Дэвид Райх (генетик)

Дэвид Райх
Дэвид Райх
Рожденный	Дэвид Эмиль Райх ; 14 июля 1974 г. (50 лет) ; Вашингтон, округ Колумбия , США
Альма-матер	Гарвардский университет ; Колледж Святой Екатерины, Оксфорд
Награды	Природа 10 (2015) ; Премия Дэна Дэвида (2017) ; Премия НАН в области молекулярной биологии (2019) ; Премия Уайли (2019) ; Медаль Дарвина-Уоллеса (2019) ; Премия Массри (2021) ; Премия Античности (2022 г.) ;
	Научная карьера
Диссертация	Генетический анализ истории эволюции человека с последствиями для картирования генов (1999)
Докторантура	Дэвид Гольдштейн

Дэвид Эмиль Райх ^[4] (родился 14 июля 1974 г.) - американский генетик, известный своими исследованиями популяционной генетики древних людей, включая их миграции и смешение популяций, обнаруженные путем анализа общегеномных закономерностей мутаций. Он профессор кафедры генетики Гарвардской медицинской школы и сотрудник Института Броуда . В 2015 году Райх был включен в десятку лучших по версии журнала Nature за вклад в науку. ^[5] Он получил премию Дэна Дэвида в 2017 году, премию NAS в области молекулярной биологии , премию Уайли и медаль Дарвина-Уоллеса в 2019 году. В 2021 году ему была вручена премия Массри . ^[6]

Ранний период жизни

Райх вырос в еврейской семье в Вашингтоне, округ Колумбия. Его родители — писательница Това Райх (сестра раввина Ави Вайса ) и Уолтер Райх , профессор Университета Джорджа Вашингтона , который был первым директором Мемориального музея Холокоста в США . . ^[7]^[8] Дэвид Райх начал свою карьеру со специальности социологии в Гарвардском колледже , но позже обратил свое внимание на физику и медицину. После окончания школы он поступил в Оксфордский университет , первоначально с намерением подготовиться к поступлению в медицинскую школу. ^[7] В 1999 году ему была присвоена степень доктора зоологии за исследования под руководством Дэвида Гольдштейна . Его диссертация называлась «Генетический анализ эволюционной истории человека с учетом картирования генов». ^[3]

Академическая карьера

Райх получил степень бакалавра физики в Гарвардском университете и степень доктора зоологии в Колледже Святой Екатерины в Оксфордского университета 1999 году. ^[9] Он поступил в Гарвардскую медицинскую школу в 2003 году. ^[7] Райх в настоящее время является генетиком и профессором кафедры генетики Гарвардской медицинской школы , а также сотрудником Института Броуда , чьи исследования сравнивают геном современного человека с геномом шимпанзе , неандертальцев и денисовцев .

Генетические исследования Райха сосредоточены в первую очередь на поиске сложных генетических закономерностей, которые вызывают восприимчивость к распространенным заболеваниям среди больших популяций, а не на поиске конкретных генетических маркеров, связанных с относительно редкими заболеваниями.

Генетические исследования

Раскол шимпанзе и человека (2006)

Исследовательская группа Райха из Гарвардского университета представила доказательства того, что на протяжении по меньшей мере четырех миллионов лет различные части человеческого генома постепенно расходились с таковыми у шимпанзе. ^[10] Раскол между линиями человека и шимпанзе, возможно, произошел на миллионы лет позже, чем предполагают окаменелые кости, и разрыв, возможно, был не таким чистым, как считалось ранее. Генетические данные, полученные командой Райха, позволяют предположить, что после того, как два вида первоначально разделились, они, возможно, продолжали скрещиваться в течение нескольких миллионов лет.Окончательный генетический раскол произошел между 6,3 и 5,4 миллионами лет назад. ^[11]

Индийское население (2009 г.)

Статья Райха 2009 года «Реконструкция истории населения Индии» ^[12] было знаковым исследованием в изучении генофонда Индии и происхождения ее населения. Райх и др. (2009) в результате совместных усилий Гарвардской медицинской школы и Индийского центра клеточной и молекулярной биологии (CCMB) исследовали полные геномы, содержащие 560 000 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) по сравнению с 420 SNP в предыдущей работе. Они также сравнили их с геномами других регионов, доступными в глобальной базе данных геномов. ^[13] Благодаря этому исследованию им удалось различить две генетические группы в большинстве популяций Индии, которых они назвали «предками северных индейцев» (ANI) и «предками южных индейцев» (ASI). ^{[примечание 1]} Они обнаружили, что гены ANI близки к генам жителей Ближнего Востока, Центральной Азии и европейцев, тогда как гены ASI отличаются от генов всех других известных популяций за пределами Индии. ^{[примечание 2]}^{[примечание 3]} Эти две отдельные группы, расколовшиеся ок. 50 000 лет назад составили основу нынешнего населения Индии. ^[14]

Последующее исследование Moorjani et al. переход к эндогамии , и смешение стало редким. (2013) показали, что эти две группы смешались между 1900 и 4200 годами назад (2200 г. до н.э. – 100 г. н.э.), после чего произошел ^{[примечание 4]} В беседе с Fountain Ink Дэвид Райх заявил: «До 4200 лет назад в Индии существовали несмешанные группы. Где-то между 1900 и 4200 годами назад произошла глубокая, всеобъемлющая конвульсивная смесь, затронувшая все без исключения индоевропейские и дравидийские группы в Индии. ." Райх отметил, что их работа не показывает, что за это время произошла значительная миграция. ^[15]

Метспалу и др. (2011) , представляющий сотрудничество между Эстонским биоцентром и CCMB, подтвердил, что индийское население характеризуется двумя основными компонентами происхождения. Один из них распространен с сопоставимой частотой и разнообразием гаплотипов в популяциях Южной и Западной Азии и Кавказа. Второй компонент более ограничен Южной Азией и составляет более 50% предков индийского населения. Разнообразие гаплотипов, связанное с этими компонентами южноазиатского происхождения, значительно выше, чем у компонентов, доминирующих в палитре западноазиатского происхождения. ^[16]

Генетическая карта человека (2011)

Райх вместе со статистиком Саймоном Майерсом был соруководителем группы исследователей-генетиков из Гарвардского и Оксфордского университетов , которые в июле 2011 года составили наиболее полную генетическую карту человека, известную на тот момент. ^[17]

Скрещивание неандертальцев и человека (2010–2012 гг.)

Исследовательская группа Райха внесла значительный вклад в открытие того, что неандертальцы и денисовцы скрещивались с современными человеческими популяциями, когда они рассеялись из Африки в Евразию 70 000–30 000 лет назад. ^[18]

Генетические маркеры рака простаты

Лаборатория Райха привлекла внимание средств массовой информации после открытия генетического маркера, связанного с повышенной вероятностью развития рака простаты . ^[19] Райх также утверждал, что более высокая заболеваемость раком простаты среди афроамериканцев по сравнению с американцами европейского происхождения, по-видимому, в значительной степени имеет генетическое происхождение. ^[20]

Индоевропейское происхождение

Райх предположил, что индоевропейские языки могли возникнуть к югу от Кавказа , на территории современного Ирана или Армении :

«Древняя ДНК, доступная с этого времени в Анатолии, не демонстрирует никаких доказательств степного происхождения , подобных ДНК Ямной ( хотя доказательства здесь косвенные, поскольку ни одна древняя ДНК самих хеттов еще не была опубликована). Это говорит мне о том, что наиболее вероятная Популяция, впервые заговорившая на индоевропейском языке, находилась к югу от Кавказских гор, возможно, на территории современного Ирана или Армении, поскольку древняя ДНК людей, живших там, соответствует тому, что мы ожидаем от исходной популяции как для Ямной, так и для для древних анатолийцев, если этот сценарий верен, население отправило одну ветвь в степь, смешавшись со степными охотниками-собирателями в соотношении один к одному, чтобы стать ямной, как описано ранее, а другую - в Анатолию, чтобы основать предков. там были люди, говорившие на таких языках, как хеттский ». ^[20]

Программные инструменты

разработал ADMIXTOOLS 2, пакет программного обеспечения R Райх в сотрудничестве с Ником Паттерсоном , в основном используемый для анализа примесей . ^[21]

Книги

Кто мы и как мы сюда попали , Oxford University Press , 2018 г.

Примечания

^ Райх (2009) исключил из своего анализа австро-азиатских и тибето-бирманских говорящих, чтобы избежать помех.
^ Райх (2009) : «Мы анализируем 25 различных групп, чтобы предоставить убедительные доказательства существования двух древних популяций, генетически расходящихся, которые являются предками большинства современных индейцев. Одна, «предки северных индейцев» (ANI), генетически близка к жителям Ближнего Востока. , выходцы из Центральной Азии и европейцы, в то время как другой, «предки южных индейцев» (ASI), так же отличается от ANI и выходцев из Восточной Азии, как они друг от друга».
^ Мурджани и др. (2013) : «Большинство индейских групп происходят от смеси двух генетически расходящихся популяций: предков северных индейцев (ANI), связанных с выходцами из Центральной Азии, жителей Ближнего Востока, европеоидов и европейцев; и предков южных индейцев (ASI), не тесно связанных с группами за пределами Индии. субконтинент».
^ Мурджани и др. (2013) : «Мы сообщаем данные по всему геному 73 групп с Индийского субконтинента и анализируем неравновесие по сцеплению, чтобы оценить даты смеси ANI-ASI в диапазоне от примерно 1900 до 4200 лет назад. В подмножестве групп 100% смеси Эти результаты показывают, что несколько тысяч лет назад Индия пережила демографическую трансформацию: из региона, в котором большая часть смешанного населения была обычным явлением, в регион, в котором смешение даже между близкородственными группами стало редким из-за перехода к эндогамии. ."

Ссылки

^ «365 дней: 10 природы» . Природа . 528 (7583): 459–467. 2015. Бибкод : 2015Natur.528..459. . дои : 10.1038/528459а . ISSN 0028-0836 . ПМИД 26701036 .
^ https://www.york.ac.uk/archaeology/news-and-events/news/external/news2022/antiquity-prize-win/
^ Jump up to: ^а ^б Райх, Дэвид Эмиль (1999). Генетический анализ истории эволюции человека с последствиями для картирования генов . ox.ac.uk (докторская диссертация). Оксфордский университет. OCLC 863264589 . EThOS uk.bl.ethos.580823 .
^ «Дэвид Райх | Генетика» . генетика.hms.harvard.edu . Проверено 8 января 2018 г.
^ «Природа 10» . Природа . 528 (7583): 459–467. Декабрь 2015 г. Бибкод : 2015Natur.528..459. . дои : 10.1038/528459а . ПМИД 26701036 . S2CID 4450003 .
^ Премия Массри 2021
^ Jump up to: ^а ^б ^с Циммер, Карл (20 марта 2018 г.). «Дэвид Райх раскапывает историю человечества, запечатленную в костях» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 20 марта 2018 г.
^ Ринкон, Пол (11 апреля 2018 г.). «Как древняя ДНК меняет наш взгляд на прошлое» . Би-би-си . Проверено 11 апреля 2018 г.
^ Эмиль., Райх, Дэвид (1999). Генетический анализ истории эволюции человека с последствиями для картирования генов (Диссертация). Оксфордский университет. {{cite thesis}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ ScienceNews.org - «Гибридно-ориентированная эволюция: геномы показывают сложность разделения человека и шимпанзе: эволюционное отделение человека от предков шимпанзе не только произошло позже, чем предполагалось предыдущими данными, но и продолжалось в течение длительного времени. период, в течение которого скрещивались предшественники людей и шимпанзе», Брюс Бауэр, Science News (20 мая 2006 г.)
^ Паттерсон, Н.; Рихтер, диджей; Гнерре, С.; Ландер, ЕС; Райх, Д. (2006). «Генетические доказательства сложного видообразования человека и шимпанзе». Природа . 441 (7097): 1103–1108. Бибкод : 2006Natur.441.1103P . дои : 10.1038/nature04789 . ПМИД 16710306 . S2CID 2325560 .
^ Рейх 2009 .
^ Чакраварти, Аравинда (24 сентября 2009 г.). «По невидимым нитям Индии» (PDF) . Природа (Новости и обзоры) . Архивировано из оригинала (PDF) 3 сентября 2015 года . Проверено 16 марта 2016 г.
^ Долгин, Эли (23 сентября 2009 г.). «Раскрыто индийское происхождение» . Природа . doi : 10.1038/news.2009.935 – через www.nature.com.
^ Шринатх Перур, Происхождение индейцев. Что говорят нам наши гены. , Фонтанные чернила
^ Метспалу и др. 2011 .
^ Дэвид Кэмерон (20 июля 2011 г.). «Детализация отличает карту афроамериканской геномики» . Гарвардская газета . Проверено 22 июля 2011 г.
^ Райх, Д.; Зеленый, RE; Кирхер, М.; Краузе, Дж.; Паттерсон, Н.; Дюран, EY; и др. (2010). «Генетическая история архаической группы гомининов из Денисовой пещеры в Сибири» . Природа . 468 (7327): 1053–1060. Бибкод : 2010Natur.468.1053R . дои : 10.1038/nature09710 . ПМК 4306417 . ПМИД 21179161 . Райх, Д.; Паттерсон, Н.; Кирхер, М.; Дельфин, Ф.; Нандинени, MR; Пугач И.; и др. (2011). «Денисова примесь и первое расселение современного человека в Юго-Восточную Азию и Океанию» . Американский журнал генетики человека . 89 (4): 516–528. дои : 10.1016/j.ajhg.2011.09.005 . ПМК 3188841 . ПМИД 21944045 . Шанкарараман, С.; Паттерсон, Н.; Ли, Х.; Паабо, С.; Райх, Д; Эйки, Дж. М. (2012). «Дата скрещивания неандертальцев и современных людей» . ПЛОС Генетика . 8 (10): e1002947. arXiv : 1208.2238 . дои : 10.1371/journal.pgen.1002947 . ПМЦ 3464203 . ПМИД 23055938 . Карл Циммер , «Скрещивание с неандертальцами», Discover , март 2013 г., стр. 38–44.
^ https://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/2007_NG_Haiman_colorectal_and_prostate.pdf ^{[ пустой URL PDF ]}
^ Jump up to: ^а ^б Кто мы и как мы сюда попали: древняя ДНК и новая наука о человеческом прошлом . Дэвид Райх. Нью-Йорк: Пантеон, 2018.
^ «Выводы о демографической истории на основе генетических данных» . uqrmaie1.github.io . Проверено 18 мая 2022 г.

Источники

Мецпалу, Мейт; Ромеро, Ирен Гальего; Юнусбаев, Баязит; Чаубей, Гьянешвер; Маллик, Чандана Басу; Худжашов, Георгий; Нелис, Мари; Мяги, Ридик; Мецпалу, Эне; Ремм, Майдо; Питчаппан, Рамасами; Сингх, Лалджи; Тангарадж, Кумарасами; Виллемс, Ричард; Кивисилд, Тоомас (2011), «Общие и уникальные компоненты структуры человеческой популяции и общегеномные сигналы положительного отбора в Южной Азии», Американский журнал генетики человека , 89 (6): 731–744, doi : 10.1016/j .ajhg.2011.11.010 , ISSN 0002-9297 , PMC 3234374 , PMID 22152676
Мурджани, П.; Тангарадж, К.; Паттерсон, Н.; Липсон, М.; Лох, пиар; Говиндарадж, П.; Сингх, Л. (2013), «Генетические доказательства недавнего смешения популяций в Индии», Американский журнал генетики человека , 93 (3): 422–438, doi : 10.1016/j.ajhg.2013.07.006 , PMC 3769933 , ПМИД 23932107
Райх, Дэвид; Тангарадж, Кумарасами; Паттерсон, Ник; Прайс, Алкес Л.; Сингх, Лалджи (2009), «Реконструкция истории населения Индии», Nature , 461 (7263): 489–494, Бибкод : 2009Natur.461..489R , doi : 10.1038/nature08365 , ISSN 0028-0836 , PMC 2842210 , PMID 197 79445
Лидз, Франц (22 декабря 2021 г.). «3000 лет назад Британия получила половину своих генов от… Франции?» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Проверено 22 февраля 2022 г.
Паттерсон, Ник; Исаков, Михаил; Бут, Томас; Бастер, Линдси; Фишер, Клэр-Элиза; и др. (27 января 2022 г.). «Массовая миграция в Британию в период от среднего до позднего бронзового века» . Природа . 601 (7894): 588–594. Бибкод : 2022Natur.601..588P . дои : 10.1038/s41586-021-04287-4 . ISSN 1476-4687 . ПМЦ 8889665 . ПМИД 34937049 .

Внешние ссылки

Как генетика меняет наше понимание «расы», Дэвид Райх
«Как не говорить о расе и генетике» - заявление 67 ученых, критикующих подход Райха к «расе» в его книге « Кто мы и как мы сюда попали».
Harvard.edu - Лаборатория доктора Райха
Дэвид Райх, «Кто мы, как мы этого достигли», Джаред Даймонд

[14] Райх (2009) исключил из своего анализа австро-азиатских и тибето-бирманских говорящих, чтобы избежать помех.

[15] Райх (2009) : «Мы анализируем 25 различных групп, чтобы предоставить убедительные доказательства существования двух древних популяций, генетически расходящихся, которые являются предками большинства современных индейцев. Одна, «предки северных индейцев» (ANI), генетически близка к жителям Ближнего Востока. , выходцы из Центральной Азии и европейцы, в то время как другой, «предки южных индейцев» (ASI), так же отличается от ANI и выходцев из Восточной Азии, как они друг от друга».

[16] Мурджани и др. (2013) : «Большинство индейских групп происходят от смеси двух генетически расходящихся популяций: предков северных индейцев (ANI), связанных с выходцами из Центральной Азии, жителей Ближнего Востока, европеоидов и европейцев; и предков южных индейцев (ASI), не тесно связанных с группами за пределами Индии. субконтинент».

[18] Мурджани и др. (2013) : «Мы сообщаем данные по всему геному 73 групп с Индийского субконтинента и анализируем неравновесие по сцеплению, чтобы оценить даты смеси ANI-ASI в диапазоне от примерно 1900 до 4200 лет назад. В подмножестве групп 100% смеси Эти результаты показывают, что несколько тысяч лет назад Индия пережила демографическую трансформацию: из региона, в котором большая часть смешанного населения была обычным явлением, в регион, в котором смешение даже между близкородственными группами стало редким из-за перехода к эндогамии. ."

[n102015-1] «365 дней: 10 природы» . Природа . 528 (7583): 459–467. 2015. Бибкод : 2015Natur.528..459. . дои : 10.1038/528459а . ISSN 0028-0836 . ПМИД 26701036 .

[2] ttps://www.york.ac.uk/archaeology/news-and-events/news/external/news2022/antiquity-prize-win/

[dphil-3] Jump up to: ^а ^б Райх, Дэвид Эмиль (1999). Генетический анализ истории эволюции человека с последствиями для картирования генов . ox.ac.uk (докторская диссертация). Оксфордский университет. OCLC 863264589 . EThOS uk.bl.ethos.580823 .

[4] «Дэвид Райх | Генетика» . генетика.hms.harvard.edu . Проверено 8 января 2018 г.

[nature10-5] «Природа 10» . Природа . 528 (7583): 459–467. Декабрь 2015 г. Бибкод : 2015Natur.528..459. . дои : 10.1038/528459а . ПМИД 26701036 . S2CID 4450003 .

[6] Премия Массри 2021

[Zimmer_2018-7] Jump up to: ^а ^б ^с Циммер, Карл (20 марта 2018 г.). «Дэвид Райх раскапывает историю человечества, запечатленную в костях» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 20 марта 2018 г.

[Rincon_2018-8] Ринкон, Пол (11 апреля 2018 г.). «Как древняя ДНК меняет наш взгляд на прошлое» . Би-би-си . Проверено 11 апреля 2018 г.

[9] Эмиль., Райх, Дэвид (1999). Генетический анализ истории эволюции человека с последствиями для картирования генов (Диссертация). Оксфордский университет. {{cite thesis}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[10] ScienceNews.org - «Гибридно-ориентированная эволюция: геномы показывают сложность разделения человека и шимпанзе: эволюционное отделение человека от предков шимпанзе не только произошло позже, чем предполагалось предыдущими данными, но и продолжалось в течение длительного времени. период, в течение которого скрещивались предшественники людей и шимпанзе», Брюс Бауэр, Science News (20 мая 2006 г.)

[11] Паттерсон, Н.; Рихтер, диджей; Гнерре, С.; Ландер, ЕС; Райх, Д. (2006). «Генетические доказательства сложного видообразования человека и шимпанзе». Природа . 441 (7097): 1103–1108. Бибкод : 2006Natur.441.1103P . дои : 10.1038/nature04789 . ПМИД 16710306 . S2CID 2325560 .

[FOOTNOTEReich2009-12] Рейх 2009 .

[13] Чакраварти, Аравинда (24 сентября 2009 г.). «По невидимым нитям Индии» (PDF) . Природа (Новости и обзоры) . Архивировано из оригинала (PDF) 3 сентября 2015 года . Проверено 16 марта 2016 г.

[Dolgin-17] Долгин, Эли (23 сентября 2009 г.). «Раскрыто индийское происхождение» . Природа . doi : 10.1038/news.2009.935 – через www.nature.com.

[Perur-19] Шринатх Перур, Происхождение индейцев. Что говорят нам наши гены. , Фонтанные чернила

[FOOTNOTEMetspalu_et_al.2011-20] Метспалу и др. 2011 .

[21] Дэвид Кэмерон (20 июля 2011 г.). «Детализация отличает карту афроамериканской геномики» . Гарвардская газета . Проверено 22 июля 2011 г.

[22] Райх, Д.; Зеленый, RE; Кирхер, М.; Краузе, Дж.; Паттерсон, Н.; Дюран, EY; и др. (2010). «Генетическая история архаической группы гомининов из Денисовой пещеры в Сибири» . Природа . 468 (7327): 1053–1060. Бибкод : 2010Natur.468.1053R . дои : 10.1038/nature09710 . ПМК 4306417 . ПМИД 21179161 . Райх, Д.; Паттерсон, Н.; Кирхер, М.; Дельфин, Ф.; Нандинени, MR; Пугач И.; и др. (2011). «Денисова примесь и первое расселение современного человека в Юго-Восточную Азию и Океанию» . Американский журнал генетики человека . 89 (4): 516–528. дои : 10.1016/j.ajhg.2011.09.005 . ПМК 3188841 . ПМИД 21944045 . Шанкарараман, С.; Паттерсон, Н.; Ли, Х.; Паабо, С.; Райх, Д; Эйки, Дж. М. (2012). «Дата скрещивания неандертальцев и современных людей» . ПЛОС Генетика . 8 (10): e1002947. arXiv : 1208.2238 . дои : 10.1371/journal.pgen.1002947 . ПМЦ 3464203 . ПМИД 23055938 . Карл Циммер , «Скрещивание с неандертальцами», Discover , март 2013 г., стр. 38–44.

[23] ttps://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/2007_NG_Haiman_colorectal_and_prostate.pdf ^{[ пустой URL PDF ]}

[Got_Here_2018-24] Jump up to: ^а ^б Кто мы и как мы сюда попали: древняя ДНК и новая наука о человеческом прошлом . Дэвид Райх. Нью-Йорк: Пантеон, 2018.

[auto-25] «Выводы о демографической истории на основе генетических данных» . uqrmaie1.github.io . Проверено 18 мая 2022 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[примечание 1]

[примечание 2]

[примечание 3]

[14]

[примечание 4]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ЯВЛЯЮТСЯ ВИАФ WorldCat
Национальный	Каталония Германия Израиль Соединенные Штаты Чешская Республика Польша
академики	ОРЦИД
Другой	ИдРеф