ПАУП*

**Филогенетический** . **анализ** с **использованием** экономии * методов и других
Оригинальный автор(ы)	Дэвид Л. Суоффорд
Стабильная версия	4.0b10
Предварительный выпуск	4.0а164
Написано в	С
Операционная система	Windows, macOS , Unix-подобный
Платформа	Кросс-платформенный
Тип	Наука
Лицензия	Квазикоммерческий
Веб-сайт	ПАУП*

* ( Филогенетический анализ с использованием Parsimony * PAUP программа филогений и других методов) — это вычислительной филогенетики для построения эволюционных деревьев ( ) , написанная Дэвидом Л. Своффордом. Изначально, как следует из названия, PAUP реализовывал только parsimony , но с версии 4.0 (когда программа стала называться PAUP*) он также поддерживает матрицы расстояний и методы правдоподобия . Версия 3.0 работала на компьютерах Macintosh и поддерживала богатый и удобный графический интерфейс. Вместе с программой MacClade , ^{[ 1 ]} с которым он использует формат данных NEXUS , ^{[ 2 ]} PAUP* был филогенетическим программным обеспечением, которое выбрали многие филогенетики. ^{[ 3 ]}

В версии 4.0 добавлена поддержка платформ Windows (графическая оболочка и командная строка) и Unix (только командная строка). Однако графический интерфейс пользователя Macintosh не поддерживает версии Mac OS X выше 10.14 (хотя графический интерфейс пользователя для более поздних версий Mac OS планируется). ^{[ нужно обновить ]}). PAUP* также доступен в виде плагина для Geneious . PAUP*, который теперь носит самостоятельное название PAUP* (*Филогенетический анализ с использованием PAUP), быстро обновляется и теперь включает в себя метод «дерева видов» SVDquartets, ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} в дополнение к методам экономии, правдоподобия и расстояния для филогенетики.

Ссылки

^ Мэддисон Д.Р., Мэддисон В.П. (8 февраля 2001 г.). МакКлейд 4: Анализ филогении и эволюции характера . ISBN 0-8789-3470-7 . Архивировано из оригинала 27 сентября 2011 г. Проверено 8 декабря 2015 г.
^ Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. (декабрь 1997 г.). «NEXUS: расширяемый формат файла для систематической информации» . Систематическая биология . 46 (4): 590–621. дои : 10.1093/sysbio/46.4.590 . ПМИД 11975335 .
^ Холл Б.Г. (2001). Филогенетические деревья — это просто . Синауэр Ассошиэйтс. ISBN 0-8789-3311-5 .
^ Чифман Дж., Кубатко Л. (декабрь 2014 г.). «Квартетный вывод на основе данных SNP в рамках коалесцентной модели» . Биоинформатика . 30 (23): 3317–24. doi : 10.1093/биоинформатика/btu530 . ПМК 4296144 . ПМИД 25104814 .
^ Чифман Дж., Кубатко Л. (июнь 2015 г.). «Идентифицируемость топологии дерева видов без корней в рамках слившейся модели с обратимыми во времени процессами замещения, изменением скорости для конкретного сайта и неизменными сайтами». Журнал теоретической биологии . 374 : 35–47. arXiv : 1406.4811 . дои : 10.1016/j.jtbi.2015.03.006 . ПМИД 25791286 . S2CID 17167792 .

Внешние ссылки

[1] Мэддисон Д.Р., Мэддисон В.П. (8 февраля 2001 г.). МакКлейд 4: Анализ филогении и эволюции характера . ISBN 0-8789-3470-7 . Архивировано из оригинала 27 сентября 2011 г. Проверено 8 декабря 2015 г.

[2] Мэддисон Д.Р., Суоффорд Д.Л., Мэддисон В.П. (декабрь 1997 г.). «NEXUS: расширяемый формат файла для систематической информации» . Систематическая биология . 46 (4): 590–621. дои : 10.1093/sysbio/46.4.590 . ПМИД 11975335 .

[3] Холл Б.Г. (2001). Филогенетические деревья — это просто . Синауэр Ассошиэйтс. ISBN 0-8789-3311-5 .

[4] Чифман Дж., Кубатко Л. (декабрь 2014 г.). «Квартетный вывод на основе данных SNP в рамках коалесцентной модели» . Биоинформатика . 30 (23): 3317–24. doi : 10.1093/биоинформатика/btu530 . ПМК 4296144 . ПМИД 25104814 .

[5] Чифман Дж., Кубатко Л. (июнь 2015 г.). «Идентифицируемость топологии дерева видов без корней в рамках слившейся модели с обратимыми во времени процессами замещения, изменением скорости для конкретного сайта и неизменными сайтами». Журнал теоретической биологии . 374 : 35–47. arXiv : 1406.4811 . дои : 10.1016/j.jtbi.2015.03.006 . ПМИД 25791286 . S2CID 17167792 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]