ВекторБаза

ВекторБаза ^[1]^[2]является одним из пяти ресурсных центров биоинформатики (BRC), финансируемых Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), входящим в состав Национальных институтов здравоохранения (NIH), который является агентством Министерства здравоохранения и социальных служб США. Услуги . VectorBase специализируется на беспозвоночных переносчиках человеческих патогенов и работает с центрами секвенирования и исследовательским сообществом над курированием векторных геномов (в основном аннотаций генома ).

VectorBase Геномы , включенные в базу данных

Инструменты, доступные на сайте VectorBase [ править ]

Геномный браузер
Система аннотаций сообщества
Репозиторий микрочипов и экспрессии генов
Контролируемые словари по анатомии, ^[5] устойчивость к инсектицидам и трансмиссивные заболевания (малярия и лихорадка денге)
BLAST ищет все охваченные геномы

См. также [ править ]

Векторы в эпидемиологии

Ссылки [ править ]

^ Лоусон, Д; Аренсбургер, П; Аткинсон, П; Безански, Нью-Джерси; Бруггнер, Р.В.; Батлер, Р; Кэмпбелл, Канзас; Кристофидес, ГК; и другие. (2007). «VectorBase: дом для беспозвоночных-переносчиков человеческих патогенов» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных): D503–5. дои : 10.1093/нар/gkl960 . ПМК 1751530 . ПМИД 17145709 .
^ Лоусон, Д; Аренсбургер, П; Аткинсон, П; Безански, Нью-Джерси; Бруггнер, Р.В.; Батлер, Р; Кэмпбелл, Канзас; Кристофидес, ГК; и другие. (2009). «VectorBase: ресурс данных для векторной геномики беспозвоночных» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D583–7. дои : 10.1093/нар/gkn857 . ПМК 2686483 . ПМИД 19028744 .
^ Нене, В; Вортман, младший; Лоусон, Д; Хаас, Б; Кодира, К; Ту, З.Дж.; Лофтус, Б; Си, З; и другие. (2007). «Последовательность генома Aedes aegypti, основного вектора арбовируса» . Наука . 316 (5832): 1718–23. Бибкод : 2007Sci...316.1718N . дои : 10.1126/science.1138878 . ПМЦ 2868357 . ПМИД 17510324 .
^ Холт, РА; Субраманиан, генеральный менеджер; Халперн, А; Саттон, Дж.Г.; Чарлаб, Р; Нусскерн, ДР; Винкер, П; Кларк, АГ; и другие. (2002). «Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae». Наука . 298 (5591): 129–49. Бибкод : 2002Sci...298..129H . CiteSeerX 10.1.1.149.9058 . дои : 10.1126/science.1076181 . ПМИД 12364791 . S2CID 4512225 .
^ Топалис, П; Цавлаки, К; Вестаки, К; Диалинас, Э; Соненшайн, Делавэр; Батлер, Р; Бруггнер, Р.В.; Стинсон, Э.О.; и другие. (2008). «Анатомические онтологии комаров и клещей и их веб-браузеры в VectorBase». Молекулярная биология насекомых . 17 (1): 87–9. дои : 10.1111/j.1365-2583.2008.00781.x . ПМИД 18237287 . S2CID 8618269 .

Внешние ссылки [ править ]

vectorbase.org
Ресурсные центры биоинформатики Страница NIAID, описывающая цели и деятельность BRC.
Сайт Pathogen Portal Hub для пяти BRC; предоставляет сводную информацию

Геномные браузеры VectorBase

Aedes aegypti Браузер генома на VectorBase
Anopheles gambiae Браузер генома на VectorBase
Culex quinquefasciatus Браузер генома на VectorBase
Ixodes scapularis Браузер генома на VectorBase
Pediculus humanus Браузер генома на VectorBase
Rhodnius prolixus Браузер генома в VectorBase

[1] Лоусон, Д; Аренсбургер, П; Аткинсон, П; Безански, Нью-Джерси; Бруггнер, Р.В.; Батлер, Р; Кэмпбелл, Канзас; Кристофидес, ГК; и другие. (2007). «VectorBase: дом для беспозвоночных-переносчиков человеческих патогенов» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных): D503–5. дои : 10.1093/нар/gkl960 . ПМК 1751530 . ПМИД 17145709 .

[2] Лоусон, Д; Аренсбургер, П; Аткинсон, П; Безански, Нью-Джерси; Бруггнер, Р.В.; Батлер, Р; Кэмпбелл, Канзас; Кристофидес, ГК; и другие. (2009). «VectorBase: ресурс данных для векторной геномики беспозвоночных» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D583–7. дои : 10.1093/нар/gkn857 . ПМК 2686483 . ПМИД 19028744 .

[3] Нене, В; Вортман, младший; Лоусон, Д; Хаас, Б; Кодира, К; Ту, З.Дж.; Лофтус, Б; Си, З; и другие. (2007). «Последовательность генома Aedes aegypti, основного вектора арбовируса» . Наука . 316 (5832): 1718–23. Бибкод : 2007Sci...316.1718N . дои : 10.1126/science.1138878 . ПМЦ 2868357 . ПМИД 17510324 .

[4] Холт, РА; Субраманиан, генеральный менеджер; Халперн, А; Саттон, Дж.Г.; Чарлаб, Р; Нусскерн, ДР; Винкер, П; Кларк, АГ; и другие. (2002). «Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae». Наука . 298 (5591): 129–49. Бибкод : 2002Sci...298..129H . CiteSeerX 10.1.1.149.9058 . дои : 10.1126/science.1076181 . ПМИД 12364791 . S2CID 4512225 .

[5] Топалис, П; Цавлаки, К; Вестаки, К; Диалинас, Э; Соненшайн, Делавэр; Батлер, Р; Бруггнер, Р.В.; Стинсон, Э.О.; и другие. (2008). «Анатомические онтологии комаров и клещей и их веб-браузеры в VectorBase». Молекулярная биология насекомых . 17 (1): 87–9. дои : 10.1111/j.1365-2583.2008.00781.x . ПМИД 18237287 . S2CID 8618269 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

v т Это Биоинформатика
Базы данных	Базы данных последовательностей: GenBank , Европейский архив нуклеотидов , Банк данных ДНК Японии и Национальный банк генов Китая. Вторичные базы данных: UniProt , база данных последовательностей белков, группирующихся вместе Swiss-Prot , TrEMBL и ресурс информации о белках. Другие базы данных: BioNumbers , Protein Data Bank , Ensembl , InterPro , KEGG и Gene Ontology. Специализированные геномные базы данных: BOLD , База данных генома Saccharomyces , FlyBase , VectorBase , WormBase , База данных генома крысы , PHI-база , Информационный ресурс Arabidopsis , GISAID и Информационная сеть данио.
Программное обеспечение	ВЗРЫВ Галстук-бабочка Кластал ЭМБОСС ХММЕР МЫШЦЫ ЯЩЕР SAMtools Мыльный пакет Цилиндр
Другой	Сервер: ExPASy Розалинда (образовательная платформа)
Учреждения	Броуд Институт Департамент вычислительной биологии (CBD) Microsoft Research - Центр вычислительной и системной биологии Университета Тренто (COSBI) Центр баз данных по наукам о жизни (DBCLS) Банк данных ДНК Японии (DDBJ) Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI) Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) Институт Флэтайрон Институт Дж. Крейга Вентера (JCVI) Институт молекулярно-клеточной биологии и генетики Макса Планка (MPI-CBG) Национальный центр биотехнологической информации США (NCBI) Японский институт генетики Нидерландский центр биоинформатики (NBIC) Филиппинский геномный центр (PGC) Исследования Скриппса Швейцарский институт биоинформатики (SIB) Добро пожаловать в Институт Сэнгера Институт Уайтхеда
Организации	Африканское общество биоинформатики и вычислительной биологии (ASBCB) Австралийский ресурс по биоинформатике (EMBL-AR) Европейская сеть молекулярной биологии (EMBnet) Международное сотрудничество по базам данных нуклеотидных последовательностей (INSDC) Международное общество биокурации (ISB) Международное общество вычислительной биологии (ISCB) Студенческий совет (ISCB-SC) Институт геномики и интегративной биологии (CSIR-IGIB) Японское общество биоинформатики (JSBi)
Встречи	Basel Computational Biology Conference‎Базельская конференция по вычислительной биологии ‎ ( [BC ²]) Европейская конференция по вычислительной биологии (ECCB) Интеллектуальные системы молекулярной биологии (ISMB) Международная конференция по биоинформатике (InCoB) Международная конференция по методам вычислительного интеллекта для биоинформатики и биостатистики (CIBB) ISCB Africa Конференция ABCCB по биоинформатике Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу (PSB) Исследования в области вычислительной молекулярной биологии (RECOMB)
Форматы файлов	Формат CRAM ФИКСИРОВАННЫЙ формат Формат FASTQ Формат NeXML Формат Нексуса Формат нагромождения Формат SAM Стокгольмский формат Формат VCF формат GFF формат GTF
похожие темы	Вычислительная биология Список биобанков Список биологических баз данных Молекулярная филогенетика Последовательность действий База данных последовательностей Выравнивание последовательности
Категория Коммонс