных последовательностей. Он был написан Гангольфом Джоббом, бывшим исследователем из Мюнхенского университета , Германия , и был первоначально выпущен в 2004 году. Treefinder бесплатен, хотя самая последняя лицензия запрещает его использование в США и восьми европейских странах.

Обзор

Независимая от платформы графическая среда объединяет стандартный набор анализов: реконструкцию филогении , бутстрап-анализ, выбор модели , проверку гипотез , калибровку деревьев, манипулирование деревьями и данными последовательности. Treefinder доступен для сценариев с помощью собственного языка сценариев под названием TL.

Treefinder имеет эффективный алгоритм поиска деревьев найти деревья с тысячами видов , который может за короткое время . Деревья результатов отображаются, а затем могут быть сохранены в виде отчета о реконструкции, который может служить входными данными для дальнейшего анализа, например, проверки гипотез . Отчет содержит всю информацию о дереве и используемых моделях. Treefinder также поддерживает экспорт результатов в файлы NEWICK или NEXUS .

Программное обеспечение поддерживает широкую коллекцию моделей эволюции последовательностей . В выпуске за июнь 2008 г. реализованы 7 моделей нуклеотидных замен (HKY, TN, J1, J2, J3 (= TIM), TVM, GTR), 14 эмпирических моделей аминокислотных замен (BLOSUM, cpREV, Dayhoff, JTT, LG, mtArt, mtMam, mtREV, PMB, rtREV, betHIV, с ВИЧ, VT, WAG), 4 модели замещения структурированной рРНК (bactRNA, eukRNA, euk23RNA, митоРНК), модель белка «группы Дейхоффа» с 6 состояниями (DG), модели ДНК с 2 и 3 состояниями (GTR3, GTR2), параметрическая смешанная модель ( MIX), смешивая эмпирические модели белков или рРНК, а также определяемую пользователем модель типа GTR (MAP), сопоставляющую символы с состояниями по мере необходимости. Доступны три модели неоднородности скорости между сайтами (Gamma, Gamma+I, I), которые можно комбинировать с любой из моделей замещения. Можно предположить разные модели для разных разделов выравнивания последовательностей , и можно предположить, что разделы развиваются с разной скоростью. Все параметры моделей можно оценить по данным путем максимизации правдоподобия. Определенные выражения TL, «выражения модели», позволяют кратко обозначать сложные модели вместе с их параметрами и режимами оптимизации.

Оригинальная публикация Treefinder 2004 года. ^{[ 1 ]} цитировалось более тысячи раз в научной литературе. ^{[ нужна ссылка ]}

Споры

1 февраля 2015 года Джобб запретил использование Treefinder в США с целью сделать политическое заявление. ^{[ 2 ]} 1 октября 2015 года автор снова изменил условия лицензии, исключив использование в Германии, Австрии, Франции, Нидерландах, Бельгии, Великобритании, Швеции и Дании — странах, которые, по его словам, «принимают большинство иммигрантов из неевропейских стран». В сопроводительном заявлении он осудил действия по решению европейского миграционного кризиса . европейских стран ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Журнал BMC Evolutionary Biology , опубликовавший первоначальную заявку, с тех пор отозвал ее, заявив, что изменение лицензии нарушает политику журнала. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

См. также

Ссылки

^ Джобб, Гангольф; фон Хэзелер, Арндт; Стриммер, Корбинян (2004). «TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики» . Эволюционная биология BMC . 4 (1). Springer Nature: 18. doi : 10.1186/1471-2148-4-18 . ISSN 1471-2148 . ПМК 459214 . ПМИД 15222900 . (Отозвано, см. doi : 10.1186/s12862-015-0513-z , PMID 26542699 , часы втягивания )
^ Перейти обратно: ^а ^б «Новости» . Treefinder.de . 30 сентября 2015 г. Проверено 06 февраля 2018 г.
^ «Ученый говорит, что исследователи в странах, дружественных к иммигрантам, не могут использовать его программное обеспечение» . Наука | АААС . 29 сентября 2015 г. Проверено 06 февраля 2018 г.
^ «Примечание об опровержении: TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики. BMC Evolutionary Biology» . 11 ноября 2015 г. Проверено 11 ноября 2015 г.
^ «BMC отзывает статью ученого, который запретил использование его программного обеспечения странами, дружественными к иммигрантам» . Часы втягивания . 11 ноября 2015 г.

Внешние ссылки

Домашняя страница Treefinder

[1] Джобб, Гангольф; фон Хэзелер, Арндт; Стриммер, Корбинян (2004). «TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики» . Эволюционная биология BMC . 4 (1). Springer Nature: 18. doi : 10.1186/1471-2148-4-18 . ISSN 1471-2148 . ПМК 459214 . ПМИД 15222900 . (Отозвано, см. doi : 10.1186/s12862-015-0513-z , PMID 26542699 , часы втягивания )

[TreefinderNews-2] Перейти обратно: ^а ^б «Новости» . Treefinder.de . 30 сентября 2015 г. Проверено 06 февраля 2018 г.

[Science2015-3] «Ученый говорит, что исследователи в странах, дружественных к иммигрантам, не могут использовать его программное обеспечение» . Наука | АААС . 29 сентября 2015 г. Проверено 06 февраля 2018 г.

[4] «Примечание об опровержении: TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики. BMC Evolutionary Biology» . 11 ноября 2015 г. Проверено 11 ноября 2015 г.

[5] «BMC отзывает статью ученого, который запретил использование его программного обеспечения странами, дружественными к иммигрантам» . Часы втягивания . 11 ноября 2015 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]