Xрейт
| Разработчик(и) | Ян Холмс ( Калифорнийский университет в Беркли ) |
|---|---|
| Стабильная версия | 1
|
| Операционная система | UNIX , Linux , Mac , Cygwin в Windows XP |
| Тип | Инструмент биоинформатики |
| Лицензия | Открытый исходный код |
| Веб-сайт | Домашняя страница XRate |
XRATE — программа для прототипирования филогенетических скрытых марковских моделей и стохастических контекстно-свободных грамматик . [ 1 ] [ 2 ] Он используется для обнаружения закономерностей эволюционной консервации в выравнивании последовательностей . Программу можно использовать для оценки параметров таких моделей на основе «обучающих» данных трассы или для применения параметризованной модели для аннотирования новых трасс. Программа позволяет специфицировать множество моделей эволюции последовательностей ДНК , которые могут быть произвольно организованы с использованием формальных грамматик .
В качестве примера использования XRATE рассмотрим ген , кодирующий белок, состоящий из экзонов с вкраплениями интронов . Экзоны содержат тройки нуклеотидов ( кодоны ), которые транслируются рибосомами в соответствии с генетическим кодом и, следовательно, находятся под давлением отбора (поскольку любая мутация может повлиять на транслируемую аминокислотную последовательность ). Напротив, интроны подвергаются меньшим избирательным ограничениям и имеют тенденцию эволюционировать быстрее. Это различное давление ясно проявляется в нескольких выравниваниях . Последовательное расположение интронов и экзонов можно описать с помощью теории грамматики (из лингвистики) и каждой из их отдельных эволюционных характеристик, смоделированных как марковский процесс с непрерывным временем . XRATE позволяет пользователю указывать такие модели в файле конфигурации и оценивать их параметры (скорости эволюции, распределения длин экзонов и интронов и т. д.) непосредственно из данных выравнивания, используя алгоритм максимизации ожиданий . [ 3 ]
XRATE можно загрузить как часть программного пакета DART . Он принимает входные файлы в формате Стокгольма .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Вестессон, О.; Холмс, И. (2012). «Разработка и применение гетерогенных филогенетических моделей с помощью XRate» . ПЛОС ОДИН . 7 (6): e36898. arXiv : 1202.3834 . Бибкод : 2012PLoSO...736898W . дои : 10.1371/journal.pone.0036898 . ПМК 3367922 . ПМИД 22693624 .
- ^ Клостерман, PS; Узилов А.В.; Бенданья, Ю.Р.; Брэдли, РК; Чао, С.; Косиол, К.; Гольдман, Н.; Холмс, И. (2006). «XRate: инструмент быстрого прототипирования, обучения и аннотирования филограмматик» . БМК Биоинформатика . 7 : 428. дои : 10.1186/1471-2105-7-428 . ПМЦ 1622757 . ПМИД 17018148 .
- ^ Холмс, И.; Рубин, генеральный менеджер (2002). «Алгоритм максимизации ожидания для обучения моделей скрытой замены». Журнал молекулярной биологии . 317 (5): 753–764. дои : 10.1006/jmbi.2002.5405 . ПМИД 11955022 .