ГИФИ (программное обеспечение)

HyPhy
Разработчик(и)	Сергей Л. Косаковский Пруд, Арт Ф. Ю. Пун, Стивен Уивер, Н. Лэнс Хеплер, Мартин Смит.
Стабильная версия	2.5.24 / 17 декабря 2020 г.
Доступно в	Английский
Тип	Вычислительная филогенетика
Веб-сайт	www .hyphy .org

HYPHY ( / ˈ h aɪ f aɪ / HY -fy ) — это бесплатный мультиплатформенный (Mac, Windows и UNIX) пакет программного обеспечения для вычислительной филогенетики, предназначенный для выполнения анализа максимального правдоподобия данных генетических последовательностей и оснащенный инструментами для проверки различных статистических гипотез. ^{[ 1 ]} Название HYPHY представляет собой аббревиатуру от «Проверка гипотез с использованием PHYlogenies». ^{[ 2 ]} По состоянию на март 2018 года около 2000 рецензируемых статей в научных журналах ссылаются на HYPHY. ^{[ 3 ]}

Основные особенности

HYPHY поддерживает анализ последовательностей нуклеотидов, белков и кодонов с использованием предопределенных стандартных моделей или определяемых пользователем моделей эволюции. Пакет поддерживает взаимодействие через графический интерфейс пользователя, а также пакетный язык для настройки больших и сложных анализов и обработки результатов. ^{[ 1 ]}

HyPhy включает в себя универсальный набор методов для обнаружения адаптивной эволюции отдельных аминокислотных участков и/или линий, включая обобщения подходов Нильсена-Янга PAML , Сузуки-Годжобори и многих других.

История

Разработка HyPhy началась в 1997 году, первый публичный выпуск состоялся в 2000 году, а самая последняя версия по состоянию на декабрь 2020 года — 2.5. ^{[ 2 ]}

Наличие и лицензия программного обеспечения/кода

HYPHY распространяется как бесплатное ПО с исходным кодом, выпущенным под лицензией MIT . Скомпилированные двоичные файлы для Mac OS X и Windows доступны для загрузки. Исходный код доступен, поэтому пользователи могут скомпилировать приложение HyPhy в системах POSIX.

Подмножество методов HYPHY для обнаружения адаптивной эволюции также доступно командой HYPHY из Университета Темпл в кластере DataMonkey . ^{[ 4 ]}

Примечания

^ Перейти обратно: ^а ^б Пруд С.Л., Фрост С.Д., Муза С.В. (март 2005 г.). «HyPhy: проверка гипотез с использованием филогений» . Биоинформатика . 21 (5): 676–9. doi : 10.1093/биоинформатика/bti079 . ПМИД 15509596 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Страница пакета HYPHY» . Проверено 22 января 2009 г.
^ «Поиск статей со ссылкой на публикацию HYPHY в Google Scholar» . Проверено 23 марта 2018 г.
^ Пруд С.Л., Фрост С.Д. (май 2005 г.). «Datamonkey: быстрое обнаружение селективного давления на отдельные участки выравнивания кодонов» . Биоинформатика . 21 (10): 2531–3. doi : 10.1093/биоинформатика/bti320 . ПМИД 15713735 .

Внешние ссылки

[1] : Домашняя страница HYPHY.
[2] : сервер DataMonkey, который поддерживает различные инструменты HYPHY (бесплатно).
[3] : Поддержка HYPHY/DataMonkey.

[pmid15509596-1] Перейти обратно: ^а ^б Пруд С.Л., Фрост С.Д., Муза С.В. (март 2005 г.). «HyPhy: проверка гипотез с использованием филогений» . Биоинформатика . 21 (5): 676–9. doi : 10.1093/биоинформатика/bti079 . ПМИД 15509596 .

[urlHYPHY_Package_Page-2] Перейти обратно: ^а ^б «Страница пакета HYPHY» . Проверено 22 января 2009 г.

[url-_Google_Scholar-3] «Поиск статей со ссылкой на публикацию HYPHY в Google Scholar» . Проверено 23 марта 2018 г.

[pmid15713735-4] Пруд С.Л., Фрост С.Д. (май 2005 г.). «Datamonkey: быстрое обнаружение селективного давления на отдельные участки выравнивания кодонов» . Биоинформатика . 21 (10): 2531–3. doi : 10.1093/биоинформатика/bti320 . ПМИД 15713735 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]