ВекторБаза
ВекторБаза [1] [2] является одним из пяти ресурсных центров биоинформатики (BRC), финансируемых Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), входящим в состав Национальных институтов здравоохранения (NIH), который является агентством Министерства здравоохранения и социальных служб США. Услуги . VectorBase специализируется на беспозвоночных переносчиках патогенов человека и работает с центрами секвенирования и исследовательским сообществом над курированием векторных геномов (в основном аннотаций генома ).
включенные в базу данных VectorBase , Геномы
- Aedes aegypti [3]
- Анофелес гамбийский [4]
- Пятисторонний комар
- Иксод лопаточный
- Человеческая вошь
- Родниус проликсус
Инструменты, доступные на сайте VectorBase [ править ]
- Геномный браузер
- Система аннотаций сообщества
- Репозиторий микрочипов и экспрессии генов
- Контролируемые словари по анатомии, [5] устойчивость к инсектицидам и трансмиссивные заболевания (малярия и лихорадка денге)
- BLAST ищет все охваченные геномы
См. также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Лоусон, Д; Аренсбургер, П; Аткинсон, П; Безански, Нью-Джерси; Бруггнер, Р.В.; Батлер, Р; Кэмпбелл, Канзас; Кристофидес, ГК; и др. (2007). «VectorBase: дом для беспозвоночных-переносчиков человеческих патогенов» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных): D503–5. дои : 10.1093/нар/gkl960 . ПМК 1751530 . ПМИД 17145709 .
- ^ Лоусон, Д; Аренсбургер, П; Аткинсон, П; Безански, Нью-Джерси; Бруггнер, Р.В.; Батлер, Р; Кэмпбелл, Канзас; Кристофидес, ГК; и др. (2009). «VectorBase: ресурс данных для векторной геномики беспозвоночных» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D583–7. дои : 10.1093/нар/gkn857 . ПМК 2686483 . ПМИД 19028744 .
- ^ Нене, В; Вортман, младший; Лоусон, Д; Хаас, Б; Кодира, К; Ту, З.Дж.; Лофтус, Б; Си, З; и др. (2007). «Последовательность генома Aedes aegypti, основного вектора арбовируса» . Наука . 316 (5832): 1718–23. Бибкод : 2007Sci...316.1718N . дои : 10.1126/science.1138878 . ПМЦ 2868357 . ПМИД 17510324 .
- ^ Холт, РА; Субраманиан, генеральный менеджер; Халперн, А; Саттон, Дж.Г.; Чарлаб, Р; Нусскерн, ДР; Винкер, П; Кларк, АГ; и др. (2002). «Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae». Наука . 298 (5591): 129–49. Бибкод : 2002Sci...298..129H . CiteSeerX 10.1.1.149.9058 . дои : 10.1126/science.1076181 . ПМИД 12364791 . S2CID 4512225 .
- ^ Топалис, П; Цавлаки, К; Вестаки, К; Диалинас, Э; Соненшайн, Делавэр; Батлер, Р; Бруггнер, Р.В.; Стинсон, Э.О.; и др. (2008). «Анатомические онтологии комаров и клещей и их веб-браузеры в VectorBase». Молекулярная биология насекомых . 17 (1): 87–9. дои : 10.1111/j.1365-2583.2008.00781.x . ПМИД 18237287 . S2CID 8618269 .
Внешние ссылки [ править ]
- vectorbase.org
- Ресурсные центры биоинформатики Страница NIAID, описывающая цели и деятельность BRC.
- Сайт Pathogen Portal Hub для пяти BRC; предоставляет сводную информацию
- Геномные браузеры VectorBase
- Aedes aegypti Браузер генома на VectorBase
- Anopheles gambiae Браузер генома на VectorBase
- Culex quinquefasciatus Браузер генома на VectorBase
- Ixodes scapularis Браузер генома на VectorBase
- Pediculus humanus Браузер генома на VectorBase
- Rhodnius prolixus Браузер генома в VectorBase
